使用SmartSeq2協議對15個胎兒的單個細胞進行scRNA-seq處理（圖1 a）。 基于差異表達(DE)分析和按標準化表達***性排序的前20個標記基因。紅細胞(表達HBG1、HBA1、GYPA和ALAS2)、mk(表達FLI1、ITGA2B和GP9)、單核細胞祖細胞和單核細胞(表達CD14、MPEG1和CD33)、CD4+單核細胞、肥大細胞(表達CD63、GATA2和HDC)、漿細胞樣樹突狀細胞(pDCs;表達IL3RA,IRF8,MPEG1和JCHAIN)和另一簇高循環pDCs(表達pDC和增殖標記物;例如，MKI67)和粒細胞1、2和3(表達AZU1、MPO和PRTN3)...

2、miR-208b由結腸*細胞以外泌體的方式分泌 隨后，作者探究了miR-208b的存在方式是否由外泌體介導。分離鑒定了3株CRC細胞系的外泌體，并檢測了其中miR-208b的表達。外泌體中miR-208b的表達模式和在細胞中的模式一致，在SW480-OXA***高于SW480***高于NCM460。這些結果表明CRC中miR-208b的是以外泌體的模式分泌，這可能和順鉑化療敏感性有關。 3、SW480細胞分泌的外泌體miR-208b促進Treg擴增 前人研究表明順鉑會影響**免疫微環境。MiRNA可能通過促進Treg擴增誘導免疫侵襲。因此，作者探究了CRC分泌外泌體m...

snoRNA與mRNA3’末端加工 在一項新的研究中，研究人員通過生化分析和大規模測序，發現mRNA3'末端加工復合體和部分snoRNA相互作用。在對其中的一種snoRNA富含U/A的SNORD50A進一步開展體外實驗和體外實驗，結果表明SNORD50A在mRNA3'末端加工中主要發揮著一種競爭性抑制的用，并**終影響mRNA水平的表達[8] snoRNAs與應激 反應snoRNAs有助于細胞應對應急反應。棕櫚酸酯處理能夠導致細胞中SNORDs32A,33以及35A的表達水平也***提高。細胞對棕櫚酸酯產生抗性是由于抑制了SNORDs32A,33和35A的表達，它們介導了...

CircRNF13通過SUMO2抑制NPC的增殖和轉移 ***，作者進行了拯救實驗，如圖8A-D所示，抑制circRNF13會促進NPC的生物學功能，包括增殖，遷移和侵襲，但是過表達SUMO2會***挽救circRNF13敲除帶給NPC細胞的表型改變。免疫組化顯示，SUMO2在circRNF13過表達裸鼠**切片中低表達，而GLUT1則***高表達。以上證實circRNF13通過SUMO2抑制NPC的增殖和轉移。 總之，這些結果強調了circRNF13在鼻咽*增殖和轉移中的重要意義。CircRNF13作為抑*因子直接與SUMO2的3 -UTR結合，延長了SUMO2 mRNA的半...

三、染色質可及性與細胞類型特異性轉錄因子活性和染色質相互作用網絡有關 HNF4A編碼驅動近端小管分化的關鍵轉錄因子。chromVAR檢測到近端小管DAR中HNF4A結合基序的富集(圖3b，基序活性)，這是HNF4A中染色質可及性增強(圖3b，基因活性)和snRNA-seq數據集中HNF4A轉錄增強(圖3b，基因表達)所支持的。我們通過染色質免疫沉淀，然后定量PCR (ChIP-qPCR)驗證了HNF4A與腎近端小管上皮細胞(RPTEC，補充圖8a)中選定的靶基因位點(SLC34A1, SLC5A2, HNF4A) DAR中預測的HNF4A結合位點的結合。 然而，在RPTEC中可檢測到...

2、miR-208b由結腸*細胞以外泌體的方式分泌 隨后，作者探究了miR-208b的存在方式是否由外泌體介導。分離鑒定了3株CRC細胞系的外泌體，并檢測了其中miR-208b的表達。外泌體中miR-208b的表達模式和在細胞中的模式一致，在SW480-OXA***高于SW480***高于NCM460。這些結果表明CRC中miR-208b的是以外泌體的模式分泌，這可能和順鉑化療敏感性有關。 3、SW480細胞分泌的外泌體miR-208b促進Treg擴增 前人研究表明順鉑會影響**免疫微環境。MiRNA可能通過促進Treg擴增誘導免疫侵襲。因此，作者探究了CRC分泌外泌體m...

