背景:超過100個不同的RNA修改特征已經在過去的幾十年里,其中,該N6-methyladenosine(m6A)修改是**豐富的形式在真核mRNA。不同的m6A讀者蛋白優先區分轉錄組范圍內的RNAm6A景觀。在細胞質中,大多數YTH(YTHDF1-3和YTHDC2)和IGF2BP(IGF2BP1-3)家族蛋白與m6a修飾的mrna結合并調節其穩定性和翻譯。此外,其他蛋白質可以結合m6a修飾的前體rna在細胞核內,并影響其加工。
m6a相關基因缺陷影響多種生物過程。例如,metttl3的缺失導致受損的胚胎干細胞退出自我更新走向分化;抑制METTL14導致明顯的胚胎生長遲緩;斑馬魚胚胎中YTHDF2的消融延遲了早期胚胎發育中的母-合子過渡。特別是,RNAm6a相關基因正在成為在各種**中促進**啟動和進展的關鍵調控因子,包括肺*中的metttl3、肝*中的metttl14、白血病中的FTO和乳腺*中的ALKBH5。然而,m6A如何調節*變以及下游通路和機制如何傳遞這些信號尚不完全清楚。 短鏈脂肪酸與運動恢復/腸屏障通透性的相關性。RNA PULLdown標書江蘇
3)腎小管細胞來源的外泌體促進體內腎纖維化為了研究腎小管來源的外泌體與UUO誘導的纖維化在體內的相關性,我們使用UUO模型進行了動物研究,注射從TGF-β1處理的NRK-52E細胞中分離出來的TGFβ1-exos。在體內,我們觀察到NRK-52E細胞PKH-67標記的TGFβ1-Exos存在于梗阻的腎臟中。此外,與Ctrl-Exo相比,注射TGFβ1-Exo可以明顯誘導CD63和TSG101的表達。然后我們檢測了外泌體注射對UUO腎臟的影響。與Ctrl-Exos相比,TGFβ1-Exos促進了UUO后7天阻塞腎臟中成纖維細胞的增殖,并加劇了纖維連接蛋白和膠原沉積。江蘇實驗設計標書FMT可能通過***NF -κB信號通路來緩解腸道炎癥。
2、MAO-A直接調節TAM極化并影響TAM相關的T細胞抗**活性
為了確定MAO-A是否直接調節免疫細胞,進行一個骨髓(BM)轉移實驗,從MaoaWT或KO小鼠中獲得的BM細胞被連續轉移到BoyJ(CD45.1)WT受體小鼠中,然后該小鼠接受B16-OVA黑色素瘤細胞接種(圖2a)。在本實驗中,MAO-A缺乏的比較***于免疫細胞。結果顯示免疫細胞中MAO-A缺陷導致**生長抑制(圖2b-c),改變TAM極化(圖2d-f),增強**浸潤CD8+T細胞***,表明MAO-A直接調節免疫細胞抗**活性,特別是TAM極化和T細胞抗**反應。
7)NOX4通過氧化應激誘導的人體星形膠質細胞的脂質過氧化促進鐵死亡
為了探討NOX4調控AD星形膠質細胞氧化應激誘導的細胞死亡的分子機制,我們檢測NOX4的升高是否能通過氧化應激誘導的人星形膠質細胞脂質過氧化促進鐵死亡。我們用免疫熒光染色法測定了4-HNE在人星形膠質細胞中的蛋白水平。免疫熒光染色顯示,與對照組相比,NOX4的升高增加了4-HNE蛋白的水平,增加了質膜中脂質過氧化源性液滴的含量,細胞的形狀出現收縮(圖7A)。NOX4過表達使4-HNE陽性細胞數量***增加(圖7B)。NOX4過表達增加了4-HNE水平和MDA水平(圖7C)。值得注意的是,與對照組相比,NOX4的升高增加了鐵的積累,這是鐵死亡的特異性標志(圖7D)。 采用非靶向代謝組學方法測量三組血清代謝產物?
TFAP2B也有類似的模式,它調節遠端腎單位的發育30。TFAP2B轉錄因子活性在粗升肢和遠端曲小管中增加(圖3b,motif活性),TFAP2B染色質可及性增加(圖3b,基因活性),TFAP2B轉錄增加(圖3b,基因表達)。我們對遠曲小管(DCT)、連接小管(CNT)和主細胞(PC)進行了偽時間排序,這些細胞在snRNA和snATAC數據集中都形成了一組不同的轉錄相關細胞類型。在HNF4A中,觀察到近曲小管中有一個CCAN,在啟動子、基因體和遠端區域的差異開放區域(圖3c,紅框)之間有多個連接(紅色或藍色弧線)(圖3c)。與未接受FMT***的受傷小鼠相比接受FMT***的小鼠表現出相對更大的運動恢復。創傷性腦損傷標書上海
DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。RNA PULLdown標書江蘇
基序分析發現E2F TF基序在乙酰化降低相關區域***富集,在T細胞記憶驅動因子相關基序乙酰化增加,包括含叉頭框因子(Fig. 2F)。為了確定這些變化是否伴隨著對不同細胞狀態的長期表觀遺傳影響,在CDK4/6抑制后對體外活化的T細胞進行了ATAC-seq,觀察到染色質開放性的整體降低,T細胞記憶相關基因區域的開放性增加,包括Tcf7、Ccr7和Sell (Fig. 2G)。為了解開CDK4/6抑制后記憶和效應特征的明顯二分法,在暴露于CDK4/6i 24h后,對體外活化T細胞進行了單細胞RNA-seq。該分析顯示存在CDK4/6i處理后改變的不同T細胞亞群,簇2、4、5和8增加,簇0減少,以及整體G1細胞周期停滯(Fig. 2H-I)。接下來對記憶和效應基因標記,并使用AUCell比較富集評分,確定細胞池中不同的記憶樣和效應樣簇(Fig. 2J)。有趣的是,CDK4/6i處理后增加的細胞簇2和5是記憶樣細胞,8是效應樣細胞,證明CDK4/6i抑制促進異質T細胞池中表型不同的亞群細胞的記憶分化,增***應功能。RNA PULLdown標書江蘇
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