自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發生會增強*細胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進而影響疾病進程。 1.構建LIR預測模型pLAM 收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應蛋白,確定了LIR的序列信息。 驗證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預測，并對預測到的LIR基序對應的基因進行GO、Pathway富集分...

2、miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制構建了miR-138-5p過表達的乳腺*細胞系，取其培養基與巨噬細胞共培養，結果巨噬細胞中miR-138-5p表達***上調，同時KDM6B的表達***下降。證實miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制。 3、*細胞來源的外泌體miR-138-5p下調KDM6B的表達 隨后為了判定上述巨噬細胞中miR-138-5p表達上調的原因，檢測了巨噬細胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結果顯示共培養和對照組間原代和前體miR-138的水平沒有差異，表明miR-138-5p是外...

卵巢瘂qBiomarke體細胞突變PCR芯片是一個翻譯研究工具，用于快速準確剖析樣本中體細胞突變的關鍵基因:BRAF,CTNNB1/beta-catenin,ERBB2,FOXL2,GNAS,KIT,KRAS,NRAS,PIK3CA,PTEN,andP53.這些突變保證***的研究，以提高致*作用的理解和鑒定潛在的藥物靶點。已有許多研究通過單個和多個體細胞突變狀態信息鑒定關鍵信號轉導中斷。例如,EGFR和KRAS基因的突變狀態可以預測某些藥物針對這些分子的生理反應。卵巢*qBiomarker體細胞突變PCR芯片以其***的內容覆蓋范圍,用于研究卵巢*的環境突變且有潛力用于發現靶向藥物的生物標記...

五、急性GvHD的嚴重程度可以在造血干細胞移植之前通過口腔微生物群的組成來預測 A.相對豐度:隨著時間的推移，在0級aGvHD患者的口腔中12個**豐富的家族。B.svmLinear模型識別出的前20名口腔預測ASV的重要性圖，重要性分數表示剔除該ASV后，預測精度平均下降。**終的交叉驗證svmLinear模型從口服ASVspreHSCT的豐度中預測了aGvHD(0IvsIIIV)，準確率為92%(95%CI:73~99%)。通過Boruta特征選擇確認的asv用星號表示。C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數回歸識別為有意義的分裂節點用于aGvHD預測。沿分枝的數目表明變...

5、GPX4活性預防鐵死亡促進轉移作者推測細胞對鐵死亡的抗性可能使細胞能夠抗住在轉移過程中面臨的代謝和環境壓力。注射Py230-27HCS細胞的小鼠發生micrometastasis，而注射Py230-27HCR細胞的小鼠發生macrometastasis；但是無論是從micrometastasis還是從macrometastasis處分離出的轉移病灶表現出相似的對鐵死亡誘導劑（RSL3和ML210）相同的抗性。因此，27HCR細胞轉移表型的增加可能是促進27HC抗性的適應性事件的結果，而不是與羥甾醇***相關的基因表達/生化活性的特定變化。此外，GPX4的敲除***降低了B16F10細胞27...

哺乳動物細胞DNA損傷反應(DDR)信號的**是共濟失調***擴張癥突變(ATM)和ATM-和rad3相關(ATR)蛋白激酶。ATM和ATR磷酸化并***另外兩個激酶CHK1和CHK2, CHK1和CHK2與ATM和ATR一起，是細胞周期檢查點[24]的主調節器。通過調節CDKs的活性，這些分子在細胞周期G1 S期、S內期和G2 M期減緩或阻止細胞周期進程，使DNA損傷得以修復。ATM和ATR通過控制不同因子在DNA損傷位點的表達、活性或招募來促進DNA修復。一般來說，DDR機制能夠修復細胞在其生命周期中積累的DNA損傷，但如果認為損傷程度過高，就會誘導細胞凋亡或細胞衰老導致細胞死亡。專注于生...

