三、原始表型和染色質可及性 雖然基因表達反映了細胞身份的活躍狀態，但順式調節元件(cre)，包括啟動子和增強子，是決定細胞命運的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會根據其順式調控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉座酶可達染色質測序(ATAC-seq)可達染色質區域，以CREAM方法鑒定的**為重點，根據表達譜對AML樣本進行聚類，但有一個例外(圖3A)。我們的研究結果表明，啟動子區形成了**(啟動子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結合位點基模只富集在原始...

4）DRD2重編程的Mφ誘導**細胞的焦亡 如HE所示，來自小鼠模型的**承載DRD2顯示**細胞死亡增加(圖4A)。在免疫組化染色中，表達DRD2的4T1**樣本中pMLKL表達較高(圖4A)。根據TUNEL實驗，DRD2也促進了體內細胞凋亡(圖4B)。DRD2上調GSDME而不是GSDMD(圖4C)。在crosstalk過程中，Mφ進一步促進了DRD2轉染的BrCa細胞中GSDME的表達(圖4C)。在表達DRD2的BrCa細胞中，Mφ也能上調IL-1β(圖4C)。WB結果表明，DRD2誘導了MLKL的磷酸化，而在共培養過程中，MLKL被Mφ抑制(圖4D)。此外，DRD2表達***...

1）NOX4水平在阿爾茨海默病患者皮質區受損星形膠質細胞中升高 為了探討NOX4在AD患者星形膠質細胞損傷中的作用，我們分析了AD患者大腦皮質星形膠質細胞中NOX4蛋白水平是否升高。我們采用免疫熒光染色法檢測AD患者或非AD供者(正常)顳葉皮質組織GFAP陽性星形膠質細胞中的NOX4蛋白水平(圖1A和B)。免疫熒光染色顯示AD患者皮質區分子層GFAP陽性星形膠質細胞中NOX4陽性染色強度相對于非AD供者增加(圖1A)。此外，AD患者皮質區ML中受損的GFAP陽性星形膠質細胞中的NOX4陽性染色強度高于非AD供者(圖1A和B)。值得注意的是，AD患者中NOX4與GFAP亞細胞共定位陽性...

我們進一步研究了 YTHDC2 是否是人類 LUAD 細胞中的**抑制因子。選擇 H1975 和 H1299 細胞是因為它們分別在測試的 LUAD 細胞系中表現出比較高和比較低的 YTHDC2 表達。IB 檢測證實了 YTHDC2 的過表達和敲除效率。雖然在 H1299 細胞中YTHDC2 WT過表達后3D 球體的數量和大小以及異種移植物的**生長減少，但在 YTHDC2 ΔYTH過表達后未觀察到這些影響。相比之下，敲除 H1975 細胞中的 YTHDC2 會增加小鼠的球體形成和異種移植物生長。值得注意的是，當使用 YTHDC2 sg2-抗性（res）重建 YTHDC2 表達時，YTHDC2-...

1）脊髓損傷后，BSCB隨著巨噬細胞浸潤和TJs破壞而破壞 脊髓損傷后，BSCB的完整性被破壞，如圖1A和B所示，在脊髓損傷中可見EB染色明顯，而假手術組未見EB染色，脊髓中EB染色含量也明顯增加。此外，在BSCB破壞的同時，我們發現大量巨噬細胞浸潤損傷區血管周圍(圖1C)，以M1極化為主，表現為CD68+和iNOS+(圖1C，1D)。此外，脊髓損傷后的病變區域可見明顯的血管新生，這可能是缺氧微環境所致；然而，TJs和血管的熒光染色顯示，與非損傷區相比，損傷區ZO-1和Occludin與CD31的共位較少(圖1E和F)。脊髓損傷后TJs蛋白水平隨時間***降低(圖1G)。考慮到脊髓損...

circACTN4 增加遷移和侵襲并調節 BC 細胞的細胞周期進程。 為了進一步評估 circACTN4在BC進展中的作用，在 circACTN4 過表達或敲低后研究了 BC 細胞的遷移、侵襲和細胞周期。劃痕和transwell試驗表明，BC細胞的侵襲和遷移能力因 circACTN4 的上調而顯著增加，但被 circACTN4 的下調顯著抑制。WB結果發現過表達或敲低BC細胞中MMP9和MMP2蛋白水平明顯升高或降低，nm23-H1表達明顯降低或升高。式細胞術測定細胞周期分析，結果顯示與對照組相比，circACTN4的敲低導致S期BC細胞比例較低，G1期BC細胞比例較高，這表明cir...

