我們前期發現5’-tiRNA-Val(一種tiRNA)的含量在結直腸*組織中***升高,且可能通過與Ago2相互作用調控mRNA的穩定性參與ANG介導的腸*細胞遷移過程,但有待***與深入研究。為此,本項目擬在細胞和動物水平明確5’-tiRNA-Val在ANG促結直腸*轉移中的作用;然后,利用RNA-seq技術篩選和鑒定受該tiRNA調控的轉移相關靶基因;***,從mRNA穩定性調控層面,闡明該tiRNA對轉移相關基因調控的分子機制。我們認為,本項目將拓展一類新的非編碼RNA的作用機制認識,同時也有助推動tiRNA在**診斷和***的臨床轉化研究。tRF&tiRNA是由tRNA切割產生,長度約15-45個核苷酸的小RNA。青海tiRNA國家自然科學基金
上海英拜生物tRF&tiRNA實時定量PCR技術服務流程
1.引物設計、合成設計并合成目的tRF&tiRNA的特異性PCR引物。
2.樣品RNA抽提a.若實驗對象為組織樣品,取適量(50-100mg)新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品,加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),勻漿后抽提RNA。b.若實驗對象為細胞樣品,每份樣品取1×106~1×107細胞,完全吸去培養液后加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
3.RNA質量檢測a.紫外吸收測定法測定RNA在波長260nm和280nm的吸收值,獲得RNA的濃度并通過A260/280及A260/230的吸收比值判斷RNA的純度。b.甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度和完整性。注:用于tRF&tiRNA實時定量PCR檢測的RNA樣品,必須高純度、完整,沒有RNase污染(降解的樣品不能用于實時定量PCR檢測),同時提取方法必須保證所得樣品包含完整的小RNA部分。
4.RNA預處理(可選)使用rtStar?tRF&tiRNAPretreatmentKit(Cat#AS-FS-005,Arraystar)進行預處理,去除3’氨酰基末端與3‘環磷酸末端,磷酸化5’羥基末端,并移去m1A,m3C等多種甲基化修飾。 在線tiRNA整體服務重點介紹了tRF&tiRNA分子在人類疾病中的潛在應用,并提出了目前存在的問題和未來的研究方向。
轉運RNA (tRNA)是一種參與解碼mRNA、翻譯蛋白質的接頭分子。近年來的研究表明tRNA還能作為小非編碼RNA (sncRNA)的主要來源之一,具有獨特且多樣的功能1。這些tRNA來源的ncRNA并非隨機降解的產物,而是通過精確的生物發生過程產生的。
轉運RNA (tRNA)是一種參與解碼mRNA、翻譯蛋白質的接頭分子。這些tRNA來源的ncRNA并非隨機降解的產物,而是通過精確的生物發生過程產生的 。
源自tRNA的ncRNA大致分為兩大類:tiRNA (或者tRNA halves) 和tRFs (tRNA 衍生片段)
tiRNA和tRF是近期發現的一類來源于tRNA的新型小RNA,長度在16-50 nt。tiRNA是來源于成熟tRNA的半分子,血管生成素會在壓力應激下介導tRNA切割成5’-和3’-tRNA半分子,長度約30-35nt。tRFs是來源于成熟tRNA或前體tRNA的小片段,根據其在tRNA上對應的位置可進一步分為tRF-5,tRF-3, tRF-1和i-tRF等,長度約為15-30nt。據報道,tiRNA和tRF可以microRNA的方式參與RNA干擾,另外可結合諸如YBX1蛋白因子調控靶mRNA的穩定性。tiRNA和tRF不僅可作為疾病診斷的生物標志物,還具有***潛能。云序生物tiRNA測序采用獨有的﹑***的tiRNA和tRF數據庫進行分析,并額外附送miRNA表達譜分析。tRNA衍生片段(tRNA-derivedfragments,tRF&tiRNA)為近年來新發現的一類非編碼RNA,在外周血循環中表達穩定。
tRF & tiRNA實時定量PCR技術服務流程
1.引物設計、合成
2. 樣品RNA抽提
3. RNA質量檢測
4.RNA預處理(可選)
4.逆轉錄合成cDNA使用rtStar?First-StrandcDNASynthesisKit(3’and5’adaptor)(Cat#AS-FS-003,Arraystar)試劑盒進行接頭連接和反轉,合成cDNA***鏈。
5.實時定量PCR以合成的cDNA作為模板進行實時定量PCR擴增,梯度稀釋的標準同時進行實時定量PCR擴增,根據Ct值制備標準曲線。以同樣的方法測定每個樣品中的內參,校正上樣誤差。
6.分析結果、提供實驗報告分析實時定量PCR結果,根據標準曲線定量樣品中的目的tRF&tiRNA。提供實驗報告,包括詳細的實驗方法,實時定量PCR實驗數據和圖表。 英拜生物為您提供tiRNA實時定量PCR技術服務.在線tiRNA整體服務
高通量測序分析發現了一類新的小非編碼RNA。青海tiRNA國家自然科學基金
piRNA測序技術服務
piRNA是一類長度約26-32nt的小非編碼RNA分子,通過與Piwi蛋白家族成員作用發揮功能。與miRNA數目只有幾百種不同,piRNA在人、小鼠、大鼠中***表達。piRNA在長度、表達類型、基因結構和生成方式上均與miRNA截然不同。在功能上,piRNA在生殖發育和精子形成過程中保護精子基因組免受轉座子插入的危害,通過表觀遺傳調控基因表達,蛋白翻譯和mRNA更新,以及維持染色質結構和細胞周期進程,并與**進程有關。
tRF&tiRNA測序技術服務
tRNA是非編碼小RNA分子的主要來源。tRNA來源的RN**段(tRF)和tRNA半分子(tiRNA)的生物發生是一個精確調控的過程,其含量有時甚至超過microRNA,具有獨特而多樣的功能。康成生物率先推出tRF&tiRNA高通量測序,使用Arraystar***授權的分析系統,提供從樣品到數據分析的一站式技術服務。 青海tiRNA國家自然科學基金
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎,利用生物數據信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺,提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區,實驗平臺開放參觀,客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度,保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務:RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經典通路研究,設計的課題均具有后續實驗課題的延展性,為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請:提供標書課題設計、撰寫,標書部分基礎實驗的開展,設計的標書均符合科研前沿熱點,中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持,探討科研前沿熱點研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關研究
4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