激酶和磷酸酶qBiomarker拷貝數PCR芯片用于研究發生頻繁突變的編碼激酶和磷酸酶的23個基因的拷貝數。在**中經常出現激酶和磷酸酶DNA拷貝數突變。該芯片上的基因編碼關鍵激酶和磷酸酶這些酶調節細胞周期，胰島素和其他***受體信號,PI-3-K信號細胞凋亡細胞遷移和能動性等過程。這個芯片基于重要文獻和公共數據庫,選擇**頻繁擴增或缺失的激酶和磷酸酶基因。這個芯片可作為一個有幫助分類樣本的基因型和驗證表型生物標記的有效工具。這個芯片可以使每個基因在每個樣本中有四個重復,同時包含一個穩定的多拷貝參考實驗,通過適當的DNA插入標準化精確檢測拷貝數。簡單的產品模式和操作程序讓任何一個具備實時定量P...

結果1）circPDE4B在OA組織中表達較低 我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細胞核糖體RNA缺失的總RNA進行了RNA-seq分析。在數量**多的50個***調控異常的circRNA中，circPDE4B的表達水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴重程度(圖1A)。同時，我們進行了組織形態學和熒光原位雜交實驗，結果顯示軟骨降解程度增加對應軟骨細胞中circPDE4B的表達降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴重OA組織軟骨細胞中circPDE4BRNA水平下調，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達與OA的嚴重程度呈負相...

2.TYRO3使**細胞對抗PD-1***耐藥 在同系BALB/c小鼠模型中比較了Tyro3過表達(Tyro3-OE)和4T1-P細胞對抗mPD-1***的反應。在荷4T1-P**的小鼠中，抗mPD-1******減少**的生長，并延長了生存期。這些結果表明，盡管4T1-P**對抗mPD-1***有反應，Tyro3的過表達促進了這些**的耐藥性。為進一步確定在4T1-R耐藥細胞中抗PD-1/PD-L1耐藥是否需要TYRO3，敲除4T1-R細胞(TYRO3–/–)中的TYRO3。荷瘤Tyro3敲低細胞的小鼠對抗mPD-1***敏感，**生長***減少，小鼠存活時間更長。這些結果證明TY...

4）USP35過表達減少erastin/RSL3觸發的鐵紊亂和鐵死亡 erastin和RLS3誘導的ROS和MDA生成因USP35過表達而減少(圖4A，B)。此外，在erastin和RLS3處理的*細胞中，HETEs水平升高，但在除12-HETE外的USP35過表達的*細胞中，HETEs水平降低(圖4C，F)。然而，USP35過表達對GSH含量和GPX4活性沒有影響(圖4G，H)。如圖4I，J所示，USP35的過表達***減弱了用erastin或RSL3刺激H460和H1299細胞誘導LIP和Fe2+的作用。與表型改變一致，在基礎條件下，USP35過表達對鐵代謝和鐵死亡也沒有影響(圖...

3）STK39與SNAI1相互作用，并使T203上的SNAI1磷酸化為了描述STK39與SNAI1的相互作用，我們在HEK293T細胞***表達Myc-STK39和HA-SNAI1，并進行了共同免疫沉淀(IP)實驗。在SNAI1的IP之后，我們檢測到一個相關的STK39，反之亦然。MDA-MB-231和MDA-MB-157細胞中內源性SNAI1和STK39的IP也分別顯示內源性STK39和SNAI1的存在。然后我們在HEK293細胞***表達Myc-STK39和GFP-SNAI1。令人驚訝的是，STK39在細胞核中穩定了SNAI1。雖然STK39主要定位于胞質，但它包含一個假定的核定位信號，使...

利用METABRIC數據集，我們評估了1459例ER+乳腺*中17個常見Wnt/β-catenin通路基因的表達，包括幾個Wnt靶基因(圖7a)。為了確定INPP4B是否促進PI3K和Wnt/β-catenin通路之間的對話，我們用增加劑量的PI3K抑制劑BKM120(0.5和1 M)處理gfp載體和GFPINPP4B MCF-7細胞，并測量Wnt靶基因AXIN2、LEF1和MYCN的mRNA表達(圖7b d)。在gfp載體細胞中，低劑量的BKM120對Wnt靶基因表達的影響**小，而高劑量的Wnt基因表達降低。在GFP-INPP4B表達細胞中，低濃度的BKM120部分挽救了Wnt基因表達的增...

