四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細胞異質性 為了確定我們是否能夠檢測出具有可變claudin表達模式的細胞亞群，在snRNA-seq數據集的umap圖上劃分三個亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達模式。一組細胞(SLC12A1+UMOD+)表達粗升肢標記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細胞表達另一組TAL特異性標記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細胞根據之前發表的標記的表達被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SL...

SIM2是否也影響AR與染色質的結合，我們在SIM2沉默后進行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數arb的結合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質占用大約相同數量的地點(圖7 a、b)。當反映這些siSIM2-affected染色質易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點在AR結合方面沒有變化。大多數由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析...

3.構建微生物群共發生網絡并進行聚類分析 使用SparCC算法構建差異ASV共發生網絡。 分析并比較了腺瘤和對照組中生物標志物的模式，將它們進一步組裝成具有不同分類學組成的四個簇。這些簇與患者的年齡，性別和BMI等特征沒有緊密聯系。此外，還探討了CRC患者腸道菌群在24種生物標記物組中的共發生網絡，并產生了三個簇。聚類1的細小螺旋藻科物種被分配的ASV**少，而聚類2在分類學上是異質的，在CRC個體中患病率較高。 4.結腸*、腺瘤分類模型的驗證 結果表明，微生物來源的生物標志物組在檢測大腸腺瘤方面優于FIT，并且它們的組合可以提高非侵入性腺瘤診斷的準確性。 5...

3）LINC00926通過抑制乳腺*細胞中PGK1的表達來抑制糖酵解 由于PGK1是一種關鍵的糖酵解酶，而LINC00926被鑒定為負調控PGK1的lncRNA，我們想知道需氧糖酵解是否在LINC00926介導的乳腺*細胞增殖抑制中發揮作用。我們測試了LINC00926對葡萄糖攝取、乳酸生成和ATP生成的調節作用。結果表明，LINC00926降低了葡萄糖攝取、乳酸生成和ATP生成(圖3A)。在LINC00926轉染的細胞中，PGK1的表達逆轉了這些作用。LINC00926還顯示出細胞外酸化率下降(圖3B和3C)。PGK1在LINC00926轉染的細胞中重新表達挽救了這些效果。在PGK...

我們接下來試圖識別circPDE4B上游調節器。我們首先對circPDE4B側翼序列進行RNA pull-down-MS檢測，發現兩個與RNA剪接相關的RBP，包括DExH-box helicase 9和FUS(圖1G)。RT-qPCR結果顯示，FUS敲除后，HCs中circPDE4B表達下調，而pPDE4B和mPDE4B沒有明顯變化(圖1H)。此外，***兩種FUS shRNA慢病毒只降低了circPDE4B的表達(圖1I)，而過表達FUS則上調了circPDE4B的表達(圖1I)。接下來，RIP分析顯示FUS與外顯子相鄰的位點結合，而其他遠端位點則可以忽略(圖1J，K)。我們還尋找了可能的...

人類干細胞miRNA的PCR芯片用于研究干細胞感應、維護、分化和識別相關的84個miRNA的表達。所有的干細胞都能夠自我更新和分化成多種細胞類型。多能干細胞能夠分化成3胚層的任何類型細胞,而3胚層表達--組對多能性至關重要的miRNA，包括可以提高重編程使分化細胞回到干細胞狀態。然而，**近的研究表明，與胚胎干細胞(ESC)相比，誘導多能干細胞(IPSC)和始發態(或外胚層)干細胞(epiSC)的miRNA表達有差異。在分化過程多能性標記物的表達水平下降而其他分化關鍵miRNA的表達增加。附加的miRNA在特定階段或在特定血統變得更加普遍，導致miRNA對三種不同胚層祖細胞獨特的表達模式。這個...

為了驗證tRFs&tiRNA-Seq數據，作者檢測了91對PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達在*和*旁中無***差異（圖1H）。總之，tiRNA-Gly可能在PTC的進展中起致*作用。 在小鼠模型中，tiRNA-Gly調節PTC細胞的增殖和遷移，并影響**生長 首先檢測了tiRNA-Gly在3株PTC細胞系中的表達，如圖2A所示，K1細胞系中tiRNA-Gly的表達***低于B...

