結果1）circPDE4B在OA組織中表達較低 我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細胞核糖體RNA缺失的總RNA進行了RNA-seq分析。在數量**多的50個***調控異常的circRNA中，circPDE4B的表達水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴重程度(圖1A)。同時，我們進行了組織形態學和熒光原位雜交實驗，結果顯示軟骨降解程度增加對應軟骨細胞中circPDE4B的表達降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴重OA組織軟骨細胞中circPDE4BRNA水平下調，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達與OA的嚴重程度呈負相...

***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標志物的數據庫，包括四種主要類型的分子生物標記（化學，蛋白質，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標記類別（診斷，預測，預后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標志物名稱和同義詞，相關條件或病理，詳細的疾病描述，詳細的生物標志物描述，生物標志物特異性，敏感性和ROC曲線，標準參考值（對于蛋白質和化學標志物），變體（對于SNP或遺傳標志物） ），序列...

ALKBH3參與了5’-tRF-GlyGCC的生物發生 LKBH3是一個tRNA去甲基化酶，*被鑒定為誘導tDRs的生成。為了研究ALKBH3是否參與了5’-tRF-GlyGCC的生物發生。首先，檢測5’-tRF-GlyGCC和ALKBH3在9種人CRC細胞系和人結腸黏膜上皮細胞NCM460中的表達。結果顯示，在大多數測量的CRC細胞系中，5’-tRF-GlyGCC和ALKBH3mRNA均***高于NCM460細胞。同樣，westernblot分析證實，在CRC細胞中，ALKBH3蛋白表達上調。此外，5’-tRF-GlyGCC的表達與測量的CRC細胞中ALKBH3的mRNA水平***...

為了評估這些CAR-T細胞的功能性記憶能力，在CAR-T細胞轉移后30天用LeY + 卵巢*細胞系OVCAR-3(Fig. 5D)處理小鼠，觀察到與未處理的CAR組相比，預處理的CAR-T細胞在小鼠血液中的擴增***增加(Fig. 5G)。意味著先前接受過CAR-T細胞***的小鼠的**控制***增強(Fig. 5H-I)。值得注意的是，第30天的**大小與**侵襲前血液中CD3+ T細胞的數量呈***負相關(Fig. 5J)，表明CDK4/6i處理的CAR-T細胞的持久性增強是驅動**控制的關鍵因素。事實上，**接種后40天，接受預處理的CAR-T細胞的小鼠浸潤CD4+和CD8+ CAR-T...

TRIM25的RNA結合活性對于其對底物的泛素連接酶活性是必需的。構建了一個帶有FLAG標記RNA結合域（RBD）缺失突變體。TRIM25ΔRBD不影響IGF2BPs的蛋白質水平，對IGF2BPs的泛素化水平沒有明顯影響，表明TRIM25完整的RBD對于IGF2BPs的有效泛素化和降解是必要的。這些結果表明，TRIM25通過泛素-蛋白酶體途徑促進NSCLC細胞中IGF2BPs的降解，并且TRIM25的RNA結合活性對其在底物泛素化中的作用至關重要。 已經顯示，TRIM25使用RNA作為其靶標有效泛素化的支架。然后，探討了TRIM25對IGF2BPs的泛素連接酶活性是否取決于circN...

奧沙利鉑耐藥是結直腸*(CRC)患者***中的一個挑戰。調節性T細胞(Treg)以其免疫抑制作用而聞名，靶向Treg是提高化療敏感性的有效途徑。Treg是一種提高化學敏感性的有效方法。外泌體遞送的miRNA被用作預測化療敏感性的潛在生物標志物。然而，Treg和外泌體miRNAs之間的關系仍然很大程度上是未知的。本研究結果表明，**分泌的miR-208b通過靶向PDCD4促進Treg擴增，這可能與CRC中奧沙利鉑化療敏感性的降低有關本。這些發現突出了外泌體miR-208b作為奧沙利鉑***反應的預測生物標志物的潛在作用，并且它們是免疫***的新靶點。本研究于2021年4月發表于《Molecula...

