細胞周期蛋白依賴性激酶4和6(CDK4/6)的藥理學抑制劑是***受體陽性乳腺*的獲批***藥物，目前正在其他**類型的數百項臨床試驗中進行評價。這些抑制劑的臨床成功在很大程度上歸因于定義明確的**內在細胞抑制機制，而其作為免疫調節劑的新作用知之甚少。本研究利用整合的表觀基因組、轉錄組學和蛋白質組學分析，證明了CDK4/6抑制劑在促進免疫T細胞記憶的表型和功能獲得中的新作用。本文的機制見解拓寬了CDK4/6抑制劑作為增強抗**T細胞免疫的臨床工具的前瞻性效用。本研究于2021年5月14日發表在《Cancer Discovery》IF:29.497期刊上。評估了丙酸丁酸和異丁酸的含量是否與運動恢...

6、MiR-199a-5p改善MRL/lpr小鼠疾病 接下來，在體內評估了miR-199a-5p對MRL/lpr小鼠的影響。17周齡MRL/lpr小鼠每4天注射20nmolmiR-199a-5pagomir或對照(agomirnc)，共4周(圖6A)。末次注射后48h處死小鼠，分離脾臟CD4+T細胞。與對照組相比，miR-199a-5pagomir處理組顯示miR-199a-5p水平升高(圖6B)，Sirt1表達降低(圖6C)，衰老標志物p21和p16的表達***上調(圖6D)。這些數據表明hUC-MSCs通過miR-199a-5p增加MRL/lpr脾CD4+T細胞衰老。 接下...

2021年6月，***一篇發表在Curr Biol（IF=9.601）的文章（The RAS GTPase RIT1 compromises mitotic fidelity through spindle assembly checkpoint suppression.）從共生功能體視點的角度對29名接受同種異體造血干細胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了RIT1直接與SAC**組件MAD2和p31conmet相互作用；CDK1在有絲分裂過程中磷酸化RIT1并抑制其與SAC的相互作用；RIT1是細胞有絲分裂及時進展所必需的；RIT1致病水平促進染色體...

有趣的是，研究報道S100A4可以增強STAT3的磷酸化，而STAT3的磷酸化與OPN的表達是相關的，并且STAT3被預測是OPN的潛在轉錄因子。因此，檢測了S100A4敲除和過表達后OPN表達，STAT3表達和STAT3磷酸化，結果顯示OPN表達和STAT3磷酸化水平與S100A4的變化趨勢一致；并且敲除STAT3后HCC細胞系中OPN表達和STAT3磷酸化被***抑制（圖5a-c）。這些結果表明S100A4可以***STAT3磷酸化并增加OPN表達。 為了進一步探究S100A4過表達外泌體對STAT3磷酸化和OPN表達的影響，使用該外泌體預處理HCC細胞，結果顯示它可以***促進...

H&E染色顯示oil+ PBS組卵巢在不同發育階段均出現卵泡和少量新鮮黃體(圖1C)。與對照組相比，DHEA + PBS組的囊泡數量較多，黃體數量較少。另一方面，tempol處理減少了囊泡的數量，增加了黃體的形成(圖1C-E)。檢測了血清睪酮、eE2、LH、PRGE、FSH 5種性類固醇***水平。DHEA + PBS組血清睪酮水平明顯高于oil+ PBS組。Tempol***降低PCOS大鼠血清睪酮和eE2水平，但對血清LH、PRGE、FSH水平無明顯影響(圖1F)。DHEA處理的大鼠血清膽汁酸水平***降低，但這種減弱在DHEA + tempol組消失了(圖1G)。在DHEA + PBS組...

6）MAPK1-109aa通過競爭性結合MEK1來抑制MAPK1的磷酸化 為了研究MAPK1-109aa抑制GC的分子機制，我們將標記的MAPK1-109aa質粒轉染HEK293T細胞。在flag標記的MAPK1-109aa免疫沉淀復合物中，潛在的相互作用蛋白被拉下(圖7a)。采用蛋白MS分析對差異表達蛋白進行鑒定。在被識別的蛋白質列表中，豐度比較高的蛋白質是MEK1，表明MEK1是MAPK1-109aa潛在的相互作用蛋白(圖7b，c)。此外，flag標記的MAPK1-109aa可以與MEK1相互作用，證實了MAPK1-109aa與MEK1之間的直接相互作用(圖7d)。免疫熒光染色顯...