越來越多的證據表明**相關巨噬細胞（TAMs）和外泌體在轉移前niche（生態位）形成中發揮重要作用。TAMs是轉移前生態位形成和結直腸*肝轉移(CRLM)的基礎。然而，**來源的外泌體miRNAs與TAMs相互作用的分子機制仍然很大程度上未知。本研究發現**來源外泌體miR-934可以誘導巨噬細胞M2極化，進而促進CRC的肝轉移。該文于2020年11月發表在《Journal of Hematology and Oncology》IF：11.059期刊上。 1、miR-934表達升高與CRLM進展及預后不良呈正相關 為了揭示參與CRLM的miRNA，作者基于TCGA數據庫比較了...

三、染色質可及性與細胞類型特異性轉錄因子活性和染色質相互作用網絡有關 HNF4A編碼驅動近端小管分化的關鍵轉錄因子。chromVAR檢測到近端小管DAR中HNF4A結合基序的富集(圖3b，基序活性)，這是HNF4A中染色質可及性增強(圖3b，基因活性)和snRNA-seq數據集中HNF4A轉錄增強(圖3b，基因表達)所支持的。我們通過染色質免疫沉淀，然后定量PCR (ChIP-qPCR)驗證了HNF4A與腎近端小管上皮細胞(RPTEC，補充圖8a)中選定的靶基因位點(SLC34A1, SLC5A2, HNF4A) DAR中預測的HNF4A結合位點的結合。 然而，在RPTEC中可檢測到...

我們進一步發現，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠顯示更低的血清谷丙轉氨酶(ALT)水平(圖2D)、血清天冬氨酸轉氨酶(AST)水平(圖2E)和肝臟甘油三酯水平(圖2F)。總之，我們的結果表明Caspase-11缺陷減輕了MCD誘導的小鼠肝臟脂肪變性。 3.Caspase-11缺乏減弱NASH小鼠的肝纖維化 通過測量纖維化相關因子的表達我們評估Caspase-11缺失對MCD誘導的肝纖維化的影響。在正常條件下，野生型和Caspase-11缺陷小鼠的TGF-β(圖3A)、α-Sma(圖3B)和Col1a1(圖3C)表達相似。MCD處理的野生型小鼠中TGF-β、α-Sma和C...

6）circPde4b和RIC8A影響小鼠OA發病機制 為了證實上述發現，我們進一步評估了circPde4b對小鼠OA的影響。圖6A為四組不同AAV***后circPde4b和RIC8A的RNA表達情況。從軟骨中提取的ECM相關蛋白的RT-qPCR和westernblot分析也提示在內側半月板不穩(DMM)+vector組和DMM+circPde4b+RIC8A組中OA更嚴重(圖6B，C)。SafraninOfastgreen染色(圖6D)發現，與SHAM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組相比，DMM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組的蛋白多糖明顯丟失...

PTEN是一種**抑制因子，調節多種細胞功能，包括***，PI3K/AKT信號通路是PTEN通過其磷酸酶活性靶向的**重要通路之一。因此，推測PI3K/AKT信號通路可能參與CRC細胞來源的外泌體miR-934誘導M2巨噬細胞極化。WB結果顯示過表達PTEN可以部分減弱miR-934和HCT-8細胞源外泌體對p-AKT和p-PI3K表達的增強作用，而沉默PTEN則相反（Fig.5k）。更重要的是，當與HCT-8細胞來源的外泌體和PI3K抑制劑(LY294002)共培養時，PMA處理的THP-1細胞中p-AKT和M2標記物(CD206、arginase-1和CD163)的表達下調（Fig.5l,...

與CD44v6敲低實驗的結果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(圖6H)。過表達C1QBP并沒有上調α-SMA的表達(圖6I)。同時過表達CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉了Pex誘導的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內注射肝轉移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6-kd或C1QBP-kd的Pex組小鼠的肝轉移減少。這些結果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用。英...