一、異種HSCT前后監測腸道、口腔和鼻腔微生物群和宿主免疫系統。 在1年的時間里，從29名兒童的10個時間點收集糞便樣本、口腔拭子和前鼻孔拭子:在HSCT前2次，HSCT當天，HSCT后1個月每周，以及HSCT后12個月的3個隨訪時間點(圖1)。通過16SrRNA基因譜測定這些樣本中的微生物群落動態。共對709份患者樣本(212份糞便樣本、248份口腔拭子和249份鼻拭子來自10個時間點)進行了鑒定。發現移植前患者的微生物群落組成與健康對照不同；三個身體部位性在HSCT后微生物α多樣性下降；在一年中，微生物群落動態呈現出三個階段：第一階段(在檢查前和適應開始時的樣本)，第二階段(HS...

1.下載GEO數據（./geo/）并進行預處理下載數據集GSE28829，GSE41571和GSE43292，使用Perl腳本和R軟件的sva軟件包進行原始數據的合并和預處理。然后，使用Perl腳本將每個基因的探針ID轉換為基因名。，這些數據可從CIBERSORT網站（CIBERSORT./）進行下載。使用CIBERSORT對表達文件的P值和均方根誤差進行計數，獲得免疫細胞收據，使用R包，corplot，vioplot和ggplot2進行結果的可視化。 3.免疫浸潤細胞分析對斑塊中浸潤的免疫細胞進行了相關分析，結果表明活化的肥大細胞和TFH細胞顯示出協同的作用。 METTL1...

三、ICICLE-seq聯合測量可及性和表位 A.在標準的scATAC-seq協議下，細胞膜的去除切斷了細胞表面和細胞染色質狀態之間的連接。為了測試我們在通透性細胞上同時測量細胞表面蛋白和染色質狀態的能力，我們修改了我們優化的通透性細胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協議利用定制的Tn5轉座復合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應兼容，可同時捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列. B.UMAP投影和ATAC標記轉移在ICICLE-seq數據上的分辨率...

2021年4月，加拿大University Ave和中國香港大學團隊與**研究所表觀遺傳學和基因組穩定性小組在Cell Death & Differentiation 雜志上發表了文章“The PTEN and ATM axis controls the G1/S cell cycle checkpoint and tumorigenesis in HER2-positive breast cancer”。此報道發現ATM磷酸化PTEN的398位(人類蘇氨酸;在小鼠絲氨酸)的***，為了理解ATM磷酸化PTEN的生物學意義，建立了一個小鼠模型，構建了一個不能被ATM磷酸化的PTEN突變形式，...

2）UCP1在AKI中***下調，且與腎損傷嚴重程度呈高度負相關 UCPs超家族與能量代謝密切相關，并在多種疾病中介導脂質消耗。基于UCPs的功能，我們通過westernblot和免疫組化方法對正常C57小鼠腎組織中UCP1、UCP2和UCP3的表達進行了表征。結果顯示，UCP1和UCP2表達較好，而UCP3幾乎未檢測到(圖2A-B)。在UCPs中，UCP1被認為是脂質降解**關鍵的基因，而UCP2與之沒有直接關系。因此，我們選擇UCP1進行進一步分析，證實其在皮質小管中高表達，在髓質中部分表達，C57小鼠、Sprague-Dawley大鼠、Wistar大鼠腎小球、**幾乎無表達(圖...

近日，美國圣路易斯華盛頓大學醫學院Yoshiharu Muto教授等在Nature communications發布了Single cell transcriptional and chromatin accessibility profiling redefine cellular heterogeneity in the adult human kidney的研究論文。文中，作者采用單細胞核轉錄組snRNA-seq和單細胞核染色質可及性snATAC-seq技術，對5個健康成人（50歲到62歲，男性(n = 3)和女性(n = 2)）腎臟樣本進行檢測。此文揭示腎臟內獨特的細胞狀態，并重新...