了解流量調節內皮基因的表達在轉錄和體內外遺傳性染色質易訪問性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標部分頸動脈結扎(PCL)模型或豬動脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內，d-flow快速誘導，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發展。PCL模型包括結扎左側頸總動脈(LCA)的4個遠端分支中的3個以誘導d-血流，同時使用繼續暴露于s-血流的對側右側頸總動脈(RCA)作為內部控制。我們進一步開發了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測序(RNA-...

4、CDK4/6預處理增強功能性記憶CD8+T細胞的持久性 長期生存能力是T細胞記憶的基本特征。為了確定CDK4/6i處理的細胞在體內是否表現出優越的存活率，將未處理和CDK4/6i預處理的體外活化CD45.1OT-iT細胞轉移至同源CD45.2小鼠中，并通過流式細胞術評價其隨時間的持續性和表型（Fig.4A）。在30天內，在血液和脾臟中檢測到的預處理OT-I-T細胞的頻率明顯更高（Fig.4B）。30天后，未處理和預處理的OT-I-T細胞在血液和脾臟中的表型持久性相似，都具有記憶前體的特征(MPECs;KLRG1-CD127+)(Fig.4C)。為了評價CDK4/6i處理細胞的記憶...

miR-144通過EVs從鼻咽*細胞進入HUVECs，增強了HUVECs的遷移和侵襲 既往文獻證實血管生成需要內皮細胞的遷移和成管能力。因此，我們試圖研究NPC-EVs分泌的miR144對HUVECs遷移和侵襲的影響，以闡明**分泌的miR-144在血管生成中的作用。首先，在熒光顯微鏡下觀察HUVECs在不同時間點對PKH67標記EVs的攝取。結果證實了HUVECs細胞質中存在PKH67信號，提示HUVECs已被HUVECs內吞。隨著時間的推移，與NP69-EV組相比，C666-1-EV組和SUNE1-EV組的HUVECs逐步表現出更大程度的EV內化(圖3A)。qRT-PCR結果顯示...

人類的視黃酸信號通路PCR芯片用于研究參與視黃酸信號通路的84關鍵基因的表達。視黃酸(RA)具有重要的生物學功能，由維生素A(視黃醇)派生而來，其活性涉及多種生物學過程如脊椎動物發育和內穩態而中斷這個途徑會導致心臟、神經、生殖、和皮膚組織等發育異常和功能中斷。RA通過綁定其家族的**受體(視黃酸受體a、β和)然后二聚化和伴侶(視黃素X受體a、B和v)和改變轉錄,發揮重要功能。此外**近的證據表明，另一個受體(PPAR5)在某些組織和視黃醇中也對RA信號產生應答,RA也可能誘發非基因組細胞的效應。因此RA的影響程度取決于其同源受體、負責轉換視黃醇為RA的酶、降低RA水平的代謝酶和運輸蛋白等的表達...

8.EVs介導的ELNAT1上調HLECs中SOX18的表達 qRT-PCR分析UM-UC-3-EV1載體或UM-UC-3-EVELNAT1處理的HLECs中淋巴管生成相關基因的表達，結果顯示SRY-box轉錄因子18（SOX18）是**明顯的與EVs介導的ELNAT1表達正相關的基因（Figure8A,B）。此外，ChIRP分析表明EVs介導的ELNAT1與HLECs中SOX18啟動子的771~786bp（p4）直接相互作用（Figure8C,D）。SOX18-p4區域的突變降低了EVs介導的ELNAT1誘導的熒光素酶活性（Figure8E,F），表明SOX18-p4對于EVs介導...

