二、胎兒造血過程中分化軌跡的推斷 接下來，研究者使用力導向圖繪制算法推斷了人類胚胎發育期間造血細胞的分化軌跡。結果顯示HSCs/MPPs位于軌跡頂端，并且在HSCs/MPPs下游，研究者鑒定了三個高度增殖的寡能祖細胞群，即MEMPs（紅系細胞、MKs和肥大細胞）；GPs（粒細胞）；LMPs（淋巴樣細胞、單核細胞和樹突狀細胞）(圖2A和2B）。并使用Scanpy的paga_path函數顯示了沿三條分化途徑（MEMPs、GPs和LMPs）的譜系特異性基因動態表達(圖2C）。MEMPs將hsc / mpp與MKs、紅細胞和肥大細胞連接起來。與此一致的是，HSC/MPP向MEMPs轉化的差異...

caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。確實，MMTVneu**的caspase-3陽性細胞比相應的Pten+/+少;綜上所述，這些結果表明，PTEN不能被ATM磷酸化的細胞對基因毒性應激誘導的細胞凋亡具有抗性。為了評估表達PTEN-398A且DNA損傷未解決的細胞在輻照(圖2B,C和補充圖4B,C)后的持續存在是否是誘導凋亡反應失敗的結果，我們在IR之前先用泛caspase抑制劑z-VAD-FMK(zVAD)對細胞進行預處理。與DMSO處理相比，zVAD增加了PTEN-WT細胞中未解決的DNA損傷灶的數量，其水平與DMSO處理的PTEN-398A細胞相當(補充圖5F)。然...

熒光原位雜交和核胞質RNA分數實驗結果顯示，MIR210HG在Ishikawa細胞和HEC-1A細胞中均位于核和細胞質內(圖3D和3E)。我們假設MIR210HG對miRNAs起海綿作用。為了探究MIR210HG是否參與了一個新的MIR210HG- miRNA -HMGA2調控網絡，我們使用TargetScan、miRanda、CLIP-Seq和miRDB生物信息學數據庫來預測與HMGA2結合的mirna(圖3F)。選擇3個軟件程序分析交叉處的miRNAs作為候選miRNAs。通過將野生型雙熒光素酶載體介導的HMGA2構建物共轉染HEK293T細胞，共鑒定和篩選了110個miRNAs。轉染后，...

LINC00926通過***乳腺*細胞中PGK1的表達來***增殖、遷移和侵襲為了研究LINC00926在乳腺*細胞中的生物學功能，我們用LINC00926***細胞，對其進行細胞生長、遷移和侵襲分析。細胞增殖和集落形成實驗顯示，過表達LINC00926可降低MDA-MB-231和MCF-7細胞的增殖(圖2A和2B)。在LINC00926轉染的細胞系中，PGK1的表達可逆轉上述作用。過表達LINC00926也顯示出遷移和侵襲能力下降(圖2C和2D)。同樣，PGK1在LINC00926轉染的細胞中重新表達逆轉了這些作用。此外，敲除PGK1還可以***LINC00926調控乳腺*細胞增殖、遷移和侵...

5）缺氧主要通過FOXO3A轉錄抑制LINC00926的表達，***PGK1的表達 由于缺氧是**的一個關鍵現象，我們確定了LINC00926/PGK1軸是否在缺氧下糖酵解的調節中發揮作用。缺氧刺激了PGK1在mRNA和蛋白水平上的表達，并降低了LINC00926的表達(圖5A)。為了確定缺氧如何抑制乳腺*細胞中LINC00926的表達，我們研究了缺氧后對LINC00926啟動子的抑制。對不同的LINC00926啟動子缺失報告基因的分析顯示，啟動子區域在300-200bp之間包含一個缺氧抑制元件(圖5B)。該區域假定的FOXO3A結合位點的突變會導致抑制的喪失。在常氧或缺氧條件下，F...

6、MAO-A阻斷**免疫***-人類TAM和臨床數據相關性研究 為了探索MAO-A阻斷***的翻譯潛力，首先研究了MAO-A對人巨噬細胞極化的調控。分析體外培養的免疫刺激M1樣和免疫抑制M2樣人單核細胞源性巨噬細胞的基因表達特征。有趣的是，在所有檢測的免疫檢查點、免疫刺激和免疫抑制基因中，MAOA是M2樣單核來源巨噬細胞（MDMs）中表達水平比較高的基因（圖6a），提示MAO-A可能在促進人巨噬細胞免疫抑制極化中發揮作用。MDM培養的時間過程分析證實了巨噬細胞分化過程中MAO-A基因和蛋白表達上調，并在IL-4/IL-13誘導的免疫抑制極化后進一步上調（圖6b-d）。用苯乙肼阻斷M...