2、miR-208b由結腸*細胞以外泌體的方式分泌 隨后，作者探究了miR-208b的存在方式是否由外泌體介導。分離鑒定了3株CRC細胞系的外泌體，并檢測了其中miR-208b的表達。外泌體中miR-208b的表達模式和在細胞中的模式一致，在SW480-OXA***高于SW480***高于NCM460。這些結果表明CRC中miR-208b的是以外泌體的模式分泌，這可能和順鉑化療敏感性有關。 3、SW480細胞分泌的外泌體miR-208b促進Treg擴增 前人研究表明順鉑會影響**免疫微環境。MiRNA可能通過促進Treg擴增誘導免疫侵襲。因此，作者探究了CRC分泌外泌體m...

急性腎損傷(Acute kidney injury, AKI)是一種起病急、進展快、預后差的嚴重臨床急癥。**近的證據表明，AKI伴隨著***的代謝異常，包括脂質代謝的改變。然而，脂質在AKI中的具體變化及其作用和調控機制目前尚不清楚。***小編給大家帶來于2021年3月發表在影響因子8.579的“Theranostics”的文章“Relieving lipid accumulation through UCP1 suppresses the progression of acute kidney injury by promoting the AMPK/ULK1/autophagy path...

***是一種系統性疾病，與炎癥細胞浸潤和免疫相關途徑的***有關。本文旨在揭示與免疫相關的變化，并探索頸***斑塊形成過程中的新型免疫學特征。首先，我們應用了集成的生物信息學方法，包括CIBERSORT和基因集富集分析（GSEA）。基因表達矩陣GSE28829，GSE41571和GSE43292是從基因表達綜合（GEO）數據集獲得的。經過一系列數據預處理步驟后，使用CIBERSORT，GSEA和ClusterProfiler軟件包對所得的組合表達矩陣進行了分析。在對早期和晚期頸***斑塊進行比較和分析后，我們發現，在晚期斑塊中活化記憶CD4T細胞的百分比較高，而靜息記憶CD4細胞的百分比較低。...

作者進行了PAR-CLIP實驗，以評估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結果表明，在H1299細胞中，通過過表達METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結合(圖6D)。無論METTL3是否過表達，YTH結構域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進行RNA-pull down實驗，發現YTHDC2WT，優先結合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結合m6A共識...

1）DRD2通過啟動子甲基化在轉錄上下調 為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達明顯下調(圖1A)。免疫組化染色發現，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調，并且在BrCa中DRD2啟動子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據Kmplot，DRD2的高表達促進了BrCa患者的更長的生存期，這也在HER2陽性基因型患者中可見。但這一優勢在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據RT-PCR和MSP結果，幾乎所有...

點擊該基因的名稱，將彈出該基因在NCBI中的鏈接。也可以單擊“paper ID”來瀏覽原始文獻中的更多詳細信息。***，在“詳細信息”部分中總結了有關疾病，細胞類型和基因的詳細信息。SC2disease還提供了從基于單細胞的結果和基于GWAS的結果得出的疾病的易感基因。所有GWAS數據均從GWAS目錄獲得。以2型糖尿病為例，將通過單擊“可視化”顯示由scRNA-seq和GWAS檢測到的易感基因列表。此外，可通過單擊“可視化”以可視方式顯示結果。在所得圖中，x軸是從GWAS結果獲得的基因中SNP的**小P值。y軸是從scRNA-seq結果獲得的疾病的重疊敏感性基因的細胞類型。條的顏色顯示基因表達...

在CRC和HC鑒定的628個和745個tDR中，每組分別有85個和202個tDR。此外，CRC患者血漿中81個tDR較HC患者明顯增加。為了驗證小RNA測序結果，對上述3例CRC和3例HC受試者血漿樣本中5例上調的候選tDR進行了qRT-PCR檢測。CRC血漿中測量到的tDRs均較HC升高，其中5’-tRF-GlyGCC的升高幅度比較大。所有這些數據表明，與HC相比，CRC患者血漿中tDRs的表達譜存在差異;此外，5’-tRF，特別是5’-tRF-glygcc在CRC血漿中***升高。 2.CRC患者血漿中5'-tRF-GlyGCC水平5’-tRF-GlyGCC位于第1、2、6、16...

