3.構建微生物群共發生網絡并進行聚類分析 使用SparCC算法構建差異ASV共發生網絡。 分析并比較了腺瘤和對照組中生物標志物的模式，將它們進一步組裝成具有不同分類學組成的四個簇。這些簇與患者的年齡，性別和BMI等特征沒有緊密聯系。此外，還探討了CRC患者腸道菌群在24種生物標記物組中的共發生網絡，并產生了三個簇。聚類1的細小螺旋藻科物種被分配的ASV**少，而聚類2在分類學上是異質的，在CRC個體中患病率較高。 4.結腸*、腺瘤分類模型的驗證 結果表明，微生物來源的生物標志物組在檢測大腸腺瘤方面優于FIT，并且它們的組合可以提高非侵入性腺瘤診斷的準確性。 5...

巨噬細胞在 AP 恢復不同階段的不同作用 鑒于 AP 恢復過程中巨噬細胞的表型變化，接下來試圖通過用脂質體***巨噬細胞來檢查巨噬細胞在不同修復/再生階段的作用。首先，我們在急性炎癥反應后（從第 1 天到第 2 天）立即消耗了胰腺巨噬細胞，并在第 3 天檢查了胰腺。如圖所示，第 3 天之前巨噬細胞的消耗可以在很大程度上減少導管樣結構，這表明巨噬細胞在ADM的形成。AP 損傷后第 3天巨噬細胞的消耗顯著延遲了胰腺修復。Ki67 +細胞在第3天達到峰值，并隨著胰腺恢復逐漸下降。與組織學結果一致，發現CN處理組的Ki67 +細胞從第 5 天到第 7 天大幅下降，但在 CL 處理組中沒有，表...

3、MAO-A促進巨噬細胞免疫抑制極化 為了研究MAO-A對巨噬細胞極化的調控，體外培養MaoaWT和KOBMDMs，并通過添加***刺激（IL4和IL-13）使這些巨噬細胞向免疫抑制表型極化（圖3a）。觀察到，在M-CSF誘導的巨噬細胞分化過程中，MaoamRNA的表達在Maoa野生型BMDMs中有明顯的誘導作用，Maoa在成熟的BMDMs中表達趨于穩定，并維持IL-4/IL-13誘導的免疫抑制極化（圖3b-c）。MaoaKOBMDMs中MAO-A表達未檢測到，證實了其MAO-A缺失基因型（圖3b,d）。與野生型巨噬細胞相比，在IL-4/IL-13刺激下，MaoaKO巨噬細胞表現出...

RIT1在有絲分裂期間從質膜(PM)分離，并直接與SAC蛋白MAD2和p31conmet相互作用，該過程受周期蛋白依賴性激酶1(CDK1)活性的調節。此外，致病水平的RIT1沉默了SAC，并通過將MAD2從有絲分裂檢查點復合體(MCC)中分離出來，加速了通過有絲分裂的轉運。此外，致病性RIT1抑制SAC促進染色體分離錯誤和非整倍體。我們的研究結果突出了RIT1與其他RasGTPases相比的獨特功能，并闡明了信號通路與SAC之間通過一種新的調節機制的直接聯系。 為了表征RIT1相互作用組，我們進行了親和純化-質譜篩選(圖1A)，確定MAD2 (MAD2L1)和p31conmet(也稱...

進一步檢測S100A4的功能，結果顯示敲除S100A4***降低高轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力，過表達S100A4則***增強低轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力（圖3d）。然后作者收集了S100A4敲除和S100A4過表達的HCC細胞的外泌體，結果得到了類似的結論，S100A4過表達外泌體***增強HCC細胞的遷移和侵襲，以及體內肺部轉移的能力（圖3e-f）。這些結果證實了外泌體S100A4具有增強HCC細胞轉移潛力的功能。 4、外泌體S100A4通過STAT3磷酸化***OPN轉錄 接下來探究了S100A4的作用機制，首先選擇了21個**干性相關基因，然后下載了GEO...