PGE2增強IL4Rα信號以增強巨噬細胞的M2*** 巨噬細胞能夠響應可變的局部微環境信號從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經典的信號級聯（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細胞還可以整合由細胞外刺激觸發的代謝線索，以***它們的M2表型。在這里，我們想知道PGE2是否也參與了AP損傷后胰腺巨噬細胞的M2極化。為此，我們首先檢查了AP損傷后PGE2的動態表達。COX1和COX2是產生前列腺素的兩種關鍵酶。在這里我們發現Ptgs2(COX2)的表達在第3天達到峰值，而Ptgs1(COX1)的表達在第1天下降并在第3天回到基礎水平。一致地，免疫熒光分析顯示PGE2在第3天升高，并在第...

采用LEfSe方法分析經DHEA和tempol處理后***改變的關鍵系統發育類型。Desulfovibrionaceae屬富集于oil+ PBS組，而Muribaculaceae 和Alloprevotella屬富集于DHEA+ PBS和DHEA+ tempol組 (圖5A-B)，這表明tempol可以重塑微生物PCOS大鼠的腸道微生物群的結構。 通過分析細菌分類在門和屬水平上的相似性程度，進一步比較三組腸道菌群的整體組成。在門水平上，厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)是3個類群的優勢門(圖5)。DHEA處理增加了放線菌門(Actinobacte...

A.29名兒童在進行異體造血干細胞移植前、移植時、移植后即刻以及后期隨訪時均進行了監測。監測患者的基線特征、臨床結果、免疫細胞計數以及炎癥和***標志物。表S1(附加文件1)詳細描述了患者特征。宿主免疫系統參數與腸道、口腔和鼻腔微生物群的縱向動力學相關，這些微生物群在指定的時間點進行了評估。B.每個身體部位HSCT前、移植時和移植后的細菌α多樣性以log10變換后的y軸顯示。星號表示時間點間的中值逆Simpson指數存在***差異。C.相對于HSCT的時間點LDA分析。對于糞便樣本，HSCT后立即采集的樣本LDA評分為陽性。對于口腔和鼻腔樣本，在HSCT前和后期隨訪時間點樣本的LDA評分均為陽...

用戶界面SC2disease提供瀏覽器和搜索引擎，以查詢有關不同疾病中特定于細胞類型的基因的詳細信息，具體流程如圖。 “疾病”和“單元格類型”是SC2disease瀏覽器的根類別。“疾病”根類別中總共包括25種疾病，通過單擊疾病名稱可以顯示與所關注疾病相關的特定于細胞類型的基因的詳細信息。**初將所有細胞類型分為16組，以幫助想要瀏覽特定細胞類型中標記基因的研究人員。還可以使用“搜索”功能搜索他們感興趣的疾病，基因或細胞類型。每個基因的信息將在表格中以一行顯示，其中包括疾病名稱，實驗組織，細胞類型，基因名稱，用于描述基因表達的變量名稱（log 2 FC或均值），變量的值，DEG比較，...

紡錘體裝配檢查點(SAC)作為一個傳感器的**的著絲點延遲有絲分裂進入后期，直到適當的染色體分離得到保證。這一安全機制的破壞導致基因組不穩定和非整倍體，這是胚胎死亡、先天性出生缺陷、智力殘疾和**的遺傳原因。然而，盡管了解了控制SAC的基本機制，但信號通路如何直接與有絲分裂檢查點活動相互作用和調節仍是未知的。在對細胞外刺激的反應中，參與細胞生長、生存和分化的多種信號通路網絡被***，這一過程***受到Ras家族小鳥苷三磷酸酶(GTPases)的調控。RIT1是一種ras相關的GTPase，調節細胞存活和應激反應，是通過有絲分裂和適當的染色體分離及時進展的必要條件。RIT1在有絲分裂期間從質膜(...

