染色質(zhì)可及性是驅(qū)動腎元發(fā)育的動態(tài)過程，而腎元祖細胞具有不同的染色質(zhì)可及性譜，且隨其分化而變化。染色質(zhì)可及性在促進或抑制腎臟修復(fù)和再生中的作用對于設(shè)計急性和慢性腎臟疾病的治療方案具有重要意義，并可能有助于改善腎臟類***的定向分化。scRNA-seq和snA...

由于circMAPK1在GC細胞系中穩(wěn)定表達，我們推測circMAPK1可能是一種適合GC診斷或預(yù)后的標志物。qRT-PCR顯示circMAPK1在*組織中的表達低于匹配的非*組織(圖1m)。Kaplan-Meier生存分析顯示胃*組織中circMAPK1...

并同年在同期刊中發(fā)表，遷移體在斑馬魚原腸胚形成中影響***形態(tài)發(fā)生，Tspan4a和Tspan7（遷移體生成相關(guān)基因）突變體斑馬魚的***形態(tài)發(fā)生受損，并闡明遷移體誘導(dǎo)胚胎細胞至正確的位置，從而影響***形態(tài)發(fā)生[5]。2019年俞立團隊還發(fā)表了關(guān)于遷移體...

TCGA泛*中的m6A概況 為了表征m6A模式和篩選潛在靶點，在TCGA中的9804個泛*樣本中開發(fā)了一個四步計算框架。經(jīng)過質(zhì)量控制后，共有23個m6A調(diào)節(jié)因子、56個m6A交互蛋白編碼基因、10個lncRNAs和17個miRNAs被納入本研究。10...

用戶界面SC2disease提供瀏覽器和搜索引擎，以查詢有關(guān)不同疾病中特定于細胞類型的基因的詳細信息，具體流程如圖。 “疾病”和“單元格類型”是SC2disease瀏覽器的根類別。“疾病”根類別中總共包括25種疾病，通過單擊疾病名稱可以顯示與所關(guān)注疾...

接下來，測定了分泌的miR-208b對體內(nèi)Treg和存活的影響，如圖8A-B所示，CD4+- CD25+ Foxp3+ Treg在外周血和脾臟分離的總CD4+ T細胞群中的比例在miR-208b-OE組和miR-208b-OE + OXA組***升高，而在mi...

我們接下來試圖識別circPDE4B上游調(diào)節(jié)器。我們首先對circPDE4B側(cè)翼序列進行RNA pull-down-MS檢測，發(fā)現(xiàn)兩個與RNA剪接相關(guān)的RBP，包括DExH-box helicase 9和FUS(圖1G)。RT-qPCR結(jié)果顯示，F(xiàn)US敲除后，...

由于p65轉(zhuǎn)位到細胞核并促進其靶向基因的轉(zhuǎn)錄，假設(shè)NFκB/p65信號通路的***可通過p65的轉(zhuǎn)錄活性上調(diào)miR-934表達。在p65和miR-934啟動子之間發(fā)現(xiàn)了5個潛在的轉(zhuǎn)錄結(jié)合區(qū)域和2個特異性結(jié)合位點（Fig. 8d）。隨后，用miR-934啟動子中...

外周血單個核細胞(PBMCs)梯度離心純化是研究人體免疫健康和疾病的臨床相關(guān)細胞的主要來源。像大多數(shù)其他人體組織一樣，PBMC是一種復(fù)雜的、異構(gòu)的細胞類型混合物，來源于共同的干細胞祖細胞。盡管不同的PBMC細胞類型之間的基因組大部分是不變的，但每種免疫細胞...

為了檢測該多肽產(chǎn)物，我們使用了一種識別MAPK1中間部分的抗體(圖4d)。Western Blot檢測40對胃*組織(圖4e)和細胞系(圖4f)中MAPK1-109aa和MAPK1的水平。通過半定量分析，胃*組織中MAPK1-109aa水平較正常胃組織中降低。...

6.水蘇糖減輕DHEA誘導(dǎo)的多囊卵巢綜合征大鼠卵巢功能障礙 為了確定水蘇糖是否參與了Tempol對PCOS大鼠的有益作用，DHEA處理的大鼠給予200mg/kg水蘇糖12天。水蘇糖給藥對體重沒有明顯影響(圖8A)，但改善了PCOS大鼠的動情周期紊亂(...

circACTN4 在 BC 組織和細胞中高度表達并與臨床病理特征相關(guān)為探討circACTN4的表達及其臨床意義，qRT-PCR檢測80對BC組織及鄰近非**組織中circACTN4的表達。circACTN4在BC組織中的表達顯著高于配對的*旁組織。qRT-P...

褪黑素可減輕TBI引起的鐵死亡 為了確定褪黑素是否可以挽救TBI引起的鐵死亡，在相應(yīng)的高峰表達（例如1天和3天）進行了與鐵死亡相關(guān)蛋白的蛋白質(zhì)印跡分析。發(fā)現(xiàn)褪黑素給藥在TBI后1天抑制了TBI誘導(dǎo)的xCT，Cox2，Tfr1，F(xiàn)pn和Nox2蛋白表達...

自4個不同腺泡性LUAD患者的PDX模型被給予XC-系統(tǒng)抑制劑erastin(PKE)和多激酶抑制劑索拉非尼(sorafenib)。與DMSO***的對照組相比，PKE和sorafenib給藥時觀察到***的**消退(圖7G-J)。此外，PKE和soraf...

