接下來，我們合成了野生型HuR蛋白(WT)和HuR蛋白的截短突變體（即分別為單獨HuR的RNA識別基序(RRM)1的突變體B1、單獨HuRRRM2的突變體B2和單獨HuRRRM3的突變體B3）（圖4C）。同時，我們設計并合成了生物素標記的或未標記的探針，分別特異性靶向lnc-PMIF的中心-莖環和生物素標記的或未標記的探針，特異性靶向之前報道的與HuR蛋白相互作用的β-actinmRNA的序列。RNA電泳遷移率變動分析(EMSA)發現只有當生物素標記的lnc-PMIF探針與WTHuR或截短突變體B3共孵育時，才能檢測到lnc-PMIF-HuR復合物，這表明HuR的RRM3可介導HuR和lnc-...

2IFNγ也會促進PD-L1-Lnc的表達已有研究發現，T細胞分泌的IFN-γ（干擾素-γ）能上調PD-L1mRNA和蛋白的表達，那么**細胞是否能連接T細胞表面的PD-1進而抑制細胞免疫有待進一步驗證。與PD-L1-mRNA相比，PD-L1-Lnc在638-744和832-899處存在缺失，進一步假設IFNγ會增強PD-L1-Lnc的轉錄。為進一步驗證，在沒有IFN-γ的前提下對五個細胞系中的PD-L1蛋白含量、PD-L1mRNA，以及PD-L1-Lnc水平進行檢測，結果發現IFNγ確實能極大地促進PD-L1蛋白的表達。5個肝*細胞系中進行IFNγ***也明顯提高了PD-L1mRNA的表達水...

RIG-I對circNDUFB2誘導的免疫反應至關重要 RIG-I樣受體（RLR）家族可識別病毒RNA 會通過產生IFN和促炎性細胞因子來觸發針對病毒***的先天免疫反應。已經報道外源circRNA有效刺激由RIG-1介導的免疫信號傳導。從qRT-PCR分析獲得的數據表明，RIG-1敲低消除了circNDUFB2過表達誘導的免疫反應，RIG-1被circNDUFB2上調。為了研究circNDUFB2和RIG-I之間的關聯，進行RIP分析和RNA FISH免疫熒光實驗。 結果表明circNDUFB2與RIG-1結合，并且它們共定位在細胞質中。 circNDUFB2過表達后， circN...

由于p65轉位到細胞核并促進其靶向基因的轉錄，假設NFκB/p65信號通路的***可通過p65的轉錄活性上調miR-934表達。在p65和miR-934啟動子之間發現了5個潛在的轉錄結合區域和2個特異性結合位點（Fig. 8d）。隨后，用miR-934啟動子中含有p65結合區域的載體轉染SW480和RKO細胞；ChIP實驗證明p65對miR-934的轉錄在-2002和-1500 bp（區域1）之間的區域內***增高，在其他四個結合區域中未觀察到明顯變化（Fig. 8e）。這些數據表明，區域1可能在調節CRC細胞中p65介導的miR-934轉錄誘導中起關鍵作用。熒光素酶報告基因檢測證實p65對S...

m6A RNA甲基化是mRNA轉錄后**常見的內部甲基化。這是一個由m6A WER系統控制的可逆過程，由書寫器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結果取決于特異性閱讀器的識別并結合。目前研究發現抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關。該研究2021年1月發表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。 1.YTHDC2表達在LUAD中被抑制，且與臨床預后差相關 為了驗證m6A閱讀器在肺*的表達，作者通過GEPIA數據庫分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNP...

為了檢測該多肽產物，我們使用了一種識別MAPK1中間部分的抗體(圖4d)。Western Blot檢測40對胃*組織(圖4e)和細胞系(圖4f)中MAPK1-109aa和MAPK1的水平。通過半定量分析，胃*組織中MAPK1-109aa水平較正常胃組織中降低。Kaplan-Meier生存分析顯示，MAPK1-109aa表達水平較高的胃*患者總生存期明顯長于MAPK1-109aa表達水平較低的胃*患者(圖4h)。一系列GC細胞系中MAPK1-109aa的含量也明顯低于正常胃粘膜細胞系GES-1。在內源性circMAPK1水平較低且幾乎沒有MAPK1-109aa表達的MKN45細胞中，轉染circ...