3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調IL-6和IL-10 據報道，DRD2可調節M1的極化。結果顯示，在DRD2表達水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤增加，M2Mφ的浸潤減少(圖3A)。為進一步研究DRD2對TAMs的調控作用，構建了BrCa與Mφ共培養體系。當Mφ與表達DRD2的BrCa細胞共培養時，qRT-PCR顯示M1表型標記增加，M2Mφ標記下調(圖3B-C)。qRT-PCR也證實了載體轉染的BrCa細胞將Mφ調節為M2型(圖3C)[12]。WB結果顯示，表達DRD2的BrCa細胞上調M1標記iNOS，下調M2標記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達DRD2的*...

在Jurkat和小鼠T細胞中檢測到多個肽上特異性磷酸化位點的***缺失，包括典型的CDK4/6靶標RB和RBL 1/2 (Fig. 3D-F)。值得注意的是，RB在兩種細胞蛋白組學中重疊，并且是全基因組CRISPR/Cas9篩選*****的（Fig. 3B，3G），表明CDK4/6i介導的記憶形成是由RB介導。因此，靶向敲除RB1，可以消除CD62L的表達上調(Fig. 3H)。3’RNA-seq分析顯示RB缺失廢除了轉錄對CDK4/6i的響應，包括SELL，其被CDK4/6i誘導的轉錄改變被RB缺失所大幅度減弱了(Fig. 3I)。與此一致，靶向敲除RB1也廢除了***的初級小鼠CD8+T細...

YTHDF1水平的降低導致MGC-803移植**的**進展延遲(補充圖S2D和S2E)；與對照組相比，YTHDF1缺陷**的重量和體積***減少(圖2D)。因此，在YTHDF1缺陷**中，增殖標記物Ki-67下調，凋亡標記物cleavedcaspase-3上調(圖2E)。通過兩種轉移模型探討YTHDF1是否參與了胃*的體內轉移。尾靜脈注射MGC-803-sicontrol細胞導致肺轉移，而注射MGC-803-siYTHDF1l細胞幾乎完全消除轉移淋巴結的形成。***建立了PDX模型，發現敲除YTHDF1抑制了**的生長和重量。上述結果表明YTHDF1在胃*發生中起重要作用。circNDUFB2...

在確定了UCP1與AKI中的脂質積累負相關后，我們試圖闡明其潛在的關系。首先，我們使用UCP1特異性過表達慢病毒載體和UCP1激動劑CL316243構建UCP1上調的細胞模型(圖3A)。如圖3B所示，UCP1過表達***降低了順鉑暴露HK2的脂質積累。UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結果。這些結果表明，UCP1參與了AKI中脂質積累的調節。為了進一步驗證這一調控關系，提高證據的可靠性，我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達腺病毒的方法建立AKI過表達UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過表達UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質積累(圖3E)。***，使用UCP1...

這些基因的體細胞突變狀態如圖所示。平均突變頻率比較高的基因是TP53（31.4%）、PTEN（5.7%）、NOTCH1（3.6%）、CTNNB1（3.6%）、XIST（3.4%）和MALAT1（3.4%）。還觀察到在子宮內膜體*（UCEC）中有相對較高的突變頻率（7.6%）。 在泛*中構建 m6A 亞型和特征 我們使用K-means算法分別將患者分為不同的m6A亞型。Elbow法確定了三種亞型。對數秩檢驗發現，在排除死亡比例的**后，27種**中有24種**的定義亞型與總生存率***相關?

9.阻斷SUMOylation抑制EVs介導的ELNAT1誘導的淋巴結轉移 用si-NC或si-UBC9#1轉染的對照或ELNAT1過表達UM-UC-3細胞分泌的EVs處理HLECs，結果顯示過表達ELNAT1***促進了體外BCa細胞分泌的EVs誘導淋巴血管生成，而沉默UBC9逆轉了這一作用（Figure9A-C）。IVIS證明UM-UC-3-EVELNAT1增強了體內腘窩淋巴結轉移，而沉默UBC9抑制了這種作用（Figure9D,E）。UM-UC-3-EVELNAT1+siUBC9#1組的腘窩LNs體積比UM-UC-3-EVELNAT1組小（Figure9F）。與UM-UC-3-...

七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高 對小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實驗中獲得的大量RNA-seq進行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細胞類型的豐度。PT_VCAM1估計比例在iri后24h***增加，并持續至少7天;與正常近端小管細胞比例下降相對應(圖7a)。有趣的是，未手術控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對非**腎樣本進行反卷積，估計PT_VCAM1細胞的比例為2.6%(圖7d)，這與我們的s...