YTHDF1水平的降低導致MGC-803移植**的**進展延遲(補充圖S2D和S2E)；與對照組相比，YTHDF1缺陷**的重量和體積***減少(圖2D)。因此，在YTHDF1缺陷**中，增殖標記物Ki-67下調，凋亡標記物cleavedcaspase-3上調(圖2E)。通過兩種轉移模型探討YTHDF1是否參與了胃*的體內轉移。尾靜脈注射MGC-803-sicontrol細胞導致肺轉移，而注射MGC-803-siYTHDF1l細胞幾乎完全消除轉移淋巴結的形成。***建立了PDX模型，發現敲除YTHDF1抑制了**的生長和重量。上述結果表明YTHDF1在胃*發生中起重要作用。轉座酶染色質可及性單...

六、INPP4B通過增強GSK3β的溶酶體降解促進pi3k依賴的Wnt/β-catenin信號轉導 通過nanoString RNA譜分析，我們檢測了GFP-INPP4B和gfp載體表達MCF-7細胞中已知的**通路，結果顯示幾種Wnt/β-catenin通路基因的表達發生了改變(圖6a)。定量RTPCR證實GFP-INPP4B-MCF-7細胞中Wnt/β-catenin靶基因AXIN2(1.8倍)、LEF1(5.6倍)、DKK1(3.3倍)和MYCN(2倍)的mRNA表達增加，表明Wnt/β-catenin信號通路增加(圖6b)。它結合TCF/LEF轉錄因子，促進Wnt靶基因的轉錄...

我們已經進行了snATAC-seq和snRNA-seq來研究染色質可及性如何改善我們對成熟人類腎臟中細胞狀態和功能的理解。我們生成了一個包含轉錄組和表觀基因組數據的交互式多模態圖譜。結合snRNA-seq和snATAC-seq分析提高了檢測近端小管和厚升肢內獨特細胞狀態的能力，并重新定義了可能有助于腎臟再生和細胞特異性離子通透性的細胞異質性。 一、人類成年腎臟的單細胞轉錄和染色質可及性分析 1）成人腎臟中的單細胞轉錄和染色質可及性分析 snRNA-seq基于譜系特異性標記的表達(圖1c，補充圖1b)，鑒定了腎皮質內所有主要細胞類型(圖1b，補充圖1a)。檢測了近端小管(P...

RBM17促進PTC細胞的增殖和遷移，并在PTC**組織中升高 接下來探究RBM17在PTC細胞中的功能，RBM17的mRNA和蛋白表達在K1細胞系中遠低于TPC-1和BC***細胞，其表達趨勢類似于tiRNA-Gly（圖4A-B）。于是構建了RBM17過表達的K1細胞系，發現其增殖和遷移曾麗***增加（圖4C-F）。RBM17敲低則效果相反（圖4G-J）。此外，RBM蛋白表達在PTC**組織中***高于*旁組織（圖4K）。以上結果表明RBM17的作用和tiRNA-Gly相似，在PTC中促進**進展。 RBM17的衰減抑制了tiRNA-Gly對PTC細胞的影響，RBM17在PT...

RBM17促進PTC細胞的增殖和遷移，并在PTC**組織中升高 接下來探究RBM17在PTC細胞中的功能，RBM17的mRNA和蛋白表達在K1細胞系中遠低于TPC-1和BC***細胞，其表達趨勢類似于tiRNA-Gly（圖4A-B）。于是構建了RBM17過表達的K1細胞系，發現其增殖和遷移曾麗***增加（圖4C-F）。RBM17敲低則效果相反（圖4G-J）。此外，RBM蛋白表達在PTC**組織中***高于*旁組織（圖4K）。以上結果表明RBM17的作用和tiRNA-Gly相似，在PTC中促進**進展。 RBM17的衰減抑制了tiRNA-Gly對PTC細胞的影響，RBM17在PT...

支持了轉錄組學分析，流式細胞術表明帶有**記憶(Tcm)表型(CD44+CD62L+)的CD8+TILs的比例***更高，這在不同的**模型中是一致的(Fig.1H)。為了檢驗抑制CDK4/6對抗**T細胞免疫的長期功能效應，用CDK4/6i在短時間(抗**T細胞反應**活躍的3-13天)處理MC38-OVA荷瘤小鼠，然后停藥。在停止***時，CDK4/6i處理小鼠和對照小鼠的**體積是相等的(Fig.1I-J)。引人注目的是，在停止***后，既往使用CDK4/6i***的小鼠中有21只小鼠**完全***，而對照組只有9只(Fig.1K)。總之，這些數據表明CDK4/6的藥理抑制促進T細胞記憶...