MAP4K4是絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶家族的成員，可以通過磷酸蛋白MEKK1***MAPK通路。構建pCMV-NM_4834.4和pCMV-NM_1242560.1質粒，分別轉染K1細胞，并通過qRT-PCR驗證了其轉染效率（圖6E）。這兩種變異***增強了K1細胞的增殖和遷移。而截斷型(NM_4834.4)比長型(NM_1242560.1)對增殖和遷移的影響更強（圖6F-G）。此外，MEKK1、MKK4、JNK、MEK、ERK的總磷酸化水平未發生改變，而NM_4834.4和NM_1242560.1兩種變體轉染組的磷酸化水平均高于對照組。更重要的是，與NM_1242560.1相比，NM_48...

總的來說，在處理與脂質代謝失調相關的壓力時，細胞如何上調GPX4軸的活性和/或減少對GPX4的依賴以適應這種壓力，這有增加細胞轉移能力的附帶責任。急性27HC 處理通過干擾SREBPs和LXR信號傳導擾亂脂質代謝，從而導致了細胞生長和遷移的抑制。*細胞可以適應由慢性27HC處理帶來的代謝壓力。存活的細胞(27HC抵抗細胞)增加脂質攝取，并通過上調抵抗脂質氧化應激過程的活性來調節與此活動相關的代謝應激，一種增強**生長和轉移能力的活動。發現乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。上海干眼癥科研檢測TYRO3基因拷貝數與細胞毒性T細胞抗**活性的相關性，CD8+T細胞水平與高表達TYRO3基因的患者的生存期延...

因為CXCL13是一種趨化劑，可以促進表達CXCR5的細胞趨化，使用IHC染色評估其在CRC中的表達，結果顯示CXCR-5在結直腸*組織中的染色強于正常組織，說明M2極化巨噬細胞分泌的CXCL13主要作用于CRC細胞（Fig. 7d）。PMA預處理后的THP-1細胞轉染miR-934 mimics，并與加入anti-CXCL13抗體或IgG的SW480細胞或RKO細胞共培養。此外，上述TPH-1細胞液與敲除CXCR5的細胞共培養。體外transwell實驗顯示，在與miR-934過表達PMA處理的THP-1細胞的CM共培養組中，anti-CXCL13抗體抑制了CRC細胞的遷移和侵襲；轉染了sh...

紡錘體裝配檢查點(SAC)作為一個傳感器的**的著絲點延遲有絲分裂進入后期，直到適當的染色體分離得到保證。這一安全機制的破壞導致基因組不穩定和非整倍體，這是胚胎死亡、先天性出生缺陷、智力殘疾和**的遺傳原因。然而，盡管了解了控制SAC的基本機制，但信號通路如何直接與有絲分裂檢查點活動相互作用和調節仍是未知的。在對細胞外刺激的反應中，參與細胞生長、生存和分化的多種信號通路網絡被***，這一過程***受到Ras家族小鳥苷三磷酸酶(GTPases)的調控。RIT1是一種ras相關的GTPase，調節細胞存活和應激反應，是通過有絲分裂和適當的染色體分離及時進展的必要條件。RIT1在有絲分裂期間從質膜(...

轉錄組學 (RNA-Seq) 模塊 RNA-seq 模塊對與衰老相關的全基因組轉錄組變化進行編目。RNA-seq 模塊中收集的數據集來自與衰老研究相關的已發表文章。該模塊收集在特定基因干預（過表達、敲除等）時觀察到的轉錄組變化，該模塊還收集特定組織和***在生理和病理衰老過程中基因表達譜的變化。RNA-seq 模塊目前包含 > 18 000 個可能與衰老有關的差異表達基因 (DEG)。在 RNA-seq 模塊中，可以通過基因名稱輕松搜索 DEG，并且每個 DEG 條目都包含潛在的實驗條件和基因表達的倍數變化及其發布的來源。可以下載每篇文章中的所有搜索結果和相應的DEG數據庫。 鑒定的...

VD可修復高糖誘導的HK-2細胞自噬缺陷 我們探討了pari對體外DN細胞自噬和炎癥的影響。我們用高水平葡萄糖(HG)處理HK-2細胞。如圖4A所示，在高糖條件下，LC3-II和SQSTM1的表達增加，在自噬抑制劑氯喹(CQ)作用下，LC3-II和SQSTM1的表達進一步增加。此外，我們使用tf-LC3研究自溶酶體的成熟過程。在酸性溶酶體環境中，mCherry比GFP更穩定，自溶酶體的正常成熟以增加*紅點為特征。與此相反，GFP和mCherry斑點共定位表明自噬通量中斷，呈現黃色斑點。高糖誘導mCherry和GFP共定位，CQ處理更明顯。這些結果進一步表明，高糖可損害自噬通量。另一方...

