我們已經(jīng)進(jìn)行了snATAC-seq和snRNA-seq來研究染色質(zhì)可及性如何改善我們對成熟人類腎臟中細(xì)胞狀態(tài)和功能的理解。我們生成了一個(gè)包含轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組數(shù)據(jù)的交互式多模態(tài)圖譜。結(jié)合snRNA-seq和snATAC-seq分析提高了檢測近端小管和厚升肢內(nèi)獨(dú)特細(xì)胞狀態(tài)的能力，并重新定義了可能有助于腎臟再生和細(xì)胞特異性離子通透性的細(xì)胞異質(zhì)性。
一、人類成年腎臟的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析
1）成人腎臟中的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析
snRNA-seq基于譜系特異性標(biāo)記的表達(dá)(圖1c，補(bǔ)充圖1b)，鑒定了腎皮質(zhì)內(nèi)所有主要細(xì)胞類型(圖1b，補(bǔ)充圖1a)。檢測了近端小管(PT)、壁上皮細(xì)胞(PEC)、粗升肢(TAL)、遠(yuǎn)端小管(DCT1、DCT2)、連接小管(CNT)、**管(PC、ICA、ICB)、內(nèi)皮細(xì)胞(ENDO)、腎小球細(xì)胞類型(MES、PODO)、成纖維細(xì)胞(FIB)和少量白細(xì)胞(LEUK)(補(bǔ)充表2、補(bǔ)充數(shù)據(jù)1)。值得注意的是，近端小管亞群中VCAM1表達(dá)增加(PT_VCAM1)。該亞群還表達(dá)了HAVCR1，這是一種急性損傷后近端小管上調(diào)的基因，是長期腎臟預(yù)后的預(yù)測因子。 神經(jīng)元中FTH的敲除抵消了褪黑素對創(chuàng)傷性腦損傷鐵死亡的保護(hù)作用。骨質(zhì)疏松癥科研服務(wù)兩年
6.翻譯產(chǎn)物的序列組成
所有天然蛋白質(zhì)的氨基酸（aa）序列*占據(jù)可能序列空間的一小部分，主要是因?yàn)橹挥幸恍〔糠中蛄锌梢孕纬煞€(wěn)定的蛋白質(zhì)。因此，具有“非天然”序列的蛋白質(zhì)傾向于快速降解，并且與所有天然蛋白質(zhì)的序列相似性可以作為強(qiáng)有力的預(yù)測指標(biāo)，以鑒定隨機(jī)氨基酸序列中的真實(shí)蛋白質(zhì)。使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法來預(yù)測天然蛋白給定序列的可能性，并應(yīng)用該預(yù)測來對circRNA編碼的給定ORF可以用作功能蛋白模板的可能性進(jìn)行評分。
7.質(zhì)譜/蛋白質(zhì)組學(xué)證據(jù)
質(zhì)譜法是準(zhǔn)確鑒定和表征蛋白質(zhì)的重要方法。已經(jīng)進(jìn)行了數(shù)個(gè)大規(guī)模質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)來研究人類蛋白質(zhì)組，但是即使考慮蛋白質(zhì)的翻譯后修飾，也只能可靠地將約50％的MS指紋圖譜與人類mRNA編碼的已知肽匹配成功。這表明，非典型mRNA編碼了很大一部分“隱藏蛋白質(zhì)組”，其中也包括了可能來自circRNA的編碼產(chǎn)物。作者通過設(shè)計(jì)新的分析流程，從蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)中挖掘分析了可能由circRNA編碼的多肽，并展示了所有原始質(zhì)譜圖，這些質(zhì)譜圖可支持circRNA編碼的跨接口位點(diǎn)的肽段。circRNA特異性O(shè)RF 北京糖尿病科研英拜的員工福利待遇很好。
此外，流式細(xì)胞儀分析證實(shí)，第 7 天胰腺中CD11b + F4/80 + CD206 +巨噬細(xì)胞顯著減少，這與免疫熒光數(shù)據(jù)一致。在總 CD11b +單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞中，成熟巨噬細(xì)胞 (F4/80 + MHCII hi ) 減少，而未成熟巨噬細(xì)胞 (F4/80 mid MHCII - ) 在第 7 天增加，此時(shí)胰腺巨噬細(xì)胞在 ADM 階段（第 3 天）短暫消耗。F4/80 mid MHCII -巨噬細(xì)胞表達(dá)更高水平的 CCR2 和 TNFα，表明它們與炎癥單核細(xì)胞（CD11b + Ly6C hi CCR2 +）分化并可能導(dǎo)致組織損傷。上述結(jié)果表明，ADM期胰腺巨噬細(xì)胞的耗竭（以M2樣表型為主），將觸發(fā)炎性單核細(xì)胞再次流入胰腺，從而在第7天造成組織損傷。
