circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細胞的免疫防御反應
為了研究參與circNDUFB2的信號通路，使用RNA測序（RNA-seq）進行了轉(zhuǎn)錄組分析。結果表明circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平，其中743個基因上調(diào)，191個基因被下調(diào)。基因本體生物學過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發(fā)了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號傳導。基因集富集分析（GSEA）也表明目標基因的信號傳導途徑參與了免疫反應。確認了在circNDUFB2過表達的NSCLC細胞中一組免疫基因表達被上調(diào)，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細胞中這些基因的水平。這些結果表明，過量表達circNDUFB2，而不是其具有相同序列的線性RN**段，導致免疫基因上調(diào)。 酶聯(lián)免疫吸附試驗（ELISA）證實circNDUFB2過表達顯著增加了細胞培養(yǎng)上清液中CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的水平，而circNDUFB2敲低降低了細胞培養(yǎng)上清液中這些細胞因子的水平。這些結果證明circNDUFB2在NSCLC細胞中引發(fā)免疫應答。 FMT處理促進神經(jīng)元存活和突觸重建。廣東標書國家自然科學基金
LncExpDB提供101293個人類lncRNA基因（對應于331244個轉(zhuǎn)錄本）***且高質(zhì)量的**。它包含了這些lncRNA在337個生物學條件下的豐富表達譜，這些條件屬于九個重要的生物學背景，涉及正常組織/細胞系、*細胞系、亞細胞定位、外泌體、細胞分化、植入前胚胎、***發(fā)育、晝夜節(jié)律和病毒***.此外，LncExpDB識別了25191個特征lncRNA基因，并表征了24508個lncRNA基因和17345個mRNA基因之間的28443865個共表達相互作用。
基于跨多個生物環(huán)境的綜合表達譜，LncExpDB具有增值管理和分析功能，可提供可靠轉(zhuǎn)錄的lncRNA基因。因此，我們發(fā)現(xiàn)92016個lncRNA基因（90.8%）得到可靠轉(zhuǎn)錄證據(jù)的支持（表達值閾值為1TPM），在九個生物學背景中分布不均。在可靠轉(zhuǎn)錄的基因中，大多數(shù)(82.6%)在至少兩種生物環(huán)境中表達，3318個lncRNAs(3.6%)在所有9種環(huán)境中表達。 廣東標書詢問報價circNDUFB2敲低促進這些表型。
三、在體內(nèi)，tbi介導的NCT缺陷和致死率被核輸出抑制劑抑制
為了確定TBI是否會損害體內(nèi)的核質(zhì)運輸，我們在果蠅運動神經(jīng)元中過表達了一個帶有核定位序列(NLS)和核輸出序列(NES)標記的GFP蛋白(OK371-gal4)。在表達nlsnes -GFP的大腦中，GFP信號分布在細胞核和細胞質(zhì)中(圖3A)。然而，定量分析顯示，在nls - nes -GFP表達的vnc暴露于TBI中，核GFP信號減少的細胞百分比***增加，而核GFP強度***降低(圖3B和C)，說明GFP核進口受到抑制和/或GFP核出口增加。接下來，我們在運動神經(jīng)元中表達了一種用NLS和突變的NES (ΔNES)標記的沒有核輸出活性的GFP蛋白。表達NLS的非創(chuàng)傷性腦損傷動物的腦細胞-ΔNES-GFP顯示了GFP在細胞核的強大定位(圖3A)，而創(chuàng)傷性腦損傷動物的vnc顯示了核GFP減少的細胞數(shù)量***增加，核GFP強度降低((圖3B和C)。果蠅幼蟲暴露于TBI，并在DMSO單獨、KPT-350(0.05、0.1或0.5 mM)或KPT-276(50、200或1000 nM)上飼養(yǎng)。對經(jīng)歷過TBI的果蠅幼蟲的羽化試驗顯示，KPT-350處理的動物(圖3D)或KPT-276處理的動物(圖3E)具有***的劑量依賴性的致死抑制。kpt -350處理的果蠅核GFP信號***高于dmso處理的對照組(圖3G）。
第二次Ca2+升高，與RSL3處理常見，并被Fer-1抑制，對應的是針對鐵下垂的胞質(zhì)Ca2+增加(Ca2+sp) (圖2F)。在Erastin-1處理后，Ca2+un增加，隨后Ca2+sp上升，細胞周圍和**終的PI攝入(圖2C-E)。相比之下，RSL3處理的細胞具有獨特和特定的Ca2+上升，隨后細胞圓整和**終的PI攝入(圖2F-H)。通過脂質(zhì)過氧化傳感器C11 BODIPY 581/591觀察到RSL3處理促進了質(zhì)膜和亞細胞膜上的脂質(zhì)過氧化（圖2I），脂質(zhì)過氧化先于細胞圓化(圖2J, K)。考慮到胞質(zhì)Ca2+增加到細胞圓化之間的滯后時間始終低于脂質(zhì)過氧化到細胞圓化之間的滯后時間，可以估計Ca2+的增加發(fā)生在脂質(zhì)過氧化之后(圖2M)。這一估計是基于fluo- 4am(圖2F-H)和BODIPY氧化比(圖2K, L)的**動力學之間的推斷。circSDHC在ccRCC中過表達且其過表達與低存活率相關.
