遼寧科研國家自然科學(xué)基金

YTHDC2調(diào)節(jié)SLC7A11 mRNA的穩(wěn)定性(圖5A-D)，而控制RNA衰減是m6A甲基化的重要功能之一。作者先驗(yàn)證METTL3刺激m6A的能力(圖5E、F)。在H1975細(xì)胞中敲降METTL3延長了SLC7A11 mRNA的半衰期，而在H1299細(xì)胞中過表達(dá)METTL3則加速了SLC7A11 mRNA的降解(圖5G)。此外，H1299細(xì)胞中降低METTL3表達(dá)阻斷了YTHDC2，從而減緩SLC7A11 mRNA的衰減，刺激胱氨酸攝取并減弱脂質(zhì)活性氧(ROS)的生成(圖5H-J)，這表明YTHDC2在LUAD細(xì)胞中的作用是依賴m6A。

6.YTHDC2傾向于相互作用并使m6A甲基化的SLC7A11mRNA不穩(wěn)定

為了揭示SLC7A11mRNA中潛在的m6A甲基化位點(diǎn)，在H1975細(xì)胞中METTL3敲除前后分別進(jìn)行了MeRIP-seq研究。在H1975細(xì)胞中，無論是否敲除METTL3,GGACmotif都高度富集于m6A位點(diǎn)(圖6A)。m6A峰在mRNA停止密碼子附近的3’非翻譯區(qū)(3’UTR)尤為豐富(圖6B)。為了進(jìn)一步證實(shí)SLC7A11mRNA的m6A依賴性修飾，我們進(jìn)行MeRIP-qPCR。在H1975細(xì)胞中，敲除METTL3后，SLC7A11mRNA中的m6A修飾明顯減少，特別是在假定的m6A位點(diǎn)周圍。相反，當(dāng)METTL3在H1299細(xì)胞中過表達(dá)時(shí)，觀察到相反的結(jié)果(圖6C)。 英拜跟客戶形成產(chǎn)學(xué)研合作模式。遼寧科研國家自然科學(xué)基金

三、ICICLE-seq聯(lián)合測量可及性和表位

A.在標(biāo)準(zhǔn)的scATAC-seq協(xié)議下，細(xì)胞膜的去除切斷了細(xì)胞表面和細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測試我們?cè)谕ㄍ感约?xì)胞上同時(shí)測量細(xì)胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細(xì)胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時(shí)捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.

B.UMAP投影和ATAC標(biāo)記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細(xì)胞和***碎片后的完整通透細(xì)胞上的分辨率相似.

C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細(xì)胞能夠同時(shí)捕獲細(xì)胞核染色質(zhì)可達(dá)性和高質(zhì)量的細(xì)胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細(xì)胞表面抗原識(shí)別細(xì)胞類型.

D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細(xì)胞類型特異性標(biāo)記與聚類的明確關(guān)聯(lián)識(shí)別細(xì)胞類型特異性聚類。 青海科研省自然科學(xué)基金血清或尿液中尿酸濃度的升高與痛風(fēng)腎臟和血管疾病密切相關(guān)。

由于MLL1在HoxBlinc過表達(dá)介導(dǎo)的異常造血過程中至關(guān)重要，HSPC中HoxBlinc過表達(dá)可能通過增加MLL1募集來***其靶基因，從而提高H3K4me3占用率，以促進(jìn)增強(qiáng)子/啟動(dòng)子染色質(zhì)的可及性。為了證實(shí)這一點(diǎn)，使用WT和HoxBlincTg LSK細(xì)胞進(jìn)行了MLL1和H3K4me3 ChIP-seq。ChIP-seq和CHIRP-seq聯(lián)合分析顯示HoxBlinc和MLL1的基因組結(jié)合位點(diǎn)存在高度重疊（圖6e-g）。令人驚訝的是，51.2%的基因HoxBlinc結(jié)合增加顯示MLL1招募增加，其中大部分(31.7%)也顯示H3K4me3占用增加，包括NPM1c+-標(biāo)記基因，如前HoxB、后HoxA、Meis1和Runx1，以及其他造血基因，如Stat1和Cdr2（圖6e-g）。這些數(shù)據(jù)表明，HoxBlinc過表達(dá)通過增加MLL1的募集和隨后H3K4me3占用的增強(qiáng)來介導(dǎo)靶基因的表達(dá)。

總之，本文發(fā)現(xiàn)HOXBLINC過表達(dá)是驅(qū)動(dòng)白血病發(fā)生的關(guān)鍵事件，通過控制MLL1招募、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域和啟動(dòng)子的順式和反式表達(dá)，建立異常NPM1c+標(biāo)記基因表達(dá)程序。因此，本研究不僅為HSC和NPM1突變的AML的生物學(xué)提供了分子視角，而且還為NPM1c+ AML的藥物靶點(diǎn)識(shí)別創(chuàng)造了獨(dú)特的機(jī)會(huì)。

miR-144在鼻咽*組織和細(xì)胞中上調(diào)

