三、SMARCA4調(diào)節(jié)AR靶基因的表達(dá)，參與細(xì)胞外基質(zhì)組織和細(xì)胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細(xì)胞基因表達(dá)的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調(diào)的基因占大多數(shù)(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調(diào)和上調(diào)的基因數(shù)量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個(gè)差異表達(dá)基因(DEGs)，其中363個(gè)基因雄******調(diào)控(圖4b, c）。對差異雄***調(diào)節(jié)基因集進(jìn)行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應(yīng)答基因的表達(dá)，例如，分支結(jié)構(gòu)的形態(tài)發(fā)生和參與分化的細(xì)胞形態(tài)發(fā)生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細(xì)胞對藥物的反應(yīng)中富集的基因的表達(dá)(圖4d)。上述結(jié)果表明smarca4介導(dǎo)的染色質(zhì)可及性變化促進(jìn)了它們的表達(dá)。 上海英拜生物提供可視化實(shí)驗(yàn)過程參觀。上海mTOR信號通路芯片科研
6）上調(diào)UCP1減輕AKI中的脂質(zhì)積累，可***緩解體內(nèi)炎癥和凋亡
以上研究證實(shí)，在體外，上調(diào)UCP1可以通過抑制炎癥和凋亡來抑制AKI的進(jìn)展。為了探究其在體內(nèi)的作用，我們在腎多點(diǎn)注射模型中檢測了相應(yīng)的指標(biāo)。如圖6A-E所示，炎癥指標(biāo)CD68、IL-1β、IL-6、TNF-α均***降低，UCP1上調(diào)。在凋亡方面，凋亡指標(biāo)Bax和C-caspase3也隨著UCP1的上調(diào)而降低，而Bcl-2隨著UCP1的上調(diào)而升高(圖6F)。TUNEL熒光染色也直接證明了UCP1上調(diào)導(dǎo)致的凋亡減少(圖6G-H)。同樣，我們也使用UCP1激動(dòng)劑CL316243在動(dòng)物模型中證實(shí)了同樣的炎癥和凋亡趨勢(圖6I-P)。 人大腦科研地區(qū)科學(xué)基金英拜生物擁有一支高精尖的技術(shù)豐富的技術(shù)團(tuán)隊(duì)。
PTEN是一種**抑制因子，調(diào)節(jié)多種細(xì)胞功能，包括***，PI3K/AKT信號通路是PTEN通過其磷酸酶活性靶向的**重要通路之一。因此，推測PI3K/AKT信號通路可能參與CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化。WB結(jié)果顯示過表達(dá)PTEN可以部分減弱miR-934和HCT-8細(xì)胞源外泌體對p-AKT和p-PI3K表達(dá)的增強(qiáng)作用，而沉默PTEN則相反（Fig.5k）。更重要的是，當(dāng)與HCT-8細(xì)胞來源的外泌體和PI3K抑制劑(LY294002)共培養(yǎng)時(shí)，PMA處理的THP-1細(xì)胞中p-AKT和M2標(biāo)記物(CD206、arginase-1和CD163)的表達(dá)下調(diào)（Fig.5l,m）。綜上所述，CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934可以通過下調(diào)PTEN表達(dá)和***PI3K/AKT信號通路誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化。
進(jìn)一步使用E8聚類分析顯示，這些暴露于慢性d-flow的ec向免疫細(xì)胞樣類型(EndICLT)轉(zhuǎn)變，但沒有達(dá)到完全分化的免疫細(xì)胞狀態(tài)(圖3C和S3)。圖3D顯示了EC簇中EndMT、Tagln、Acta2、Cnn1和Snai1的四個(gè)標(biāo)記物，分別**了s流(E2)、急性d流(E6)和慢性d流(E8)染色質(zhì)可及性的變化。與s-流(E2)和急性d-流(E6)相比，慢性d-流在E8的啟動(dòng)子區(qū)域(箭頭)增加了這些基因的可及性。從scRNA-seq數(shù)據(jù)的小提琴圖中可以看出，E8中相應(yīng)基因的表達(dá)量增加，進(jìn)一步證實(shí)了這一結(jié)果(圖3E)。英拜是您身邊的科研小助手。
數(shù)據(jù)庫概況
目前，MarkerDB數(shù)據(jù)庫包含142個(gè)蛋白質(zhì)生物標(biāo)記，1089個(gè)化學(xué)生物標(biāo)記，154個(gè)核型生物標(biāo)記和26374個(gè)遺傳標(biāo)記。這些分類為25560個(gè)診斷生物標(biāo)志物，102個(gè)預(yù)后生物標(biāo)志物，265個(gè)暴露生物標(biāo)志物和6746個(gè)預(yù)測生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物組。這些標(biāo)記可共同用于檢測，監(jiān)視或預(yù)測670種特定人類疾病，這些疾病分為27大疾病類別。
MarkerDB中五個(gè)主要分子標(biāo)記類別
化學(xué)生物標(biāo)志物
MarkerDB中的化學(xué)生物標(biāo)記物包括各種先天性代謝或遺傳疾病、**、代謝紊亂、傳染病、藥物暴露、化學(xué)/污染物暴露和飲食攝入的標(biāo)記物。MarkerDB中的1089個(gè)化學(xué)標(biāo)記與448種疾病以及106種暴露有關(guān)。目前，MarkerDB中的每個(gè)化學(xué)標(biāo)記都有一個(gè)或多個(gè)疾病關(guān)聯(lián)，以及MarkerDB ID、結(jié)構(gòu)、化合物描述、名稱/同義詞、理化數(shù)據(jù)、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍（成人/兒童/新生兒）、生物流體（標(biāo)記物通常用于測量）、ROC曲線、敏感性、特異性、***性（P值）、一個(gè)或多個(gè)文獻(xiàn)參考和其他在線數(shù)據(jù)庫（OMIM、GenBank、UniProt、HMDB、PubMed、PDB等）的外部超鏈接。 巨噬細(xì)胞表型協(xié)調(diào)急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復(fù)再生。運(yùn)動(dòng)皮質(zhì)科研
英拜生物是國內(nèi)承接各類高通量測序科研項(xiàng)目以及一站式的測序文章發(fā)表服務(wù)的公司之一。上海mTOR信號通路芯片科研
三、ICICLE-seq聯(lián)合測量可及性和表位
A.在標(biāo)準(zhǔn)的scATAC-seq協(xié)議下，細(xì)胞膜的去除切斷了細(xì)胞表面和細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測試我們在通透性細(xì)胞上同時(shí)測量細(xì)胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細(xì)胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時(shí)捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標(biāo)記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細(xì)胞和***碎片后的完整通透細(xì)胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細(xì)胞能夠同時(shí)捕獲細(xì)胞核染色質(zhì)可達(dá)性和高質(zhì)量的細(xì)胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細(xì)胞表面抗原識別細(xì)胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細(xì)胞類型特異性標(biāo)記與聚類的明確關(guān)聯(lián)識別細(xì)胞類型特異性聚類。 上海mTOR信號通路芯片科研
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2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)