創傷性腦損傷（TBI）是重要的健康問題，每年有超過5000萬新發TBI病例。在TBI的病理生理過程中，會發生各種形式的細胞死亡，包括細胞凋亡，壞死，程序性壞死，自噬，焦亡和鐵死亡。目前尚未充分挖掘TBI中鐵死亡的發病機理。***我們講一篇蘇州大學團隊在JOURNAL OF PINEAL RESEARCH（IF=14.526）期刊發表的題名為Deletion of ferritin H in neurons counteracts the protective effect of melatonin against traumatic brain injury-induced ferroptos...

隨著全球老齡化人口的逐步增長，研究和制定健康老齡化戰略的需求變得越來越重要，并呈現出新的緊迫性。衰老是一個復雜的過程，受遺傳和表觀遺傳調控、翻譯后調控、代謝調控、宿主-微生物組相互作用、生活方式和許多其他因素的影響。近年來，高通量組學技術（包括基因組學、轉錄組學、表觀基因組學、代謝組學、蛋白質組學、藥物基因組學和宏基因組學）已廣泛應用于衰老研究，從而對衰老相關的分子變化進行大規模分析。因此，與衰老相關的有價值的數據量越來越大，需要一個開放和集成的數據庫來支持新的衰老研究領域。英拜跟客戶形成產學研合作模式。血清富集蛋白科研省自然科學基金 3、心肌LncHrt過表達挽救心肌梗死的轉錄組 為...

結果1）AKI伴有明顯的脂質積累，并與腎損傷的嚴重程度高度正相關 根據脂質代謝組學分析結果，我們發現AKI組織中各類甘油三酯(TGs)含量***增加(圖1A)。考慮到AKI中的脂質積累，我們進行實驗來確定其臨床意義。我們對不同嚴重程度的AKI動物標本進行油紅O染色。結果顯示，隨著疾病進展的延長，小鼠腎組織脂質沉積逐漸增加(圖1B)。在體外也發現了類似的結果，即隨著細胞損傷的嚴重程度，脂質積累的程度增加(圖1C)。這些結果說明AKI中的脂質積累與疾病的嚴重程度呈正相關。 文章檢測了小鼠腸系膜淋巴結(MLN)中的Th17細胞（與結腸炎癥密切相關）。遼寧克羅恩病科研 二、偽時間軌跡，染色...

CircRNF13在鼻咽*臨床樣本中低表達 作者對NPC細胞進行高通量測序獲得cicRNA表達譜，總計鑒定到6153個circRNAs，并包括了5種類型的circRNA。其中豐度較高的circRNF13相對于非**的鼻炎上皮細胞（NPE），在NPC中***下調。circRNF13是有外顯子8和外顯子2反向剪切形成，在細胞核和細胞質中均有分布，并且可在RNaseR處理下穩定存在。以上結果表明circRNF13可能影響NPC的進展。 CircRNF13抑制NPC細胞的增殖遷移和侵襲 在NPC細胞系HNE2和CNE2中，過表達circRNF13都會***抑制NPC細胞的增殖，減...

3、白樺素可以改善小鼠飲食導致的肥胖并增加能量消耗 接下來，研究了白樺素在體內的作用。洛伐他汀是一種HMGCR抑制劑，具有良好的有益作用，將其與白樺素進行比較。用對照（鹽水），洛伐他汀（30mg/kg/day）或白樺素（15或30mg/kg/day）處理西式飲食（WD）的C57BL/6J小鼠6周。在***期間，未觀察到白樺素或洛伐他汀的明顯毒性，并且不同組的小鼠顯示出相似的食物攝入（圖4A）。有趣的是，盡管小鼠以30mg/kg/day加WD飲食喂養的老鼠比chow飲食喂養的小鼠重，但它們的體重增加比WD喂養的老鼠少，這表明在此劑量下，白樺素和洛伐他汀可以預防飲食引起的肥胖癥（DIO）...

我們進一步的研究表明，circPDE4B調控RIC8A蛋白水平，而不是mRNA水平或穩定性(圖3G-I)。我們還阻斷了RIC8A蛋白的合成，并觀察到sh-陰性對照(NC)和sh-circPDE4B 的HCs之間的RIC8A蛋白半衰期有明顯差異(圖3J)，說明circPDE4B降低了RIC8A蛋白的穩定性。經PS341處理后，RIC8A在circPDE4B過表達和下調細胞中均未發生變化(圖3K,L)，表明circPDE4B通過蛋白酶體活性調節RIC8A。無論內源性還是外源性RIC8A, RIC8A的多泛素化在circPDE4B耗盡后均下降，在過表達circPDE4B后則上升(圖3O)。綜上所述，...