表觀基因組學 (ChIP-Seq) 模塊 ChIP-seq 模塊目前包含大量染色質免疫沉淀測序 (ChIP-seq) 數據，反映了特定的衰老相關基因座是如何受組蛋白修飾和轉錄因子調節的。這些數據有助于闡明調控因素如何在全基因組范圍內影響衰老過程中的基因表達。ChIP-seq 數據來自已發表的與衰老相關的文章，并使用相同的分析方法處理原始數據以保持一致性。直觀地顯示了衰老過程中特定基因組位點不同轉錄因子的富集或組蛋白修飾的變化。 蛋白質組學（蛋白質-蛋白質相互作用）模塊 衰老過程中蛋白質穩態受損是典型的，蛋白質相互作用隨著年齡的增長而發生顯著變化。蛋白質-蛋白質相互作用模塊...

有趣的是，通過蛋白-RNA,RNA-RNA相互作用預測工具(catRAPID61和IntaRNA62-65)進行分析，發現PTBP1和NAS1分別與NR2F1-5 '的多嘧啶和gc富集區域結合。通過RIP和pull down實驗對NR2F1 mRNA不同區域的進行RIP和RNA下拉分析，證實了NAS1 RNA優先結合5 'utr-gc, PTBP1只與5′UTR-P特異結合。而且抑制PTBP1導致了5'UTR-PT IRES活性受到抑制。反之，NAS1過表達可增強IRES 5'UTR的活性，但這種調節依賴于GC富集。5'UTR-PT較強的IRES活性不受NAS1的影響。由此可見，PTBP1與N...

外泌體circ_0072083的分泌依賴于TMZ抗性神經膠質瘤細胞中的Warburg效應 為了探索circ_0072083是否通過外泌體攜帶，從TMZ抗性和敏感細胞的培養基中分離外泌體。外泌體通過TEM 確認。大小主要在 100-200 nm，抗性細胞比敏感細胞具有更高濃度的外泌體。外泌體還通過特定標記物（CD63、CD81 和 TSG101）鑒定。此外，與 U251 和 U87 細胞相比，U251/TR 和 U87/TR 細胞中的外泌體 circ_0072083 水平明顯升高。此外，在抗性細胞中發現了比敏感細胞更高的 Warburg 效應，這通過乳酸產生、葡萄糖攝取和關鍵酶（GLU...

為了確定CRC細胞來源的外泌體miR-934是否誘導巨噬細胞的M2極化，首先生成了miR-934 mimics和anti-miR-934來過表達或抑制miR-934的表達。與對照組相比，轉染miR-934 mimics的巨噬細胞M2標記物(CD163、CD206、arginase-1和IL10)的表達明顯增加（Fig. 3h, i）。此外，用anti-miR-934、miR-934 mimics或其陰性對照載體轉染HCT-8和HT29細胞，提取其外泌體并添加到PMA處理的THP-1細胞中。結果顯示，轉染anti-miR-934或miR-934 mimics的CRC細胞的外泌體中M2標記物(CD...

糖尿病（diabetesmellitus,DM）是一組以***為特征的代謝性疾病。***則是由于胰島素分泌缺陷或其生物作用受損，或兩者兼有引起。糖尿病時長期存在的***，導致各種組織，特別是眼、腎、心臟、血管、神經的慢性損害、功能障礙。1型或2型糖尿病均存在明顯的遺傳異質性。糖尿病存在家族發病傾向，約1/4-1/2患者均有糖尿病家族史。英拜生物推出的糖尿病風險評估產品，能有效判斷糖尿病的發生風險，建立健康生活管理、及早預防、延緩疾病的發生，同時為家族其他成員提供相關基因信息。英拜潤色的標書的中標率**提高。深圳骨折鼠模型科研 為了確定s-flow和d-flow在體內單細胞分辨率下對ECs基因...

了解流量調節內皮基因的表達在轉錄和體內外遺傳性染色質易訪問性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標部分頸動脈結扎(PCL)模型或豬動脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內，d-flow快速誘導，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發展。PCL模型包括結扎左側頸總動脈(LCA)的4個遠端分支中的3個以誘導d-血流，同時使用繼續暴露于s-血流的對側右側頸總動脈(RCA)作為內部控制。我們進一步開發了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測序(RNA-...

