鑒于以上結(jié)果，作者想進(jìn)一步探究tiRNA-Gly與RBM17作用的分子結(jié)果。結(jié)果顯示，tiRNA-Gly可提高總RBM17蛋白的水平，但是不影響RBM17的mRNA水平（圖3H-I）。隨后，用蛋白質(zhì)合成抑制劑環(huán)己胺(CHX)處理細(xì)胞，tiRNA-Gly轉(zhuǎn)染后增加了K1細(xì)胞內(nèi)源性RBM17蛋白的半衰期，而β-actin作為對(duì)照（圖3J）。此外，蛋白酶體抑制劑MG132處理后，內(nèi)源性RBM17在轉(zhuǎn)染tiRNA-Gly的K1細(xì)胞中的積累量**高于轉(zhuǎn)染siRNA-NC的K1細(xì)胞，表明tiRNA-Gly抑制了蛋白酶體依賴性的PTC細(xì)胞中RBM17的降解（圖3K）。此外，tiRNA-Gly的過表達(dá)***抑...

同時(shí)，白樺素并沒有促進(jìn)HMGCR的降解(圖1B)。同樣，白樺素以Insig依賴的方式完全阻止了轉(zhuǎn)染SREBP-2的裂解(圖1C)。因此，白樺素特異性地抑制了SREBP的加工，但并不***LXR或加速HMGCR的降解。此外，在共免疫沉淀實(shí)驗(yàn)中，白樺素刺激了SCAP和Insig-1之間的相互作用(圖1D, lanes 4和lanes 5)，這暗示白樺素的作用機(jī)制。 為了進(jìn)一步測試白樺素是否通過與SCAP結(jié)合發(fā)揮作用，合成了一種白樺素衍生探針，命名為化合物1(圖2A)。化合物1包含一個(gè)光敏反應(yīng)基和一個(gè)疊氮乙酰基，可以通過點(diǎn)擊化學(xué)與生物素炔烴連接。與白樺素類似，化合物1可以抑制SREBP...

為了驗(yàn)證tRFs&tiRNA-Seq數(shù)據(jù)，作者檢測了91對(duì)PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達(dá)，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達(dá)水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達(dá)***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達(dá)在*和*旁中無***差異（圖1H）。總之，tiRNA-Gly可能在PTC的進(jìn)展中起致*作用。 在小鼠模型中，tiRNA-Gly調(diào)節(jié)PTC細(xì)胞的增殖和遷移，并影響**生長 首先檢測了tiRNA-Gly在3株P(guān)TC細(xì)胞系中的表達(dá)，如圖2A所示，K1細(xì)胞系中tiRNA-Gly的表達(dá)***低于B...

TRIM25的RNA結(jié)合活性對(duì)于其對(duì)底物的泛素連接酶活性是必需的。構(gòu)建了一個(gè)帶有FLAG標(biāo)記RNA結(jié)合域（RBD）缺失突變體。TRIM25ΔRBD不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平，對(duì)IGF2BPs的泛素化水平?jīng)]有明顯影響，表明TRIM25完整的RBD對(duì)于IGF2BPs的有效泛素化和降解是必要的。這些結(jié)果表明，TRIM25通過泛素-蛋白酶體途徑促進(jìn)NSCLC細(xì)胞中IGF2BPs的降解，并且TRIM25的RNA結(jié)合活性對(duì)其在底物泛素化中的作用至關(guān)重要。 已經(jīng)顯示，TRIM25使用RNA作為其靶標(biāo)有效泛素化的支架。然后，探討了TRIM25對(duì)IGF2BPs的泛素連接酶活性是否取決于circN...