5、確認PDCD4在調節Treg擴增中的作用 隨后探究了PDCD4在調節Treg擴增中的作用。如圖A-C所示，成功構建了PDCD4的過表達和干擾表達細胞系。與對照組相比，PDCD4過表達***降低了Treg細胞的擴增率，而干擾其表達則***提高了Treg細胞的擴增率。表明PDCD4是負調節Treg細胞擴增的關鍵基因。 6、**來源外泌體miR-208b影響體內化療效果和**生長隨后作者探究了**來源外泌體miR-208b體內對化療效果和**生長的影響。用慢病毒轉染CT26細胞產生miR-208b過表達和miR-208b敲低細胞系。動物實驗設計示意圖如圖7A所示，實驗采用6組(每...

一、腦損傷改變了果蠅的大腦蛋白質組，擾亂了NCT蛋白和Nup蛋白水平 為了研究創傷性腦損傷的機制，我們使用了一個具有良好特征的創傷性腦損傷果蠅模型，該模型顯示了強大的表型，如TDP-43同源物(Tbph)、p62、應激顆粒和泛素病理，以識別和研究創傷性腦損傷后大腦蛋白質組的變化(圖1A)。對暴露于重復TBI的三齡果蠅幼蟲大腦中的2000個蛋白質進行了無偏性蛋白質組學分析(w1118)，發現361個蛋白質在創傷損傷后發生了***變化(p 0.05，學生t檢驗)。基于基因本體論(GO)的復雜網絡分析在BiNGO (Cytoscape 3)中對tbi相關腦蛋白質組與非tbi對照進行了關聯分...

作者收集并分析了黑色素瘤患者在***過程中的連續血液樣本，在此期間，患者接受CDK4/6i聯合靶向MEK抑制劑***，隨后接受PD-1和CTLA-4 ICB聯合***（Fig.6 F），患者達到完全緩解。使用CITE-seq技術評估一系列患者樣本，觀察到CDK4/6i + MEKi***后CD8 + T細胞記憶群的頻率呈時間依賴性增加，其特征為SELL、IL7R和TCF7的高表達（Fig.6G-I），這與臨床分析一致。事實上，偽時間分析揭示了從記憶樣群體到效應細胞的分化軌跡，CDK4/6i在該軌跡早期抑制CD8 + T細胞，隨后的ICB***加速了分化（Fig.6J）。跨越該時間的TCR克...

2、miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制構建了miR-138-5p過表達的乳腺*細胞系，取其培養基與巨噬細胞共培養，結果巨噬細胞中miR-138-5p表達***上調，同時KDM6B的表達***下降。證實miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制。 3、*細胞來源的外泌體miR-138-5p下調KDM6B的表達 隨后為了判定上述巨噬細胞中miR-138-5p表達上調的原因，檢測了巨噬細胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結果顯示共培養和對照組間原代和前體miR-138的水平沒有差異，表明miR-138-5p是外...

5）SsD可***抑制AML在體內的進展 為了研究SsD在體內對白血病的***效果，我們建立了C1498和FLT3+白血病小鼠模型(圖5A)。對照組小鼠的白細胞生長較快。0.1mg/kg或0.5mg/kg劑量的SsD***抑制WBC生長(圖5B)。與對WBC的抑制作用一致，SsD也有效地損害了骨髓(BM)克隆原性潛能(圖5C和5D)。此外，與對照組相比，接受SsD***組的小鼠的脾臟更輕，表明SsD處理***逆轉了脾腫大，抑制了脾臟轉移性**細胞(圖5C和5E)。與病理表型一致，SsD處理小鼠的生存時間也明顯延長(圖5F)。機制上，SsD在體內的抗白血病作用是通過其m6ARNA甲基化...

現今研究表明tRNA-derivedsmallnoncodingRNAs（sncRNAs）主要分為兩類：tRNAhalves(tiRNAs)和fragments(tRFs)。前者在人類實體**中的的生物學功能吸引了越來越多的關注，但是其在**發生中的生物學機制仍知之甚少。tiRNAs和剪切相關蛋白之間的相關作用更是為未可知。本研究***發現一個5’-tRNAhalves，即tiRNA-Gly通過與RBM17結合誘導可變剪切進而促進**狀甲狀腺*（PTC）的增殖和遷移。本文于2021年7月發表在影響因子7.068的《JournalofExperimentalandClinicalCancerRe...