3、外泌體S100A4是HCC細胞轉移潛力的關鍵增強子 為了探究通過HMH-exo增強HCC轉移能力的關鍵，作者對LMH-exo和HMH-exo進行了iTRAQ質譜篩選。結果從HMH-exo中鑒定到116個***上調和43***下調的蛋白質；結果發現了4個蛋白家族的聚類：Apo、PSM、EEF/EIF和S100鈣結合蛋白家族（圖3a-b）。經過文獻分析，作者主要關注了S100鈣結合蛋白家族，并以其中*****差異表達的4個蛋白為主：依次是S100A4，S100A6，S100A10，和S100A11。作者檢測了這4個蛋白在5個HCC細胞系外泌體中的表達豐度，結果發現依然是S100A4的...

為了進一步確定過表達的Caspase-11是否足以加重MCD誘導的NASH，我們給小鼠使用了Caspase-1抑制劑belnacasan。belnacasan******降低MCD***對照組小鼠的脂肪變性評分(圖8H)。相比之下，belnacasan***不影響MCD處理的Caspase-11過表達小鼠的脂肪變性評分。同樣，belnacasan處理***降低了MCD處理對照組小鼠的腫脹評分(圖8I)、血清ALT(圖8J)、AST(圖8K)和肝臟甘油三酯(圖8L)，而MCD處理過表達Caspase-11小鼠的這些指標沒有明顯影響。綜上所述，過表達Caspase-11足以促進MCD誘導的小鼠...

APCmRNA上的METTL3依賴性m6A上調抑制APC表達 為了確定METTL3依賴的m6A調控對APC表達的影響，構建了一個熒光素酶報告基因，熒光素酶分析顯示，METTL3缺失**增加了WTAPC的熒光素酶活性，而突變的APC提高了熒光素酶活性并使該活性抵抗METTL3缺失的調節。相反，METTL3過表達抑制了WT-APC的熒光素酶活性，但沒有突變的APC。這些結果表明METTL3介導的m6A水平的APCmRNA上調抑制了APC的表達。 與這一發現一致，METTL3缺失增加了APCmRNA和蛋白質表達（，并且這些增加被KYSE450細胞中rMETTL3的重組表達所消除。此外...

MiR-101-3p和MiR-423-5p在體外MB細胞中作為**抑制因子發揮作用 我們使用CCK-8分析了miR-101-3p和miR-423-5p對MB細胞增殖能力的影響。與對照組相比，Daoy和D283Med細胞中miR-101-3p或miR-423-5p的過表達導致**細胞增殖率降低。通過CCK-8分析，我們進一步評估了添加來自MB患者血漿的外泌體對Daoy和D283Med細胞增殖的影響，結果表明，兩種細胞系的**細胞的增殖能力均受到***抑制。接下來，我們研究了miR-101-3p和miR-423-5p對細胞凋亡的影響。與陰性對照組相比，任一miRNA的過表達都導致Daoy...

四、TEA-seq轉錄本、表位和可及性的三峰測量 A.隨著從單個核中同時捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業平臺的發布，我們推斷通透細胞可以用于同時捕獲三個主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據轉錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經過試驗和關鍵步驟的優化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達平臺上獲得文庫，該平臺使用46個低聚標記抗體組合了數千個單細胞的所有三種測量結果. B.D.在對裝入4孔的細胞進行初始數據處理后，我們鑒定出2926...

AP損傷后胰腺巨噬細胞的表型變化A動物模型使用雨蛙素誘導，。為了研究AP后的修復/再生過程，用更高劑量的雨蛙素（100μg/kg，每小時10次）誘導AP，并在一周內的不同時間點收集胰腺。接受雨蛙素誘導***的AP小鼠在24小時后顯示出腺泡壞死和白細胞浸潤的組織學跡象以及血清淀粉酶升高。第3天出現典型的腺泡-導管化生(ADM)結構，第7天左右迅速恢復正常腺泡。為了檢測免疫細胞的比例，分離并分析了AP誘導后的胰腺白細胞。發炎的胰腺內**豐富的免疫細胞是巨噬細胞（CD11b+F4/80+CD11c-）。流式細胞術分析的胰腺巨噬細胞數量在第1天和第3天顯著增加。根據F4/80水平，胰腺巨噬細胞從第1天...

