五、gata1調控靶基因的染色質可及性及表達動態 檢測了pySCENIC鑒定的**頂層gata1調控靶基因的scRNA-seq和scATAC-seq數據(根據AUCell評分排序)(圖5)。 我們觀察了兩個基因啟動子(距轉錄起始位點3kb[TSS])和遠端調控區域(距TSS50kb)的可及性，以及沿MEMP分化軌跡所選靶基因的表達水平(圖5A)。我們觀察到，在造血干細胞/mpp中，gata1調控靶基因的啟動子在任何明顯的基因表達之前通常是開放的(圖5A)。因此，與我們之前的觀察一致，造血干細胞/mpp的染色質可及性發生在*存在于分化程度更高的細胞中的轉錄變化之前。有趣的是，與第...

自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發生會增強*細胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進而影響疾病進程。 1.構建LIR預測模型pLAM 收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應蛋白,確定了LIR的序列信息。 驗證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預測，并對預測到的LIR基序對應的基因進行GO、Pathway富集分...

為了驗證tRFs&tiRNA-Seq數據，作者檢測了91對PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達在*和*旁中無***差異（圖1H）。總之，tiRNA-Gly可能在PTC的進展中起致*作用。 在小鼠模型中，tiRNA-Gly調節PTC細胞的增殖和遷移，并影響**生長 首先檢測了tiRNA-Gly在3株PTC細胞系中的表達，如圖2A所示，K1細胞系中tiRNA-Gly的表達***低于B...

外周血單個核細胞(PBMCs)梯度離心純化是研究人體免疫健康和疾病的臨床相關細胞的主要來源。像大多數其他人體組織一樣，PBMC是一種復雜的、異構的細胞類型混合物，來源于共同的干細胞祖細胞。盡管不同的PBMC細胞類型之間的基因組大部分是不變的，但每種免疫細胞類型執行重要的和不同的功能。理解控制細胞系規范、細胞成熟、***狀態和響應細胞內外信號的功能多樣性的基因組調控景觀，是理解健康和疾病中的免疫系統的關鍵。 **近單細胞基因組方法的改進使復雜細胞類型混合物的調控染色質景觀的輪廓成為可能。特別是，基于液滴的單核或單細胞轉座酶可及染色質分析(snATAC-seq, scATAC-seq, ...

在所有**中具有比較高***性頻率的基因是蛋白質編碼基因BCL9L。BCL9L在10種**類型的**組織中***上調。其表達水平與m6A信號呈正相關（r=0.35）和m6A亞型在總人口中。在泛*薈萃分析（HR）中，BCL9L的高表達與總體生存率降低***相關。這一發現在6個外部驗證數據集中得到證實，包括肺*，胃*，乳腺*，肝*和卵巢*，乳腺*。BCL9L是Wnt信號通路的重要成員，與Wnt信號通路的ssGSEA富集分數***相關。在參與Wnt信號轉導的5個m6A互作基因（MYC、LEF1、WIF1、CTNNB1和SOX2）中，BCL9L與MYC有很強的相關性（r=0.34）和CTNNB1（r=...

褪黑素可挽救TBI后皮層的鐵蓄積和神經元損傷 為了進一步研究褪黑素在TBI后鐵蓄積和神經元損傷中的假定作用，在TBI后第3天，在受傷的皮層中觀察到了Fe2 +，Fe3+，總鐵含量顯著增加。而褪黑素或Lip-1抑制TBI誘導的血清和同側皮層中鐵含量的上調的。Perls的藍色染色表明，TBI后第7天鐵陽性細胞的數量顯著增加，褪黑素或Lip-1***組的鐵陽性細胞少于對照組。鑒于TBI誘導的鐵超載伴隨著Fth表達的上調，使用免疫熒光染色觀察了TBI后神經元中Fth的表達。發現與假手術組相比，模型組中Fth陽性神經元的***增加，而褪黑素和Lip-1處理顯著降低了Fth陽性神經元。與假手術組...