數據庫概況 目前，MarkerDB數據庫包含142個蛋白質生物標記，1089個化學生物標記，154個核型生物標記和26374個遺傳標記。這些分類為25560個診斷生物標志物，102個預后生物標志物，265個暴露生物標志物和6746個預測生物標志物或生物標志物組。這些標記可共同用于檢測，監視或預測670種特定人類疾病，這些疾病分為27大疾病類別。 MarkerDB中五個主要分子標記類別 化學生物標志物 MarkerDB中的化學生物標記物包括各種先天性代謝或遺傳疾病、**、代謝紊亂、傳染病、藥物暴露、化學/污染物暴露和飲食攝入的標記物。MarkerDB中的1089個化學...

2.Lnc-PMIF抑制OPCs遷移到骨形成表面 在成骨細胞分化過程中，lnc-PMIF在早期增加，在礦化啟動后減少，表明lnc-PMIF可能在成骨分化的早期階段發揮作用。過表達/敲低lnc-PMIF不影響OPCs的增殖和成骨分化。敲低lnc-PMIF的細胞遷移減弱，敲低組細胞處理的小鼠脛骨中Dil標記細胞數量升高，小鼠中lnc-PMIF表達更高。這些表明lnc-PMIF可抑制OPCs向骨形成表面的遷移，而不干擾其增殖和成骨潛能。 3.Lnc-PMIF與HuR相互作用抑制β-actin的表達以抑制OPC遷移 為探索Lnc-PMIF介導的OPC遷移的調節機制。RNApull...

蛋白質生物標志物 MarkerDB中142個蛋白質生物標志物覆蓋了160多種疾病。MarkerDB中的所有蛋白質生物標記物數據都是從OncoMX、CBD和UPBD原始文獻中提取的，結構數據從蛋白質數據庫PDB收集。目前，MarkerDB中的所有蛋白質標記都有一個或多個疾病關聯，以及MarkerDB ID、序列、結構、詳細的蛋白質描述、蛋白質名稱/同義詞、蛋白質理化數據、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍，生物流體、一個或多個文獻參考和其他在線數據庫的外部超鏈接。 發現乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。醫學相關科研推薦咨詢 2）阿爾茨海默病患者皮質區受損星形膠質細胞中氧化應激誘導的...

circNDUFB2觸發NSCLC細胞的免疫防御反應 為了研究參與circNDUFB2的信號通路，使用RNA測序（RNA-seq）進行了轉錄組分析。結果表明circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平，其中743個基因上調，191個基因被下調。基因本體生物學過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號傳導。基因集富集分析（GSEA）也表明目標基因的信號傳導途徑參與了免疫反應。確認了在circNDUFB2過表達的NSCLC細胞中一組免疫基因表達被上調，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細胞中這些基因的水平。這...

SIM2是否也影響AR與染色質的結合，我們在SIM2沉默后進行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數arb的結合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質占用大約相同數量的地點(圖7 a、b)。當反映這些siSIM2-affected染色質易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點在AR結合方面沒有變化。大多數由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析...

5.腸道微生物群和循環代謝產物之間的聯系 采用非靶向代謝組學方法測量三組血清代謝產物，并研究腸道微生物組和宿主循環代謝產物之間的關系。主成分分析(PCA)顯示，三組間主要代謝成分差異***(圖6A)。OP***A的監督正交投影評分圖也顯示出PCOS大鼠與對照組、DHEA+PBS組與DHEA+tempol組之間的明顯區別(圖6B)。圖6C列出了三組52種血清代謝物(包括26種脂類及類脂分子)的相對豐度，說明PCOS大鼠大部分血清代謝物的豐度與對照組大鼠完全不同，說明DHEA***對血清代謝有深遠的影響。PCOS大鼠服用Tempol后，血清代謝產物的豐度也發生了***變化，引起28種血清...

比較SLE-1和SLE-2組的轉錄表達譜，結果顯示，除ISGs外，mtDNA編碼的OXPHOS基因的表達差異比較大（Fig. 1c, d）。總之，SLE患者純化T細胞的轉錄組學分析根據ISG表達水平將其分為兩組，表達高I型IFN標記的患者顯示線粒體編碼基因和線粒體相關代謝途徑的表達減少，在CD8 + T細胞中更明顯。這表明SLE中與I型IFN相關的線粒體功能失調。 2、ISGs高表達患者CD8+T細胞線粒體異常 在研究I型IFN信號與線粒體異常之間的潛在聯系之前，應用計算機模擬和體外相結合的方法，根據I型IFN信號的強弱程度對SLE患者進行分層：高水平的ISGs(IFN-hig...