病理上，脊髓損傷(SCI)后血脊髓屏障(BSCB)破裂導致大量周圍巨噬細胞浸潤到損傷區域，并在新生血管周圍聚集。M1極化的巨噬細胞在SCI過程中起著至關重要的作用。***小編給大家介紹于2020年3月發表在影響因子為9.986的“Redox Biology”上的文章“Exosomal miR-155 from M1-polarized macrophages promotes EndoMT and impairs mitochondrial function via activating NF-κB signaling pathway in vascular endothelial cells...

此外，Ago2 RIP 分析表明 miR-1252-5p、circ_0072083、ALKBH5 和 NANOG 可以在同一復合物上富集。此外，在U251/TR和U87/TR 細胞中，通過circ_0072083 沉默，miR-1252-5p 水平明顯增強。miR-1252-5p 過表達顯著降低了 U251/TR 和 U87/TR 細胞中的 ALKBH5 和 NANOG 水平。此外，在用 sh-NC + anti-NC、sh-circ_0072083 + anti-NC 或 sh-circ_0072083 + anti-miR-1252-轉染的細胞中研究了 circ_0072083/miR-1...

接著作者為了進一步證明YTHDC2與LUAD的關系，與相鄰的*旁組織相比，在LUAD**中觀察到YTHDC2 mRNA和蛋白的***下調(圖1E-G)，組織芯片檢測(TMA)評估cohort #1中YTHDC2的表達，結果顯示51% (98/192) LUAD患者的YTHDC2表達下調(圖1H、I)。值得注意的是，YTHDC2表達下調與更大的**直徑和更晚期的分期相關(圖1J、K)。表明抑制YTHDC2可促進LUAD的**進展。 2.過表達YTHDC2抑制細胞活力和**發生 為了探索YTHDC2在體內的m6A解讀器功能，作者構建AAV5表達系統(KPYWT、KPYΔYTH和對照...

五、npm1突變的AML亞型可預測總生存率 評估了原始亞型和committed亞型是否與患者總生存期相關(圖5A;補充圖22)。與committed亞型相比，原始亞型與明顯更差的生存率相關(Log-rank檢驗p=0.002)。為了確定我們的聚類是否超出了已建立的預測因素，我們還擬合了一個多變量Cox比例風險模型，調整了臨床病理參數，如性別、白細胞計數、年齡、核型和突變，包括FLT3-itd、FLT3-TKD、DNMT3A、NRAS和KRAS。多變量分析顯示，原始亞型和committed亞型具有***的互補預后價值(p-值=0.01，圖5B)。 circNDUFB2通過增強泛素/蛋白...

前，PROTAC-DB包括1662個PROTAC，202個彈頭（靶向目標蛋白質的小分子），65個E3配體（能夠募集E3連接酶的小分子）和806個接頭，以及它們的化學結構，生物學活性和理化性質。除了彈頭和E3配體的生物活性外，PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力，結合親和力和細胞活性。 數據庫的查詢和瀏覽為了方便對PROTAC-DB中的數據進行檢索，作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上，PROTAC-DB可以進行基于文本的檢索和基于結構的檢索?；谖谋镜乃阉魇窃谡麄€PROTAC-DB中進行搜索的一種簡單方式，只需輸入單個術語，如目標名稱、化合物名稱或ID。對于基于結構的搜索...

tiRNA-Gly通過RBM17調節增殖或遷移相關基因的選擇性剪接 由于RBM17是一種參與mRNA選擇性剪接的剪接體蛋白，研究tiRNA-Gly在與RBM17結合時是否調節下游基因的選擇性剪接將是一項有趣的研究。對過表達tiRNA-Gly后的K1細胞系進行RNA測序，所有的選擇性剪切事件如6A所示，外顯子跳躍（cassette外顯子）占37.67%，A5SSs剪接占6.78%，A3SSs剪接占4.99%，備選***外顯子(AltStart)剪接占18.19%，備選末端外顯子（AltEnd）剪接占18.74%，互斥事件（MEXs）占5.12%，內含子保留剪接（IR）占8.51%。外顯...

雄***和雄***受體(AR)是******轉錄因子(TF)，是驅動前列腺*(PCa)發***展的關鍵因素。因此AR是晚期PCa******的主要分子靶點。雄***剝奪療法，特別是第二代抗雄***和雄***合成抑制劑**初是有效的。然而，由于患者仍然可以從晚期PCa進展到致命性去勢抗性前列腺*(CRPC)，需要新的***靶點和生物標志物。靶蛋白的一個來源可能是ar相關的染色質蛋白。 大多數目前已知的核受體(NR)相互作用蛋白，包括那些AR，已經通過遺傳篩選，如雙雜交系統，免疫共沉淀和基于肽段的體外方法。盡管親和純化-質譜耦合(MS)已經啟發了NRs的輔助調節器，但它很少在**NRs自...