在單細胞方法中，尚未出現一種適用于所有三種模式的統一方法，這種方法可以應用于高度特定的功能免疫細胞類型。我們系統地測試了PBMCs的全細胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測量細胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質的局限性。我們發現完整的透性細胞的scATAC-seq表現非常好，在某些測量中超過了傳統的細胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發現使得一種類似于轉錄組和表位的細胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測量表面蛋白豐度和染色質可及性:染色質景觀和表位的整合細胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優化的可滲透細胞方法可以與基于液滴的多組學平...

另外，之前報道過hnRNPA1將miR-196a和miR-320加載到EVs中，本研究ELNAT1表現出的EVs-細胞比率與miR-196a和miR-320相當（Figure 6 F）。hnRNPA1沉默***抑制了ELNAT1在BCa細胞分泌的EVs中的富集（Figure 6 G）。此外，缺失的ELNAT1（包含hnRNPA1結合位點的610-680 nt）主要保留在BCa細胞中（Figure 6 H），證實了ELNAT1通過與hnRNPA1的相互作用被加載到EVs中。 驗證SUMOylation是否有助于hnRNPA1介導的EVs包裹ELNAT1。在BCa細胞中，hnRNPA1中...

三、RIT1及時調節后期進入和染色體分離保真度 MAD2和p31conmet調節SAC的持續時間，反過來，也調節有絲分裂的持續時間。這促使我們研究RIT1是否通過與MAD2和p31conmet的直接關聯來影響SAC。通過RNAi或crispr介導的敲除去除RIT1可延長有絲分裂進程(圖3A和S3A S3E)。此外，SAC的藥理抑制挽救了RIT1耗盡的作用，表明RIT1以SAC依賴的方式影響有絲分裂。此外，RIT1的缺失增加了染色體分離錯誤的發生率(圖3B)，這表明RIT1不僅對有絲分裂的及時進展至關重要，而且RIT1蛋白水平的失調也破壞了正常的SAC功能。LZTR1或RIT1M90I...

乳腺*是世界上女性發病率比較高的惡性**。2018年全球新診斷乳腺*約210萬例，約占所有女生zhongliu***例的25%。環狀RNA（circRNA）是近年來在各種物種中***發現的一類新RNA。由于共價環結構，circRNA對RNA核酸外切酶具有抗性，并且比線性RNA更穩定。***我們講一篇關于circRNA與乳腺*的文章，題名為：ThecircACTN4interactswithFUBP1topromotetumorigenesisandprogressionofbreastcancerbyregulatingtheexpressionofproto-oncogeneMY...

5）USP35通過靶向FPN調節鐵下垂 我們接下來試圖闡明USP35對鐵死亡的可能機制。負責鐵輸入的蛋白質(Tf和TfR)沒有改變；然而，哺乳動物中關鍵的鐵轉運蛋白FPN在USP35缺乏的細胞中減少，而在過表達的細胞中增加(圖6A-C)。在USP35過表達的*細胞中，細胞膜中的FPN蛋白豐度增加，但由于USP35的敲除而降低(圖6D)。與分子變化一致，在USP35沉默或過表達的細胞中，胱氨酸攝取也不受影響(圖6E)。為了進一步證實FPN的參與，H460和H1299細胞分別預***shFPN以敲低內源性FPN表達。USP35過表達在鐵刺激時降低了肺*細胞內LIP和Fe2+，但在FPN缺...

MLL1的募集對于HoxBlinc過表達介導的靶基因表達和HSPC功能異常至關重要 由于HoxBlinc招募SETD1A和MLL1復合物在小鼠ECS衍生的原始紅細胞祖細胞的HoxB位點組織活性染色質域。所以作者先證實了人類HOXBLINC與MLL1和SETD1A的相互作用。然后體內外研究SETD1A和MLL1在HoxBlinc過表達介導的HSPC功能異常和白血病發生中是否重要。然而，在HoxBlincTgLSK細胞中，敲除Mll1而非Setd1a能夠緩解HoxBlinc過表達介導的異常復制潛能（圖6a）。當使用表達慢病毒對照或shMll1的HoxBlincTgLinc-Kit+細胞進...