為了確定s-flow和d-flow在體內(nèi)單細(xì)胞分辨率下對ECs基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)和染色質(zhì)可及性譜的全基因組影響，我們使用小鼠PCL模型進(jìn)行了scRNA-seq和scATAC-seq。將C57BL/6小鼠部分結(jié)扎，以暴露于血流的對側(cè)RCA作為對照，在LCA中誘導(dǎo)d-血流。部分結(jié)扎后2天(2D)和2周(2W)， rca (2D- r和2W- r)和lca (2D- l和2W- l)用膠原酶酶解獲得單個(gè)細(xì)胞和單個(gè)核，分別用于scRNA-seq和scATAC-seq。
在標(biāo)準(zhǔn)化之后，一個(gè)基于無監(jiān)督圖的聚類將細(xì)胞劃分成組，通過統(tǒng)前列形近似和投影(UMAP)圖可視化(圖1A)。我們的UMAP分析確定了16個(gè)獨(dú)特的細(xì)胞簇以流和時(shí)間依賴的方式分布(圖1A和1B)。每個(gè)細(xì)胞簇都是用確定的標(biāo)記基因進(jìn)行鑒定(1C).發(fā)現(xiàn)8個(gè)EC簇(E1E8)、血管平滑肌細(xì)胞(SMCs)、成纖維細(xì)胞(Fibro)、4個(gè)單核/巨噬細(xì)胞(macrophages14)、樹突狀細(xì)胞(DCs)和T細(xì)胞。通過Pecam1、Icam2、Cdh5和Tie1的表達(dá)來鑒定EC簇。smc特異性標(biāo)記為Cnn1、Myl9和Speg。同樣，Medag、Dpep1和Lum作為纖維的標(biāo)記物;巨噬細(xì)胞C1qa,C1qb,C1qc,C5ar1;DCs的Ccr7和Mmp25;T細(xì)胞的Itk(圖1C)。
專注于生命科學(xué)內(nèi)的前沿研究。
3）USP35過表達(dá)阻斷erastin/RSL3介導(dǎo)的**抑制作用
細(xì)胞也用慢病毒載體***以在體外過表達(dá)USP35，并通過PCR驗(yàn)證其效率(圖3A)。然而，在基礎(chǔ)條件下，USP35過表達(dá)不影響H460和H1299細(xì)胞的細(xì)胞死亡和集落形成(圖3B，C)。裸鼠的**體積和重量也不受USP35過表達(dá)的影響(圖3D，E)。我們進(jìn)一步研究了USP35操作是否對鐵刺激引起的細(xì)胞死亡有影響。不出所料，erastin或RSL3處理***降低了H460和H1299細(xì)胞的細(xì)胞活力或集落形成，而這是通過USP35過表達(dá)來阻止的(圖3F，G)。相應(yīng)地，接種CTRL肺*細(xì)胞的裸鼠在erastin或RSL3***后**體積和重量減少；然而，這些**抑制作用被USP35過表達(dá)阻斷(圖3H，I)。總的來說，USP35過表達(dá)阻斷了erastin/RSL33介導(dǎo)的**抑制作用。 N6甲基腺苷（m6A）是一種常見的真核細(xì)胞mRNA修飾。湖北線粒體科研
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1）DRD2通過啟動子甲基化在轉(zhuǎn)錄上下調(diào)
為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進(jìn)行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達(dá)明顯下調(diào)(圖1A)。免疫組化染色發(fā)現(xiàn)，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調(diào)，并且在BrCa中DRD2啟動子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據(jù)Kmplot，DRD2的高表達(dá)促進(jìn)了BrCa患者的更長的生存期，這也在HER2陽性基因型患者中可見。但這一優(yōu)勢在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據(jù)RT-PCR和MSP結(jié)果，幾乎所有的BrCa細(xì)胞系與永凍的正常乳腺細(xì)胞系相比，都可以看到DRD2mRNA表達(dá)下調(diào)或缺失以及啟動子甲基化(圖1E)。因此，DRD2的高甲基化頻率可能有助于其下調(diào)BrCa。Aza藥物去甲基化恢復(fù)了兩種沉默的BrCa細(xì)胞系MDA-MB231和BT549中DRD2的表達(dá)(圖1F)。 骨質(zhì)疏松癥科研服務(wù)兩年
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)