先前的文獻(xiàn)強(qiáng)調(diào)了miR-144在NPC發(fā)展過程中的促*作用。我們首先確定miR-144在NPC中的表達(dá)模式。采用qRT-PCR方法分析95例鼻咽*活檢標(biāo)本和95例慢性鼻咽炎鼻咽活檢標(biāo)本中miR-144的表達(dá)。結(jié)果表明，miR-144在鼻咽*組織中的表達(dá)水平高于在非*性鼻咽組織中的表達(dá)水平(圖1A)，并通過原位雜交(ISH)進(jìn)一步驗(yàn)證(圖1B)。如圖1C所示，相對(duì)于非*性鼻咽組織，鼻咽*組織中CD31的免疫組化染色增強(qiáng)。在鼻咽*組織中，CD31的表達(dá)與miR-144的表達(dá)呈正相關(guān)(圖1D)。隨后，我們通過qRT-PCR比較了人鼻咽*細(xì)胞系(C666-1和SUNE1)和鼻咽上皮細(xì)胞系NP69之間miR-144的表達(dá)水平。與預(yù)期的一樣，C666-1和SUNE1細(xì)胞表現(xiàn)出相對(duì)于NP69更高水平的miR-144表達(dá)(圖1E)。以上結(jié)果提示，miR144在鼻咽*組織和細(xì)胞中呈高表達(dá)，與CD31表達(dá)呈正相關(guān)，表明miR144與**血管生成具有潛在的相關(guān)性。 英拜注重客戶的隱私。

1、在響應(yīng)CDK4/6抑制中瘤內(nèi)記憶類CD8+T細(xì)胞的表現(xiàn)

為了***評(píng)價(jià)CDK4/6抑制對(duì)抗**T細(xì)胞免疫的影響，使用多模式單細(xì)胞測序(CITE-seq)分析了CDK4/6抑制劑palbociclib或?qū)φ仗幚淼腗C38-OVA**小鼠的瘤內(nèi)T細(xì)胞群體(Fig.1A)。維度分析顯示MC38-OVA**中有10個(gè)不同的T細(xì)胞群(Fig.1B)。用CDK4/6i處理的**有較低頻率的CD4+調(diào)節(jié)性T細(xì)胞(Foxp3+Tregs)，而CD8+記憶類T細(xì)胞頻率更高，以Tcf7、Sell、Bcl2和Cd7高表達(dá)為特征(Fig.1B-D)。CD8+T細(xì)胞池的基因動(dòng)態(tài)表達(dá)揭示來源于CDK4/6i處理的小鼠的CD8+**免疫浸潤（TILs）向更早、更像干細(xì)胞的分化狀態(tài)傾斜(Fig.1E-F)。與此一致，較早出現(xiàn)假時(shí)間軌跡的細(xì)胞表達(dá)更高水平的記憶相關(guān)基因(Tcf7,Sell,Il7r)，和更低水平的效應(yīng)相關(guān)基因(Prf1,Gzmb)和耗損標(biāo)志物(PD-1,TIM3)(Fig.1G)。 英拜提供分子生物學(xué)以及免疫病理相關(guān)實(shí)驗(yàn)。蛋白組學(xué)科研動(dòng)物模型構(gòu)建

英拜的員工福利待遇很好。遼寧科研國家自然科學(xué)基金

6、白樺素降低***的發(fā)展

用LDLR敲除小鼠探索了白樺素對(duì)***病變形成的作用。LDLR缺陷小鼠用WD飲食并分別添加了成分，對(duì)照（鹽），洛伐他汀（30mg/kg/day）或白樺素（30mg/kg/day）處理14周。不同組的小鼠顯示出相似的食物攝入量和體重（圖7A-7B）。在經(jīng)白樺素處理的小鼠肝臟中，SREBP-1c和SREBP-2降低，脂質(zhì)合成基因（包括HMGCS，HMGCR和FAS）下調(diào)（圖7C）。但是，洛伐他汀可上調(diào)HMGCR和FAS基因的表達(dá)（圖7C）。白樺素極顯著降低了血液中的TC，TG和LDL-c的含量，并增加了HDL-c。洛伐他汀具有類似的作用，只是它不降低TG（圖7D–7G）。與對(duì)照處理的小鼠相比，洛伐他汀或白樺素處理的小鼠的主動(dòng)脈斑塊的數(shù)量和大小顯著降低（圖7H和7I）。特別是，主動(dòng)脈弓（圖7J）和胸主動(dòng)脈（圖7K）的病變區(qū)域明顯較小。以上數(shù)據(jù)表明，白樺素降低了WD喂養(yǎng)的LDLR敲除小鼠***病變的形成，并穩(wěn)定了主動(dòng)脈根部粥樣硬化斑塊。

總之，本文確定了SREBP的一種特定的小分子抑制劑，即betulin白樺素，可以降低脂質(zhì)水平，增強(qiáng)胰島素敏感性并減少***斑塊的形成。 這些數(shù)據(jù)支持以下觀點(diǎn)：抑制SREBP途徑可能是***II型糖尿病和***的有用策略。 Betulin可以作為藥物控制代謝性疾病的主要化合物。 遼寧科研國家自然科學(xué)基金

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5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片

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7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)