為了進(jìn)一步確定過表達(dá)的Caspase-11是否足以加重MCD誘導(dǎo)的NASH，我們給小鼠使用了Caspase-1抑制劑belnacasan。belnacasan******降低MCD***對(duì)照組小鼠的脂肪變性評(píng)分(圖8H)。相比之下，belnacasan***不影響MCD處理的Caspase-11過表達(dá)小鼠的脂肪變性評(píng)分。同樣，belnacasan處理***降低了MCD處理對(duì)照組小鼠的腫脹評(píng)分(圖8I)、血清ALT(圖8J)、AST(圖8K)和肝臟甘油三酯(圖8L)，而MCD處理過表達(dá)Caspase-11小鼠的這些指標(biāo)沒有明顯影響。綜上所述，過表達(dá)Caspase-11足以促進(jìn)MCD誘導(dǎo)的小鼠...

六、原始亞型預(yù)示著對(duì)激酶抑制劑的敏感性增加 生成各化合物的藥物劑量響應(yīng)曲線，并比較各亞型間曲線下面積(areaunderthecurve,AUCd)(單個(gè)藥物劑量響應(yīng)曲線見圖6、)。體外藥物篩選顯示，原始聚類患者樣本對(duì)索拉非尼、舒尼替尼和魯索利替尼的敏感性高于合并亞型(Wilcoxon秩和檢驗(yàn)p-value分別=2E5、0.02和0.01;在UHN患者樣本中，Quizartinib的亞型間差異反應(yīng)較弱，而伊馬替尼和達(dá)沙替尼的亞型間無差異(補(bǔ)充圖27)。使用BeatAML33數(shù)據(jù)集，驗(yàn)證原始和committed亞型對(duì)激酶抑制劑的反應(yīng)之間的聯(lián)系，該數(shù)據(jù)集包含npm1突變AML患者樣本的體...

特色lncRNA基因 LncExpDB 表征了在特定細(xì)胞系/組織中特異性表達(dá)、在**或病毒***背景下差異表達(dá)、在特定細(xì)胞器中富集、在細(xì)胞分化或胚胎/***發(fā)育過程中動(dòng)態(tài)表達(dá)或隨晝夜節(jié)律周期性表達(dá)的特征 lncRNA 基因韻律。基于大量RNA-seq數(shù)據(jù)，共鑒定出25191個(gè)特征lncRNA，其中***發(fā)育7922個(gè)，正常組織/細(xì)胞系7498個(gè)，亞細(xì)胞定位5292個(gè)，植入前胚胎4343個(gè)，*細(xì)胞系2907個(gè)，1740個(gè)晝夜節(jié)律，外泌體中為 1538，細(xì)胞分化中為 1232，病毒***中為 985。 LncRNA-mRNA相互作用 為了促進(jìn)對(duì)特征 lncRNA 分子機(jī)制的深...

MAP4K4是絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶家族的成員，可以通過磷酸蛋白MEKK1***MAPK通路。構(gòu)建pCMV-NM_4834.4和pCMV-NM_1242560.1質(zhì)粒，分別轉(zhuǎn)染K1細(xì)胞，并通過qRT-PCR驗(yàn)證了其轉(zhuǎn)染效率（圖6E）。這兩種變異***增強(qiáng)了K1細(xì)胞的增殖和遷移。而截?cái)嘈?NM_4834.4)比長型(NM_1242560.1)對(duì)增殖和遷移的影響更強(qiáng)（圖6F-G）。此外，MEKK1、MKK4、JNK、MEK、ERK的總磷酸化水平未發(fā)生改變，而NM_4834.4和NM_1242560.1兩種變體轉(zhuǎn)染組的磷酸化水平均高于對(duì)照組。更重要的是，與NM_1242560.1相比，NM_48...

揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時(shí)間的推移在DNA、RNA和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標(biāo)，對(duì)于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(GRN)和分配正常和疾病狀態(tài)的機(jī)制至關(guān)重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測量基因調(diào)控的標(biāo)準(zhǔn)方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時(shí)間或空間上）的管道方法都沒有使用時(shí)間序列模型來分配GRN內(nèi)的因果關(guān)系。此外，也需要將有序的RNA-seq數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。 TIMEOR是***個(gè)基于Web的自適應(yīng)時(shí)間序列多組學(xué)管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。TIMEOR通過利用時(shí)間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)...

