TransCirc數據庫整合了各種與翻譯相關的證據，檢索的結果能直觀的呈現翻譯產物的相關證據信息。數據共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質譜證據（MS）的circRNA有168個，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據4284個circRNA，潛在翻譯產物序列分析（SeqComp）的301100個circRNA。有IRES預測結果的314138個circRNA，有m6A修飾位點信息的39397個circRNA，有翻譯起始位點信息（TIS）的9394個circRNA，有ORF信息的305016個circRNA。GO和KEGG分析顯示circNDUFB2觸發免疫...

L-14c-胱氨酸攝取試驗結果顯示，YTHDC2通過其YTH域抑制了H1299細胞產生的異種移植物、小鼠形成的LUAD和患者來源的LUAD細胞的胱氨酸攝取(圖3D-F)。圖3H證明了系統Xc功能受損與GSH水平降低相關。NAC和GSH給藥后發現，KPYWT小鼠的**負荷明顯高于給藥對照小鼠，且水平與KPE小鼠相似(圖3H、I)。與KPE小鼠相比，GSH和NAC給藥*導致KPYWT小鼠**中GSH/GSSG比值***增加。NAC和GSH的補充降低了KPYWT小鼠的脂質過氧化并縮短了存活時間(圖3K、L)。FMT可能通過***NF -κB信號通路來緩解腸道炎癥。焦亡標書為了了解白樺素和他汀類藥物的...

點擊該基因的名稱，將彈出該基因在NCBI中的鏈接。也可以單擊“paper ID”來瀏覽原始文獻中的更多詳細信息。***，在“詳細信息”部分中總結了有關疾病，細胞類型和基因的詳細信息。SC2disease還提供了從基于單細胞的結果和基于GWAS的結果得出的疾病的易感基因。所有GWAS數據均從GWAS目錄獲得。以2型糖尿病為例，將通過單擊“可視化”顯示由scRNA-seq和GWAS檢測到的易感基因列表。此外，可通過單擊“可視化”以可視方式顯示結果。在所得圖中，x軸是從GWAS結果獲得的基因中SNP的**小P值。y軸是從scRNA-seq結果獲得的疾病的重疊敏感性基因的細胞類型。條的顏色顯示基因表達...

。***，用新的基于文獻的化學同義詞增強了CTD化學頁面（以改進查詢），并添加了1600個基于氨基酸的化合物（以增加化學景觀）。總之，這些更新繼續增強CTD作為一個強大的資源，以產生關于環境影響疾病的病因和分子機制的可測試的假設。 首先這是首頁界面，可以根據自己想了解的疾病、化學品、基因和通路等進行搜索。我們以氣道梗阻為例，首先進入視野的就是進本信息，然后是化學品與基因相互作用，其次是氣道梗阻相關化學品，之后是氣道梗阻相關基因，***還有表型和通路相關數據。 血清代謝產物的豐度也發生了***變化.凋亡標書深圳微生物群對宿主的適應性免疫系統如T細胞發揮免疫調節功能。例如，與擬桿菌屬和梭...

三、pten-s38a突變誘導細胞凋亡抵抗 為了進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應，我們使用抗體陣列評估了表達PTEN-wt或PTEN-398a的MCF10A細胞裂解液的應激反應和凋亡通路的活性。Pten+/+和Pten398A/398AMEF培養，表達Pten-wt的MCF10A細胞與表達Pten-398A的MCF10A細胞在正常培養條件下的生長速率均無差異(圖3A和補充圖5C)。對細胞進行不同的基因毒性脅迫處理:IR、順鉑和柔紅霉素。在所有條件下，Pten398A/398AMEFs和PTEN-398A表達的MCF10A細胞對基因毒性脅迫的抗性...

三、SMARCA4調節AR靶基因的表達，參與細胞外基質組織和細胞粘附 使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調的基因占大多數(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調和上調的基因數量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調控(圖4b, c）。對差異雄***調節基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態發生和參與分化的細胞形態發生...

