再生胰腺中胰腺巨噬細(xì)胞的動態(tài)轉(zhuǎn)錄組譜
為了進(jìn)一步了解 AP 恢復(fù)過程中巨噬細(xì)胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細(xì)胞用于 RNA-seq 分析。顯著性差異表達(dá)基因繪制熱圖。為了評估這些基因簇的功能，使用網(wǎng)絡(luò)工具 DAVID Gene Ontology (GO) 進(jìn)行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1 特征簇）高度表達(dá)的基因特別富集炎癥反應(yīng)和 CCR2 依賴性趨化性。簇 25 和 27 包含在 ADM 階段（第 3 天）高表達(dá)的基因，具有不同的表達(dá)模式和功能，表明該階段的巨噬細(xì)胞異質(zhì)性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號通路相關(guān)的基因在簇27中富集，而與細(xì)胞周期相關(guān)的基因在簇25中富集。 腸道緊密連接已被證明與腸道屏障完整性有關(guān)。標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
同時，白樺素并沒有促進(jìn)HMGCR的降解(圖1B)。同樣，白樺素以Insig依賴的方式完全阻止了轉(zhuǎn)染SREBP-2的裂解(圖1C)。因此，白樺素特異性地抑制了SREBP的加工，但并不***LXR或加速HMGCR的降解。此外，在共免疫沉淀實驗中，白樺素刺激了SCAP和Insig-1之間的相互作用(圖1D, lanes 4和lanes 5)，這暗示白樺素的作用機(jī)制。
為了進(jìn)一步測試白樺素是否通過與SCAP結(jié)合發(fā)揮作用，合成了一種白樺素衍生探針，命名為化合物1(圖2A)。化合物1包含一個光敏反應(yīng)基和一個疊氮乙酰基，可以通過點擊化學(xué)與生物素炔烴連接。與白樺素類似，化合物1可以抑制SREBP-2的加工(圖2B)。化合物1與膽固醇敲除的CHO細(xì)胞的膜組分孵育，然后暴露在紫外線下***交聯(lián)。紫外線照射后，用click化學(xué)方法粘貼生物素標(biāo)簽。然后將膜球均質(zhì)化，與親和素結(jié)合的瓊脂糖孵育，以拉下白樺素結(jié)合蛋白。如圖2C所示，在化合物1和3 mM處，SCAP被沉淀，高濃度的白樺素可以取代其結(jié)合，說明白樺素與SCAP發(fā)生物理作用。作為陰性對照，用化合物1幾乎不沉淀轉(zhuǎn)鐵蛋白受體，白樺素競爭沒有影響(圖2C)。總之，這些結(jié)果表明SCAP可能與白樺素結(jié)合，并且是其靶標(biāo)。 武漢甘油三酯標(biāo)書Tempol減輕PCOS大鼠腸道微生物失調(diào).
細(xì)胞內(nèi)Ca2+持續(xù)增加是ferroptosis的標(biāo)志
胞漿Ca2+增加、細(xì)胞腫脹以及質(zhì)膜破裂被認(rèn)為是壞死和焦亡的標(biāo)志。為了評估這些細(xì)胞改變是否也發(fā)生在ferroptosis期間，作者通過活細(xì)胞共聚焦成像(圖1A-B)和流式細(xì)胞術(shù)(圖1C-H)檢測了用Erastin-1或RSL3處理的小鼠成纖維細(xì)胞(NIH-3T3)的胞漿Ca2+水平，同時檢測了細(xì)胞形態(tài)和質(zhì)膜破裂的變化。作者使用fluo-4am作為Ca2+指示劑的熒光形式，以可視化細(xì)胞內(nèi)Ca2+水平，并使用熒光DNA插入劑PI作為不可逆質(zhì)膜破壞和細(xì)胞死亡的標(biāo)記。結(jié)果發(fā)現(xiàn)在使用Erastin-1或RSL3處理后，NIH-3T3細(xì)胞胞質(zhì)Ca2+濃度明顯增加(圖1A,B)。胞漿內(nèi)Ca2+增加、細(xì)胞圓化和質(zhì)膜破裂可被ferroptosis特異性抑制劑ferrostatin-1（fer1）抑制(圖1A-F)。
二、胎兒造血過程中分化軌跡的推斷
