A.隨著從單個核中同時捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業平臺的發布，我們推斷通透細胞可以用于同時捕獲三個主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據轉錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經過試驗和關鍵步驟的優化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達平臺上獲得文庫，該平臺使用46個低聚標記抗體組合了數千個單細胞的所有三種測量結果.B.D.在對裝入4孔的細胞進行初始數據處理后，我們鑒定出29264個通過上述scATAC-seqQC標準的細胞條形碼，有2,500,500個獨特的ATAC-seq片段(中值=8762個獨特的ATAC片段)，有>500個基因被scRNA-seq檢測到(中值=2399個RNAUMIs;中位數=檢測到129,249個基因)，500個ADTUMIs.G.H.更敏感的蛋白質豐度測量允許檢測許多附加的相關標準物質，例如CCR2/CD192.I.J.一種單核細胞上表達的趨化因子受體和CD38，一種表達于多種免疫細胞表面的糖蛋白.RCC細胞中CDKN3基因敲除導致細胞增殖率降低.基金委項目流程
3）RIC8A與circPDE4B相互作用，參與OA
為了鑒別與circPDE4B相互作用的蛋白，我們采用RPD-MS(圖3A)，共鑒定出112個與circPDE4B相互作用的蛋白(圖3B)，確定RIC8A。HCs中的RNA-蛋白共定位也證實了RIC8A和circPDE4B之間的相互作用(圖3C)。RPD實驗表明，體外線性轉錄的circPDE4B能夠拉下重組RIC8A(圖3D)。然后，我們使用catRAPID工具預測circPDE4B和RIC8A的相互作用區域(圖3E)。為了識別預測的結合位點，我們將FLcircPDE4B截短為3個片段。根據預測，RIP結果顯示只有FL和S3被RIC8A拉下(圖3F)。有綜合來看，這些結果表明circPDE4B在HCs中與RIC8A相互作用。進一步研究表明，circPDE4B調控RIC8A蛋白水平，而不是mRNA水平或穩定性(圖3G-I)。我們還阻斷了RIC8A蛋白的合成，并觀察到sh-陰性對照(NC)和sh-circPDE4B的HCs之間的RIC8A蛋白半衰期有明顯差異(圖3J)，說明circPDE4B降低了RIC8A蛋白的穩定性。經PS341處理后，RIC8A在circPDE4B過表達和下調細胞中均未發生變化(圖3K,L)，表明circPDE4B通過蛋白酶體活性調節RIC8A。無論內源性還是外源性RIC8A,RIC8A的多泛素化在circPDE4B耗盡后均下降，在過表達circPDE4B后則上升(圖3O)。綜上，circPDE4B翻譯后影響蛋白酶體介導的RIC8A的降解和周轉。 基金委項目流程DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。
放線菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明，circACTN4 在指定的時間點具有抗性。隨后，生物信息學預測上游轉錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動子結合。因此，構建了攜帶全長野生型和突變型ACTN4啟動子的熒光素酶報告基因載體，結果表明USF2增強了熒光素酶野生型熒光素酶報告基因的活性。Chip-qPCR檢測進一步證明USF2可以與ACTN4基因啟動子結合并增強其轉錄活性。設計并構建了USF2過表達和敲低質粒，通過qRT-PCR檢測到轉染相應質粒的BC細胞中ACTN4的表達。結果表明，上調的 USF2 顯著增加了線性ACTN4和circACTN4的表達，而下調的USF2顯著降低了線性ACTN4和circACTN4的水平。這些結果表明ACTN4是轉錄因子USF2的靶基因。
1、循環miR-208b是CRC中FOLFOX化療敏感性的一種很有前途的生物標志物如圖1所示，作者設計了一項多期研究，以確定新的血清miRNAs作為預測和監測奧沙利鉑聯合亞葉酸和5-FU（FOLFOX）化療反應的替代標志物。
作者檢測了69個化療敏感和47個化療不敏感患者的血漿中miR-208b表達，結果顯示與未響應組相比，miR-208b的表達水平在響應組***下調（圖2A-B）。同時檢測了血清*胚抗原(CEA)水平，血清miR-208b的曲線下面積(AUC)與血清CEA的AUC相比，優于血清CEA水平。在化療響應組，在化療前miR-208b的表達高于化療后，而在未響應組，化療前低于化療后水平（圖2C）。生存分析顯示，無進展生存期化療響應組***高于未響應組，miR-208b低表達組***高于高表達組（圖2D）。這些結果表明miR-208b可作為預測CRC中FOLFOX化療敏感性的非侵襲性標志物。 腸道微生物群和循環代謝產物之間的聯系.
Il4ra缺陷小鼠的M2樣巨噬細胞減少和再生失調為了探索再生過程中胰腺巨噬細胞的調節機制，我們進行了基因集富集分析(GSEA)以比較第3天和第1天巨噬細胞的轉錄組譜。巨噬細胞的M2***和IL4刺激特征從第3天開始富含巨噬細胞。我們發現，表達IL-4和IL-13分別提高在第1天，和表達Il4ra自第1天升高，達到峰值在第3天。為了進一步確定受體和配體的細胞來源，在AP損傷后***從胰腺中分離并比較了CD45.2+和CD45.2-細胞，有趣的是，Il4ra1被顯性免疫細胞上表達（CD45.2+），而IL4和IL13中主要表達于實質細胞（CD45.2-）。此外，通過使用Il4ra缺陷小鼠，我們證明了IL4Rα信號在AP損傷后胰腺修復/再生過程中介導了M2巨噬細胞的極化。值得注意的是，與它們的對應物相比，來自Il4ra-/-小鼠的胰腺在第3天和第5天具有更多的ADM結構?？偟膩碚f，這些發現表明IL4/IL4Rα軸是AP恢復過程中胰腺巨噬細胞M2極化所必需的，發揮***功能來控制ADM形成的程度。研究腸道微生物組和宿主循環代謝產物之間的關系?；鹞椖苛鞒?/p>
FMT處理導致緊密連接蛋白表達上調并促進SCI后的腸道屏障完整性的維持。基金委項目流程
1、人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對PTC*組織和*旁組間，用于高通量測序，其結果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫，并從中去除線粒體tRNA。**終累計獲得1723個tRN**段，其中594個片段只存在于**組織，136個只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數量遠超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）?；鹕綀D可以看出5個在**組織中***上調的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tRF-Val-CAC，pre-tRNA-Ser-TGA(Fig.1D)。圖1E顯示tRN**段1260，1293，1297和1385明顯來源于**組織。tRN**段1293和1297都是5’-tiRNA-Gly-GCC剪切自tiRNA-Gly-GCC的不同部分的。tRN**段1260切割自tRNA-Glu-CTC，tRN**段1358切割自tRNA-Lys-CTT。基金委項目流程
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