驗證LIR基序突變影響自噬
在HEK293T細胞中進行co-IP，結(jié)果表明STBD1LIR基序W203C是影響基因互作的重要結(jié)構(gòu)。進一步研究發(fā)現(xiàn)，STBD中W203C突變影響其與GABARAPL1的結(jié)合，進而影響自噬指標(biāo)的表達。
5. 在臨床樣本中檢測STBD1的表達
在*組織、*旁中檢測STBD1的表達水平，結(jié)果表明STBD1在*組織中***下調(diào)，與之前的預(yù)測結(jié)果一致。
6.細胞實驗研究STBD1的功能
在多種*細胞中進行細胞功能實驗，STBD1抑制*細胞生長，突變W203C會部分回復(fù)STBD1的抑制作用。
7.動物實驗驗證STBD1的功能
裸鼠成瘤實驗表明，STBD1抑制**生長。
8.轉(zhuǎn)錄組、代謝組分析
在細胞中干擾STBD1，然后進行轉(zhuǎn)錄組測序，分析表達水平***改變的基因，并進行通路富集分析。分析發(fā)現(xiàn)，STBD1抑制**生長可能是通過改變基因轉(zhuǎn)錄和重塑糖酵解/糖異生途徑。
為了進一步驗證STBD1是否重塑代謝，進行代謝組分析。結(jié)果表明，STBD1敲除后糖酵解增強。
9.構(gòu)建LIRCP調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)
將LAMs對應(yīng)蛋白、自噬相關(guān)基因按照生物學(xué)功能聚類，構(gòu)建調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)，將自噬與**聯(lián)系起來。 研究腸道微生物組和宿主循環(huán)代謝產(chǎn)物之間的關(guān)系。焦亡生物相關(guān)標(biāo)書中標(biāo)率高
METTL3增強APCmRNA的m6A和隨后的YTHDF結(jié)合抑制APC表達YTHDF1-3介導(dǎo)mRNA降解，針對YTHDF1的抗體進行RIP分析，實時定量PCR分析顯示，在KYSE180中，與APCmRNA結(jié)合的YTHDF2的數(shù)量遠遠多于YTHDF1和YTHDF3的數(shù)量，并且由于METTL3缺失而減少。這些結(jié)果表明METTL3增加了APCmRNA的m6A，在很大程度上促進了YTHDF2與APCmRNA的結(jié)合。為了研究YTHDF2與APCmRNA結(jié)合在APC表達中的作用，我們?nèi)コ薡THDF2，這增加了KYSE450細胞中APC的mRNA（圖5d和補充圖5e）和蛋白質(zhì)表達。YTHDF1–3的聯(lián)合缺失進一步增加了這些細胞中APC的mRNA和蛋白質(zhì)表達。此外，還進行了熒光素酶報告子分析，結(jié)果表明，缺失YTHDF2增強了由含m6A的WTAPCCDS序列驅(qū)動的熒光素酶活性，而突變的APC增強了熒光素酶活性，并使該活性抵抗了YTHDF2缺失的調(diào)節(jié)。此外，METTL3過表達抑制由WTAPCCDS序列驅(qū)動的熒光素酶活性通過YTHDF2耗竭恢復(fù)，其不影響突變的APC增強的熒光素酶活性。這些結(jié)果表明METTL3增加了APCmRNA的m6A，隨后的YTHDF結(jié)合抑制了APC的表達。自噬醫(yī)學(xué)相關(guān)標(biāo)書細胞實驗DHEA處理的大鼠給予200 mg/kg水蘇糖12天.
