1）circMAPK1的鑒定和circMAPK1的臨床特征
由于MAPK信號通路在**發(fā)生和進展中起著重要的病理作用，我們首先根據(jù)在線數(shù)據(jù)庫circBase中的circRNA測序數(shù)據(jù)分析了來自MAPK通路相關基因的circRNA。然后我們清點了MAPK通路相關的circRNAs，發(fā)現(xiàn)大部分細胞系可以表達數(shù)以百計的MAPK通路的circRNAs(圖1a)。在來源于MAPK1的circRNA中，circ-0006203、circ0004872和circ-0008870在超過三個**的測序數(shù)據(jù)集中被***檢測。我們利用qRT-PCR檢測了這三種circRNA在胃*患者的胃*組織和*旁組織中的表達水平(圖1b)。結果顯示circ-0004872的表達變化**為***。circ-0004872在*組織/細胞中的reads明顯低于正常組織/細胞(圖1c)。此外，GSE121445和GSE100170數(shù)據(jù)庫中也證實了GC中circMAPK1的下調(diào)(圖1d)。這些數(shù)據(jù)提示circ-0004872具有潛在的抑制作用，從而促使我們進一步研究其在胃*惡性**中的作用。 公共比較毒理基因組學數(shù)據(jù)庫。lncRNA課題檢測服務
表達PTENWT的細胞，在雙胸苷激酶阻斷和輻射釋放后被阻滯在S期，表現(xiàn)出低水平的CDK2磷酸化(圖5A)。相反，經(jīng)過相同處理的PTEN-398A細胞有更高水平的磷酸化CDK2(圖5A)，這與DNA損傷檢查點的缺陷***一致。與PTEN-WT細胞相比，PTEN-398細胞中磷酸化的AKT和磷酸化的p27Kip1水平更高(圖5B)。雖然p27Kip1與CDK2和CyclinE在照射過的PTEN-WT細胞中有效地共免疫沉淀，但在PTEN-398A細胞中這些相互作用減弱(圖5C,D)。與我們在MCF10A細胞中觀察到的結果一致，免疫印跡分析顯示PTEN398A/398A裂解物中磷酸化的AKT和磷酸化的p27Kip1水平更高;MMTVNeu**與Pten+/+;MMTVNeu對應**進行比較(圖5E-H)。總之，抑制ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***，反過來有利于CDK2/CyclinE復合物的活性，并驅(qū)動細胞周期進程。課題整包表達PTEN- 398A的細胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點的***有關。
急性髓系白血病(AML)的靶向***的實施一直具有挑戰(zhàn)性。FTO是一種m6A去甲基酶，作為一種致*基因，促進白血病*基因介導的細胞轉(zhuǎn)化和白血病發(fā)生。因此為大家介紹于2021年3月發(fā)表于影響因子為8.579的Theranostics上文章“Saikosaponin D exhibits anti-leukemic activity by targeting FTO/m6A signaling”。在這里，我們研究了Saikosaponin-d (SsD)在AML中***的抗增殖作用中的作用，并通過靶向SsD的FTO來評估m(xù)6A去甲基化活性。SsD在體外和體內(nèi)均能***抑制AML細胞增殖，促進細胞凋亡和細胞周期阻滯。機制上，SsD直接靶向FTO，從而增加了m6A RNA的甲基化，降低了下游基因轉(zhuǎn)錄本的穩(wěn)定性，導致相關通路的抑制。重要的是，SsD還克服了FTO/m6A介導的白血病對酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性。總之，F(xiàn)TO依賴的m6A RNA甲基化介導了SsD的抗白血病作用，使SsD成為一種***白血病的藥物。
長鏈非編碼RNA(lncRNA)可以順式或反式發(fā)揮多種功能，包括調(diào)節(jié)基因轉(zhuǎn)錄和RNA剪接、調(diào)節(jié)RNA和蛋白質(zhì)的活性或豐度以及組織核結構域。它們***參與細胞命運編程/重編程、分化、發(fā)育，尤其是與人類疾病相關。盡管近年來高通量測序技術的快速發(fā)展已經(jīng)鑒定了數(shù)十萬種人類lncRNA，但其中只有一小部分得到了很好的表征。
***我們來講一個關于lncRNA的數(shù)據(jù)——LncExpDB(./lncexpdb)，該數(shù)據(jù)庫由中國國家生物信息中心和中國科學院北京基因組研究所團隊搭建，數(shù)據(jù)庫相關文章于2020年10月12日以“LncExpDB:anexpressiondatabaseofhumanlongnon-codingRNAs”為題在線發(fā)表于NucleicAcidsResearch雜志（IF=）。 動物建模模型實驗的整體服務。
四、原始和committed亞型的免疫表型
我們采用質(zhì)譜耦合流式細胞儀(CyTOF)分析，在單細胞水平上探討9例原始AML npm1突變和8例committed npm1突變的患者的免疫表型差異。我們使用細胞術(diffcyt)27管道來計算定義具有相似高維表型的細胞群(免疫表型簇)。每個免疫表型聚類映射到二維t-隨機近鄰嵌入(t-SNE)圖上的離散區(qū)域(圖4A;補充圖20、21)，證實它們表達不同的免疫表型。分析顯示，七種不同水平的CD45和造血祖細胞標記物(CD34, CD38)或骨髓單核細胞分化標記物(CD33, CD14, CD11c, CD16, HLA-DR)的惡性免疫表型集群在這兩種亞型之間差異豐富(圖4B，C)。確診病例中也包含較高豐度的非白血病免疫表型集群，包括CD45hi T (CD3+)、B (CD19+)和NK (CD3 CD56+ CD16+)細胞(補充圖20)。 進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。細胞功能課題整體服務
英拜生物對實驗可行性分析。lncRNA課題檢測服務
4）USP35過表達減少erastin/RSL3觸發(fā)的鐵紊亂和鐵死亡
erastin和RLS3誘導的ROS和MDA生成因USP35過表達而減少(圖4A，B)。此外，在erastin和RLS3處理的*細胞中，HETEs水平升高，但在除12-HETE外的USP35過表達的*細胞中，HETEs水平降低(圖4C，F(xiàn))。然而，USP35過表達對GSH含量和GPX4活性沒有影響(圖4G，H)。如圖4I，J所示，USP35的過表達***減弱了用erastin或RSL3刺激H460和H1299細胞誘導LIP和Fe2+的作用。與表型改變一致，在基礎條件下，USP35過表達對鐵代謝和鐵死亡也沒有影響(圖4A，J)。 lncRNA課題檢測服務
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