第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳） 附加文件中可以包括平臺、批次等信息。 例如，在平臺列中，“1”表示數據來自 Affymetrix U133 plus2 平臺，“2”表示來自安捷倫微陣列芯片的數據，“3”表示來自 Illumina Hiseq 2000 的數據等。 第四步：填寫電子郵箱（選填，建議填寫） 如果填寫郵箱，結果會以郵件形式發送至該郵箱。 第五步：提交 數據文件全部上傳后，點擊“Submit”進行提交，頁面會自動跳轉至結果頁。也可以根據頁面給出的job ID查詢結果。 總而言之，我們可以使用Rank-In對**的芯片和 RNA-seq中的...

再生胰腺中胰腺巨噬細胞的動態轉錄組譜 為了進一步了解 AP 恢復過程中巨噬細胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細胞用于 RNA-seq 分析。顯著性差異表達基因繪制熱圖。為了評估這些基因簇的功能，使用網絡工具 DAVID Gene Ontology (GO) 進行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1 特征簇）高度表達的基因特別富集炎癥反應和 CCR2 依賴性趨化性。簇 25 和 27 包含在 ADM 階段（第 3 天）高表達的基因，具有不同的表達模式和功能，表明該階段的巨噬細胞異質性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號通路相關的基因在簇27中富集，而與...

背景：超過100個不同的RNA修改特征已經在過去的幾十年里,其中,該N6-methyladenosine(m6A)修改是**豐富的形式在真核mRNA。不同的m6A讀者蛋白優先區分轉錄組范圍內的RNAm6A景觀。在細胞質中，大多數YTH(YTHDF1-3和YTHDC2)和IGF2BP(IGF2BP1-3)家族蛋白與m6a修飾的mrna結合并調節其穩定性和翻譯。此外，其他蛋白質可以結合m6a修飾的前體rna在細胞核內，并影響其加工。 m6a相關基因缺陷影響多種生物過程。例如，metttl3的缺失導致受損的胚胎干細胞退出自我更新走向分化;抑制METTL14導致明顯的胚胎生長遲緩;斑馬魚胚胎...

與CD44v6敲低實驗的結果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(圖6H)。過表達C1QBP并沒有上調α-SMA的表達(圖6I)。同時過表達CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉了Pex誘導的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內注射肝轉移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6-kd或C1QBP-kd的Pex組小鼠的肝轉移減少。這些結果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用。F...

CRC細胞外泌體的表征 作者分離從CRC細胞表面脫落的各種囊泡，通過電子顯微鏡、納米顆粒大小電位分析和蛋白質印跡鑒定外泌體。為了確定外泌體是否可以被CRC細胞內化，用熒光染料PKH67標記外泌體，然后將它們與SW480細胞共培養，結果顯示SW480細胞表現出高吸收效率。與PKH67標記的外泌體孵育24小時后，超過90%的SW480細胞對PKH67熒光呈陽性，表明外泌體被SW480細胞內化。 轉移性CRCSW620細胞分泌的外泌體促進CRC細胞的遷移、侵襲和EMT 作者使用細胞系SW480和SW620作為實驗模型，通過CCK-8在24小時、48小時和72小時測定細胞活力。結...

另外，相對于對照組，在生理條件下，單獨使用siFth不能顯著增加ROS的產生。對鐵死亡的抗性與抑制BODIRY-C11氧化有關。與上述ROS結果一致。測量了鐵死亡的幾種推定生物標志物，包括xCT，Cox2和4HNE表達。如預期的那樣，與對照組+刮擦損傷組相比，在siFth轉染的HT-22細胞中，刮擦損傷的xCT表達顯著下降，而Cox-2和4HNE的表達顯著增加。重要的是，與未經***的siFth組相比，用褪黑素處理siFth轉染的HT-22細胞在刮傷后未能顯著改變xCT，Cox2和4HNE的表達。另外，在生理條件下，單獨的siFth與對照組之間上述蛋白質的表達沒有顯著差異。這些結果表明，用si...

結果1）circPDE4B在OA組織中表達較低 我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細胞核糖體RNA缺失的總RNA進行了RNA-seq分析。在數量**多的50個***調控異常的circRNA中，circPDE4B的表達水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴重程度(圖1A)。同時，我們進行了組織形態學和熒光原位雜交實驗，結果顯示軟骨降解程度增加對應軟骨細胞中circPDE4B的表達降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴重OA組織軟骨細胞中circPDE4BRNA水平下調，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達與OA的嚴重程度呈負相...