鼻咽*通路此前尚未被認(rèn)為與創(chuàng)傷介導(dǎo)的神經(jīng)退行性變有關(guān)，但據(jù)報(bào)道，在ALS/FTD、AD、HD和其他神經(jīng)退行性疾病中，鼻咽*通路被破壞。因此，我們決定進(jìn)一步研究鼻咽*改變介導(dǎo)TDP-43在TBI中的病理變化。蛋白質(zhì)組學(xué)分析顯示，一些Nups在腦損傷時(shí)被上調(diào)(圖1D和E)。對(duì)這些Nups的定量逆轉(zhuǎn)錄酶聚合酶鏈反應(yīng)(qRT-PCR)分析證實(shí)，TBI***上調(diào)Nup93-2、Nup54、Nup62、Nup44A，和Nup214 mRNA水平的果蠅幼蟲(圖1F I和圖1圖Supplement 1G)和成年大腦(圖1J L)。此外，核輸出基因Emb (Exportin)的mRNA水平在tbi后***增加(...

隨后，通過進(jìn)行spearman分析，研究了所有三組循環(huán)代謝產(chǎn)物豐度與腸道微生物群之間的聯(lián)系，以測試33個(gè)屬與52個(gè)代謝產(chǎn)物之間的關(guān)聯(lián)，其中有11個(gè)代謝物與各屬均無***相關(guān)(圖7A)。其余甘油磷脂類只與一兩種屬相關(guān)，而多不飽和脂肪酸(8-HETE, 8,9 - DiHETrE, 20-羥基二十甲酸)與至少7個(gè)屬***相關(guān)。此外，血清水蘇糖與瘤胃球菌1或2之間的相關(guān)性表明，PCOS大鼠血清水蘇糖水平降低與瘤胃球菌1豐度降低和瘤胃球菌2豐度增加有關(guān)(圖7B-C)。當(dāng)tempol干預(yù)改變瘤胃球菌_1和_2的豐度時(shí)，PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。上海英拜生物設(shè)有專業(yè)的武漢技術(shù)中心。甲基科研實(shí)驗(yàn)外包c(diǎn)...

四、在體內(nèi)和體外，NUPs的上調(diào)導(dǎo)致TDP-43/TBPH定位錯(cuò)誤和聚集 為了檢測Nup上調(diào)對(duì)Tbph (Drosophila TDP-43)病理的影響，我們建立了一個(gè)位點(diǎn)特異性Nup62過表達(dá)(Nup62 OE)蠅線，并對(duì)內(nèi)源性Tbph進(jìn)行染色。在eGFP對(duì)照(以下稱為對(duì)照)表達(dá)的果蠅幼蟲VNC中，Tbph的分布以細(xì)胞核為主，而Nup62 OE幼蟲VNC***改變了Tbph的定位，出現(xiàn)細(xì)胞質(zhì)聚集(圖4A)。定量分析顯示，與對(duì)照組相比，Nup62 OE果蠅幼蟲或成年大腦中斑點(diǎn)Tbph***增加(圖4B）。與對(duì)照組相比，Nup62 OE vnc的核Tbph強(qiáng)度***降低(圖4C)。此外...

然后，我們?cè)贖460和H1299細(xì)胞中測量了USP35敲除和TKI之間的協(xié)同效應(yīng)，數(shù)據(jù)表明USP35沉默在體內(nèi)和體外使H460和H1299細(xì)胞對(duì)GFB化療敏感(圖9F-H)。值得注意的是，EGFR突變的肺*細(xì)胞對(duì)TKI更敏感，因此我們?cè)u(píng)估了USP35沉默是否會(huì)使H1650細(xì)胞對(duì)GFB化療敏感。如圖9I，J所示，USP35沉默進(jìn)一步抑制了GFB***后H1650細(xì)胞的生長、集落形成和**進(jìn)展。總的來說，USP35缺乏的肺*細(xì)胞對(duì)化療藥物更敏感。 結(jié)論：FPN蛋白穩(wěn)定性和肺*細(xì)胞的鐵輸出需要USP35，從而保持細(xì)胞內(nèi)鐵穩(wěn)態(tài)和**生長。而USP35敲除通過減少游離鐵輸出增加細(xì)胞內(nèi)LIP水平...