5）Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用 此前，我們發現IGF-1可以通過誘導補體C1q結合蛋白(C1QBP)從細胞質轉位到膜上，驅動CD44v6/C1QBP復合物的形成，從而***IGF-1下游通路。因此，我們很想知道C1QBP是否通過CD44v6相互作用參與Pex誘導的HSC活化。我們的結果表明C1QBP在Pex中的表達明顯高于Npex(圖6A)。如圖6B所示，C1QBP在Pex孵育的HSCs中表達高于Npex組。同時，與Pex處理的細胞相比，C1QBP-kdPex處理HSCs后C1QBP蛋白水平***降低(圖6B)。與Pex...

IGF2BP結合區域包含“ GGAC” N6-甲基腺苷（m6A）**基序。IGF2BPs是m6A結合蛋白。為了探索circRNA和IGF2BP之間的相互作用是否通過m6A依賴性的方式進行調節，對circNDUFB2進行了MeRIP，并觀察到circNDUFB2中m6A的顯著富集。敲低METTL3和METTL14顯著降低了circNDUFB2中m6A修飾的水平，并且沒有改變circNDUFB2的水平。METTL3 / 14敲低顯著削弱了circNDUFB2和IGF2BP之間的相互作用。 這些數據表明，circNDUFB2以依賴于m6A的方式與三個IGF2BP物理相互作用。FMT處理可能促進了創傷...

在沒有RNA配體的情況下，RIG-I采用一種自動抑制的構象，CARDs發出信號。因此假設circNDUFB2可能通過促進其CARDs釋放***RIG-I。用Co-IP檢測RIG-I的CARDs（FLAG-CARD）和螺旋酶結構域（HA-ΔCARD）之間的相互作用。結果表明circNDUFB2抑制了RIG-I的CARDs和螺旋酶結構域之間的相互作用。此外，circNDUFB2增強了CARDs與線粒體抗病毒信號蛋白（MAVS）的相互作用。這些結果表明circNDUFB2可能通過破壞CARDs與其解旋酶結構域之間的分子內相互作用來***RIG-I，并使RIG-I保持活性，從而***RIG-I-MAV...

CircRNF13直接結合SUMO2mRNA的3’UTR穩定SUMO2 為了探究circRNF13調節GLUT1泛素化的機制，作者進行了LC-MS/MS，其中SUMO2引起了作者的注意。SUMO2類泛素化修飾（SUMOylation）是泛素化樣蛋白修飾成員可以調節蛋白降解通過泛素化途徑。并且研究表明SUMO2在NOC中是抑制糖酵解的。于是探究circRNF13與SUMO2的結合關系。與預期一致，過表達circRNF13會在mRNA和蛋白水平誘導SUMO2的表達上調，干擾circRNF13則效果相反。生信分析揭示circRNF13和SUMO2的非編碼區存在結合位點。RNApull-do...

三、在體內，tbi介導的NCT缺陷和致死率被核輸出抑制劑抑制 為了確定TBI是否會損害體內的核質運輸，我們在果蠅運動神經元中過表達了一個帶有核定位序列(NLS)和核輸出序列(NES)標記的GFP蛋白(OK371-gal4)。在表達nlsnes -GFP的大腦中，GFP信號分布在細胞核和細胞質中(圖3A)。然而，定量分析顯示，在nls - nes -GFP表達的vnc暴露于TBI中，核GFP信號減少的細胞百分比***增加，而核GFP強度***降低(圖3B和C)，說明GFP核進口受到抑制和/或GFP核出口增加。接下來，我們在運動神經元中表達了一種用NLS和突變的NES (ΔNES)標記的...

5、白樺素可以改善小鼠的胰島素抵抗 由于白樺素可降低血清和組織中的脂質水平，因此接下來研究了白樺素是否可改善體內胰島素抵抗。與進食chow糧的小鼠相比，由WD喂養的小鼠表現出葡萄糖受損和胰島素耐受性。WD喂養的小鼠的白樺素或洛伐他汀***可顯著改善葡萄糖耐量和胰島素抵抗（圖6A-6D）。此外，WD喂養的小鼠的空腹血糖和胰島素升高通過白樺素的施用而被顯著降低，但洛伐他汀卻沒有（圖6E和6F）。總體而言，這些數據表明，白樺素可改善小鼠的胰島素抵抗。 異丁酸含量與BMS評分/ FITC -葡聚糖滲透性之間的相關性無統計學意義。焦亡活化標書 由于MLL1在HoxBlinc過表達介導的異常造...