4、RBM17促進PTC細胞的增殖和遷移，并在PTC**組織中升高 接下來探究RBM17在PTC細胞中的功能，RBM17的mRNA和蛋白表達在K1細胞系中遠低于TPC-1和BCPAP細胞，其表達趨勢類似于tiRNA-Gly（圖4A-B）。于是構建了RBM17過表達的K1細胞系，發現其增殖和遷移曾麗***增加（圖4C-F）。RBM17敲低則效果相反（圖4G-J）。此外，RBM蛋白表達在PTC**組織中***高于*旁組織（圖4K）。以上結果表明RBM17的作用和tiRNA-Gly相似，在PTC中促進**進展。 5、RBM17的衰減抑制了tiRNA-Gly對PTC細胞的影響，RBM1...

一、實驗流程：1.樣品提取總DNA。2.基因組片段化、加測序接頭。3.瓊脂糖凝膠電泳回收合適大小的片段。4.完成測序文庫的制備,用lluminaHiseq2500進行測序。二、數據分析1、測序質量評估2、宿主基因組比對與覆蓋度read統計3、Denovo基因組組裝拼接4、Denovo組裝拼接性能評估5、Unigene預測6、Unigene功能注釋7.微生物種群鑒別分析8、微生物種群進化分析9、微生物種群差異分析10、微生物種群結構分析。英拜專業專注于國內外醫學研究熱點。上海英拜生物設有專業的武漢技術中心。基質蛋白酶科研省自然科學基金 4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，...

2021年6月，***一篇發表在Nat Immunol.（IF=25.600）的文章（Mitochondrial stress induced by continuous stimulation under hypoxia rapidly drives T cell exhaustion.）當**內衰竭T細胞經歷嚴重缺氧時，他們假設代謝應激會改變其對其他信號的反應，特別是持續的抗原刺激。在體外，盡管單獨經歷連續刺激或缺氧的CD8 + T細胞分化為功能性效應物，但這種組合迅速驅動了與衰竭一致的T細胞功能障礙。連續刺激促進了Blimp-1介導的PGC-1α依賴性線粒體重編程阻遏作用，使細胞對缺氧的...

***是一種系統性疾病，與炎癥細胞浸潤和免疫相關途徑的***有關。本文旨在揭示與免疫相關的變化，并探索頸***斑塊形成過程中的新型免疫學特征。首先，我們應用了集成的生物信息學方法，包括CIBERSORT和基因集富集分析（GSEA）。基因表達矩陣GSE28829，GSE41571和GSE43292是從基因表達綜合（GEO）數據集獲得的。經過一系列數據預處理步驟后，使用CIBERSORT，GSEA和ClusterProfiler軟件包對所得的組合表達矩陣進行了分析。在對早期和晚期頸***斑塊進行比較和分析后，我們發現，在晚期斑塊中活化記憶CD4T細胞的百分比較高，而靜息記憶CD4細胞的百分比較低。...

VD以VDR依賴的方式調控AMPK 由于維生素D通過VDR發揮其比較大的生物學作用，我們使用HK-2VDRKO細胞研究VD是否通過VDR***AMPK。結果表明l，paricalcitol增加了PRKAA1和ULK1的磷酸化，而在高糖條件下則降低了PRKAA1和ULK1的磷酸化。而在HK-2VDRKO細胞中，這種作用完全消失。此外， 二甲雙胍在高糖條件下***了HK-2WT細胞中的PRKAA1和ULK1，但二甲雙胍的這種作用在HK-2VDRKO細胞中仍然可以觀察到。這些結果表明VD以VDR依賴的方式***AMPK。 英拜的員工福利待遇很好。北京上皮細胞科研 6、外泌體miR-138...

有趣的是，研究報道S100A4可以增強STAT3的磷酸化，而STAT3的磷酸化與OPN的表達是相關的，并且STAT3被預測是OPN的潛在轉錄因子。因此，檢測了S100A4敲除和過表達后OPN表達，STAT3表達和STAT3磷酸化，結果顯示OPN表達和STAT3磷酸化水平與S100A4的變化趨勢一致；并且敲除STAT3后HCC細胞系中OPN表達和STAT3磷酸化被***抑制（圖5a-c）。這些結果表明S100A4可以***STAT3磷酸化并增加OPN表達。 為了進一步探究S100A4過表達外泌體對STAT3磷酸化和OPN表達的影響，使用該外泌體預處理HCC細胞，結果顯示它可以***促進...