3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調IL-6和IL-10 據報道，DRD2可調節M1的極化。結果顯示，在DRD2表達水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤增加，M2Mφ的浸潤減少(圖3A)。為進一步研究DRD2對TAMs的調控作用，構建了BrCa與Mφ共培養體系。當Mφ與表達DRD2的BrCa細胞共培養時，qRT-PCR顯示M1表型標記增加，M2Mφ標記下調(圖3B-C)。qRT-PCR也證實了載體轉染的BrCa細胞將Mφ調節為M2型(圖3C)[12]。WB結果顯示，表達DRD2的BrCa細胞上調M1標記iNOS，下調M2標記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達DRD2的*...

組織學分析表明，白樺素可以減少白色脂肪細胞組織（WAT）和棕色脂肪細胞組織（BAT）的細胞大小，而洛伐他汀*可以減少棕色脂肪細胞的大小（圖5G）。 油紅色O切片染色表明，與用WD喂養的對照***小鼠的肝臟相比，洛伐他汀或白樺素處理的小鼠的肝臟具有較低的脂質蓄積（圖5G）。這與洛伐他汀和白樺素降低肝脂質含量的先前數據一致（圖5E和5F）。 5、白樺素可以改善小鼠的胰島素抵抗 由于白樺素可降低血清和組織中的脂質水平，因此接下來研究了白樺素是否可改善體內胰島素抵抗。與進食chow糧的小鼠相比，由WD喂養的小鼠表現出葡萄糖受損和胰島素耐受性。WD喂養的小鼠的白樺素或洛伐他汀***可顯著...

在確定了UCP1與AKI中的脂質積累負相關后，我們試圖闡明其潛在的關系。首先，我們使用UCP1特異性過表達慢病毒載體和UCP1激動劑CL316243構建UCP1上調的細胞模型(圖3A)。如圖3B所示，UCP1過表達***降低了順鉑暴露HK2的脂質積累。UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結果。這些結果表明，UCP1參與了AKI中脂質積累的調節。為了進一步驗證這一調控關系，提高證據的可靠性，我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達腺病毒的方法建立AKI過表達UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過表達UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質積累(圖3E)。***，使用UCP1...

紡錘體裝配檢查點(SAC)作為一個傳感器的**的著絲點延遲有絲分裂進入后期，直到適當的染色體分離得到保證。這一安全機制的破壞導致基因組不穩定和非整倍體，這是胚胎死亡、先天性出生缺陷、智力殘疾和**的遺傳原因。然而，盡管了解了控制SAC的基本機制，但信號通路如何直接與有絲分裂檢查點活動相互作用和調節仍是未知的。在對細胞外刺激的反應中，參與細胞生長、生存和分化的多種信號通路網絡被***，這一過程***受到Ras家族小鳥苷三磷酸酶(GTPases)的調控。RIT1是一種ras相關的GTPase，調節細胞存活和應激反應，是通過有絲分裂和適當的染色體分離及時進展的必要條件。circNDUFB2過表達影響...

USF2促進circACTN4在BC中的表達為 了研究 circRNA 在 BC發展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達特征。共發現85個***差異表達的circRNAs， 63 個上調和22個下調circRNAs。熱圖顯示了14個上調的circRNA，其中circACTN4是失調**嚴重的一個，差異高達10倍。根據circBase數據庫發現circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗證了反向剪接連接點。為了驗證circACTN4的環形結構，使用聚斂引物和...

4.co-IP驗證LIR基序突變影響自噬 在HEK293T細胞中進行co-IP，結果表明STBD1LIR基序W203C是影響基因互作的重要結構。進一步研究發現，STBD中W203C突變影響其與GABARAPL1的結合，進而影響自噬指標的表達。 5. 在臨床樣本中檢測STBD1的表達 在*組織、*旁中檢測STBD1的表達水平，結果表明STBD1在*組織中***下調，與之前的預測結果一致。 6.細胞實驗研究STBD1的功能 在多種*細胞中進行細胞功能實驗，STBD1抑制*細胞生長，突變W203C會部分回復STBD1的抑制作用。 7.動物實驗驗證STBD1的...

