放線菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明，circACTN4 在指定的時間點具有抗性。隨后，生物信息學預測上游轉錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動子結合。因此，構建了攜帶全長野生型和突變型ACTN4啟動子的熒光素酶報告基因載體，結果表明USF2增強了熒光素酶野生型熒光素酶報告基因的活性。Chip-qPCR檢測進一步證明USF2可以與ACTN4基因啟動子結合并增強其轉錄活性。設計并構建了USF2過表達和敲低質粒，通過qRT-PCR檢測到轉染相應質粒的BC細胞中ACTN4的表達。結果表明，上調的 USF2 顯著增加了線性ACTN4和circACTN4的表達，而下調的USF2顯著降低了線性ACTN4和circACTN4的水平。這些結果表明ACTN4是轉錄因子USF2的靶基因。
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一、PBMC單核、單細胞ATAC序列優化
A.snATAC、scATAC和ICICLE-seq方法的主要步驟概要。ficoll純化的PBMCs和白細胞分離純化的PBMCs之間的一個主要區別是ficoll純化樣品中存在殘留的中性粒細胞。我們使用熒光***細胞分選(FACS)從高中性粒細胞含量的PBMC樣本中檢測去除死細胞和碎片的方法，包括去除中性粒細胞和不去除中性粒細胞。
B.這種單核分析利用低滲裂解、洗滌劑和皂苷的組合來分離細胞核，而不保留線粒體DNA。使用這種方法進行snATAC-seq，測序，并將數據質量指標(材料和方法)制成表格后，鑒定了兩個主要的細胞條碼群體。細胞核制備的scATAC-seq文庫包含更多來自核小體DN**段的reads，而來自細胞核的非細胞條形碼(灰線)包含的這些片段比細胞條形碼更多。 大分子科研中標率高增加乳酸桿菌水平導致尿酸水平下降。
在DMF誘導的HIF-2α介導的細胞死亡中，活性氧積累和鐵毒性是必不可少的
添加半胱氨酸前體n-乙酰半胱氨酸(NAC)的生長培養基挽救了含或不含FG4592DMF處理的HCT116和SW480細胞的死亡和活力。在DMF處理和維持缺氧的細胞中也觀察到類似的結果。FG4592或單獨的缺氧處理增加了ROS，這是通過細胞滲透的2,7-二氯二氫熒光素二醋酸酯(H2DCFDA)評估的，它被用作ROS的指標。與DMF的協同處理增強了ROS生成的增加，而NAC可以挽救ROS生成。為了證實對氧化細胞死亡的敏感性是由HIF-2α介導的，利用了shRNA介導的HIF-1α和HIF-2α敲低細胞。HIF-2α敲低細胞中的ROS水平***降低，表明DMF處理后HIF-2α在ROS產生中的作用。由于HIF***會導致線粒體代謝的變化和ROS的產生，作者分析了DMF或FG4592處理是否會引起線粒體代謝物池的變化。然而，線粒體代謝物水平未見***變化，表明HIF-2α通過其他機制影響細胞ROS。由DMF和FG4592介導的細胞死亡在低鐵和對照培養基中被挽救。總之，這些數據表明，鐵毒性通過HIF-2α和氧化應激脆弱性的機制。
接下來研究RASA1是否參與了CRC細胞中外泌體miR-335-5p對遷移、侵襲和EMT的誘導。蛋白質印跡分析顯示，miR-335-5p模擬物-exo增加了Ras和波形蛋白的蛋白水平，但降低了RASA1和E-鈣粘蛋白的蛋白水平；對于RASA1過表達，觀察到這些蛋白質的反向表達趨勢。此外，RASA1過表達逆轉了miR-335-5p模擬物-exo誘導的SW480細胞遷移和侵襲。這些結果表明外泌體miR-335-5p可能通過靶向RASA1誘導遷移、侵襲和EMT。
該研究揭示了外泌體 miR-335-5p 在 CRC 轉移中的新功能，并闡明了外泌體包裹的 miR-335-5p 通過直接靶向 RASA1 促進 CRC 細胞侵襲、轉移和 EMT 轉化。 這些發現強烈表明外泌體 miR-335-5p 可能是一種預后生物標志物，并為解決 CRC 轉移提供有價值的***策略。 METTL14是其***的潛在靶點。
Polycomb&Trithorax復合物靶基因PCR基因芯片可以同時檢測被Polycomb&Trithorax復合物調控的84個關鍵基因的表達。Polycomb&Trithorax復合物通過組蛋白修飾進行表觀遺傳調控,調節細胞類型特異性基因的表達,對維持細胞特征非常重要。Polycomb&Trithorax復合物的活性控制著胚胎多能干細胞分化機制的誘導。它們活性的失調造成細胞特性改變，細胞分化和增殖基因的錯誤表達，并促成**發生。利用實時定量PCR,研究者可以方便并且可信地研究對被Polycomb和Trithorax復合物調控的重要靶基因進行同時檢測外泌體miR-934誘導巨噬細胞M2極化促進CRC肝轉移。浙江細胞周期甲基化科研
大黃酸處理對正常組沒有任何明顯的副作用或促炎反應。ampk信號通路芯片科研國家自然科學基金
HA-Rab7T22N是一個不定位于晚期核內體的顯性陰性突變體(補充圖3f)，它的表達也阻止了內源性INPP4B的募集(圖3e)，表明活性的gtp結合的Rab7是INPP4B亞細胞定位到晚期核內體所必需的。 GFP-INPP4B***提高了細胞內PI(3)P水平(1.8倍)(圖3f)，PI(3,4)P2也存在于早期和晚期核內體。表達INPP4B shrna的MCF-7細胞顯示出更明顯的細胞內PI(3,4)P2斑點，表明INPP4B缺失抑制PI(3,4)P2在核內體上的降解，導致其積累(圖3g)。GFP-INPP4B沒有改變PI(3) p陽性早期核內體的比例，但***增加了PI(3) p陽性晚期核內體的比例(1.7倍)(圖3h, i)。ampk信號通路芯片科研國家自然科學基金
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