為了探究MIR210HG是否參與了一個新的MIR210HG- miRNA -HMGA2調控網絡，我們使用TargetScan、miRanda、CLIP-Seq和miRDB生物信息學數據庫來預測與HMGA2結合的mirna(圖3F)。選擇3個軟件程序分析交叉處的miRNAs作為候選miRNAs。通過將野生型雙熒光素酶載體介導的HMGA2構建物共轉染HEK293T細胞，共鑒定和篩選了110個miRNAs。轉染后，23個miRNA轉染細胞的熒光素酶活性***降低(圖3G)。在上述23種miRNAs中，轉染miR-3373p、miR-137、let-7c-5p和miR-98-5p時，熒光素酶活性***...

此外，circPDE4B不影響MID1水平(圖4E)。RPD和序列IP分析都顯示circPDE4B促進了RIC8A和MID1的結合(圖4F，G)。與這一發現相一致的是，體外結合試驗表明，circPDE4B增加了重組RIC8A和MID1蛋白之間的關聯(圖4H)。通過co-IP，MID1與RIC8A在N端調控域結合(圖4I)。此外，我們檢測了RIC8A的功能位點。在HCs中免疫沉淀RIC8A并進行MS分析，證實了RIC8A中氨基酸殘基的泛素化(圖4J)。在RIC8A、K143和K187中鑒定出10個泛素化位點，并且在人類和小鼠之間并不保守(圖4J)。因此，我們將保守的RIC8A位點從賴氨酸(K)突...

然而，SsD***降低了MerTK和BCL-2轉錄本的穩定性，這隨后導致了它們的翻譯降低(圖7F和7G)。基因特異性m6A qPCR證實MerTK、BCL-2和STAT3的RNA或蛋白水平的變化是由m6A介導的mRNA穩定性引起的。為了在體內檢測這些效應，我們將Kas-1尼洛替尼耐藥細胞移植給裸鼠。細胞接種后，為了保持耐藥表型，我們繼續每周兩次腹腔注射尼洛替尼，直到**體積接近100mm3。然后，隨機分組給予次優劑量的SsD (圖7H)。SsD本身略微減緩了耐藥**的生長(圖7I和7J)。在機制上，我們觀察到mRNA m6A甲基化的總體增加(圖7K)。 結論：我們的研究揭示了FTO/...

一、腦損傷改變了果蠅的大腦蛋白質組，擾亂了NCT蛋白和Nup蛋白水平 為了研究創傷性腦損傷的機制，我們使用了一個具有良好特征的創傷性腦損傷果蠅模型，該模型顯示了強大的表型，如TDP-43同源物(Tbph)、p62、應激顆粒和泛素病理，以識別和研究創傷性腦損傷后大腦蛋白質組的變化(圖1A)。對暴露于重復TBI的三齡果蠅幼蟲大腦中的2000個蛋白質進行了無偏性蛋白質組學分析(w1118)，發現361個蛋白質在創傷損傷后發生了***變化(p 0.05，學生t檢驗)。基于基因本體論(GO)的復雜網絡分析在BiNGO (Cytoscape 3)中對tbi相關腦蛋白質組與非tbi對照進行了關聯分...

6）SsD抑制患者原代細胞 我們從吉林大學***醫院**組織/生物標本庫獲取AML患者外周血，進一步評估SsD對白血病進展的影響。SsD***抑制了白血病細胞增殖(圖6A)、集落形成能力(圖6B)、誘導細胞周期阻滯(圖6C)。在機制上，這是由FTO介導的m6ARNA甲基化及其在SsD處理的原代細胞中的靶點調控的(圖6D-G)。當我們使用“人-鼠”異種移植白血病模型來評估SsD在體內對白血病進展的影響時(圖6H)，與上述類似，使用SsD******抑制AML進展，包括降低WBC，減少BM中的白血病母細胞，減少脾腫大，抑制肺轉移，延長AML原代細胞異種移植小鼠的存活時間(圖6I-N)。因...