作者構建了 (WT) SLC7A113’-UTR和突變型(Mut) 3’-UTR兩種質粒(圖6H)。結果表明，只有過表達YTHDC2WT降低SLC7A11 mRNA在H1299細胞中的穩定性，敲除YTHDC2可以提高SLC7A11 mRNA在H1975細胞中的穩定性。然而，與WT 3’-UTR相比，Mut報告基因的這些作用減弱(圖6I和J)。在檢測外源性F-Luc-SLC7A11融合mRNA的RNA穩定性后，得到了類似的結果(圖6K-M)?？偟膩碚f，3’-UTR上的m6A位點對于YTHDC2使SLC7A11 mRNA不穩定至關重要。 7.抑制YTHDC2對XC-系統靶向***敏感，并...

隨著全球老齡化人口的逐步增長，研究和制定健康老齡化戰略的需求變得越來越重要，并呈現出新的緊迫性。衰老是一個復雜的過程，受遺傳和表觀遺傳調控、翻譯后調控、代謝調控、宿主-微生物組相互作用、生活方式和許多其他因素的影響。近年來，高通量組學技術（包括基因組學、轉錄組學、表觀基因組學、代謝組學、蛋白質組學、藥物基因組學和宏基因組學）已廣泛應用于衰老研究，從而對衰老相關的分子變化進行大規模分析。因此，與衰老相關的有價值的數據量越來越大，需要一個開放和集成的數據庫來支持新的衰老研究領域。體外實驗證實circNDUFB2過表達******NSCLC細胞的增殖遷移和侵襲.TRF標書深圳表達PTENWT的細胞，...

L-14c-胱氨酸攝取試驗結果顯示，YTHDC2通過其YTH域抑制了H1299細胞產生的異種移植物、小鼠形成的LUAD和患者來源的LUAD細胞的胱氨酸攝取(圖3D-F)。圖3H證明了系統Xc功能受損與GSH水平降低相關。NAC和GSH給藥后發現，KPYWT小鼠的**負荷明顯高于給藥對照小鼠，且水平與KPE小鼠相似(圖3H、I)。與KPE小鼠相比，GSH和NAC給藥*導致KPYWT小鼠**中GSH/GSSG比值***增加。NAC和GSH的補充降低了KPYWT小鼠的脂質過氧化并縮短了存活時間(圖3K、L)。NSCLC中circNDUFB2下調.成都壞死標書 5）DRD2通過阻斷TAK1的磷酸化來...

作者檢測了69個化療敏感和47個化療不敏感患者的血漿中miR-208b表達，結果顯示與未響應組相比，miR-208b的表達水平在響應組***下調（圖2A-B）。同時檢測了血清*胚抗原(CEA)水平，血清miR-208b的曲線下面積(AUC)與血清CEA的AUC相比，優于血清CEA水平。在化療響應組，在化療前miR-208b的表達高于化療后，而在未響應組，化療前低于化療后水平（圖2C）。生存分析顯示，無進展生存期化療響應組***高于未響應組，miR-208b低表達組***高于高表達組（圖2D）。這些結果表明miR-208b可作為預測CRC中FOLFOX化療敏感性的非侵襲性標志物。FMT處理可以改...

染色質可及性是驅動腎元發育的動態過程，而腎元祖細胞具有不同的染色質可及性譜，且隨其分化而變化。染色質可及性在促進或抑制腎臟修復和再生中的作用對于設計急性和慢性腎臟疾病的治療方案具有重要意義，并可能有助于改善腎臟類***的定向分化。scRNA-seq和snATAC-seq在成年小鼠腎臟中的聯合分析為理解染色質可及性如何調節轉錄提供了一個框架。然而，人類腎臟的單細胞表觀基因組還沒有被描述。 生物信息學工具可以從snATAC-seq數據集中提取出scRNA-seq無法獲取的***信息。預測細胞類型特異性順式調控DNA相互作用和轉錄因子活性是補充scRNA-seq獲得的轉錄信息的兩種方法。長...