我們進一步發現，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠顯示更低的血清谷丙轉氨酶(ALT)水平(圖2D)、血清天冬氨酸轉氨酶(AST)水平(圖2E)和肝臟甘油三酯水平(圖2F)。總之，我們的結果表明Caspase-11缺陷減輕了MCD誘導的小鼠肝臟脂肪變性。 3.Caspase-11缺乏減弱NASH小鼠的肝纖維化 通過測量纖維化相關因子的表達我們評估Caspase-11缺失對MCD誘導的肝纖維化的影響。在正常條件下，野生型和Caspase-11缺陷小鼠的TGF-β(圖3A)、α-Sma(圖3B)和Col1a1(圖3C)表達相似。MCD處理的野生型小鼠中TGF-β、α-Sma和C...

在TYRO3-OE 4T1**細胞中，阻斷鐵死亡的基因上調（Slc40a1、Slc7a11、Slc3a2、Gpx4、Fth1和Blvrb），而增強鐵死亡的基因下調（Slc5a1、Tfrc）。在接受抗PD-1***的黑色素瘤患者中，阻止脂質過氧化和鐵死亡的分子SLC3A2與TYRO3***共表達。抗PD-1***后，Tyro3-OE CD45-**細胞的脂質ROS水平低于4T1-P CD45-**細胞，而加入抗PD-1***增加4T1-P**細胞的脂質ROS，但不增加Tyro3-OE**細胞的脂質ROS，表明Tyro3抑制抗PD-1誘導的**細胞鐵死亡。在體外用鐵死亡誘導劑erastin和鐵死亡...

N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩定性、剪接、運輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質相互作用來調節基因表達，并改變修飾RNA分子的命運。新的證據表明m6A修飾與**增殖、分化、**發生、侵襲和轉移相關，并在**發展中發揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質編碼基因調控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運輸、穩定性和降解以及影響**細胞的增殖、浸潤和轉移等生物過程。***我們來講一篇關于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulat...

放線菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明，circACTN4 在指定的時間點具有抗性。隨后，生物信息學預測上游轉錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動子結合。因此，構建了攜帶全長野生型和突變型ACTN4啟動子的熒光素酶報告基因載體，結果表明USF2增強了熒光素酶野生型熒光素酶報告基因的活性。Chip-qPCR檢測進一步證明USF2可以與ACTN4基因啟動子結合并增強其轉錄活性。設計并構建了USF2過表達和敲低質粒，通過qRT-PCR檢測到轉染相應質粒的BC細胞中ACTN4的表達。結果表明，上調的 USF2 顯著增加了線性ACTN4和circACTN4的表達，而下調...

非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結果嚴重的炎癥性疾病。肝細胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學中已被證實。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細介紹了2021年4月發表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Cas...

二、npm1突變AML患者聚集的分子基礎 DH2是鈣粘蛋白家族的一員，被認為是決定干細胞命運的調節因子15。類似地，G蛋白偶聯受體12(GPR12)在原始亞型中上調，已知在干細胞維持和**干細胞的體細胞重編程中發揮作用。MyoD家族抑制劑(MDFI)在原始亞型中表達增加，據報道它是WNT信號通路的調節因子，只在造血干細胞祖細胞中表達。鋅指蛋白521(ZNF521)是一種轉錄因子，其在人類白血病細胞系中被敲低可以減少增殖但在原始亞型中卻有***的高表達。CD163是一種免疫調節劑，是巨噬細胞清清體受體家族的成員，已知在單核細胞系的AML細胞中表達。在committedcluster中其...