HoxBlinc直接與靶基因結合，介導染色質相互作用，驅動HSPC中的基因調控網絡 CTCF邊界促進了受限拓撲相關域(TADs)內增強子/啟動子的相互作用。作者之前報道了后HOXA位點的CTCF邊界建立和維持活躍的TAD，以驅動后HOXA基因表達。為了研究HoxBlinc過表達是否會影響CTCF定義的HoxB位點前TAD域和增強子/啟動子調控網絡，使用高通量測序捕捉環狀染色體構象(4C-seq)使用HoxB位點CTCF結合位點(cbs)作為HoxBlincTg與WTLin?c-Kit+細胞（圖5a）。有趣的是，HoxBlinc過表達增強了這些由CBS5/5和/或+43CBS介導的Ho...

本文鑒定了一種名為LncHrt的新型心肌細胞富集的lncRNA，它作為心臟代謝的重要調節因子發揮作用。LncHrt是MI反應中下調**多的lncRNA，對心臟穩態至關重要，因為LncHrt的耗竭會損害心臟形態、代謝和功能。重要的是，心臟特異性過表達LncHrt通過表達參與代謝信號和肌肉收縮的基因保護MI后的心臟。LncHrt過表達，心臟中轉錄組的改變補償了MI誘導的代謝信號的失調。此外，lncRNA與代謝偶聯的機制是通過SIRT2-LKB1-AMPK軸介導的，這為lncRNA可以影響代謝信號級聯提供了證據。總之，該研究確定LncHrt是一種新型的心臟lncRNA，并揭示了lncRNA在病理應激...

SIM2是否也影響AR與染色質的結合，我們在SIM2沉默后進行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數arb的結合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質占用大約相同數量的地點(圖7 a、b)。當反映這些siSIM2-affected染色質易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點在AR結合方面沒有變化。大多數由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析...

外泌體circ_0072083與膠質瘤患者的TMZ耐藥、診斷和生存有關 為了分析外泌體 circ_0072083 在膠質瘤患者中的價值，從患者的血清樣本中分離外泌體。通過 TEM 和特定標記物（CD63、CD81 和 TSG101）驗證外泌體。此外，大小主要在100-200 nm，并且在耐藥患者中其濃度更高。此外，與TMZ敏感患者（n ?=33）相比，TMZ耐藥患者（n =36）的外泌體circ_0072083水平顯著上調。此外，通過將這些外泌體暴露于不同條件來評估外泌體 circ_0072083 的穩定性，結果表明 TMZ 耐藥患者中外泌體 circ_0072083 的豐度不受不同...

二、INPP4B增強pik3a突變ER+乳腺*和乳腺上皮細胞增殖 GFP-INPP4B在MCF-7和T47D ER+乳腺*細胞中表達，這兩種細胞分別有PIK3CAE545K和PIK3CAH1047R高活化突變.*細胞進行非錨定細胞生長的能力是細胞轉化的一個標志。GFP-INPP4B***增加了軟瓊脂中MCF-7細胞集落大小(2.1倍)和T47D細胞集落大小(1.8倍)，但對集落數量沒有影響(圖2a-c)。與細胞增殖增加相一致。與載體對照相比，GFP-INPP4B在血清剝奪后增強了MCF-7細胞的增殖(1.7倍)(圖2d, e)，但不影響在含血清培養基中生長的MCF-7細胞的增殖。過表...

ALKBH5是ALKB家族中被發現具有去甲基作用的另一個成員，以RNase A敏感的方式與核小斑共定位，它可直接催化m6A-甲基化腺苷去除甲基而不同于FTO的氧化去甲基化[7].此外，ALKBH5和它的去甲基化活性影響新生mRNA合的成和剪切效率[7]， 且ALKBH5敲除雄性小鼠表現出精子發生異常，這可能是精子發生相關基因表達改變的結果[7]。m6A mRNA修飾執行其功能主要通過兩個途徑： 精細調控甲基化轉錄本的結構，以阻止或誘使蛋白-RNA 相互作用；或被直接由 m6A 結合蛋白識別，誘發后續反應。目前一類含有YTH功能結構域的蛋白被鑒定為m6A修飾的結合蛋白。其中YTHDF1, YTH...