腸道菌群與結直腸* (CRC) 之間的關聯已被***研究。然而，用于多個人群的早期診斷標記仍然難以捉摸。本研究對1056例糞便樣本進行了綜合分析，以確定與CRC相關的微生物作為早期檢測CRC的標志物。 1.meta-analysis 對來自4項研究的16srRNA測序進行分析，評估隨著CRC進展（無疾病-腺瘤-結直腸*）腸道微生物的變化，并鑒定出針對腺瘤的為微生物標志物。 2.構建腺瘤微生物模型 除了使用差異ASV作為關鍵指標，模型構建中還包括α多樣性指數（Shannon指數，Simpson指數和ObservedASV）以及三個患者臨床指標（年齡，性別和體重指數（B...

為了表征RIT1相互作用組，我們進行了親和純化-質譜篩選(圖1A)，確定MAD2(MAD2L1)和p31conmet(也稱為MAD2L1結合蛋白)作為新的和選擇性的RIT1結合伙伴，不與其他RasGTPases相互作用(圖S1A和S1B)。MAD2參與了在未附著的動點處催化MCC形成的SAC信號放大，MCC由MAD2、CDC20、BubR1和Bub3.1組成。16MAD2和p31conmet二聚促使我們評估RIT1是否與MAD2和p31conmet直接相互作用。Pulldown分析顯示，這兩種相互作用都直接且**于MAD2和p31conmet二聚(圖1B)。此外，RIT1-MAD2相互作用在斑...

6）SsD抑制患者原代細胞 我們從吉林大學***醫院**組織/生物標本庫獲取AML患者外周血，進一步評估SsD對白血病進展的影響。SsD***抑制了白血病細胞增殖(圖6A)、集落形成能力(圖6B)、誘導細胞周期阻滯(圖6C)。在機制上，這是由FTO介導的m6ARNA甲基化及其在SsD處理的原代細胞中的靶點調控的(圖6D-G)。當我們使用“人-鼠”異種移植白血病模型來評估SsD在體內對白血病進展的影響時(圖6H)，與上述類似，使用SsD******抑制AML進展，包括降低WBC，減少BM中的白血病母細胞，減少脾腫大，抑制肺轉移，延長AML原代細胞異種移植小鼠的存活時間(圖6I-N)。因...

為了進一步鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶，RNA pulldown質譜結果中在156種潛在的相互作用蛋白中發現了兩種E3連接酶TRIM25和HECTD3。 使用WB分析， TRIM25與circNDUFB2特異性相關。 RIP分析進一步證實了circNDUFB2與TRIM25的關聯。RNA FISH免疫熒光分析表明circNDUFB2與TRIM25在細胞質***定位。進行Co-IP結果顯示TRIM25與所有三個IGF2BP結合。免疫熒光分析表明TRIM25與所有三個IGF2BP蛋白共定位在細胞質中。IGF2BPs的mRNA水平不受TRIM25的影響，但是在TRIM25敲低時，IGF2BP...

為了檢測補充NAD + 是否可以糾正IFNα刺激的下游效應，用1 mM β-煙酰胺單核苷酸(NMN)培養CD8 + T細胞以恢復NAD +/NADH比值（圖6e）。然后，評估了用抗CD3/CD28再刺激后的氧化反應和細胞活力。補充NMN的NAD + 增加了OCR（圖6f），但未增加ECAR，表明線粒體能力增加。重要的是，通過NMN處理恢復NAD + 的可用性改善了IFNα延長和TCR刺激后的細胞活力（圖6 g），表明NAD途徑調節這些活化的人CD8 + T細胞中的線粒體適應性和細胞存活率。總之，這些數據表明，在人TCR刺激的CD8 + T細胞中，延長IFNα暴露增加了NAD + 的消耗，并降低...

胰腺*(PC)是**棘手的**之一，被認為是預后**差的消化系統**。外泌體是微環境中**細胞和基質細胞之間相互交流的重要介質。**的發展不僅由*細胞決定，還受**微環境(Tumor microenvironment, TME)中缺氧、脂質和間質細胞這三個重要因素的調控。肥胖與包括PC在內的幾種**的風險增加有關，并增加PC的發病率和死亡率。然而，PC衍生的外泌體在TME的進展和與脂肪細胞的串擾中的潛在分子機制尚未闡明。因此，有作者對此進行了研究，并把研究結果發表在《Molecular Therapy - Nucleic Acids》，IF：8.886。大黃酸可以改變腸道菌群組成。免疫微環境科...