采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關(guān)鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。Desulfovibrionaceae屬富集于oil+PBS組，而Muribaculaceae和Alloprevotella屬富集于DHEA+PBS和DHEA+tempol組(圖5A-B)，這表明tempol可以重塑微生物PCOS大鼠的腸道微生物群的結(jié)構(gòu)。通過分析細(xì)菌分類在門和屬水平上的相似性程度，進(jìn)一步比較三組腸道菌群的整體組成。在門水平上，厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)是3個(gè)類群的優(yōu)勢(shì)門(圖5)。DHEA處理增加了放線菌門(Actinobacteria)、擬桿菌門(B...

此外，在敲除內(nèi)源性FPN后，USP35過表達(dá)引起的ROS和丙二醛生成的減少也被減緩(圖6G)。我們還評(píng)估了體內(nèi)和體外RSL3***后FPN在肺*細(xì)胞或**異種移植中的作用。如圖7A-C所示，F(xiàn)PN敲除恢復(fù)了USP35過表達(dá)肺*細(xì)胞的細(xì)胞內(nèi)LIP和Fe2+水平，同時(shí)增加了ROS和MDA的形成。與此同時(shí)，F(xiàn)PN敲除后，由于USP35過表達(dá)而增加的細(xì)胞活力和集落形成也被逆轉(zhuǎn)(圖7D-F)。根據(jù)體外數(shù)據(jù)，F(xiàn)PN敲除后，USP35過表達(dá)細(xì)胞的**體積和重量均有所減少(圖7G，H)。更重要的是，我們發(fā)現(xiàn)FPN的膜分布在肺ADC和SCC**中***增加(圖7I)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明FPN是USP35調(diào)節(jié)...

神經(jīng)性疼痛和炎癥PCR基因芯片可用于研究與疼痛反應(yīng)的傳導(dǎo)、維護(hù)和調(diào)節(jié)相關(guān)的84個(gè)基因的表達(dá)。有害環(huán)境刺激、組織損傷和疾病都可以引起疼痛。由于疼痛折磨著大約20%的人口,所以疼痛既提供了大量的***目標(biāo)，同時(shí)也提供一個(gè)可以了解神經(jīng)系統(tǒng)的功能及分子機(jī)制的途徑。雖然疼痛產(chǎn)生的原因眾多，包括外周神經(jīng)系統(tǒng)(PNS)損傷,***系統(tǒng)(CNS)神經(jīng)性疼痛,外周組織的損傷和或炎癥啟動(dòng)的炎癥性疼痛,然而神經(jīng)性和炎癥性疼痛的根本原因在于從***的神經(jīng)元損傷檢測到終止于脊髓背角的薄層的傳導(dǎo)通路。這條通路包括:疼痛感受器收集信息,通過神經(jīng)傳遞到***系統(tǒng),并影響動(dòng)作電位產(chǎn)生的離子通道和嘌呤、**類、**素受體，導(dǎo)致二...