USP35敲除增加了脂質活性氧的產生和丙二醛的產生(圖2D)。過量的活性氧導致多不飽和脂肪酸氧化損傷并分裂成各種產物，包括HETEs。我們觀察到，USP35沉默促進了H460和H1299細胞中5-HETE、11-HETE和15-HETE的釋放，而不影響12-HETE的釋放(圖2F)。GSH/GPX4為基礎的ROS***機制在防止鐵缺乏期間的脂質過氧化中起著不可或缺的作用。研究表明在USP35缺乏的細胞中GSH水平降低并伴隨著對GPX4活性的抑制(圖2G，H)。此外，shUSP35***細胞中的鐵和Fe2+水平***高于對照組。相比之下，補充GSH或鐵螯合劑***減少了shUSP35***細胞的...

H&E染色顯示oil+ PBS組卵巢在不同發育階段均出現卵泡和少量新鮮黃體(圖1C)。與對照組相比，DHEA + PBS組的囊泡數量較多，黃體數量較少。另一方面，tempol處理減少了囊泡的數量，增加了黃體的形成(圖1C-E)。檢測了血清睪酮、eE2、LH、PRGE、FSH 5種性類固醇***水平。DHEA + PBS組血清睪酮水平明顯高于oil+ PBS組。Tempol***降低PCOS大鼠血清睪酮和eE2水平，但對血清LH、PRGE、FSH水平無明顯影響(圖1F)。DHEA處理的大鼠血清膽汁酸水平***降低，但這種減弱在DHEA + tempol組消失了(圖1G)。在DHEA + PBS組...

遷移體（migrasome）是清華大學生命科學院俞立團隊新發現的胞外分泌囊泡，該研究成果已于2015年發表在Cell Research期刊（IF=20.509）[1]。遷移體是在遷移細胞后部回縮纖維的前列或交叉處生長的大囊泡，直徑約為0.5μm到3μm，并且包含許多較小的囊泡（**多300余個，**少不足10個），掃描電子顯微鏡觀察下呈石榴狀結構。細胞遷移后，回縮纖維**終斷裂，遷移體分離。遷移體及其內容物，包括細胞溶質成分和來源不明的囊泡，被釋放到細胞外空間——這一過程稱為遷移。俞立團隊推測遷移體可能在細胞間通訊中發揮重要作用。 2017年俞立團隊進一步研究發現，整合素與 ECM ...

***的shrna介導的Hrs耗散(補充圖6a, b)導致gfp載體細胞中cd63陽性晚期核內體減少，并將GFPINPP4B細胞中晚期核內體形成增加的水平逆轉為gfp載體控制水平(圖5a, b)。在非錨定細胞生長試驗中，耗用Hrs shRNA對gfp載體軟瓊脂集落的大小沒有影響，但減少了GFP-INPP4B細胞集落的大小，這與Hrs依賴的細胞增殖一致(圖5c, d)。將MCF-7細胞注射到雌性BALB/c裸小鼠腹股溝第四乳腺脂肪墊中，在體內檢測**生長的hrs依賴性。與GFPvector相比，GFP-INPP4B在體內**體積和體外**重量***增加(3倍)(圖5e g)。雖然敲除Hrs沒有影...

值得注意的是，與對照組相比，NOX4的升高增加了鐵的積累，這是鐵死亡的特異性標志(圖7D)。接下來，我們使用3D分析儀分析NOX4上調后人星形膠質細胞細胞毒性的形態學變化(圖7E)。相對于對照，NOX4的升高誘導了細胞毒性的形態學特征，包括細胞質面積縮小和起泡(圖7E)。此外，與對照組相比，NOX4升高后，形態死亡細胞數量***增加(圖7F)。與形態學分析結果一致，相對于對照，NOX4的升高***增加了細胞毒性水平(圖7G)。這些結果表明，NOX4通過氧化應激誘導的人星形膠質細胞脂質過氧化促進了鐵死亡。 結論：NOX4通過線粒體代謝損傷，氧化應激誘導的脂質過氧化作用促進星形膠質細胞的...

在確定了UCP1與AKI中的脂質積累負相關后，我們試圖闡明其潛在的關系。首先，我們使用UCP1特異性過表達慢病毒載體和UCP1激動劑CL316243構建UCP1上調的細胞模型(圖3A)。如圖3B所示，UCP1過表達***降低了順鉑暴露HK2的脂質積累。UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結果。這些結果表明，UCP1參與了AKI中脂質積累的調節。為了進一步驗證這一調控關系，提高證據的可靠性，我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達腺病毒的方法建立AKI過表達UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過表達UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質積累(圖3E)。***，使用UCP1...