2）整合單核RNA和ATAC數據集，用于預測和驗證ATAC細胞類型分配 snATAC-seq捕獲單個細胞的染色質可及性特征。相對而言，我們對細胞類型特異性染色質可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數據集使用標簽轉移來預測使用Seurat的snATAC-seq細胞類型。標簽轉移是通過從snATAC-seq數據創建一個基因活性矩陣來進行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動子內染色質可及性的方法。在參考snRNA-seq數據集和查詢基因活性矩陣之間識別轉移錨點，然后分配預測的細胞類型。snATAC-seq預測分數的分布表明，絕大多數細胞具有較高的預測分數，并被自...

點擊該基因的名稱，將彈出該基因在NCBI中的鏈接。也可以單擊“paper ID”來瀏覽原始文獻中的更多詳細信息。***，在“詳細信息”部分中總結了有關疾病，細胞類型和基因的詳細信息。SC2disease還提供了從基于單細胞的結果和基于GWAS的結果得出的疾病的易感基因。所有GWAS數據均從GWAS目錄獲得。以2型糖尿病為例，將通過單擊“可視化”顯示由scRNA-seq和GWAS檢測到的易感基因列表。此外，可通過單擊“可視化”以可視方式顯示結果。在所得圖中，x軸是從GWAS結果獲得的基因中SNP的**小P值。y軸是從scRNA-seq結果獲得的疾病的重疊敏感性基因的細胞類型。條的顏色顯示基因表達...

6.大腸腺瘤預測模型的特異性驗證 提高標志物的特異性可以減少臨床診斷中的假陽性，因此有必要進一步評估腺瘤標志物的特異性，在此分析中，考慮了5種非CRC疾病，包括克羅恩病（CD），潰瘍性結腸炎（UC），腸易激綜合征（IBS），非酒精性脂肪肝疾病（NAFLD）和2型糖尿病（T2D）。非CRC疾病模型的AUC值明顯低于**腺瘤模型的AUC值。 7.大腸腺瘤的微生物功能改變分析 在腺瘤和對照之間的比較中，腺瘤中富含碳水化合物的生物合成途徑（例如，ADP-庚糖生物合成），無機營養代謝以及核苷和核苷酸的生物合成，而芳香化合物降解的途徑和次級代謝產物的生物合成則更為豐富。腺瘤樣本減少。...

第二次Ca2+升高，與RSL3處理常見，并被Fer-1抑制，對應的是針對鐵下垂的胞質Ca2+增加(Ca2+sp) (圖2F)。在Erastin-1處理后，Ca2+un增加，隨后Ca2+sp上升，細胞周圍和**終的PI攝入(圖2C-E)。相比之下，RSL3處理的細胞具有獨特和特定的Ca2+上升，隨后細胞圓整和**終的PI攝入(圖2F-H)。通過脂質過氧化傳感器C11 BODIPY 581/591觀察到RSL3處理促進了質膜和亞細胞膜上的脂質過氧化（圖2I），脂質過氧化先于細胞圓化(圖2J, K)。考慮到胞質Ca2+增加到細胞圓化之間的滯后時間始終低于脂質過氧化到細胞圓化之間的滯后時間，可以估計C...

七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展 A和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H,...

6、IFNα暴露增加CD8+T細胞的NAD+的消耗 為了了解慢性I型IFN與CD8+T細胞下游線粒體和代謝變化之間的機制聯系，首先在SLE患者CD8+T細胞的轉錄組學數據中探索了哪些通路與I型IFN信號相關。結果顯示煙酸/煙酰胺代謝途徑顯示出比較高的相關性（圖6a），并且在IFN-highSLE患者的CD8+T細胞中，NAD消耗酶，如ADP-核糖聚合酶（PARP9、PARP10和PARP12）和CD3828***上調（圖6b）。觀察到延長IFNα和TCR刺激后CD8+T細胞中NAD+/NADH比值***降低（圖6d），該實驗條件模擬了在IFN-high的SLE患者CD8+T細胞中觀察...