因?yàn)镃XCL13是一種趨化劑，可以促進(jìn)表達(dá)CXCR5的細(xì)胞趨化，使用IHC染色評(píng)估其在CRC中的表達(dá)，結(jié)果顯示CXCR-5在結(jié)直腸*組織中的染色強(qiáng)于正常組織，說明M2極化巨噬細(xì)胞分泌的CXCL13主要作用于CRC細(xì)胞（Fig. 7d）。PMA預(yù)處理后的THP-1細(xì)胞轉(zhuǎn)染miR-934 mimics，并與加入anti-CXCL13抗體或IgG的SW480細(xì)胞或RKO細(xì)胞共培養(yǎng)。此外，上述TPH-1細(xì)胞液與敲除CXCR5的細(xì)胞共培養(yǎng)。體外transwell實(shí)驗(yàn)顯示，在與miR-934過表達(dá)PMA處理的THP-1細(xì)胞的CM共培養(yǎng)組中，anti-CXCL13抗體抑制了CRC細(xì)胞的遷移和侵襲；轉(zhuǎn)染了sh...

6）circPde4b和RIC8A影響小鼠OA發(fā)病機(jī)制 為了證實(shí)上述發(fā)現(xiàn)，我們進(jìn)一步評(píng)估了circPde4b對(duì)小鼠OA的影響。圖6A為四組不同AAV***后circPde4b和RIC8A的RNA表達(dá)情況。從軟骨中提取的ECM相關(guān)蛋白的RT-qPCR和westernblot分析也提示在內(nèi)側(cè)半月板不穩(wěn)(DMM)+vector組和DMM+circPde4b+RIC8A組中OA更嚴(yán)重(圖6B，C)。SafraninOfastgreen染色(圖6D)發(fā)現(xiàn)，與SHAM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組相比，DMM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組的蛋白多糖明顯丟失...

RBM17促進(jìn)PTC細(xì)胞的增殖和遷移，并在PTC**組織中升高 接下來探究RBM17在PTC細(xì)胞中的功能，RBM17的mRNA和蛋白表達(dá)在K1細(xì)胞系中遠(yuǎn)低于TPC-1和BCPAP細(xì)胞，其表達(dá)趨勢(shì)類似于tiRNA-Gly（圖4A-B）。于是構(gòu)建了RBM17過表達(dá)的K1細(xì)胞系，發(fā)現(xiàn)其增殖和遷移曾麗***增加（圖4C-F）。RBM17敲低則效果相反（圖4G-J）。此外，RBM蛋白表達(dá)在PTC**組織中***高于*旁組織（圖4K）。以上結(jié)果表明RBM17的作用和tiRNA-Gly相似，在PTC中促進(jìn)**進(jìn)展。 RBM17的衰減抑制了tiRNA-Gly對(duì)PTC細(xì)胞的影響，RBM17在PT...

三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動(dòng)態(tài) 由于技術(shù)限制，scRNA-seq難以檢測低豐度轉(zhuǎn)錄本（如轉(zhuǎn)錄因子TFs），而通過染色質(zhì)的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測了人類胚胎Lin- CD34+ CD38-細(xì)胞的單細(xì)胞染色質(zhì)可及性，分別對(duì)18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了測序，基于SNN算法，共得到7個(gè)不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數(shù)據(jù)中檢測了所選標(biāo)記基因的可及性，與干細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)記基因(如MLLT3、PROM1、FLI...

在乳腺*樣本中，LINC00926的表達(dá)與PGK1的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)(圖1 F)。有趣的是，我們發(fā)現(xiàn)內(nèi)源性PGK1蛋白水平和LINC00926水平在5種乳腺*細(xì)胞系(MCF-7、T47D、ZR75-1、MDA-MB-453、MDA-MB-231)中均呈負(fù)表達(dá)。在相對(duì)轉(zhuǎn)移性細(xì)胞系MDA-MB-231中PGK1表達(dá)量比較高，LINC00926表達(dá)量比較低；而惡性程度較低的細(xì)胞系MCF-7中PGK1表達(dá)量較低，LINC00926表達(dá)量較高(圖1G)。敲除LINC00926后，MCF-7細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***增加，而過表達(dá)LINC00926后，MDA-MB-231細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***降低(圖1H...

非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結(jié)果嚴(yán)重的炎癥性疾病。肝細(xì)胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學(xué)中已被證實(shí)。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細(xì)介紹了2021年4月發(fā)表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Casp...