由于p65轉位到細胞核并促進其靶向基因的轉錄，假設NFκB/p65信號通路的***可通過p65的轉錄活性上調miR-934表達。在p65和miR-934啟動子之間發現了5個潛在的轉錄結合區域和2個特異性結合位點（Fig. 8d）。隨后，用miR-934啟動子中含有p65結合區域的載體轉染SW480和RKO細胞；ChIP實驗證明p65對miR-934的轉錄在-2002和-1500 bp（區域1）之間的區域內***增高，在其他四個結合區域中未觀察到明顯變化（Fig. 8e）。這些數據表明，區域1可能在調節CRC細胞中p65介導的miR-934轉錄誘導中起關鍵作用。熒光素酶報告基因檢測證實p65對S...

前，PROTAC-DB包括1662個PROTAC，202個彈頭（靶向目標蛋白質的小分子），65個E3配體（能夠募集E3連接酶的小分子）和806個接頭，以及它們的化學結構，生物學活性和理化性質。除了彈頭和E3配體的生物活性外，PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力，結合親和力和細胞活性。 數據庫的查詢和瀏覽為了方便對PROTAC-DB中的數據進行檢索，作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上，PROTAC-DB可以進行基于文本的檢索和基于結構的檢索。基于文本的搜索是在整個PROTAC-DB中進行搜索的一種簡單方式，只需輸入單個術語，如目標名稱、化合物名稱或ID。對于基于結構的搜索...

意味著先前接受過CAR-T細胞***的小鼠的**控制***增強(Fig.5H-I)。值得注意的是，第30天的**大小與**侵襲前血液中CD3+T細胞的數量呈***負相關(Fig.5J)，表明CDK4/6i處理的CAR-T細胞的持久性增強是驅動**控制的關鍵因素。事實上，**接種后40天，接受預處理的CAR-T細胞的小鼠浸潤CD4+和CD8+CAR-T細胞的數量***增加(Fig.5K)。接下來通過將未處理或預處理的抗LeYCAR-T細胞轉移到OVCAR-3荷瘤小鼠體內，檢測了CDK4/6i預處理對CAR-T細胞急性療效的影響。用CDK4/6i預處理CAR-T細胞可***增強其抗**活性（Fig...

三、放線菌和鏈球菌的不同譜系臨時區分口腔微生物群 tree-based sparse LDA在口腔中識別出了10個分支，共71個asv，沿***軸的時間點分離樣本比較好(圖3B)。asv的兩個比較大的區分組隸屬于放線菌科和鏈球菌科(圖3B)。放線菌ASV 18(放線菌ASV 18)和鏈球菌ASV 28 (Streptococcus ASV 28)的ASV數量**多，且其16S rRNA部分基因序列分別與粘放線菌(放線菌)和鏈球菌(Streptococcus mitis)類群具有較高的序列相似性。另一種鑒別asv分別隸屬于普雷沃菌科(Prevotellaceae)和桿菌科(Bacill...

一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達增加 INPP4B被確定為人類乳腺*er陽性標記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現，促使我們檢測其在ER+乳腺*中的相對表達和功能。INPP4B蛋白表達缺失與三陰性乳腺*相關(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達在14 40%的乳腺*相對于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補充圖1 b, c)。在mRNA表達數據不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測130例...

piRNA-30473通過調控WTAP的表達介導m6A的甲基化 為了進一步探討piRNA-30473在DLBCL中轉錄組調控中的作用，我們在轉染antiagomir-30473后48h檢測m6A整體甲基化水平。結果顯示，轉染antiagomir-30473的細胞總體m6A水平降低(圖3A,3B)。METTL3,METTL14,WTAP,FTO和ALKBH5是關鍵的m6A甲基轉移酶或去甲基化酶，它們的失調可能導致DLBCL中m6A修飾譜異常。結果發現，抑制piRNA-30473降低了WTAP的表達(圖3C,3D)，而其他蛋白表達無明顯差異。同時，免疫共沉淀表明，antiagomir-3...

環狀RNA（circRNA）是動植物中一類豐富且保守的RNA。**近的研究表明，circRNA可以通過充當非編碼RNA或編碼RNA發揮多種生物學作用。體外合成的circRNA可以不依賴于帽的方式進行翻譯。但鑒定circRNA編碼的蛋白質是困難的，主要是因為circRNA序列及其宿主基因的同源線性mRNA具有較大的重疊。近期NucleicAcidsResearch雜志在線發表了題名為：TransCirc:aninteractivedatabasefortranslatablecircularRNAsbasedonmulti-omicsevidence的文章，該文章主要講述了circRNA翻譯預測...