特色lncRNA基因 LncExpDB 表征了在特定細胞系/組織中特異性表達、在**或病毒***背景下差異表達、在特定細胞器中富集、在細胞分化或胚胎/***發育過程中動態表達或隨晝夜節律周期性表達的特征 lncRNA 基因韻律。基于大量RNA-seq數據，共鑒定出25191個特征lncRNA，其中***發育7922個，正常組織/細胞系7498個，亞細胞定位5292個，植入前胚胎4343個，*細胞系2907個，1740個晝夜節律，外泌體中為 1538，細胞分化中為 1232，病毒***中為 985。 LncRNA-mRNA相互作用 為了促進對特征 lncRNA 分子機制的深...

METTL3降低APC表達，促進β-catenin介導的下游基因表達、有氧糖酵解、ESCC細胞增殖和**發展APC功能的喪失使β-連環蛋白穩定，從而誘導下游基因（CCND1和MYC）的表達。CCND1促進細胞周期，c-Myc增強有氧糖酵解。正如預期的那樣，METTL3缺失增強了KYSE180細胞中APC的表達，降低了β-連環蛋白、細胞CCND1、c-Myc和PKM2的表達。此外，METTL3缺失降低了葡萄糖攝取、乳酸產生、細胞增殖和細胞集落數。值得注意的是，這種METTL3缺失引起基因表達（圖6a）、糖酵解（圖6b，c）、細胞增殖（補充圖6f）和集落形成的抑制在很大程度上被這些細胞中的APC缺...

結果顯示TIIs由六種細胞組成，即TAM/Mono, T cell, NK cell, B cell, DC and pDC（圖1k）。兩種小鼠細胞類別分布相似。而TAM/Mono亞群由5種細胞類別組成，即TAM_1, TAM_2, Mo**, Mono_2 and Mono_3（圖1k）。與Maoa KO小鼠的TAMs免疫表型減少一致，與野生型相比，其TAM亞群中TAM_1（Mrc1lowCd86high）比TAM_2（Mrc1 highCd86 low）的比例下降（圖1l）。免疫相關基因表達表現出一致的趨勢（圖1m-n）。這些結果強烈表明MAO-A是參與調節TAM極化進而調控抗**免疫的。...

piRNA-30473在DLBCL中升高，是DLBCL患者的不良預后因素 作者首先研究小RNA的表達水平與DLBCL患者的臨床相關性。通過分析微陣列數據，與預后不良組(PP)比較，在預后良好(FPP)的病例中發現了4個***下調或上調的piRNAs(圖1A)。在這四個差異表達RNA的基礎上，作者進一步發現與預后良好(FPP)的患者相比，預后不良患者(PP)的piRNA-30473表達水平***升高(圖1B)，且DLBCL患者高水平的piRNA-30473與較差的總生存率相關(圖1C)。綜上所述，piRNA-30473可作為預后的生物標志物，并可用于DLBCL患者的預后分層。 英拜提供...

6.靶向遞送lnc-PMIFsiRNA接近骨形成表面的OPCs促進老年小鼠骨形成 接下來評價lnc-PMIF在骨形成表面周圍的老年OPCs中系統靶向沉默對衰老相關骨質疏松的影響。為促進lnc-PMIFsiRNA（即si-PMIF）接近骨形成表面周圍的OPCs，si-PMIF或si-NC被包裹在骨形成表面靶向遞送系統（即，(DSS6)-脂質體）。21月齡自然衰老的雄性和雌性小鼠靜脈注射(DSS6)-脂質體-si-PMIF、(DSS6)-脂質體-si-NC或(DSS6)-脂質體單藥（溶劑）。si-PMIF處理組Gli1+細胞中lnc-PMIF的表達***降低，si-PMIF處理組兩種性別...

5、外泌體miR-934通過下調PTEN表達和***PI3K/AKT信號通路誘導巨噬細胞M2極化 進一步探索**來源的外泌體miR-934誘導M2巨噬細胞極化的機制。miR-934序列與PTEN的3'-UTR序列存在比對，提示miR-934可能靶向PTEN誘導M2巨噬細胞極化（Fig.5a）。如Fig.5b所示，將miR-934mimics或anti-miR-934及其控制載體轉染到PMA處理的THP-1細胞中，發現分別轉染miR-934mimics或anti-miR-934和PTEN野生型結合位點組中PTEN的3’-UTR熒光素酶活性***降低或升高（Fig.5b）。有趣的是，當細...