同時，白樺素并沒有促進HMGCR的降解(圖1B)。同樣，白樺素以Insig依賴的方式完全阻止了轉染SREBP-2的裂解(圖1C)。因此，白樺素特異性地抑制了SREBP的加工，但并不***LXR或加速HMGCR的降解。此外，在共免疫沉淀實驗中，白樺素刺激了SCAP和Insig-1之間的相互作用(圖1D, lanes 4和lanes 5)，這暗示白樺素的作用機制。 為了進一步測試白樺素是否通過與SCAP結合發揮作用，合成了一種白樺素衍生探針，命名為化合物1(圖2A)。化合物1包含一個光敏反應基和一個疊氮乙酰基，可以通過點擊化學與生物素炔烴連接。與白樺素類似，化合物1可以抑制SREBP...

CD8+T細胞是**重要的**適應性免疫調節細胞，通過直接殺死*細胞來介導抗**免疫。PD-1抑制***CD8+T細胞以增加T細胞***，從而導致**消退。因此，CD8+T細胞的***可能是通過免疫療法***LSCC的關鍵。這篇文章以生信分析開篇，篩選出關鍵基因后在動物模型與臨床樣本中進行了簡單的驗證。實驗思路如下： 1.下載GEO數據并進行數據篩選下載數據集GSE17710，選擇變異系數＞0.1的5000個基因進行后續WGCNA分析2.CIBERSORT分析免疫浸潤分析獲得每個樣本中22種免疫細胞的豐度，選擇T細胞作為WGCNA分析的性狀**（其中，T細胞包括7中亞型）3.WGCN...

四、TEA-seq轉錄本、表位和可及性的三峰測量 A.隨著從單個核中同時捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業平臺的發布，我們推斷通透細胞可以用于同時捕獲三個主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據轉錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經過試驗和關鍵步驟的優化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達平臺上獲得文庫，該平臺使用46個低聚標記抗體組合了數千個單細胞的所有三種測量結果. B.D.在對裝入4孔的細胞進行初始數據處理后，我們鑒定出2926...

為了研究ESCRT-III在ferroptosis中的功能作用，作者評估了抑制CHMP4B對NIH-3T3細胞死亡的影響(圖5A, B)。與對照組相比，CHMP4B敲除細胞的死亡發生率更高、更快，特別是在早期時間點(1-3 h)，這表明CHMP4B的缺失導致細胞對ferroptosis的敏感性更高。另外，作者使用蛋白質組譜儀XL細胞因子陣列試劑盒(圖5C)，確定ferroptosis是否可以直接調節不同細胞系和不同處理下的細胞因子分泌。在誘導ferroptosis時，作者檢測到細胞因子亞群水平的變化，這些變化與細胞系和***有關。此外，敲除CHMP4B改變了RSL3處理后獲得的細胞因子譜(...

長鏈非編碼RNA(lncRNA)可以順式或反式發揮多種功能，包括調節基因轉錄和RNA剪接、調節RNA和蛋白質的活性或豐度以及組織核結構域。它們***參與細胞命運編程/重編程、分化、發育，尤其是與人類疾病相關。盡管近年來高通量測序技術的快速發展已經鑒定了數十萬種人類lncRNA，但其中只有一小部分得到了很好的表征。 ***我們來講一個關于lncRNA的數據——LncExpDB(./lncexpdb)，該數據庫由中國國家生物信息中心和中國科學院北京基因組研究所團隊搭建，數據庫相關文章于2020年10月12日以“LncExpDB:anexpressiondatabaseofhuma...

在野生型小鼠和Caspase-11缺陷小鼠中，MCD處理***降低了pro-caspase1的蛋白水平(圖5A和F)，而增加了活性Caspase-1的蛋白水平(圖5A和G)。此外，Caspase-11缺陷小鼠的活性caspase-1水平明顯低于野生型小鼠，說明MCD處理Caspase-11缺陷小鼠肝臟中Caspase-1的***較少。同樣，我們在MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠的肝細胞中檢測到較少的Gsdmd-N表達(圖5H和I)。這些結果表明，Caspase-11缺失減弱了MCD誘導的Gsdmd和IL-1β的***。 6.Caspase-11缺乏抑制脂多糖誘導的肝細胞焦亡和...