此外，circPDE4B不影響MID1水平(圖4E)。RPD和序列IP分析都顯示circPDE4B促進了RIC8A和MID1的結(jié)合(圖4F，G)。與這一發(fā)現(xiàn)相一致的是，體外結(jié)合試驗表明，circPDE4B增加了重組RIC8A和MID1蛋白之間的關(guān)聯(lián)(圖4H)。...

細胞周期蛋白依賴性激酶4和6(CDK4/6)的藥理學(xué)抑制劑是***受體陽性乳腺*的獲批***藥物，目前正在其他**類型的數(shù)百項臨床試驗中進行評價。這些抑制劑的臨床成功在很大程度上歸因于定義明確的**內(nèi)在細胞抑制機制，而其作為免疫調(diào)節(jié)劑的新作用知之甚少。本研究利...

二、TBI破壞了NPC和Ran***1的分布，導(dǎo)致TBPH/NPC共聚集 使用鼻咽*標記Mab414，它可以識別包括Nup62在內(nèi)的幾個Nups的FG結(jié)構(gòu)域，我們發(fā)現(xiàn)在非tbi控制的果蠅大腦中，核膜上有一個主要的同質(zhì)的環(huán)狀標記。非腦外傷對照組的腹神經(jīng)...

本文在一組臨床定義明確的SLE伴活檢證實的腎炎患者中進行的T細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝研究表明，高IFN信號可驅(qū)動CD8 + T細胞線粒體代謝途徑的變化，使其生物能量不適應(yīng)且更容易死亡。本文證明在SLE患者的CD8 + T細胞中觀察到的代謝重編程是延長IFNα暴露和T...

三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調(diào)控的轉(zhuǎn)錄本 對YTHDF1基因敲除MGC-803細胞和對照細胞進行RNA-seq。RNA圖譜顯示YTHDF1抑制導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄異常(圖3A)。基因本體論(GO)分析表明，下調(diào)的基因在血管...

USP35敲除增加了脂質(zhì)活性氧的產(chǎn)生和丙二醛的產(chǎn)生(圖2D)。過量的活性氧導(dǎo)致多不飽和脂肪酸氧化損傷并分裂成各種產(chǎn)物，包括HETEs。我們觀察到，USP35沉默促進了H460和H1299細胞中5-HETE、11-HETE和15-HETE的釋放，而不影響12-H...

研究了方法差異對下游生物學(xué)分析的影響A.B.去除中性粒細胞**提高了在細胞核和細胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細胞類型的能力.C使用這些工具，中性粒細胞的去除提高了標記轉(zhuǎn)移評分，與核基方法相比，滲透性細胞產(chǎn)生了更多具有高標記轉(zhuǎn)移評分的細胞.D...

CircACTN4 直接與 FUBP1 相互作用并*** MYC 的轉(zhuǎn)錄 為了探索circACTN4的分子機制，首先進行了pull down和質(zhì)譜分析circACTN4結(jié)合蛋白，發(fā)現(xiàn)FUBP1在circACTN4上顯著富集。RIP 檢測進一步證實 F...

六、多組學(xué)方法分析表征近端小管細胞子集 Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉(zhuǎn)變過程中染色質(zhì)可及性的變化。VCAM1和TPM1轉(zhuǎn)錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動子區(qū)域染色質(zhì)可及性增加相關(guān)(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4...

YTHDC2調(diào)節(jié)SLC7A11 mRNA的穩(wěn)定性(圖5A-D)，而控制RNA衰減是m6A甲基化的重要功能之一。作者先驗證METTL3刺激m6A的能力(圖5E、F)。在H1975細胞中敲降METTL3延長了SLC7A11 mRNA的半衰期，而在H1299細胞...

4）APP/PS1小鼠大腦皮質(zhì)區(qū)受損星形膠質(zhì)細胞中氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化水平升高 我們研究了NOX4來源的氧化應(yīng)激在APP/PS1小鼠受損星形膠質(zhì)細胞中的作用。我們用免疫熒光染色法測定了APP/PS1小鼠和野生型(WT)小鼠大腦皮層GFAP陽性星形...

CD8+T細胞是**重要的**適應(yīng)性免疫調(diào)節(jié)細胞，通過直接殺死*細胞來介導(dǎo)抗**免疫。PD-1抑制***CD8+T細胞以增加T細胞***，從而導(dǎo)致**消退。因此，CD8+T細胞的***可能是通過免疫療法***LSCC的關(guān)鍵。這篇文章以生信分析開篇，篩選出關(guān)...

此外，為進一步驗證ELNAT1與hnRNPA1相互作用區(qū)域，使用ELNAT1不同序列缺失進行RNA-pull down分析，以評估ELNAT1和hnRNPA1結(jié)合所需的區(qū)域。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，ELNAT1序列中600-750 nt位置是其與hnRNPA1交互作用區(qū)域（...

tiRNA-Gly直接與RBM17相互作用，調(diào)控RBM17在PTC細胞中的表達 為了探究tiRNA-Gly在促*中分子機制，作者合成了生物素標記的tiRNA-Gly及其反義序列，進行RNApull-down實驗，進而挖掘K1細胞中與tiRNA-Gly...

為了探究MIR210HG是否參與了一個新的MIR210HG- miRNA -HMGA2調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，我們使用TargetScan、miRanda、CLIP-Seq和miRDB生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫來預(yù)測與HMGA2結(jié)合的mirna(圖3F)。選擇3個軟件程序分析交叉處的...

七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高 對小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實驗中獲得的大量RNA-seq進行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關(guān)。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體R...