急性髓系白血病(AML)是一種基因和生物學上的異質性疾病，其特征是克隆擴增和突變的造血干細胞和祖細胞分化受損。在AML**常見的驅動突變中，NPM1基因第12外顯子的4堿基對插入是穩定的，在20%-30%的病例中發生。由于其生物學意義和預后影響，NPM1突變在世界衛生組織(WHO)的髓性白血病分類中**了一個獨特的白血病實體，并在預后和***決策中發揮重要作用。NPM1突變通常與誘導和鞏固化療后患者生存的良好影響相關。在NPM1突變的AML中，FLT3-ITD突變經常與DNMT3A突變同時發生，這本身與接受標準誘導***的患者預后更差有關。大多數關于NPM1突變的AML的研究都集中在其他突變的...

野生型小鼠和Caspase11缺陷小鼠肝臟中pro-caspase-1(圖5A和F)和cleavedcaspase-1(圖5A和G)的蛋白水平相似。在野生型小鼠和Caspase-11缺陷小鼠中，MCD處理***降低了pro-caspase1的蛋白水平(圖5A和F)，而增加了活性Caspase-1的蛋白水平(圖5A和G)。此外，Caspase-11缺陷小鼠的活性caspase-1水平明顯低于野生型小鼠，說明MCD處理Caspase-11缺陷小鼠肝臟中Caspase-1的***較少。同樣，我們在MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠的肝細胞中檢測到較少的Gsdmd-N表達(圖5H和I)。這些...

NPC-EVs通過轉染miR-144增強體外和體內HUVECs的血管樣管形成 我們評估NPC-EVs來源的miR-144對HUVECs血管樣管結構的影響，以闡明**分泌的miR-144在血管生成中的作用。基于基質膠的體外血管生成實驗(圖4A)表明，miR-144模擬物處理的鼻咽*細胞EVs***促進了體外HUVECs的血管樣管形成，這與miR-144抑制劑處理的鼻咽*細胞EVs的結果形成了鮮明對比。接下來，為了進一步證明NPC-EVs來源的miR-144的促血管生成活性，我們在裸鼠中進行了體內Matrigel實驗，以鑒定移植凝膠栓中新形成的血管(圖4B和4C)。我們發現，來自miR-...

3、CDK4/6抑制劑促進記憶形成通過RB介導的G1停滯 為了確定驅動CDK4/6i誘導的記憶，對調節記憶標記的基因CD62L(SELL)，進行了全基因組CRISPR/Cas9篩選，用基因組范圍的sgRNA文庫轉導表達Cas9的JurkatT細胞（CDK4/6抑制后上調CD62L），然后用CDK4/6i處理，并對未能上調CD62L的細胞進行熒光***細胞分選(Fig.3A)。對分選群體進行測序發現，靶向RB轉錄共抑制因子1(RB1)的sgRNA*在處理條件下***富集(Fig.3B)，暗示RB是CDK4/6i誘導CD62L上調所必須的。隨后對急性(2h)暴露于CDK4/6i后的Jur...

3.TYRO3通過抑制鐵死亡和**TME，誘導抗PD-1/PD-L1耐藥性。 為探究TYRO3在TME中的功能，首先評估了TYRO3-OE4T1和4T1-P**之間免疫學特征的整體變化。免疫細胞譜分析發現在CD45-**細胞中，Tyro3過表達與PD-L1或caspase-3無關，Tyro3-OE**中M1樣巨噬細胞水平降低，M1/M2比值下降，提示**表達的Tyro3促進M1～M2巨噬細胞極化。用TYRO3-OEBT549細胞或TYRO3-OE和TYRO3–/–4T1**細胞的條件培養基孵育THP1單核細胞或骨髓源性巨噬細胞，進一步驗證TYRO3的體外***功能。RNA-Seq發現...

4）USP35過表達減少erastin/RSL3觸發的鐵紊亂和鐵死亡 erastin和RLS3誘導的ROS和MDA生成因USP35過表達而減少(圖4A，B)。此外，在erastin和RLS3處理的*細胞中，HETEs水平升高，但在除12-HETE外的USP35過表達的*細胞中，HETEs水平降低(圖4C，F)。然而，USP35過表達對GSH含量和GPX4活性沒有影響(圖4G，H)。如圖4I，J所示，USP35的過表達***減弱了用erastin或RSL3刺激H460和H1299細胞誘導LIP和Fe2+的作用。與表型改變一致，在基礎條件下，USP35過表達對鐵代謝和鐵死亡也沒有影響(圖...