三、ICICLE-seq聯(lián)合測量可及性和表位
A.在標準的scATAC-seq協(xié)議下，細胞膜的去除切斷了細胞表面和細胞染色質狀態(tài)之間的連接。為了測試我們在通透性細胞上同時測量細胞表面蛋白和染色質狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉座復合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應兼容，可同時捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標記轉移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細胞和***碎片后的完整通透細胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質量。盡管如此，ICICLE-seq結果表明，通透細胞能夠同時捕獲細胞核染色質可達性和高質量的細胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細胞表面抗原識別細胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細胞類型特異性標記與聚類的明確關聯(lián)識別細胞類型特異性聚類。 評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調(diào)節(jié)因子（METTL3、METTL14和WTAP）的表達。遼寧骨折鼠模型科研
中國科學院動物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組和北京基因組研究所（國家生物信息中心）鮑一明研究組、張維綺研究組合作建立了AgingAtlas數(shù)據(jù)庫（./aging/index）。數(shù)據(jù)庫相關文章于2020年10月29日以“AgingAtlas:amulti-omicsdatabaseforagingbiology”為題在線發(fā)表于NucleicAcidsResearch雜志（IF=）。
AgingAtlas目前的實現(xiàn)包括五個模塊：轉錄組學、單細胞轉錄組學、表觀基因組學、蛋白質組學和藥物基因組學。此外，AgingAtlasConsortium還手動管理了一系列與衰老相關的人類和小鼠基因(GAAA)。GAAA部分現(xiàn)在包含數(shù)百個人類和小鼠衰老相關基因，分為10個“基因集”和相應的KEGG通路。基因組具有成熟的老化特征，包括基因組不穩(wěn)定性、端粒磨損、表觀遺傳改變、蛋白質穩(wěn)態(tài)喪失、線粒體功能障礙、營養(yǎng)感知失調(diào)、細胞間通訊改變、細胞衰老和干細胞衰竭。AgingAtlasConsortium的老年學專家將GAAA中的每個基因都歸因于這些基因集。因此，GAAA提供了AgingAtlas的基準部分，以幫助用戶更好地解釋這些與衰老相關的基因的生物學意義。 上海急性腎損傷科研代謝變化被認為是腸病**重要的特征之一。
HOXBLINC的缺失擾亂了NPM1c+介導的轉錄程序和白血病發(fā)生
隨后鑒定了NPM1c+AML和NPM1cWTAML病人中的差異表達基因，與WT相比，有871個下調(diào)基因和980個上調(diào)基因，包括HoxBlinc和NPM1c+的特征基因HoxB2-5，HoxA7,9-11，Meis1，Runx1（圖1c）。然后，通過RNA-seq分析比較了對照組和HOXBLINCi細胞的全基因組轉錄組變化。一致地，NPM1c+細胞表現(xiàn)出HOXBLINClncRNA和常見的NPM1c+AML標記基因的高表達(圖1d)。有趣的是，在OCI-AML3細胞中抑制HOXBLINC***抑制了許多NPM1c+標志性基因的轉錄，如HOXB2-5、HOXA9-11、RUNX1和MEIS1(圖1d)。
SNAI1被***認為是上皮-間充質轉化(EMT)的主要驅動因子，與乳腺*的進展和轉移有關。這種惡性前的作用與翻譯后修飾密切相關，特別是磷酸化，它控制其蛋白水平和亞細胞定位。雖然SNAI1穩(wěn)定性的調(diào)控涉及多種激酶，但SNAI1在**中穩(wěn)定的確切機制仍有待充分闡明。我們的研究表明STK39是SNAI1穩(wěn)定性的關鍵中介，并與轉移前細胞過程相關，突出了STK39-SNAI1信號軸作為轉移性乳腺****的有希望的***靶點。該文于2021年6月發(fā)表于Theranostics（IF=11.556）雜志上。英拜生物是國內(nèi)承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發(fā)表服務的公司之一。
CircRNF13通過SUMO2抑制NPC的增殖和轉移
***，作者進行了拯救實驗，如圖8A-D所示，抑制circRNF13會促進NPC的生物學功能，包括增殖，遷移和侵襲，但是過表達SUMO2會***挽救circRNF13敲除帶給NPC細胞的表型改變。免疫組化顯示，SUMO2在circRNF13過表達裸鼠**切片中低表達，而GLUT1則***高表達。以上證實circRNF13通過SUMO2抑制NPC的增殖和轉移。
總之，這些結果強調(diào)了circRNF13在鼻咽*增殖和轉移中的重要意義。CircRNF13作為抑*因子直接與SUMO2的3 -UTR結合，延長了SUMO2 mRNA的半衰期。上調(diào)SUMO2通過GLUT1的泛素化來促進GLUT1降解，這些通過抑制糖酵解調(diào)控AMPK-mTOR通路，**終導致鼻咽*的增殖和轉移。 英拜生物提供生物科學內(nèi)的專業(yè)的技術咨詢，技術合作。活細胞成像科研實驗可參觀
這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以消除尿酸引起的腸道通透性增強。遼寧骨折鼠模型科研
一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合
共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)集中分析的大部分細胞相互重疊，這表明在大多數(shù)細胞簇中，染色質可及性和相應的基因轉錄表達的變化是一致的(圖2A)。整合結果顯示，兩個數(shù)據(jù)集中所有巨噬細胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細胞簇沒有明確區(qū)分。scATAC-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的單個UMAP圖顯示了各自的小區(qū)集群標識(圖2B和2C)。然后使用每個細胞簇中**個上調(diào)的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現(xiàn)出許多與致***途徑相關的已知生物學過程的誘導。 遼寧骨折鼠模型科研
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