染色質可及性是驅動腎元發育的動態過程，而腎元祖細胞具有不同的染色質可及性譜，且隨其分化而變化。染色質可及性在促進或抑制腎臟修復和再生中的作用對于設計急性和慢性腎臟疾病的治療方案具有重要意義，并可能有助于改善腎臟類***的定向分化。scRNA-seq和snATAC-seq在成年小鼠腎臟中的聯合分析為理解染色質可及性如何調節轉錄提供了一個框架。然而，人類腎臟的單細胞表觀基因組還沒有被描述。 生物信息學工具可以從snATAC-seq數據集中提取出scRNA-seq無法獲取的***信息。預測細胞類型特異性順式調控DNA相互作用和轉錄因子活性是補充scRNA-seq獲得的轉錄信息的兩種方法。長...

雄***和雄***受體(AR)是******轉錄因子(TF)，是驅動前列腺*(PCa)發***展的關鍵因素。因此AR是晚期PCa******的主要分子靶點。雄***剝奪療法，特別是第二代抗雄***和雄***合成抑制劑**初是有效的。然而，由于患者仍然可以從晚期PCa進展到致命性去勢抗性前列腺*(CRPC)，需要新的***靶點和生物標志物。靶蛋白的一個來源可能是ar相關的染色質蛋白。 大多數目前已知的核受體(NR)相互作用蛋白，包括那些AR，已經通過遺傳篩選，如雙雜交系統，免疫共沉淀和基于肽段的體外方法。盡管親和純化-質譜耦合(MS)已經啟發了NRs的輔助調節器，但它很少在**NRs自...

6）Pex衍生的CD44v6和C1QBP的高表達預示著PDAC患者的肝轉移和低生存率采用免疫組化和westernblot檢測肝轉移灶周圍肝組織和正常肝組織的纖維化ECM微環境。與體內實驗一致，纖維連接蛋白、I型膠原和α-SMA水平***升高，而玻連蛋白和固生蛋白C水平下調(圖7A，B)。接下來，我們研究了外泌體衍生CD44v6和C1QBP在PDAC患者中的預后價值。外泌體CD44v6和C1QBP在PDAC組織中的表達明顯高于正常胰腺組織(圖7C)。此外，有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者(圖7C)。免疫電鏡顯示，CD44v6和C1QBP在P...

耗盡的**內T細胞會經歷嚴重的缺氧 雖然缺氧在**中很常見，但尚不清楚**內T細胞亞群是否比其他T細胞更容易缺氧。我們首先在8-10 mm(第14天)B16黑色素瘤中沿著衰竭譜對CD8+**浸潤淋巴細胞(TILs)進行表型分析(擴展數據圖1a)。**終衰竭的T細胞被定義為高水平和持續表達PD-1和共表達Tim-3(圖1a)，具有高的LAG3和Tox表達，低的TCF1表達，通過將gp100特異的Pmel-1 T細胞轉移到攜帶b16的小鼠中，一旦它們達到**終衰竭，就會重新刺激它們，從而測定抗原特異性反應(擴展數據圖1b)。與LN-resident Pmel-1 T細胞相比，gp100-...

為了確定s-flow和d-flow在體內單細胞分辨率下對ECs基因轉錄表達和染色質可及性譜的全基因組影響，我們使用小鼠PCL模型進行了scRNA-seq和scATAC-seq。將C57BL/6小鼠部分結扎，以暴露于血流的對側RCA作為對照，在LCA中誘導d-血流。部分結扎后2天(2D)和2周(2W)， rca (2D- r和2W- r)和lca (2D- l和2W- l)用膠原酶酶解獲得單個細胞和單個核，分別用于scRNA-seq和scATAC-seq。 在標準化之后，一個基于無監督圖的聚類將細胞劃分成組，通過統前列形近似和投影(UMAP)圖可視化(圖1A)。我們的UMAP分析確定了...