我們鑒定出了幾個(gè)可能與LINC00926相互作用的蛋白，包括兩個(gè)E3連接酶，STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進(jìn)一步證實(shí)，只有STUB1與LINC00926相互作用，而E6AP則沒有(圖4G)。此外，RIP分析也表明，PGK1和STUB1免疫沉淀中，LINC00926***富集(圖4H)。此外，LINC00926增強(qiáng)了STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對(duì)PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數(shù)據(jù)表明，STUB1在LINC00926調(diào)控PGK1泛素化過程中起著關(guān)鍵作用。與LINC00926對(duì)STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化的影響一致，LINC0...

鼻咽*通路此前尚未被認(rèn)為與創(chuàng)傷介導(dǎo)的神經(jīng)退行性變有關(guān)，但據(jù)報(bào)道，在ALS/FTD、AD、HD和其他神經(jīng)退行性疾病中，鼻咽*通路被破壞。因此，我們決定進(jìn)一步研究鼻咽*改變介導(dǎo)TDP-43在TBI中的病理變化。蛋白質(zhì)組學(xué)分析顯示，一些Nups在腦損傷時(shí)被上調(diào)(圖1D和E)。對(duì)這些Nups的定量逆轉(zhuǎn)錄酶聚合酶鏈反應(yīng)(qRT-PCR)分析證實(shí)，TBI***上調(diào)Nup93-2、Nup54、Nup62、Nup44A，和Nup214 mRNA水平的果蠅幼蟲(圖1F I和圖1圖Supplement 1G)和成年大腦(圖1J L)。此外，核輸出基因Emb (Exportin)的mRNA水平在tbi后***增加(...

7）在體外，上調(diào)UCP1減少AKI期間的脂質(zhì)積累可通過AMPK/ULK1途徑促進(jìn)自噬 自噬已被證實(shí)在AKI中發(fā)揮重要作用。因此，自噬已經(jīng)成為我們關(guān)注的重要途徑之一。在通過慢病毒轉(zhuǎn)染過表達(dá)UCP1或UCP1激動(dòng)劑CL316243的AKI細(xì)胞模型中，自噬相關(guān)指標(biāo)顯示AMPK/ULK1/自噬通路******(圖7A-B)。電子顯微鏡圖像也顯示，上調(diào)UCP1消除AKI中的脂質(zhì)積累后，細(xì)胞自噬得到促進(jìn)(圖7C)。基于這些發(fā)現(xiàn)，為了驗(yàn)證自噬在UCP1功能中的重要性，我們進(jìn)行了功能恢復(fù)實(shí)驗(yàn)。如圖7D-F所示，氯喹抑制自噬***逆轉(zhuǎn)了順鉑組UCP1引起的炎癥指標(biāo)下降。同樣，TUNEL染色顯示，使用氯...

OARSI分級(jí)(圖6E)進(jìn)一步提示小鼠SHAM+載體和DMM+circPde4b組軟骨降解較少，而DMM+載體和DMM+circPde4b+RIC8A組軟骨降解情況相反。熱板試驗(yàn)、膝關(guān)節(jié)伸展試驗(yàn)和電擊刺激跑步機(jī)試驗(yàn)顯示，DMM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組的不適和膝關(guān)節(jié)疼痛多于SHAM+載體組和DMM+circPde4b組(圖6F)。小鼠膝關(guān)節(jié)的三維微CT重建顯示，DMM+NC組和DMM+circPde4b+RIC8A組比SHAM+載體和DMM+circPde4b組有更多的骨贅(圖6G)。此外，四組中RIC8A和p-p38標(biāo)記的免疫組化染色顯示過表達(dá)circPde4b下...