3.Tempol可改善PCOS大鼠全身和腸道的氧化應激 DHEA+PBS組大鼠血清MDA水平明顯高于油+PBS組，血清T-AOC水平明顯低于oil+PBS組。給藥Tempol可***降低PCOS大鼠血清MDA水平，提高血清T-AOC水平(圖3A-B)。研究發現，DHEA聯合或不聯合tempol對血清3’-NT和AGEs水平均無影響(圖3C-D)。作者測定卵巢中氧化應激生物標志物的水平，PCOS大鼠卵巢MDA、3-NT、AGEs水平高于對照組，但差異無統計學意義(圖3E-G)，PCOS大鼠卵巢T-AOC水平未見明顯下降(圖3H)；然而，這些大鼠的SOD活性降低(圖3I)。WB分析顯示，...

長鏈非編碼RNA(lncRNA)可以順式或反式發揮多種功能，包括調節基因轉錄和RNA剪接、調節RNA和蛋白質的活性或豐度以及組織核結構域。它們***參與細胞命運編程/重編程、分化、發育，尤其是與人類疾病相關。盡管近年來高通量測序技術的快速發展已經鑒定了數十萬種人類lncRNA，但其中只有一小部分得到了很好的表征。 ***我們來講一個關于lncRNA的數據——LncExpDB(./lncexpdb)，該數據庫由中國國家生物信息中心和中國科學院北京基因組研究所團隊搭建，數據庫相關文章于2020年10月12日以“LncExpDB:anexpressiondatabaseofhuma...

在體外，上調UCP1減少AKI期間的脂質積累可通過AMPK/ULK1途徑促進自噬 自噬已被證實在AKI中發揮重要作用。因此，自噬已經成為我們關注的重要途徑之一。在通過慢病毒轉染過表達UCP1或UCP1激動劑CL316243的AKI細胞模型中，自噬相關指標顯示AMPK/ULK1/自噬通路******(圖7A-B)。電子顯微鏡圖像也顯示，上調UCP1消除AKI中的脂質積累后，細胞自噬得到促進(圖7C)。基于這些發現，為了驗證自噬在UCP1功能中的重要性，我們進行了功能恢復實驗。如圖7D-F所示，氯喹抑制自噬***逆轉了順鉑組UCP1引起的炎癥指標下降。同樣，TUNEL染色顯示，使用氯喹抑...

長鏈非編碼RNA(lncRNA)可以順式或反式發揮多種功能，包括調節基因轉錄和RNA剪接、調節RNA和蛋白質的活性或豐度以及組織核結構域。它們***參與細胞命運編程/重編程、分化、發育，尤其是與人類疾病相關。盡管近年來高通量測序技術的快速發展已經鑒定了數十萬種人類lncRNA，但其中只有一小部分得到了很好的表征。 ***我們來講一個關于lncRNA的數據——LncExpDB(./lncexpdb)，該數據庫由中國國家生物信息中心和中國科學院北京基因組研究所團隊搭建，數據庫相關文章于2020年10月12日以“LncExpDB:anexpressiondatabaseofhuma...

為了研究鑒定出的lncRNAs是否下調了PGK1的表達，我們分別用這三個lncRNAs分別轉染了乳腺*細胞。我們的結果表明，在mRNA水平不變的情況下，只有LINC00926導致MCF-7和MDA-MB-231細胞中PGK1蛋白水平***下降(圖1E)，表明LINC00926下調了乳腺*細胞中PGK1的表達。此外，與非**組相比，13/14(92.9%)例乳腺*患者的LINC00926表達降低，12/14(85.7%)例乳腺*患者的PGK1表達上調。在乳腺*樣本中，LINC00926的表達與PGK1的表達呈負相關(圖1 F)。有趣的是，我們發現內源性PGK1蛋白水平和LINC00926水平在5...

