自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發生會增強*細胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發**。
1、Meta-GWAS分析
收集三組GWAS數據用于meta分析，確定了35個基因區域中36個**的基因突變（p<5×10?8）。接下來，分析SNP200kb內與AD***相關(p<10-5)的突變，篩選獲得PRKD3/NDUFAF7,SHARPIN,CHRNE,PLCG2,APP6個基因，這6個基因都存在于AD發病***相關的突變。
2、多基因風險評分（PRS）
為了評估AD遺傳景觀的穩健性和綜合效應，基于39個遺傳變異（不包括APOE基因型）構建了一個加權PRS。
接下來測試了RPS與臨床診斷的關聯。PRS與臨床診斷的AD病例的關聯與病理證實的AD的關聯相似；在伴隨的腦部病變（除AD之外）存在的情況下PRS與AD相關；在不同性別中，RPS與AD的相關性無差異，并且在早發型、晚發型中效果一致。
3、PRS有可能及早識別有風險的受試者
使用12,386例樣本分析RPS能否識別早發型AD（AAO），結果表明，PRS與APOE基因型相結合，可能對AAO進行有效的預測。 可以上傳原始的fast文件。二代測序課題課題設計
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標志物的數據庫，包括四種主要類型的分子生物標記（化學，蛋白質，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標記類別（診斷，預測，預后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標志物名稱和同義詞，相關條件或病理，詳細的疾病描述，詳細的生物標志物描述，生物標志物特異性，敏感性和ROC曲線，標準參考值（對于蛋白質和化學標志物），變體（對于SNP或遺傳標志物） ），序列信息（用于遺傳和蛋白質標記），分子結構（用于蛋白質和化學標記），組織或生物流體來源（用于蛋白質和化學標記），染色**置和結構（用于遺傳和核型標記），臨床批準狀態和相關文獻參考。細胞增殖課題表達PTEN- 398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關。
一、PBMC單核、單細胞ATAC序列優化
A.snATAC、scATAC和ICICLE-seq方法的主要步驟概要。ficoll純化的PBMCs和白細胞分離純化的PBMCs之間的一個主要區別是ficoll純化樣品中存在殘留的中性粒細胞。我們使用熒光***細胞分選(FACS)從高中性粒細胞含量的PBMC樣本中檢測去除死細胞和碎片的方法，包括去除中性粒細胞和不去除中性粒細胞。
B.這種單核分析利用低滲裂解、洗滌劑和皂苷的組合來分離細胞核，而不保留線粒體DNA。使用這種方法進行snATAC-seq，測序，并將數據質量指標(材料和方法)制成表格后，鑒定了兩個主要的細胞條碼群體。細胞核制備的scATAC-seq文庫包含更多來自核小體DN**段的reads，而來自細胞核的非細胞條形碼(灰線)包含的這些片段比細胞條形碼更多。
4.ELNAT1直接與hnRNPA1相互作用
由于lncRNA的分子功能與其亞細胞定位相關，通過FISH和亞細胞定位實驗發現ELNAT1在UM-UC-3和T24細胞的細胞質和細胞核均有表達（SupplementalFigure7A,B）。并且通過RNA-pulldown實驗，發現在分子量35~40kDa上有明顯的條帶（Figure4A）。對此，通過質譜（MS）和Westernblot分析顯示，hnRNPA1是**豐富的ELNAT1相互作用蛋白（Figure4B-D）。熒光染色和RNA免疫沉淀（RIP）證實了ELNAT1和hnRNPA1在UM-UC-3和T24細胞中的共定位，并且ELNAT1通過內源性hnRNPA1富集（Figure4E,F），進一步驗證了ELNAT1和hnRNPA1之間的相互作用。 TIMEOR是***個基于 Web 的自適應時間序列多組學管道方法。
三、SMARCA4調節AR靶基因的表達，參與細胞外基質組織和細胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調的基因占大多數(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調和上調的基因數量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調控(圖4b, c）。對差異雄***調節基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態發生和參與分化的細胞形態發生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細胞對藥物的反應中富集的基因的表達(圖4d)。上述結果表明smarca4介導的染色質可及性變化促進了它們的表達。 深耕科研行業提高科研的高效。SNP檢測課題整包服務
Pex調節HSC的ECM分泌。二代測序課題課題設計
流式檢測TAM的標志物表達，結果顯示MAO-A缺陷小鼠表現出更少的免疫抑制表型，即免疫抑制標志物CD206表達***下調，而免疫刺激分子CD9，CD86和MHC class II I-Ab的表達上調（圖1e-h）。進一步的分析顯示，來自Maoa KO小鼠的TAMs免疫抑制相關基因表達水平降低，如Mrc1，Chi3l3和Arg1（圖1i），而免疫刺激相關基因表達上調，如Il6，Tnfα和Ccl2（圖1j）。作者對野生型和Maoa KO小鼠進行單細胞測序，分析了**浸潤免疫細胞（TIIs）。結果顯示TIIs由六種細胞組成，即TAM/Mono, T cell, NK cell, B cell, DC and pDC（圖1k）。兩種小鼠細胞類別分布相似。而TAM/Mono亞群由5種細胞類別組成，即TAM_1, TAM_2, Mo**, Mono_2 and Mono_3（圖1k）。與Maoa KO小鼠的TAMs免疫表型減少一致，與野生型相比，其TAM亞群中TAM_1（Mrc1lowCd86high）比TAM_2（Mrc1 highCd86 low）的比例下降（圖1l）。免疫相關基因表達表現出一致的趨勢（圖1m-n）。這些結果強烈表明MAO-A是參與調節TAM極化進而調控抗**免疫的。二代測序課題課題設計
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