接下來，研究者使用力導(dǎo)向圖繪制算法推斷了人類胚胎發(fā)育期間造血細(xì)胞的分化軌跡。結(jié)果顯示HSCs/MPPs位于軌跡頂端，并且在HSCs/MPPs下游，研究者鑒定了三個高度增殖的寡能祖細(xì)胞群，即MEMPs（紅系細(xì)胞、MKs和肥大細(xì)胞）；GPs（粒細(xì)胞）；LMPs（淋巴樣細(xì)胞、單核細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞）(圖2A和2B）。并使用Scanpy的paga_path函數(shù)顯示了沿三條分化途徑（MEMPs、GPs和LMPs）的譜系特異性基因動態(tài)表達(dá)(圖2C）。MEMPs將hsc / mpp與MKs、紅細(xì)胞和肥大細(xì)胞連接起來。與此一致的是，HSC/MPP向MEMPs轉(zhuǎn)化的差異調(diào)控基因包括MK/紅系/肥大細(xì)胞譜系特異性基因，如GATA1、ITGA2B、PLEK、KLF1、HDC和MS4A3(圖2C)。 采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關(guān)鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。
根據(jù)文獻(xiàn)報道KDM6B是巨噬細(xì)胞的***的關(guān)鍵分子，因此，作者首先檢測了乳腺*細(xì)胞系MB-MDA-231對巨噬細(xì)胞系TPH-1中KDM6B表達(dá)的影響，結(jié)果表明乳腺*細(xì)胞及其條件培養(yǎng)基都可***下調(diào)KDM6B的表達(dá)，表明存在一種乳腺*細(xì)胞來源的分泌因子產(chǎn)生此種影響。因此，通過生物信息學(xué)預(yù)測了KDM6B結(jié)合的miRNA，以及結(jié)合文獻(xiàn)，通過在乳腺*中上調(diào)的，同時符合條件的有3個。隨后將乳腺*細(xì)胞和巨噬細(xì)胞共培養(yǎng)，檢測三個miRNA的表達(dá)，如圖1B所示，只有miR-138-5p和miR-146a的表達(dá)在共培養(yǎng)后***上調(diào)。進(jìn)一步檢測發(fā)現(xiàn)，只有miR-138-5p處理后KDM6B的表達(dá)***下降而非miR-146a（圖1C-D）。生信分析預(yù)測了miR-138-5p和KDM6B的結(jié)合位點，并進(jìn)行了熒光素酶實驗檢測，證實了兩者間存在結(jié)合關(guān)系。 PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。NF-kB標(biāo)書江蘇
水蘇糖確實改善了PCOS大鼠卵巢功能障礙改善了卵巢組織病理損傷。標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
前，PROTAC-DB包括1662個PROTAC，202個彈頭（靶向目標(biāo)蛋白質(zhì)的小分子），65個E3配體（能夠募集E3連接酶的小分子）和806個接頭，以及它們的化學(xué)結(jié)構(gòu)，生物學(xué)活性和理化性質(zhì)。除了彈頭和E3配體的生物活性外，PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力，結(jié)合親和力和細(xì)胞活性。
數(shù)據(jù)庫的查詢和瀏覽為了方便對PROTAC-DB中的數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索，作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上，PROTAC-DB可以進(jìn)行基于文本的檢索和基于結(jié)構(gòu)的檢索。基于文本的搜索是在整個PROTAC-DB中進(jìn)行搜索的一種簡單方式，只需輸入單個術(shù)語，如目標(biāo)名稱、化合物名稱或ID。對于基于結(jié)構(gòu)的搜索，用戶可以在ChemDoodle編輯器中輸入SMILES字符串、上傳MO***F文件或繪制分子草圖。導(dǎo)入自編輯的分子后，可以從三個搜索選項(similarity、substructure或exact)中選擇一個。在相似性搜索中，利用類FCFP指紋中的位向量Morgan指紋來計算兩個分子之間的Tanimoto相似度。可以選擇數(shù)據(jù)集(PROTAC、彈頭、E3配體或Linker)進(jìn)行搜索。 標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