人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達(dá)為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對PTC*組織和*旁組間，用于高通量測序，其結(jié)果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫，并從中去除線粒體tRNA。**終累計(jì)獲得1723個(gè)tRN**段，其中594個(gè)片段只存在于**組織，136個(gè)只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數(shù)量遠(yuǎn)超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）。火山圖可以看出5個(gè)在**組織中***上調(diào)的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tRF-Val-CAC，pre-tRNA-Ser-TGA(Fig.1D)。圖1E顯示tRN**段1260，1293，1297和1385明顯來源于**組織。tRN**段1293和1297都是5’-tiRNA-Gly-GCC剪切自tiRNA-Gly-GCC的不同部分的。tRN**段1260切割自tRNA-Glu-CTC，tRN**段1358切割自tRNA-Lys-CTT。英拜提供可靠的技術(shù)咨詢。過氧化物科研國家自然科學(xué)基金
成骨PCR基因芯片可用于研究與成骨細(xì)胞分化相關(guān)的84個(gè)基因的表達(dá)。該芯片包含與骨骼系統(tǒng)發(fā)育以及骨礦物質(zhì)代謝有關(guān)的基因,包括:生長因子,參與成骨細(xì)胞的生成、生長、增殖和分化過程的基因,參與骨骼發(fā)育的細(xì)胞外基質(zhì)分子和細(xì)胞粘附分子。利用實(shí)時(shí)定量PCR,研究者可以方便并且可信地分析與成骨細(xì)胞分化有關(guān)基因的表達(dá)。二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、small RNA測序、snoRNA測序、TRF測序、lncRNA測序、circRNA測序、單細(xì)胞測序、全轉(zhuǎn)錄組測序、DNA甲基化測序。鐵死亡損傷科研國家自然科學(xué)基金細(xì)菌可能是導(dǎo)致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。
另外，之前報(bào)道過hnRNPA1將miR-196a和miR-320加載到EVs中，本研究ELNAT1表現(xiàn)出的EVs-細(xì)胞比率與miR-196a和miR-320相當(dāng)（Figure6F）。hnRNPA1沉默***抑制了ELNAT1在BCa細(xì)胞分泌的EVs中的富集（Figure6G）。此外，缺失的ELNAT1（包含hnRNPA1結(jié)合位點(diǎn)的610-680nt）主要保留在BCa細(xì)胞中（Figure6H），證實(shí)了ELNAT1通過與hnRNPA1的相互作用被加載到EVs中。
驗(yàn)證SUMOylation是否有助于hnRNPA1介導(dǎo)的EVs包裹ELNAT1。在BCa細(xì)胞中，hnRNPA1中K113位點(diǎn)突變使BCa細(xì)胞分泌的EVs中ELNAT1表達(dá)降低，沉默UBC9降低了BCa細(xì)胞分泌的EVs中ELNAT1的富集（Figure6I,J）。與hnRNPA1WT沉默相比，hnRNPA1沉默后，轉(zhuǎn)染hnRNPA1K113R并不能恢復(fù)EVs介導(dǎo)的ELNAT1下調(diào)（Figure6K）。共聚焦顯微鏡顯示，在UBC9沉默或hnRNPA1K113R突變后，ELNAT1在CD36標(biāo)志的多囊泡（MVBs）中的積累明顯下降（Figure6L），表明ELNAT1進(jìn)入EVs受hnRNPA1的SUMO化調(diào)控。
8.EVs介導(dǎo)的ELNAT1上調(diào)HLECs中SOX18的表達(dá)