4、CDK4/6預(yù)處理增強(qiáng)功能性記憶CD8+T細(xì)胞的持久性 長期生存能力是T細(xì)胞記憶的基本特征。為了確定CDK4/6i處理的細(xì)胞在體內(nèi)是否表現(xiàn)出優(yōu)越的存活率，將未處理和CDK4/6i預(yù)處理的體外活化CD45.1OT-iT細(xì)胞轉(zhuǎn)移至同源CD45.2小鼠中，并通過流式細(xì)胞術(shù)評(píng)價(jià)其隨時(shí)間的持續(xù)性和表型（Fig.4A）。在30天內(nèi)，在血液和脾臟中檢測到的預(yù)處理OT-I-T細(xì)胞的頻率明顯更高（Fig.4B）。30天后，未處理和預(yù)處理的OT-I-T細(xì)胞在血液和脾臟中的表型持久性相似，都具有記憶前體的特征(MPECs;KLRG1-CD127+)(Fig.4C)。為了評(píng)價(jià)CDK4/6i處理細(xì)胞的記憶...

5、血漿外泌體S100A4和OPN水平聯(lián)合可以作為HCC患者術(shù)后的強(qiáng)力預(yù)后因子 在168例接受肝切除術(shù)的HCC患者中，進(jìn)一步研究了血漿外泌體S100A4和OPN水平的臨床意義。結(jié)果發(fā)現(xiàn)外泌體S100A4水平和OPN的表達(dá)***正相關(guān)，并且外泌體S100A4低表達(dá)組患者的總體生存率和無疾病生存率要***高于外泌體S100A4高表達(dá)組（圖6b-d）。隨后，基于外泌體S100A4水平和OPN水平的聯(lián)合分析，將患者分為4組，結(jié)果發(fā)現(xiàn)雙低水平S100A4和OPN組具有比較好的預(yù)后，而雙高組則預(yù)后**差（圖6e-f）。 為了闡明胰腺*中m6A水平升高的分子機(jī)制。胰島素抵抗芯片科研省自然科學(xué)基金為...

我們觀察到簇1、簇2和簇4的可達(dá)性比較高，并逐漸向兩個(gè)分枝的頂端遞減。接下來，研究者使用chromVAR計(jì)算不同簇中可及性TF序列基序，沿著軌跡推斷確定的兩個(gè)分支，可觀察到譜系特異性造血TF基序的可及性的動(dòng)態(tài)變化（如GATA1、TAL1、KLF1、HTF4、ID4、IRF8和TFE2），其中GATA1是紅系細(xì)胞、巨核細(xì)胞和肥大細(xì)胞分化的重要調(diào)節(jié)因子，且*在scRNA-seq數(shù)據(jù)集中的MEMP簇中表達(dá)；TAL1有兩種不同的結(jié)合基序，在胎兒造血過程中，這兩種基序在不同的造血祖細(xì)胞中均具有活性；CEBPD和IRF8的活性對(duì)髓系和樹突狀細(xì)胞的分化至關(guān)重要；ID4和HTF4參與淋巴系的建立；這與scRN...

大約 1% 的人類基因組能夠折疊成 G 四鏈體 (G quadruplexes，G4s)——在富含 G 的基序上形成的非經(jīng)典鏈特異性 DNA 結(jié)構(gòu)。G4 的熱穩(wěn)定性不同，這可能會(huì)影響它們的功能。然而，G4s 也可能阻礙復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯，并可能增加基因組的不穩(wěn)定性和突變率。因此，根據(jù)其基因組位置、熱穩(wěn)定性和功能性，G4 基因座可能會(huì)在不同的選擇壓力下進(jìn)化，而這一點(diǎn)從未被研究過。 一、基因組中G4基因座的密度不均勻 與全基因組平均值相比，CpG島、上游區(qū)域和轉(zhuǎn)錄鏈的G4密度的倍數(shù)差異特別**別為12.3、4.98和4.11。相比之下，內(nèi)含子的非轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄鏈、非轉(zhuǎn)錄外顯子鏈和3'UT...