2）整合單核RNA和ATAC數(shù)據(jù)集，用于預測和驗證ATAC細胞類型分配
snATAC-seq捕獲單個細胞的染色質可及性特征。相對而言，我們對細胞類型特異性染色質可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數(shù)據(jù)集使用標簽轉移來預測使用Seurat的snATAC-seq細胞類型。標簽轉移是通過從snATAC-seq數(shù)據(jù)創(chuàng)建一個基因活性矩陣來進行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動子內(nèi)染色質可及性的方法。在參考snRNA-seq數(shù)據(jù)集和查詢基因活性矩陣之間識別轉移錨點，然后分配預測的細胞類型。snATAC-seq預測分數(shù)的分布表明，絕大多數(shù)細胞具有較高的預測分數(shù)，并被自信地劃分為單細胞類型(補充圖2)。 大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。核受體與輔助調(diào)節(jié)因子科研國家自然科學基金
4、miR-208b直接靶向和抑制CD4+T細胞中PDCD4的表達
為了進一步探究miR-208b的分子機制，探究了其下游靶基因機制，使用生信預測了其靶基因，**終挑選到PDCD4（圖5A）。熒光素酶進一步證實了miR-208b和PDCD4之間的結合（圖5C-D）。研究發(fā)現(xiàn)，T細胞中PDCD4的表達在SW480外泌體處理組***下降，而這個抑制作用在SW480-OXA組更加明顯，PCD表達在miR-208b缺失組則***升高（圖5E）。此外，加入miR-208bmimics后，PDCD4蛋白***降低，而抑制miR-208b后，PDCD4蛋白的表達相對增強,此外，PDCD4在mRNA水平的表達沒有明顯變化（圖5F）。然后，評估了miR-208b對CD4+T細胞擴增的影響。研究表明，轉染miR-208bmimics***增強了Treg的擴增，而抑制miR-208b水平則抑制了Treg的擴增（圖5G-H）。這些結果表明miR-208b直接靶向抑制PDCD4的表達，導致Treg分化。
5、確認PDCD4在調(diào)節(jié)Treg擴增中的作用
隨后探究了PDCD4在調(diào)節(jié)Treg擴增中的作用。如圖A-C所示，成功構建了PDCD4的過表達和干擾表達細胞系。與對照組相比，PDCD4過表達***降低了Treg細胞的擴增率，而干擾其表達則***提高了Treg細胞的擴增率。表明PDCD4是負調(diào)節(jié)Treg細胞擴增的關鍵基因。 肺纖維化PF小鼠模型科研國家自然科學基金上海英拜生物設有專業(yè)的武漢技術中心。
circRNA是一種新型的非編碼RNA，已被報道通過多種機制參與疾病的發(fā)生和發(fā)展。MAPK通路是一種常見的信號轉導通路，參與細胞增殖、炎癥和凋亡，在**中起著特別重要的作用。然而，與MAPK通路相關的circRNA在胃*中的作用尚未被探索。因此，小編為大家?guī)硪黄?021年4月發(fā)表于影響因子為15.302的雜志Molecular Cancer上的文章“A novel protein encoded by circMAPK1 inhibits progression of gastric cancer by suppressing activation of MAPK signaling”。在本研究中，我們發(fā)現(xiàn)circMAPK1在胃*組織中較鄰近正常組織表達下調(diào)。重要的是，較低的circMAPK1表達預示著GC患者較差的生存。CircMAPK1在體內(nèi)外均能抑制胃*細胞的增殖和侵襲。接下來，我們發(fā)現(xiàn)circMAPK1編碼了一個長度為109個氨基酸的新蛋白。通過一系列功能實驗，我們證實了circMAPK1通過編碼的蛋白MAPK1-109aa發(fā)揮了抑制**的作用。在機制上，**抑制因子MAPK1-109aa通過競爭性結合MEK1來抑制MAPK1的磷酸化，從而抑制MAPK1及其下游因子在MAPK通路中的***。