qRT-PCR分析UM-UC-3-EV1載體或UM-UC-3-EVELNAT1處理的HLECs中淋巴管生成相關(guān)基因的表達(dá)，結(jié)果顯示SRY-box轉(zhuǎn)錄因子18（SOX18）是**明顯的與EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)正相關(guān)的基因（Figure8A,B）。此外，ChIRP分析表明EVs介導(dǎo)的ELNAT1與HLECs中SOX18啟動(dòng)子的771~786bp（p4）直接相互作用（Figure8C,D）。SOX18-p4區(qū)域的突變降低了EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)的熒光素酶活性（Figure8E,F），表明SOX18-p4對于EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)HLECs中SOX18的上調(diào)至關(guān)重要。hnRNPA1和H3K4me3在SOX18啟動(dòng)子上的富集與EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)***相關(guān)（Figure8G,J）。EVs介導(dǎo)的ELNAT1過表達(dá)增強(qiáng)了HLECs的管形成和遷移能力，而干擾SOX18則HLECs的管形成和遷移能力受損（Figure8K,M），表明SOX18是EVs介導(dǎo)的ELNAT1驅(qū)動(dòng)體外BCa淋巴管生成所必需的。綜上所述，這些結(jié)果表明，EVs介導(dǎo)的ELNAT1通過轉(zhuǎn)錄上調(diào)HLECs中SOX18的表達(dá)來促進(jìn)BCa淋巴管生成。 英拜生物您隨身的科研小助手。
肝miRNA發(fā)現(xiàn)者miRNAPCR芯片用于研究肝組織豐富表達(dá)或特異性表達(dá)的84個(gè)miRNA。已注釋的miRNA的數(shù)量不斷擴(kuò)大,重點(diǎn)關(guān)注那些特異表達(dá)某種細(xì)胞系或組織的miRNA變得尤為重要,并非所有的miRNA在每一個(gè)組織中都表達(dá)。因此，我們通過實(shí)驗(yàn)在人類肝臟樣本池通過miRBaseV18分析已鑒定的miRNA的表達(dá),并將結(jié)果與相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行比較。每一種miRNA可以調(diào)節(jié)一個(gè)或多個(gè)信使RNA轉(zhuǎn)錄，反之一個(gè)給定的信使RNA可以由-個(gè)或多個(gè)miRNA調(diào)節(jié)。因此,盡管他們很有特點(diǎn)，每個(gè)miRNA的復(fù)雜作用尚未完全定義。這個(gè)芯片比較大化發(fā)現(xiàn)與肝組織或肝細(xì)胞系生物學(xué)表型相關(guān)的miRNA。每張芯片含一個(gè)對照組使得分析數(shù)據(jù)時(shí)可以用相對定量00CT方法評估逆轉(zhuǎn)錄效率，基因組DNA污染和PCR效率。利用這張芯片,通過實(shí)時(shí)定量PCR,可以簡易且可靠地肝中miRNA的表達(dá)。這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以消除尿酸引起的腸道通透性增強(qiáng)。深圳細(xì)胞因子芯片科研
大黃酸可以改變腸道菌群組成。過氧化物科研國家自然科學(xué)基金
為了檢測該多肽產(chǎn)物，我們使用了一種識(shí)別MAPK1中間部分的抗體(圖4d)。Western Blot檢測40對胃*組織(圖4e)和細(xì)胞系(圖4f)中MAPK1-109aa和MAPK1的水平。通過半定量分析，胃*組織中MAPK1-109aa水平較正常胃組織中降低。Kaplan-Meier生存分析顯示，MAPK1-109aa表達(dá)水平較高的胃*患者總生存期明顯長于MAPK1-109aa表達(dá)水平較低的胃*患者(圖4h)。一系列GC細(xì)胞系中MAPK1-109aa的含量也明顯低于正常胃粘膜細(xì)胞系GES-1。在內(nèi)源性circMAPK1水平較低且?guī)缀鯖]有MAPK1-109aa表達(dá)的MKN45細(xì)胞中，轉(zhuǎn)染circMAPK1和MAPK1-109aa質(zhì)粒均產(chǎn)生預(yù)測的MAPK1-109aa帶，而過表達(dá)circMAPK1 IRES突變質(zhì)粒則沒有產(chǎn)生預(yù)測的MAPK1-109aa帶(圖4i)。相反，在內(nèi)源性circMAPK1和MAPK1-109aa更高表達(dá)的GES-1細(xì)胞中，發(fā)現(xiàn)兩種特異性靶向circMAPK1連接的shRNA***降低了MAPK1-109aa的表達(dá)(圖4j)。使用anti-flag抗體進(jìn)行免疫熒光檢測，證實(shí)MAPK1-109aa-Flag位于過表達(dá)MAPK1-109aa-Flag質(zhì)粒的MKN45細(xì)胞的胞質(zhì)中，如圖4k所示。過氧化物科研國家自然科學(xué)基金
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
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