六、改進分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs
研究者基于細胞表面標記設(shè)計了一種針對HSCs / MPP的新的熒光***細胞分選策略（簡稱CD-REF），使用CD-REF分選板對股骨BM細胞進行分選，結(jié)果顯示標記為HSCs / MPP和HSCs / MPPs-Cycle簇的CD-REF細胞約占88％。為了評估CD-REF細胞譜系輸出的分化潛力和穩(wěn)健性，研究人員在小鼠MS5飼養(yǎng)層或更具生理相關(guān)性的人類胎兒間充質(zhì)干細胞（fMSCs）上對三個胎兒的單個細胞進行了分選，結(jié)果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來，又對單個CD-REF和免疫表型HSCs進行了分類，結(jié)果顯示CD-REF在胎兒肝臟和骨髓中富集了多譜系輸出的細胞群，且CD-REF細胞具有與表型HSCs相當?shù)亩酀撃苄院妥V系輸出能力，這與前述分化軌跡探究一致，再次驗證CD-REF**了高富集的HSC/MPPs群體。 zVAD預(yù)處理也略微增加了IR后PTEN-398A細胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。circRNA課題基礎(chǔ)實驗外包
為了進一步探討m6A修飾在FZD7 mRNA中的作用，我們構(gòu)建了三種FZD7突變體，其中一種突變體為***個m6A峰(FZD7- peak1 Mut)，另一種突變體為第二個m6A峰(FZD7- Peak2 Mut)，以及雙突變體(FZD7- peak1 &2 Mut;圖5)。與野生型相比FZD7 (FZD7-WT)突變在第二m6A峰和雙m6A峰值突變(FZD7-Peak2傻瓜和FZD7-Peak1&2Mut)野生型YTHDF1沒有反應(yīng)過度(7和8)圖5 h,面板,建議第二m6A峰FZD7 YTHDF1的主要網(wǎng)站的監(jiān)管。同樣，m6a結(jié)合能力的喪失完全消除了YTHDF1促進FZD7 mRNA翻譯的作用(圖5H，圖9 12)。這些結(jié)果表明YTHDF1介導(dǎo)的FZD7的翻譯控制依賴于m6A修飾。醫(yī)學(xué)科研課題CROTIMEOR用于推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。
VD-VDR可緩解糖尿病小鼠腎臟異常自噬體積聚
我們利用透射電子顯微鏡(TEM)檢查糖尿病小鼠腎臟的變化。與WT小鼠相比，WT+STZ小鼠腎小管上皮細胞中發(fā)現(xiàn)更多的自噬空泡，糖尿病VDR-KO小鼠中發(fā)現(xiàn)**多的自噬空泡。為了進一步證實這些發(fā)現(xiàn)，我們檢測了自噬的關(guān)鍵標記LC3的表達。如圖3B和3E所示，STZ處理后小鼠LC3-II增加，KO+STZ組這種作用更明顯，pari處理恢復(fù)了STZ誘導(dǎo)的LC3變化。為了進一步驗證，我們對自噬體進行了免疫熒光染色。STZ小鼠LC3斑點增多，KO+STZ小鼠LC3斑點增多更為明顯，pari處理小鼠LC3斑點減少。為了探究自噬空泡和LC3數(shù)量的增加是否表明自噬***或自噬降解受損，我們檢測了自噬底物SQSTM1。STZ誘導(dǎo)的糖尿病小鼠的SQSTM1表達高于WT小鼠，表明STZ誘導(dǎo)的小鼠存在自噬缺陷。Pari部分恢復(fù)了缺陷自噬，因為它降低了STZ誘導(dǎo)的糖尿病小鼠中SQSTM1的表達。此外，STZ處理后VDR-KO小鼠的自噬缺陷水平高于對照小鼠，而OE+STZ小鼠未見SQSTM1聚集。我們的數(shù)據(jù)表明，STZ誘導(dǎo)的糖尿病腎臟的自噬是有缺陷的，可以通過VD-VDR部分恢復(fù)。
三、ICICLE-seq聯(lián)合測量可及性和表位