為了完全理解HoxBlinc過表達調(diào)控HSPC造血轉(zhuǎn)錄程序的機制，進行了ChIRP-seq在WT和HoxBlincTg Lin - c-Kit+細胞中繪制基因組HoxBlinc結合位點。HoxBlinc的過表達***增加了其與HoxB前基因啟動子區(qū)域和其他反式靶點的結合，如Stat1、Cdr2、Wnt5a、Runx1和后HoxA基因（圖5d）。Lin-c-Kit+細胞基因組中HoxBlinc結合位點的整體分布表明，HoxBlinc主要與非編碼區(qū)相互作用，包括基因間區(qū)、內(nèi)含子和啟動子。值得強調(diào)的是，HoxBlinc的過表達***增加了其與啟動子和UTR的占用（圖5e）。整合來自WT和HoxBlincTg HSPC的ChIRP-seq、RNA-seq和ATAC-seq數(shù)據(jù)集顯示，大約74%的基因HoxBlinc結合增加表現(xiàn)在基因表達水平增加兩倍以上（圖5f），44.7%的基因表現(xiàn)出啟動子染色質(zhì)可及性增強（圖5g）。這些數(shù)據(jù)表明，HoxBlinc直接結合造血特異性靶基因，主要是NPM1c+特征基因，并介導染色質(zhì)的長程相互作用，驅(qū)動HSPC的基因調(diào)控網(wǎng)絡。為鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶對RNA下拉沉淀物進行質(zhì)譜分析。上海標書贈送提供技術路線
短鏈脂肪酸在神經(jīng)退行性疾病中發(fā)揮***和神經(jīng)保護作用。廣東標書國家自然科學基金
7）FOXO3A/LINC00926/PGK1軸調(diào)節(jié)乳腺***生長和肺轉(zhuǎn)移
為了證實FOXO3A/LINC00926/PGK1通路的體內(nèi)表型，我們首先通過將MDA-MB-231細胞注射到BALB/c小鼠的乳腺脂肪墊上，研究了LINC00926/PGK1軸對乳腺*生長的影響。與預期的一樣，下調(diào)LINC00926***增加了乳腺**的生長。相反，當PGK1被敲除時，**生長被抑制。更重要的是，當PGK1被敲除時，LINC00926敲除對**生長的影響***減弱(圖7A-7C)。接下來，我們研究了FOXO3A/LINC00926軸對乳腺*生長的影響。結果顯示FOXO3A過表達***降低了乳腺*的生長。當LINC00926敲低時，**生長增加，F(xiàn)OXO3A過表達對**生長的影響***減弱(圖7D-7F)。接下來，我們研究了該途徑對乳腺*轉(zhuǎn)移的影響。與對照組相比，LINC00926基因抑制組在整個肺區(qū)域擴散的結節(jié)數(shù)量明顯增加(圖7G)。相反，PGK1基因敲低導致乳腺*細胞向肺轉(zhuǎn)移擴散的減少。然而，PGK1下調(diào)極大地減弱了下調(diào)LINC00926調(diào)節(jié)肺轉(zhuǎn)移的能力(圖7G)。與**生長實驗結果一致，下調(diào)LINC00926***減弱了FOXO3A調(diào)控肺轉(zhuǎn)移的能力(圖7H)。 廣東標書國家自然科學基金
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