4、白樺素能改善小鼠血液、肝臟和脂肪組織中的脂質(zhì)參數(shù)
測量了血液和其他組織中的脂質(zhì)水平，如圖5所示。洛伐他汀和白樺素處理的小鼠的血清總膽固醇（TC）和甘油三酸酯（TG）的水平顯著低于對照***的小鼠（圖5A和5B）。值得注意的是，與洛伐他汀相似，白樺素降低了LDL膽固醇（LDL-c）的含量并增加了HDL膽固醇（HDL-c）（圖5C和5D）。有趣的是，盡管白樺素和洛伐他汀均降低了肝臟的TC水平，但只有白樺素顯著降低了肝臟的TG含量（圖5E和5F）。組織學(xué)分析表明，白樺素可以減少白色脂肪細胞組織（WAT）和棕色脂肪細胞組織（BAT）的細胞大小，而洛伐他汀*可以減少棕色脂肪細胞的大小（圖5G）。油紅色O切片染色表明，與用WD喂養(yǎng)的對照***小鼠的肝臟相比，洛伐他汀或白樺素處理的小鼠的肝臟具有較低的脂質(zhì)蓄積（圖5G）。這與洛伐他汀和白樺素降低肝脂質(zhì)含量的先前數(shù)據(jù)一致（圖5E和5F）。
1.下載GEO數(shù)據(jù)（./geo/）并進行預(yù)處理下載數(shù)據(jù)集GSE28829，GSE41571和GSE43292，使用Perl腳本和R軟件的sva軟件包進行原始數(shù)據(jù)的合并和預(yù)處理。然后，使用Perl腳本將每個基因的探針I(yè)D轉(zhuǎn)換為基因名。，這些數(shù)據(jù)可從CIBERSORT網(wǎng)站（CIBERSORT./）進行下載。使用CIBERSORT對表達文件的P值和均方根誤差進行計數(shù)，獲得免疫細胞收據(jù)，使用R包，corplot，vioplot和ggplot2進行結(jié)果的可視化。
3.免疫浸潤細胞分析對斑塊中浸潤的免疫細胞進行了相關(guān)分析，結(jié)果表明活化的肥大細胞和TFH細胞顯示出協(xié)同的作用。 肺*是**常診斷的**之一也是大多數(shù)國家**死亡的主要原因。
N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩(wěn)定性、剪接、運輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)節(jié)基因表達，并改變修飾RNA分子的命運。新的證據(jù)表明m6A修飾與**增殖、分化、**發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移相關(guān)，并在**發(fā)展中發(fā)揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質(zhì)編碼基因調(diào)控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運輸、穩(wěn)定性和降解以及影響**細胞的增殖、浸潤和轉(zhuǎn)移等生物過程。***我們來講一篇關(guān)于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulatorsandinteractivecodingandnon-codingRNAsacross32cancertypes，是南京醫(yī)科大學(xué)實驗團隊發(fā)表在Molecularcancer（IF=27.4）期刊的文章。該文章在泛*環(huán)境中***評估編碼和非編碼RNA的m6A相互作用基因。我們證明circSDHC作為miRNA-127-3p的海綿.自噬醫(yī)學(xué)相關(guān)標(biāo)書細胞實驗
FMT處理調(diào)節(jié)SCI小鼠的腸道微生物組成。焦亡生物相關(guān)標(biāo)書中標(biāo)率高
二、G4穩(wěn)定性在基因區(qū)和非基因功能區(qū)之間存在差異
根據(jù)穩(wěn)定性得分將G4基因座分為2組，高于19分的為“穩(wěn)定G4基因座”（342778個），低于19分的為“不穩(wěn)定G4基因座”（327298個），繪制穩(wěn)定性得分分布圖：
三、G4功能受到不同基因區(qū)域的限制
HKT檢驗顯示，G4基因座的進化取決于它們位于哪個基因組件內(nèi)。G4基因座在上游、下游基因區(qū)域、5'UTR、3'UTR的優(yōu)勢比***大于1。位于增強子、復(fù)制起點以及在TAD邊界區(qū)域的G4基因座優(yōu)勢比都很高，這一發(fā)現(xiàn)表明這三種區(qū)域的G4基因座是有功能的。
這項工作表明， G4 的覆蓋率、密度、預(yù)測穩(wěn)定性和選擇壓力取決于它們所在的基因成分和非基因功能區(qū)域。自然選擇在基因組的某些功能區(qū)域中保持了高密度的 G4 位點和高穩(wěn)定性的 G4 結(jié)構(gòu)，以及在其他功能區(qū)中保持低密度和低穩(wěn)定性。每個特定區(qū)域組的情況可能取決于維持功能性 G4 的選擇壓力與容納此類結(jié)構(gòu)的成本之間的平衡。 焦亡生物相關(guān)標(biāo)書中標(biāo)率高
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