了解流量調(diào)節(jié)內(nèi)皮基因的表達在轉錄和體內(nèi)外遺傳性染色質易訪問性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標部分頸動脈結扎(PCL)模型或豬動脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內(nèi)，d-flow快速誘導，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發(fā)展。PCL模型包括結扎左側頸總動脈(LCA)的4個遠端分支中的3個以誘導d-血流，同時使用繼續(xù)暴露于s-血流的對側右側頸總動脈(RCA)作為內(nèi)部控制。我們進一步開發(fā)了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內(nèi)皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測序(RNA-seq)分析這些聚合的整體RNA，以識別mRNA轉錄組和受ECs流量調(diào)節(jié)的microRNAs。這些研究導致了大量的流動敏感基因和microrna的發(fā)現(xiàn)，這些基因和microrna在內(nèi)皮生物學和***中的作用已經(jīng)被詳細描述和研究。我們還能夠從lca和rca中獲得大量DNA樣本，并通過減少代表性亞硫酸氫鹽測序(RRBS)方法進行分析。本研究表明，d-flow和s-flow差異調(diào)控ECs的表觀基因組DNA甲基化譜，鑒定了許多受流量調(diào)控的基因位點。專注于生命科學內(nèi)的前沿研究。
與對照組相比，乳腺*來源的外泌體miR-138-5p降低了M1相關表型，相反，M2標志物增加并伴隨著CD163陽性細胞數(shù)的增加（圖6G-I）。用從乳腺*細胞中分離出來的外泌體處理THP-1細胞導致了M2極化，抑制miR-138-5p的表達可挽救這種極化（圖4J-L）。總之，這些結果表明外泌體miR-138-5p通過抑制KDM6B表達調(diào)節(jié)巨噬細胞極化。
5、KDM6B去甲基化酶活性增加了M1相關基因的表達
抑制KDM6B的組蛋白去甲基化酶活性可抑制其靶基因的轉錄。因此，使用雙熒光素酶實驗來分析M1靶基因的啟動子活性。KDM6B的過表達特異性地刺激了促炎因子IL-6、IL-1β和TNF-α編碼基因的啟動子活性（圖5A）。相反，沉默KDM6B活性則導致他們的啟動子活性抑制，而過表達KDM6B降低了H3K27me3的水平（圖5B）。ChIP檢測顯示，與對照相比，THP-1細胞中KDM6B的過表達或敲除***增加或減少了KDM6B啟動子在不同區(qū)域的占用(圖5C-D)。與此結果一致，啟動子區(qū)域H3K27me3的募**降低或增加當KDM6B過表達或沉默時（圖5E-F）。總之，下調(diào)KDM6B可提高H3K27me3水平和促炎因子編碼基因的轉錄活性，導致抑制M1極化。 為了闡明胰腺*中m6A水平升高的分子機制。拷貝數(shù)科研國家自然科學基金
乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關鍵作用。核受體與輔助調(diào)節(jié)因子科研國家自然科學基金
基序分析發(fā)現(xiàn)E2F TF基序在乙酰化降低相關區(qū)域***富集，在T細胞記憶驅動因子相關基序乙酰化增加，包括含叉頭框因子(Fig. 2F)。為了確定這些變化是否伴隨著對不同細胞狀態(tài)的長期表觀遺傳影響，在CDK4/6抑制后對體外活化的T細胞進行了ATAC-seq，觀察到染色質開放性的整體降低，T細胞記憶相關基因區(qū)域的開放性增加，包括Tcf7、Ccr7和Sell (Fig. 2G)。為了解開CDK4/6抑制后記憶和效應特征的明顯二分法，在暴露于CDK4/6i 24h后，對體外活化T細胞進行了單細胞RNA-seq。該分析顯示存在CDK4/6i處理后改變的不同T細胞亞群，簇2、4、5和8增加，簇0減少，以及整體G1細胞周期停滯(Fig. 2H-I)。接下來對記憶和效應基因標記，并使用AUCell比較富集評分，確定細胞池中不同的記憶樣和效應樣簇(Fig. 2J)。有趣的是，CDK4/6i處理后增加的細胞簇2和5是記憶樣細胞，8是效應樣細胞，證明CDK4/6i抑制促進異質T細胞池中表型不同的亞群細胞的記憶分化，增***應功能。核受體與輔助調(diào)節(jié)因子科研國家自然科學基金
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