7）在體外，上調UCP1減少AKI期間的脂質積累可通過AMPK/ULK1途徑促進自噬 自噬已被證實在AKI中發揮重要作用。因此，自噬已經成為我們關注的重要途徑之一。在通過慢病毒轉染過表達UCP1或UCP1激動劑CL316243的AKI細胞模型中，自噬相關指標顯示AMPK/ULK1/自噬通路******(圖7A-B)。電子顯微鏡圖像也顯示，上調UCP1消除AKI中的脂質積累后，細胞自噬得到促進(圖7C)。基于這些發現，為了驗證自噬在UCP1功能中的重要性，我們進行了功能恢復實驗。如圖7D-F所示，氯喹抑制自噬***逆轉了順鉑組UCP1引起的炎癥指標下降。同樣，TUNEL染色顯示，使用氯...

由于腸道微生物群在多囊卵巢綜合征的起始和發展中起著重要作用，作者還研究DHEA和tempol是否影響腸道的氧化還原狀態。腸道MDA、3-NT和AGEs水平在PCOS大鼠中***高于對照組和氧化生物標記的增加被tempol處理消除(圖3K-M)。此外，tempol***增加PCOS大鼠的腸道SOD1和SOD2表達(圖3N)。因此，這些結果表明tempol能夠降低PCOS大鼠的腸道氧化應激。 4. Tempol減輕PCOS大鼠腸道微生物失調 隨后，通過rarefaction和Shannon曲線(Fig. 4A-B)，以及4個α-多樣性指數(ACE)、Shannon、Simpson和...

首先這是首頁界面，可以根據自己想了解的疾病、化學品、基因和通路等進行搜索。我們以氣道梗阻為例，首先進入視野的就是進本信息，然后是化學品與基因相互作用，其次是氣道梗阻相關化學品，之后是氣道梗阻相關基因，***還有表型和通路相關數據。 該數據庫還將解剖學及其相關表型與環境化學物質聯系起來，使它們可計算用于薈萃分析，并使 CTD 中化學和表型景觀的解剖學視角成為可能。2020 年， CTD 利用醫學主題詞中“解剖學”分支的修改子集作為其受控詞匯源，其中包括 1799 個用于解剖結構和區域、生理系統、流體和組織、細胞和亞細胞成分的術語。 為鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶對RN...

進一步使用E8聚類分析顯示，這些暴露于慢性d-flow的ec向免疫細胞樣類型(EndICLT)轉變，但沒有達到完全分化的免疫細胞狀態(圖3C和S3)。圖3D顯示了EC簇中EndMT、Tagln、Acta2、Cnn1和Snai1的四個標記物，分別**了s流(E2)、急性d流(E6)和慢性d流(E8)染色質可及性的變化。與s-流(E2)和急性d-流(E6)相比，慢性d-流在E8的啟動子區域(箭頭)增加了這些基因的可及性。從scRNA-seq數據的小提琴圖中可以看出，E8中相應基因的表達量增加，進一步證實了這一結果(圖3E)。DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。武漢電鏡標書 結...

4、Sirt1是在MRL/lpr小鼠中hUC-MSCs介導的CD4+T細胞衰老所必須的 接下來，檢測了Sirt1是否是hUC-MSCs促進MRL/lpr脾CD4+T細胞衰老所足夠和必要的。研究發現，使用Sirt1抑制劑-EX527預處理MRL/lpr小鼠的CD4+T細胞后，Sirt1的表達減弱，p21和p16的表達和p53的乙酰化水平均增加了(圖4A)。相反地，用Sirt1的選擇性***劑SRT1720預處理MRL/lpr小鼠的CD4+T細胞后，可以抑制hUC-MSCs誘導的衰老(圖4B)。綜上所述，這些數據表明Sirt1是hUC-MSCs增加MRL/lpr小鼠脾CD4+T細胞衰老的...

PGE2 增強 IL4Rα 信號以增強巨噬細胞的 M2 *** 巨噬細胞能夠響應可變的局部微環境信號從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經典的信號級聯（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細胞還可以整合由細胞外刺激觸發的代謝線索，以***它們的 M2表型。在這里，我們想知道 PGE2 是否也參與了 AP 損傷后胰腺巨噬細胞的 M2 極化。為此，我們首先檢查了 AP 損傷后 PGE2 的動態表達。COX1 和 COX2 是產生前列腺素的兩種關鍵酶。在這里我們發現Ptgs2 (COX2)的表達在第 3 天達到峰值，而Ptgs1 (COX1)的表達在第 1 天下降并在第 3 天回到基礎水平...