此外，GFP-INPP4B的表達在基礎和wnt刺激條件下降低了GSK3β蛋白水平，與GSK3β的增強破壞一致(圖6d)。通過Hrs shRNA消耗抑制晚期核內體形成后，降低的GSK3β蛋白水平得以恢復(圖6f, g)。GFP-INPP4B而不是gfp載體細胞表現出明顯的GSK3β蛋白酶保護，這與GSK3β向晚期核內體轉運的增強相一致(圖6h)。免疫熒光證實了這一點，在GFP-INPP4B中觀察到RFP-GSK3與LysoTracker共定位，這是一種積累在晚期核內體/溶酶體中的染料，而不是gfp載體細胞(圖6i)。 轉座酶染色質可及性單核測序(snATAC-seq)也是一種單細胞表...

由于circMAPK1在GC細胞系中穩定表達，我們推測circMAPK1可能是一種適合GC診斷或預后的標志物。qRT-PCR顯示circMAPK1在*組織中的表達低于匹配的非*組織(圖1m)。Kaplan-Meier生存分析顯示胃*組織中circMAPK1水平較高的患者總生存期***延長(圖1n)。綜上所述，circMAPK1是一種穩定表達的circRNA，可作為有效的診斷和預后標志物，值得進一步研究。 2）CircMAPK1在體外抑制GC細胞的增殖和遷移 為了研究circMAPK1在GC中的生物學功能，我們進行了一系列細胞實驗。隨CCK8實驗(圖2a)、集落形成實驗(圖2b)...

一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達增加 INPP4B被確定為人類乳腺*er陽性標記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現，促使我們檢測其在ER+乳腺*中的相對表達和功能。INPP4B蛋白表達缺失與三陰性乳腺*相關(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達在14 40%的乳腺*相對于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補充圖1 b, c)。在mRNA表達數據不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測130例...

5）M1-Exos通過傳遞miR-155加重了EndoMT 為了研究外泌體miR-155在SCI后M1-Exos介導的BSCB破壞惡化中的作用，構建miR-155過表達(miR-155OE)和敲低(miR-155KD)BMDMs，然后分離外泌體并處理bEnd.3細胞。如圖5A和B所示，miR-155OE-Exos組TEER值***降低，通透性***增加，而miR-155KD-Exos組則相反。加入miR-155OE-Exos后，ZO-1和Occludin的熒光強度明顯降低，而miR-155KD-Exos處理后，ZO-1和Occludin的表達***增強(圖5C和D)。此外，weste...

LC3陽性囊泡在質膜損傷后在修復部位積聚用激光照射*細胞MCF7，致使細胞膜上形成小孔。使用膜不可滲透的FM1-43染料測量膜完整性，發現在Ca2+存在下，細胞能夠在20到30s內修復它們的質膜(Fig.1,AandB,left)；在缺乏Ca2+的培養基中受損的細胞無法修復并繼續吸收細胞不可滲透的染料(Fig.1B,right)。使用穩定表達融合蛋白增強型綠色熒光蛋白(eGFP)-LC3的MCF7細胞研究激光照射后自噬是否參與該過程，結果顯示，LC3陽性點在損傷后大約8-10min開始在修復部位形成（Fig.1C）；在未損傷區域中LC3陽性點未增加（Fig.1D）；LC3依賴于ATG7（Fig...

二、染色質的可及性明確了細胞的類型 我們使用R包Signac來研究不同細胞類型間染色質可及性的差異。細胞類型可以根據差異開放區域（DARs）是開放的還是封閉的來區分(Fig.2a）。約20%(平均比例=0.2030.04)的DAR與各自細胞類型中的差異表達基因密切相關(補充表4)。例如，LRP2是一個表達在近端小管的譜系特異性基因，該區域的覆蓋圖顯示其啟動子和基因體內ATAC峰的數量和幅度增加(圖2a)。事實上，大部分DAR都位于距離**近的轉錄起始位點3kb內的啟動子區域(圖2b，補充圖7)。第二個**常見的位置是內含子，DAR在不同細胞類型中的分布相對保守(圖2c)。 神經絲(N...