越來越多的證據表明細胞外囊泡（EVs）通過促進實體**中**-內皮細胞之間的通訊來刺激血管生成。先前的研究表明miR-144是鼻咽*（NPC）細胞來源的EVs中的內含物之一，但EVs miR-144對**內皮細胞和血管生成的影響尚不清楚。2021年3月發表于“Molecular Therapy”（IF=11.454）的文章“miR-144 delivered by nasopharyngeal carcinoma-derived EVs stimulates angiogenesis through the FBXW7/HIF-1a/VEGF-A axis”對此展開了研究。本研究旨在探討**源...

6、MiR-199a-5p改善MRL/lpr小鼠疾病 接下來，在體內評估了miR-199a-5p對MRL/lpr小鼠的影響。17周齡MRL/lpr小鼠每4天注射20nmolmiR-199a-5pagomir或對照(agomirnc)，共4周(圖6A)。末次注射后48h處死小鼠，分離脾臟CD4+T細胞。與對照組相比，miR-199a-5pagomir處理組顯示miR-199a-5p水平升高(圖6B)，Sirt1表達降低(圖6C)，衰老標志物p21和p16的表達***上調(圖6D)。這些數據表明hUC-MSCs通過miR-199a-5p增加MRL/lpr脾CD4+T細胞衰老。 接下...

表觀基因組學 (ChIP-Seq) 模塊 ChIP-seq 模塊目前包含大量染色質免疫沉淀測序 (ChIP-seq) 數據，反映了特定的衰老相關基因座是如何受組蛋白修飾和轉錄因子調節的。這些數據有助于闡明調控因素如何在全基因組范圍內影響衰老過程中的基因表達。ChIP-seq 數據來自已發表的與衰老相關的文章，并使用相同的分析方法處理原始數據以保持一致性。直觀地顯示了衰老過程中特定基因組位點不同轉錄因子的富集或組蛋白修飾的變化。 蛋白質組學（蛋白質-蛋白質相互作用）模塊 衰老過程中蛋白質穩態受損是典型的，蛋白質相互作用隨著年齡的增長而發生顯著變化。蛋白質-蛋白質相互作用模塊...

2、CFL1的高表達與HCC的不良預后相關單變量分析顯示，**大小、**數量、TNM分期、靜脈浸潤、HBV***和CFL1水平與HCC患者的總體生存率***相關（表2）。多變量分析顯示，***大小、**數量、靜脈浸潤和CFL1水平是HCC總體生存率的**預后指標（表2）。并且，可以看出CFL1的高表達與HCC的不良預后相關。 3、CFL1促進HCC的增殖，遷移和侵襲如圖2所示，在高表達CFL1的HCCLM3和MHCC97h細胞中，敲除CFL1(圖2A)。隨后實驗發現敲除CFL1后HCCLM3和MHCC97h細胞的增殖，遷移和侵襲能力被抑制，表明CFL1促進HCC的增殖，遷移和侵襲。 ...

研究了方法差異對下游生物學分析的影響A.B.去除中性粒細胞**提高了在細胞核和細胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細胞類型的能力.C使用這些工具，中性粒細胞的去除提高了標記轉移評分，與核基方法相比，滲透性細胞產生了更多具有高標記轉移評分的細胞.D所有方法產生的CD16+單核細胞均少于流式細胞術觀察到的CD16+單核細胞，這表明無論是使用核或通透細胞的scATAC-seq過程中，CD16+單核細胞可能丟失，或者標簽轉移方法不利于識別這種細胞類型.FMT處理可以改善脊髓損傷小鼠的運動恢復。代謝標書實驗外包 6）FPN蛋白在肺*細胞中的穩定性需要USP35 USP35屬于DUB...

6）NOX4誘導的線粒體代謝損傷通過抑制人類星形膠質細胞的細胞抗氧化過程而誘導氧化應激 我們研究了NOX4誘導的線粒體代謝損傷是否可以通過抑制人體星形膠質細胞的細胞抗氧化過程來誘導氧化應激。與對照組相比，NOX4的升高***降低了谷胱甘肽(GSH)水平和谷胱甘肽/氧化谷胱甘肽(GSSG)的比值(圖6A和B)。NOX4的升高也增加了GSSG的水平(圖6C)。由于NOX4導致GSH減少以及GSH/GSSG比值降低，我們接下來研究NOX4是否可以影響人類星形膠質細胞中NRF2信號通路，這是細胞抗氧化反應的關鍵調控因子。與對照組相比，NOX4的升高抑制了NRF2在細胞質中的核易位(圖6D)。...