外泌體circ_0072083的分泌依賴于TMZ抗性神經膠質瘤細胞中的Warburg效應 為了探索circ_0072083是否通過外泌體攜帶，從TMZ抗性和敏感細胞的培養基中分離外泌體。外泌體通過TEM 確認。大小主要在 100-200 nm，抗性細胞比敏感細胞具有更高濃度的外泌體。外泌體還通過特定標記物（CD63、CD81 和 TSG101）鑒定。此外，與 U251 和 U87 細胞相比，U251/TR 和 U87/TR 細胞中的外泌體 circ_0072083 水平明顯升高。此外，在抗性細胞中發現了比敏感細胞更高的 Warburg 效應，這通過乳酸產生、葡萄糖攝取和關鍵酶（GLU...

為了確定s-flow和d-flow在體內單細胞分辨率下對ECs基因轉錄表達和染色質可及性譜的全基因組影響，我們使用小鼠PCL模型進行了scRNA-seq和scATAC-seq。將C57BL/6小鼠部分結扎，以暴露于血流的對側RCA作為對照，在LCA中誘導d-血流。部分結扎后2天(2D)和2周(2W)， rca (2D- r和2W- r)和lca (2D- l和2W- l)用膠原酶酶解獲得單個細胞和單個核，分別用于scRNA-seq和scATAC-seq。 在標準化之后，一個基于無監督圖的聚類將細胞劃分成組，通過統前列形近似和投影(UMAP)圖可視化(圖1A)。我們的UMAP分析確定了...

總之，如Fig. 9，CRC來源的外泌體miR-934可通過下調PTEN表達和***PI3K/AKT信號通路誘導M2巨噬細胞極化。此外，外泌體miR-934極化的M2巨噬細胞可以通過CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR934正反饋環促進CRLM。因此，研究闡明了促進**細胞和TAMs相互作用的CRLM的新分子機制，這將有助于開發CRLM的有效預防和***策略。更重要的是，血清外泌體中miR-934高表達與CRLM相關，提示其可能是未來液體活檢和預測CRLM風險的一個有前景的生物標志物。此外，靶向外泌體miR-934介導的**細胞與TAMs之間的串擾可能為CRLM的***提供新策略...

5）下調STK39可抑制乳腺*細胞EMT、遷移和侵襲為了進一步研究STK39在乳腺*中的作用，我們在MDA-MB-231和MDA-MB-157細胞中建立了STK39敲低的克隆。我們使用兩個**的shRNA實現了內源性STK3980-90%的敲除效率。在這兩個克隆中，STK39敲低增加了CDH1的水平，下調了N-cadherin的表達。STK39的缺失***增加了上皮標記物的mRNA表達水平。免疫熒光分析也提示CDH1上調，N-cadherin下調。STK39基因敲除極大地抑制了這些細胞的遷移和侵襲能力)。STK39敲除的克隆中SNAI1的表達在很大程度上恢復了STK39消融誘導的效應。此外，T...

藥物篩選確定**類腸道中HIF-2α的合成易損性 作者構建Apc缺失型（Cdx2-ERT2Cre；Apcfl/fl）和CRCHIF-2α過表達小鼠模型（Cdx2-ERT2Cre；Apcfl/flHIF-2αLSL/LSL），從這2個小鼠模型中分離腸類藥物，并用化療藥物培養，生長被監測了5天。在Cdx2-ERT2Cre;在Apcfl/flHIF-2αLSL/LSL小鼠中，他莫昔芬可誘導HIF-2α，并特異性地破壞結腸上皮細胞中的Apc。來自Cdx2-ERT2Cre；Apcfl/fl**腸系膜的小鼠對doxorubicin,mitoxantrone,irinotecan,以及eribul...

此外，為進一步驗證ELNAT1與hnRNPA1相互作用區域，使用ELNAT1不同序列缺失進行RNA-pull down分析，以評估ELNAT1和hnRNPA1結合所需的區域。結果發現，ELNAT1序列中600-750 nt位置是其與hnRNPA1交互作用區域（Figure 4 G, H）。并通過POSTAR2預測ELNAT1在610-680 nt區域的莖環結構可能被hnRNPA1識別（Figure 4 I），而當這一區域缺失時，hnRNPA1減弱對ELNAT1的富集（Figure 4 J）。因此，這表明這些特定的序列（610-680 nt）對ELNAT1 hnRNPA1的相互作用至關重要。 ...