A.在標準的scATAC-seq協(xié)議下，細胞膜的去除切斷了細胞表面和細胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測試我們在通透性細胞上同時測量細胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細胞和***碎片后的完整通透細胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細胞能夠同時捕獲細胞核染色質(zhì)可達性和高質(zhì)量的細胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細胞表面抗原識別細胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細胞類型特異性標記與聚類的明確關(guān)聯(lián)識別細胞類型特異性聚類。 高表達的外泌體CD44v6和C1QBP是預(yù)測PDAC患者預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移的很有前途的生物標志物。
腸道菌群與結(jié)直腸*(CRC)之間的關(guān)聯(lián)已被***研究。然而，用于多個人群的早期診斷標記仍然難以捉摸。本研究對1056例糞便樣本進行了綜合分析，以確定與CRC相關(guān)的微生物作為早期檢測CRC的標志物。
對來自4項研究的16srRNA測序進行分析，評估隨著CRC進展（無疾病-腺瘤-結(jié)直腸*）腸道微生物的變化，并鑒定出針對腺瘤的為微生物標志物。
2.構(gòu)建腺瘤微生物模型
除了使用差異ASV作為關(guān)鍵指標，模型構(gòu)建中還包括α多樣性指數(shù)（Shannon指數(shù)，Simpson指數(shù)和ObservedASV）以及三個患者臨床指標（年齡，性別和體重指數(shù)（BMI））。**終構(gòu)建了包括八個差異性ASV（作為生物標記物）以及年齡，性別和BMI為**的模型，可區(qū)分對照對象與腺瘤患者（準確度：0.73，敏感性：0.82，特異性：0.62，精度：0.73，F(xiàn)1得分：0.77）。其中，用ASV區(qū)分腺瘤和**的RF模型達到了0.89的AUC（精度：0.80，靈敏度：0.66，特異性：0.90，精度：0.83和F1得分：0.72）。 外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標志物。模型建造課題協(xié)同創(chuàng)作
完善的實驗平臺提供可視化的建模服務(wù)。circRNA課題基礎(chǔ)實驗外包
10）M1-Exos在bEnd.3細胞中通過miR-155/SOCS6/p65軸上調(diào)ROS水平，損害線粒體功能
我們進行了一系列功能喪失和功能獲得實驗來研究miR-155/SOCS6/p65軸在調(diào)節(jié)線粒體功能中的作用。如圖10A-E所示，SOCS6過表達消除了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos誘導(dǎo)的ROS水平(圖10A和B)、線粒體超氧化物含量(圖10C和D)和線粒體電位(圖10E)的升高。此外，SOCS6過表達***緩解了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos處理后的線粒體腫脹，并降低了線粒體碎片細胞的比例(圖10F和G)。進一步的結(jié)果表明，SOCS6過表達可挽救miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos處理導(dǎo)致的OCR、基礎(chǔ)呼吸、ATP產(chǎn)生、呼吸能力和呼吸逆轉(zhuǎn)的下降(圖10H和I)。miR-NCKD-Exos或miR-155KD-Exos處理后沉默SOCS6則出現(xiàn)相反的結(jié)果(圖10J-R)。
結(jié)論：在本研究中，我們發(fā)現(xiàn)SCI后浸潤的巨噬細胞可通過傳遞外泌體miR-155促進EndoMT，損害線粒體功能，從而加重BSCB完整性，隨后通過抑制SOCS6誘導(dǎo)的p65降解，***NF-κB通路。我們的工作可能會加強對巨噬細胞和血管內(nèi)皮細胞之間相互干擾的理解，并揭示脊髓損傷后BSCB完整性的潛在調(diào)節(jié)機制。 circRNA課題基礎(chǔ)實驗外包
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標書申請：提供標書課題設(shè)計、撰寫，標書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標書均符合科研前沿?zé)狳c，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