鑒于以上結果，作者想進一步探究tiRNA-Gly與RBM17作用的分子結果。結果顯示，tiRNA-Gly可提高總RBM17蛋白的水平，但是不影響RBM17的mRNA水平（圖3H-I）。隨后，用蛋白質合成抑制劑環己胺(CHX)處理細胞，tiRNA-Gly轉染后增加了K1細胞內源性RBM17蛋白的半衰期，而β-actin作為對照（圖3J）。此外，蛋白酶體抑制劑MG132處理后，內源性RBM17在轉染tiRNA-Gly的K1細胞中的積累量**高于轉染siRNA-NC的K1細胞，表明tiRNA-Gly抑制了蛋白酶體依賴性的PTC細胞中RBM17的降解（圖3K）。此外，tiRNA-Gly的過表達***抑...

2、miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制構建了miR-138-5p過表達的乳腺*細胞系，取其培養基與巨噬細胞共培養，結果巨噬細胞中miR-138-5p表達***上調，同時KDM6B的表達***下降。證實miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制。 3、*細胞來源的外泌體miR-138-5p下調KDM6B的表達 隨后為了判定上述巨噬細胞中miR-138-5p表達上調的原因，檢測了巨噬細胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結果顯示共培養和對照組間原代和前體miR-138的水平沒有差異，表明miR-138-5p是外...

核磷蛋白(Nucleophosmin，NPM1)是急性髓系白血病(AML)中**常見的突變基因，會導致編碼的核仁蛋白(NPM1c+)發生異常胞漿易位。NPM1c +維持一個獨特的白血病基因表達程序，以***HOXA/B簇和MEIS1*基因為特征，促進白血病發生。然而，NPM1c+控制這種基因表達模式促進白血病發生的機制仍在很大程度上未知。本文揭示了HOXBLINC lncRNA***在NPM1c +白血病中扮演促*作用。HOXBLINC和其合作者MLL1是NPM1c+ AML的潛在***靶點。本文于2021年3月發表在《Nature Communications》IF:14.919。脊髓損傷（...

MAP4K4是絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶家族的成員，可以通過磷酸蛋白MEKK1***MAPK通路。構建pCMV-NM_4834.4和pCMV-NM_1242560.1質粒，分別轉染K1細胞，并通過qRT-PCR驗證了其轉染效率（圖6E）。這兩種變異***增強了K1細胞的增殖和遷移。而截斷型(NM_4834.4)比長型(NM_1242560.1)對增殖和遷移的影響更強（圖6F-G）。此外，MEKK1、MKK4、JNK、MEK、ERK的總磷酸化水平未發生改變，而NM_4834.4和NM_1242560.1兩種變體轉染組的磷酸化水平均高于對照組。更重要的是，與NM_1242560.1相比，NM_48...

CRC中circPLCE1的特征及臨床意義 為了識別CRC中差異表達的circRNA，我們使用正常的人類腸道上皮細胞系和CRC細胞系進行了總RNA測序。我們確定研究對象為circPLCE1(hsa_circ_0019223，命名為circPLCE1)。我們分析了85對CRC樣本中的circPLCE1表達，證實了88.2%(75/85)的CRC患者中circPLCE1表達下調。進一步分析顯示，circPLCE1在晚期臨床期或T期患者中表達下調。使用qRT-PCR分析circPLCE1在正常人腸上皮細胞株和CRC細胞株中的表達水平差異，得到了相似的結果。circPLCE1由PLCE1外顯...

確定關鍵驅動突變在原始和committed亞型中的分布(圖1C，補充討論中的亞型和突變部分和補充表6 17)。盡管亞型中富含某些突變(原始組的FLT3-ITD和承諾組的DNMT3A)，驅動突變的遺傳改變對原始和committed亞型的預測較差(補充圖3 16和補充討論)，基因突變和亞型之間的Matthews相關系數(MCC)較低(FLT3-ITD的MCC = 0.32, DNMT3A的MCC = 0.16;在precision-recall曲線(AUPRC = 0.62)值下，突變與亞型之間的多變量分析得到一個薄弱區域(Supplementary Fig. 7)。FMT處理加速SCI小鼠的胃腸...