Circ-0004872(本研究稱為““circMAPK1”)來自MAPK1基因的第2-4個外顯子，形成一個490 nt的重疊環狀轉錄本(圖1e)。Sanger測序證實了擴增的circMAPK1的頭尾剪接(圖1f)。接下來，我們研究了circMAPK1在GC細胞系中的表達水平。如圖1g所示，與正常的胃粘膜上皮細胞系相比，培養的GC細胞系中circMAPK1表達***下調。另外，circMAPK1*從cDNA中擴增，而不是從gDNA中擴增(圖1h)，說明circMAPK1的環結構是由back-splicing產生的。然后我們進一步評估了circMAPK1的穩定性和定位。經過放線菌素D處理后，ci...

CD163是一種免疫調節劑，是巨噬細胞清清體受體家族的成員，已知在單核細胞系的AML細胞中表達。在 committed cluster 中其他基因的高表達包括免疫相關基因，如C1QA, CD14和MARCO。msl1基因，一種已知的白血病干細胞增殖抑制因子，也在committed cluster中高表達。我們通過qPCR驗證了關鍵基因的差異表達(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA)，在committed 亞型中，免疫反應通路如干擾素- γ介導的信號通路、GPCR信號通路和toll樣受體(TLR)信號通路上調(圖2C, D, Supplementary Figs. 16, 18，與FLT3...

3）CircMAPK1在體內抑制胃*的發生和轉移 為了進一步證實體外研究結果，我們在體內驗證了circMAPK1在影響致瘤性方面的生物學作用。circMAPK1的沉默可***促進**的生長。相比之下，過表達circMAPK1***抑制了皮下**的生長(圖3a)。接下來，我們通過對增殖細胞標記物Ki67的染色來監測異種移植瘤的增殖。穩定敲除circMAPK1的**組織表現出更強的Ki67染色，而過表達circMAPK1的**組織表現出更弱的Ki67染色(圖3b和c)。為了研究circMAPK1在體內的轉移潛能，我們用熒光素酶質粒穩定地轉染上述細胞系，然后注射到裸鼠的尾靜脈中。結果顯示，...

胰腺*(PC)是**棘手的**之一，被認為是預后**差的消化系統**。外泌體是微環境中**細胞和基質細胞之間相互交流的重要介質。**的發展不僅由*細胞決定，還受**微環境(Tumor microenvironment, TME)中缺氧、脂質和間質細胞這三個重要因素的調控。肥胖與包括PC在內的幾種**的風險增加有關，并增加PC的發病率和死亡率。然而，PC衍生的外泌體在TME的進展和與脂肪細胞的串擾中的潛在分子機制尚未闡明。因此，有作者對此進行了研究，并把研究結果發表在《Molecular Therapy - Nucleic Acids》，IF：8.886。乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發揮關鍵作用。...

ReducedRepresentationBisulfiteSequencing(RRBS)是-種準確、高效、經濟的DNA甲基化研究方法,通過酶切富集啟動子及CpG島區域,并進行Bisulfite測序,同時實現DNA甲基化狀態檢測的高分辨率和測序數據的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點,與基因表達、表型性狀息息相關。RRBS作為-種高性價比的甲基化研究方法,在大規模臨床樣本的研究中具有***的應用前景。技術優勢精確度高:在其覆蓋范圍內可達到單堿基分辨率;重復性好:多樣本的覆蓋區域重復性可達到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測范圍廣:覆蓋全基因組范圍內超過5百萬個CpG位...

CircCwc27能直接與Pur-α蛋白結合，并影響Pur-α蛋白分布為進一步探索CircCwc27引起AD的分子機制，作者假設CircCwc27具有翻譯功能，但通過RegrRNA2.0分析，并未發現CircCwc27序列中包含開放的閱讀框架(ORF)，表明CircCwc27不能編碼短肽。越來越多的證據顯示，在細胞質中，大腦中的CircRNA能夠作為miRNA海綿,于是作者檢測了細胞質CircCwc27是否能與神經元中的miRNA結合。AGO2是RNA誘導沉默復合體的**成分，也是CircRNA吸附miRNAs的必要條件。作者通過RNA免疫沉淀(RIP)，觀察到內源性CircCwc27并未在A...