2）UCP1在AKI中***下調，且與腎損傷嚴重程度呈高度負相關 UCPs超家族與能量代謝密切相關，并在多種疾病中介導脂質消耗。基于UCPs的功能，我們通過westernblot和免疫組化方法對正常C57小鼠腎組織中UCP1、UCP2和UCP3的表達進行了表征。結果顯示，UCP1和UCP2表達較好，而UCP3幾乎未檢測到(圖2A-B)。在UCPs中，UCP1被認為是脂質降解**關鍵的基因，而UCP2與之沒有直接關系。因此，我們選擇UCP1進行進一步分析，證實其在皮質小管中高表達，在髓質中部分表達，C57小鼠、Sprague-Dawley大鼠、Wistar大鼠腎小球、**幾乎無表達(圖...

CircACTN4 直接與 FUBP1 相互作用并*** MYC 的轉錄 為了探索circACTN4的分子機制，首先進行了pull down和質譜分析circACTN4結合蛋白，發現FUBP1在circACTN4上顯著富集。RIP 檢測進一步證實 FUBP1 可以通過qRT-PCR與BC細胞中的內源性circACTN4 特異性結合。FISH-IF 分析顯示 circACTN4和FUBP1共定位于細胞核中。但是circACTN4 的上調和敲低并沒有改變 FUBP1的表達水平，表明circACTN4不參與FUBP1的翻譯后調控。ChIP-PCR測定證實FUBP1與BC細胞中MYC啟動子結...

miR-335-5p通過靶向RASA1促進CRC細胞的遷移和侵襲 作者使用TargetScan、miRDB和miRTarBasemiR-335-5p三種生物信息學算法預測潛在的靶基因。從TCGA下載的數據分析表明，RASA1的表達與CRC患者的miR-335-5p水平顯著相關。通過生物信息學分析確定的RASA13'UTR中的假定的miR-335-5p靶位點。使用野生型(WT)RASA13'UTR在SW480細胞中進行的熒光素酶報告實驗，結果表明轉染miR-335-5p模擬物后熒光素酶活性顯著降低。相比之下，突變(mut)RASA1序列的報告基因的熒光素酶活性不受miR-335-5p的...

1）USP35敲除抑制肺*細胞生長、集落形成和**進展 我們首先檢測了肺*組織和細胞系中USP35豐度的變化。如圖1A所示，USP35在肺ADC和SCC**中都***上調。與正常的BEAS2B和HBE肺上皮細胞系相比，USP35mRNA水平在肺*細胞系(A549、H358、H460、H1299和H1650)中也高度表達(圖1B)。鑒于H460和H1299細胞中USP35mRNA的豐度較高，我們在下一項研究中使用了這兩種細胞系。與mRNA水平一致，在H460和H1299細胞中USP35蛋白也增加了(圖1C)。為了闡明USP35在肺*發病機制中的作用，我們在H460和H1299細胞中沉默...

六、INPP4B通過增強GSK3β的溶酶體降解促進pi3k依賴的Wnt/β-catenin信號轉導 通過nanoStringRNA譜分析，我們檢測了GFP-INPP4B和gfp載體表達MCF-7細胞中已知的**通路，結果顯示幾種Wnt/β-catenin通路基因的表達發生了改變(圖6a)。定量RTPCR證實GFP-INPP4B-MCF-7細胞中Wnt/β-catenin靶基因AXIN2(1.8倍)、LEF1(5.6倍)、DKK1(3.3倍)和MYCN(2倍)的mRNA表達增加，表明Wnt/β-catenin信號通路增加(圖6b)。它結合TCF/LEF轉錄因子，促進Wnt靶基因的轉錄。...

IGF2BP結合區域包含“GGAC”N6-甲基腺苷（m6A）**基序。IGF2BPs是m6A結合蛋白。為了探索circRNA和IGF2BP之間的相互作用是否通過m6A依賴性的方式進行調節，對circNDUFB2進行了MeRIP，并觀察到circNDUFB2中m6A的顯著富集。敲低METTL3和METTL14顯著降低了circNDUFB2中m6A修飾的水平，并且沒有改變circNDUFB2的水平。METTL3/14敲低顯著削弱了circNDUFB2和IGF2BP之間的相互作用。這些數據表明，circNDUFB2以依賴于m6A的方式與三個IGF2BP物理相互作用。circNDUFB2過表后IGF2...