點擊該基因的名稱，將彈出該基因在NCBI中的鏈接。也可以單擊“paper ID”來瀏覽原始文獻中的更多詳細信息。***，在“詳細信息”部分中總結了有關疾病，細胞類型和基因的詳細信息。SC2disease還提供了從基于單細胞的結果和基于GWAS的結果得出的疾病的易感基因。所有GWAS數據均從GWAS目錄獲得。以2型糖尿病為例，將通過單擊“可視化”顯示由scRNA-seq和GWAS檢測到的易感基因列表。此外，可通過單擊“可視化”以可視方式顯示結果。在所得圖中，x軸是從GWAS結果獲得的基因中SNP的**小P值。y軸是從scRNA-seq結果獲得的疾病的重疊敏感性基因的細胞類型。條的顏色顯示基因表達...

2021年6月，***一篇發表在Curr Biol（IF=9.601）的文章（The RAS GTPase RIT1 compromises mitotic fidelity through spindle assembly checkpoint suppression.）從共生功能體視點的角度對29名接受同種異體造血干細胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了RIT1直接與SAC**組件MAD2和p31conmet相互作用；CDK1在有絲分裂過程中磷酸化RIT1并抑制其與SAC的相互作用；RIT1是細胞有絲分裂及時進展所必需的；RIT1致病水平促進染色體...

研究報道S100A4可以增強STAT3的磷酸化，而STAT3的磷酸化與OPN的表達是相關的，并且STAT3被預測是OPN的潛在轉錄因子。因此，檢測了S100A4敲除和過表達后OPN表達，STAT3表達和STAT3磷酸化，結果顯示OPN表達和STAT3磷酸化水平與S100A4的變化趨勢一致；并且敲除STAT3后HCC細胞系中OPN表達和STAT3磷酸化被******（圖5a-c）。這些結果表明S100A4可以***STAT3磷酸化并增加OPN表達。為了進一步探究S100A4過表達外泌體對STAT3磷酸化和OPN表達的影響，使用該外泌體預處理HCC細胞，結果顯示它可以***促進STAT3磷酸化和O...

褪黑素不能挽救Fth 敲低HT-22細胞中機械性損傷引起的鐵死亡 為了進一步證實褪黑素對Tth小鼠在Fth- KO小鼠中的上述作用，將HT-22細胞系用siRNA轉染，然后在體外進行機械刮擦損傷。siRNA敲低Fth可以降低Fth的蛋白質水平。鑒于脂質過氧化是鐵死亡的標志，使用DCF和BODIRY 581/591 C11作為評估了溶質ROS。與對照組+刮擦損傷組相比，siFth +刮擦損傷組細胞的熒光強度顯著增加，表明siFth增強了HT-22細胞中機械刮擦損傷引起的ROS產生的上調。重要的是，與未經***的siFth組相比，用褪黑素處理siFth轉染的HT-22細胞未能顯著減少刮擦...

A.隨著從單個核中同時捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業平臺的發布，我們推斷通透細胞可以用于同時捕獲三個主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據轉錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經過試驗和關鍵步驟的優化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達平臺上獲得文庫，該平臺使用46個低聚標記抗體組合了數千個單細胞的所有三種測量結果.B.D.在對裝入4孔的細胞進行初始數據處理后，我們鑒定出29264個通過上述scATAC-seqQC標準的細胞條形碼，有2,500,...

基于 RNA-seq 數據，PI3K-AKT 信號在 ADM 期間在巨噬細胞中顯著富集。當觀察PI3K-AKT 通路中這些升高的基因時，發現80%的基因與細胞外基質 (ECM)-受體相互作用、生長因子/細胞因子-受體相互作用有關，表明它們參與了巨噬細胞與相鄰細胞之間的串擾。同時，在第 3 天在 CD11b + F4/80 + CD206 +胰腺巨噬細胞中觀察到更高的 AKT ***。在ADM 階段***巨噬細胞的 PI3K-AKT ***時，胰腺修復/再生明顯受到阻礙。通過流式細胞術分析，我們發現胰腺中 M2 樣巨噬細胞（CD11b + F4/80 + CD206 +）的數量變化較小，而未成熟...