7）miR-155負調控SOCS6表達，***NF-κB通路 為了進一步探討外泌體miR-155誘導EndoMT和線粒體功能障礙的潛在機制，我們重點研究了miR-155的下游基因。首先，利用在線miRNA靶標數據庫預測了84個潛在靶基因。SOCS6是具有3’UTR的下游mRNA之一，可能與miR-155結合(圖7A)。結合GSE49329和GSE49330數據庫，我們發現miR-155的表達與SOCS6的表達呈負相關(圖7B)。為了進一步證實SOCS63’UTR是miR-155的直接靶標，我們根據預測的結合位點(圖7C)構建了SOCS63’UTR野生型(WT)和突變型(MUT)序列。...

6）Pex衍生的CD44v6和C1QBP的高表達預示著PDAC患者的肝轉移和低生存率采用免疫組化和westernblot檢測肝轉移灶周圍肝組織和正常肝組織的纖維化ECM微環境。與體內實驗一致，纖維連接蛋白、I型膠原和α-SMA水平***升高，而玻連蛋白和固生蛋白C水平下調(圖7A，B)。接下來，我們研究了外泌體衍生CD44v6和C1QBP在PDAC患者中的預后價值。外泌體CD44v6和C1QBP在PDAC組織中的表達明顯高于正常胰腺組織(圖7C)。此外，有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者(圖7C)。免疫電鏡顯示，CD44v6和C1QBP在P...

在Jurkat和小鼠T細胞中檢測到多個肽上特異性磷酸化位點的***缺失，包括典型的CDK4/6靶標RB和RBL 1/2 (Fig. 3D-F)。值得注意的是，RB在兩種細胞蛋白組學中重疊，并且是全基因組CRISPR/Cas9篩選*****的（Fig. 3B，3G），表明CDK4/6i介導的記憶形成是由RB介導。因此，靶向敲除RB1，可以消除CD62L的表達上調(Fig. 3H)。3’RNA-seq分析顯示RB缺失廢除了轉錄對CDK4/6i的響應，包括SELL，其被CDK4/6i誘導的轉錄改變被RB缺失所大幅度減弱了(Fig. 3I)。與此一致，靶向敲除RB1也廢除了***的初級小鼠CD8+T細...

2.TYRO3使**細胞對抗PD-1***耐藥 在同系BALB/c小鼠模型中比較了Tyro3過表達(Tyro3-OE)和4T1-P細胞對抗mPD-1***的反應。在荷4T1-P**的小鼠中，抗mPD-1******減少**的生長，并延長了生存期。這些結果表明，盡管4T1-P**對抗mPD-1***有反應，Tyro3的過表達促進了這些**的耐藥性。為進一步確定在4T1-R耐藥細胞中抗PD-1/PD-L1耐藥是否需要TYRO3，敲除4T1-R細胞(TYRO3–/–)中的TYRO3。荷瘤Tyro3敲低細胞的小鼠對抗mPD-1***敏感，**生長***減少，小鼠存活時間更長。這些結果證明TY...

PTEN功能的喪失通常與基因組的不穩定性有關。此外，小鼠胚胎成纖維細胞(mef)中PTEN基因的缺失導致了未修復的DNA雙鏈斷裂的積累。PTEN缺失被認為通過至少兩種分子機制促進了基因組的完整性。在細胞核中，PTEN與著絲粒結合蛋白CENP-C結合，促進著絲粒組裝和中期到后期的轉變。此外，作為轉錄因子E2F1的輔助因子，核PTEN似乎調節Rad51的表達，Rad51是DNA修復機制的關鍵組成部分。然而，后續的研究得出了不一致的結果，表明PTEN在轉錄水平上對RAD51的調控可能***于特定的細胞環境。 PTEN缺陷改變了多個細胞周期檢查點，可能留下更少的時間進行DNA損傷修復和/或染...