外泌體成分包含蛋白質、miRNA、tRFRNA、LncRNA、circRNA，可調節多種生理或病理反應，包括血管生長、兔疫應答等。同時,miRNA也可以作為**診斷以及預后標志物。其中的tRFRNA也是目前的研究熱點,其在體內參與多種生理及病理過程,包括病毒***、氧化應激、神經退行性疾病、遺傳性代謝疾病等.客戶案例:與上海、重慶、沈陽等醫學領域的老師合作就外泌體以及tRFRNA在神經性疾病以及一-些兔疫代謝疾病方面取得了較大進展,并且在影響因子較高的期刊雜志上發表了文章。文章使用FMT(糞微生態移植)來確定大黃酸改變的腸道菌群是否對結腸炎有療效。江蘇biomarker科研6.FBW7通過鐵死...

2、CFL1的高表達與HCC的不良預后相關單變量分析顯示，**大小、**數量、TNM分期、靜脈浸潤、HBV***和CFL1水平與HCC患者的總體生存率***相關（表2）。多變量分析顯示，***大小、**數量、靜脈浸潤和CFL1水平是HCC總體生存率的**預后指標（表2）。并且，可以看出CFL1的高表達與HCC的不良預后相關。 3、CFL1促進HCC的增殖，遷移和侵襲如圖2所示，在高表達CFL1的HCCLM3和MHCC97h細胞中，敲除CFL1(圖2A)。隨后實驗發現敲除CFL1后HCCLM3和MHCC97h細胞的增殖，遷移和侵襲能力被抑制，表明CFL1促進HCC的增殖，遷移和侵襲。 ...

1、在響應CDK4/6抑制中瘤內記憶類CD8+T細胞的表現 為了***評價CDK4/6抑制對抗**T細胞免疫的影響，使用多模式單細胞測序(CITE-seq)分析了CDK4/6抑制劑palbociclib或對照處理的MC38-OVA**小鼠的瘤內T細胞群體(Fig.1A)。維度分析顯示MC38-OVA**中有10個不同的T細胞群(Fig.1B)。用CDK4/6i處理的**有較低頻率的CD4+調節性T細胞(Foxp3+Tregs)，而CD8+記憶類T細胞頻率更高，以Tcf7、Sell、Bcl2和Cd7高表達為特征(Fig.1B-D)。CD8+T細胞池的基因動態表達揭示來源于CDK4/6i...

此外，流式細胞儀分析證實，第 7 天胰腺中CD11b + F4/80 + CD206 +巨噬細胞顯著減少，這與免疫熒光數據一致。在總 CD11b +單核細胞/巨噬細胞中，成熟巨噬細胞 (F4/80 + MHCII hi ) 減少，而未成熟巨噬細胞 (F4/80 mid MHCII - ) 在第 7 天增加，此時胰腺巨噬細胞在 ADM 階段（第 3 天）短暫消耗。F4/80 mid MHCII -巨噬細胞表達更高水平的 CCR2 和 TNFα，表明它們與炎癥單核細胞（CD11b + Ly6C hi CCR2 +）分化并可能導致組織損傷。上述結果表明，ADM期胰腺巨噬細胞的耗竭（以M2樣表型為主）...

6）NOX4誘導的線粒體代謝損傷通過抑制人類星形膠質細胞的細胞抗氧化過程而誘導氧化應激 我們研究了NOX4誘導的線粒體代謝損傷是否可以通過抑制人體星形膠質細胞的細胞抗氧化過程來誘導氧化應激。與對照組相比，NOX4的升高***降低了谷胱甘肽(GSH)水平和谷胱甘肽/氧化谷胱甘肽(GSSG)的比值(圖6A和B)。NOX4的升高也增加了GSSG的水平(圖6C)。由于NOX4導致GSH減少以及GSH/GSSG比值降低，我們接下來研究NOX4是否可以影響人類星形膠質細胞中NRF2信號通路，這是細胞抗氧化反應的關鍵調控因子。與對照組相比，NOX4的升高抑制了NRF2在細胞質中的核易位(圖6D)。...

作者進行了PAR-CLIP實驗，以評估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結果表明，在H1299細胞中，通過過表達METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結合(圖6D)。無論METTL3是否過表達，YTH結構域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進行RNA-pull down實驗，發現YTHDC2WT，優先結合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結合m6A共識...