3.YTHDC2抑制LUAD的胱氨酸攝取和下游抗氧化程序 為了研究YTHDC2對代謝物的影響，作者對YTHDC2低表達和高表達的LUAD標本(分別稱為YTHDC2low和YTHDC2high)進行代謝組學分析(n=20/組)。如圖3A顯示，GSH代謝在KEGG通路中排名前20。在***改變的代謝產物中，與YTHDC2high的**相比，YTHDC2low的**中胱氨酸含量增加了3.975倍(圖3B)。此外，在cohort#1(n=100)中，YTHDC2和胞內胱氨酸呈負相關(圖3C)。這些數據表明YTHDC2減少了細胞內的胱氨酸。 上海英拜生物提供可靠可信可參觀的實驗平臺。深圳功能恢...

現今研究表明tRNA-derivedsmallnoncodingRNAs（sncRNAs）主要分為兩類：tRNAhalves(tiRNAs)和fragments(tRFs)。前者在人類實體**中的的生物學功能吸引了越來越多的關注，但是其在**發生中的生物學機制仍知之甚少。tiRNAs和剪切相關蛋白之間的相關作用更是為未可知。本研究***發現一個5’-tRNAhalves，即tiRNA-Gly通過與RBM17結合誘導可變剪切進而促進**狀甲狀腺*（PTC）的增殖和遷移。本文于2021年7月發表在影響因子7.068的《JournalofExperimentalandClinicalCancerRe...

檢測了血清睪酮、eE2、LH、PRGE、FSH5種性類固醇***水平。DHEA+PBS組血清睪酮水平明顯高于oil+PBS組。Tempol***降低PCOS大鼠血清睪酮和eE2水平，但對血清LH、PRGE、FSH水平無明顯影響(圖1F)。DHEA處理的大鼠血清膽汁酸水平***降低，但這種減弱在DHEA+tempol組消失了(圖1G)。在DHEA+PBS組大鼠卵巢中，cleavedcaspase-3的表達增加，而在tempol作用下，cleavedcaspase-3的表達減少(圖1H)。TUNEL染色顯示，tempol***降低DHEA處理大鼠的凋亡細胞比例(圖1I)。提示tempol可改善PC...

AP損傷后胰腺巨噬細胞的表型變化 A動物模型使用雨蛙素誘導，。為了研究AP后的修復/再生過程，用更高劑量的雨蛙素（100μg/kg，每小時10次）誘導AP，并在一周內的不同時間點收集胰腺。接受雨蛙素誘導***的AP小鼠在24小時后顯示出腺泡壞死和白細胞浸潤的組織學跡象以及血清淀粉酶升高。第3天出現典型的腺泡-導管化生(ADM)結構，第7天左右迅速恢復正常腺泡。為了檢測免疫細胞的比例，分離并分析了AP誘導后的胰腺白細胞。發炎的胰腺內**豐富的免疫細胞是巨噬細胞（CD11b+F4/80+CD11c-）。流式細胞術分析的胰腺巨噬細胞數量在第1天和第3天顯著增加。根據F4/80水平，胰腺巨噬...

使用SmartSeq2協議對15個胎兒的單個細胞進行scRNA-seq處理（圖1 a）。 基于差異表達(DE)分析和按標準化表達***性排序的前20個標記基因。紅細胞(表達HBG1、HBA1、GYPA和ALAS2)、mk(表達FLI1、ITGA2B和GP9)、單核細胞祖細胞和單核細胞(表達CD14、MPEG1和CD33)、CD4+單核細胞、肥大細胞(表達CD63、GATA2和HDC)、漿細胞樣樹突狀細胞(pDCs;表達IL3RA,IRF8,MPEG1和JCHAIN)和另一簇高循環pDCs(表達pDC和增殖標記物;例如，MKI67)和粒細胞1、2和3(表達AZU1、MPO和PRTN3)...