基序分析發現E2F TF基序在乙酰化降低相關區域***富集，在T細胞記憶驅動因子相關基序乙酰化增加，包括含叉頭框因子(Fig. 2F)。為了確定這些變化是否伴隨著對不同細胞狀態的長期表觀遺傳影響，在CDK4/6抑制后對體外活化的T細胞進行了ATAC-seq，觀察到染色質開放性的整體降低，T細胞記憶相關基因區域的開放性增加，包括Tcf7、Ccr7和Sell (Fig. 2G)。為了解開CDK4/6抑制后記憶和效應特征的明顯二分法，在暴露于CDK4/6i 24h后，對體外活化T細胞進行了單細胞RNA-seq。該分析顯示存在CDK4/6i處理后改變的不同T細胞亞群，簇2、4、5和8增加，簇0減少，以...

RIT1M90I***降低了MAD2-CDC20和BubR1-CDC20的相互作用(圖4E和4F)；表明致病RIT1蛋白水平阻礙MCC的完整性，符合RIT1從CDC20中隔離MAD2并促進MCC拆卸的模型。用重組RIT1補充這些提取物增加了CyclinB1和Securin的泛素化和降解，表明APC/C活性增加，可能是由于MCC抑制緩解(圖4G)。RIT1缺失細胞顯示CyclinB1降解延遲(圖4H)。此外，RIT1M90I的表達加速了正常細胞生長下CyclinB1的降解(圖4I);然而，其對CyclinB1降解的影響在藥理學誘導的有絲分裂阻滯下被消除(圖S4M)，這表明致病性水平的RIT1不能...

5）circPDE4B和RIC8A調控軟骨細胞中的p38信號通路 為了闡明RIC8A下游的信號通路，我們研究了RIC8A敲低的HCs中MAPKs、NF-κB和mTOR的磷酸化水平。兩種RIC8AshRNA***降低了p38的磷酸化水平(圖5A)。然后用信號分子抑制劑對HCs進行預處理，包括ERK1/2抑制劑、p38抑制劑和JNK抑制劑，然后是RIC8A過表達。經過p38MAPK抑制劑預處理的RIC8A過表達抑制了OA，然而，ERK或JNK抑制劑對其沒有影響(圖5B)。此外，***RIC8AshRNA或過表達腺病毒后，p38MAPK的磷酸化及其定位發生了異常調節(圖5C-E)。這些結果...

為了完全理解HoxBlinc過表達調控HSPC造血轉錄程序的機制，進行了ChIRP-seq在WT和HoxBlincTg Lin - c-Kit+細胞中繪制基因組HoxBlinc結合位點。HoxBlinc的過表達***增加了其與HoxB前基因啟動子區域和其他反式靶點的結合，如Stat1、Cdr2、Wnt5a、Runx1和后HoxA基因（圖5d）。Lin-c-Kit+細胞基因組中HoxBlinc結合位點的整體分布表明，HoxBlinc主要與非編碼區相互作用，包括基因間區、內含子和啟動子。值得強調的是，HoxBlinc的過表達***增加了其與啟動子和UTR的占用（圖5e）。整合來自WT和HoxBli...

m6A RNA甲基化是mRNA轉錄后**常見的內部甲基化。這是一個由m6A WER系統控制的可逆過程，由書寫器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結果取決于特異性閱讀器的識別并結合。目前研究發現抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關。該研究2021年1月發表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。 1.YTHDC2表達在LUAD中被抑制，且與臨床預后差相關 為了驗證m6A閱讀器在肺*的表達，作者通過GEPIA數據庫分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNP...

circNDUFB2觸發NSCLC細胞的免疫防御反應 為了研究參與circNDUFB2的信號通路，使用RNA測序（RNA-seq）進行了轉錄組分析。結果表明circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平，其中743個基因上調，191個基因被下調。基因本體生物學過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號傳導。基因集富集分析（GSEA）也表明目標基因的信號傳導途徑參與了免疫反應。確認了在circNDUFB2過表達的NSCLC細胞中一組免疫基因表達被上調，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細胞中這些基因的水平。這...