檢測TYRO3基因拷貝數與細胞毒性T細胞抗**活性的相關性，CD8+T細胞水平與高表達TYRO3基因的患者的生存期延長無關，但確實介導了低TYRO3基因拷貝數患者的生存期延長，表明TYRO3降低細胞毒性T細胞抗**作用的觀點。為進一步確定TYRO3和抗PD-1***結果之間的相關性，分析接受抗PD-1***的黑色素瘤患者RNA-Seq數據中TYRO3的表達，發現耐藥**患者的TYRO3表達水平***高于**有反應的患者。Westernblot分析也驗證了TYRO3，p-TYRO3在4T1-R克隆中的表達增強，說明TYRO3對配體刺激有反應。為進一步確定TYRO3和抗PD-1/PD-L1耐藥性在...

Nup62 OE或對照果蠅大腦的可溶性-不可溶性分選顯示，與對照相比，Nup62在運動神經元中表達的上調***增加了不溶性，從而改變了Tbph的可溶性(圖4F和G)，表明Nup62水平是Tbph溶解度的重要決定因素。qPCR證實了Nup62的過表達(圖4H)。NUP62與內源性TDP-43共聚合(圖4I)。與單獨mRuby相比，NUP62在HEK293T細胞中的表達導致TDP-43的溶解性***改變(圖4J和K）。檢測了nup62介導的TDP-43聚集物在HEK293T細胞中是否被磷酸化。內源性與NUP62-mRuby共定位的TDP-43聚集體被磷酸化(圖4L)。尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。...

四、TEA-seq轉錄本、表位和可及性的三峰測量 A.隨著從單個核中同時捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業平臺的發布，我們推斷通透細胞可以用于同時捕獲三個主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據轉錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經過試驗和關鍵步驟的優化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達平臺上獲得文庫，該平臺使用46個低聚標記抗體組合了數千個單細胞的所有三種測量結果. B.D.在對裝入4孔的細胞進行初始數據處理后，我們鑒定出2926...

隨著全球老齡化人口的逐步增長，研究和制定健康老齡化戰略的需求變得越來越重要，并呈現出新的緊迫性。衰老是一個復雜的過程，受遺傳和表觀遺傳調控、翻譯后調控、代謝調控、宿主-微生物組相互作用、生活方式和許多其他因素的影響。近年來，高通量組學技術（包括基因組學、轉錄組學、表觀基因組學、代謝組學、蛋白質組學、藥物基因組學和宏基因組學）已廣泛應用于衰老研究，從而對衰老相關的分子變化進行大規模分析。因此，與衰老相關的有價值的數據量越來越大，需要一個開放和集成的數據庫來支持新的衰老研究領域。m6A表達水平較高的**患者淋巴轉移***增加。深圳免疫應答科研**調節因子通常作為蛋白質復合物中的亞基存在，并以多種方...

8）人類乳腺*患者中LINC00926和PGK1表達的相關性及LINC00926與葡萄糖攝取的相關性 我們通過IHC和FISH檢測109例人乳腺*樣本中PGK1和LINC00926的表達情況。與培養細胞中LINC00926抑制PGK1的結果一致，LINC00926的表達與PGK1的表達呈負相關，與FOXO3A呈正相關(圖8A)。通過18FDGPET掃描評估葡萄糖攝取增加的乳腺**患者顯示LINC00926和FOXO3A表達降低，而PGK1表達增加(圖8B)。綜上所述，這些數據表明了LINC00926/PGK1軸在乳腺*中的重要病理作用。 結論我們的研究***證實了LINC009...

四、atm依賴性PTEN磷酸化缺失的細胞中G1/S細胞周期檢查點受損 對表達PTEN-WT或PTEN-398A的MCF10A細胞進行了cDNA微陣列分析，并用順鉑誘導基因毒性應激。差異表達基因列表采用基因**富集分析[39]進行分析。有趣的是，表達PTEN-398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關，如G1/S期特異性轉錄、E2F靶標、Rb1通路控制的細胞周期調控基因等推測表達PTEN-398A的細胞對基因毒性脅迫的抗性可能是由于未能阻止細胞周期以應對DNA損傷。為了測試這種可能性，測量了表達野生型或突變PTEN的同步細胞在細胞周期阻滯在G1/S檢查點的能力，以應對DNA...

創傷性腦損傷（TBI）是重要的健康問題，每年有超過5000萬新發TBI病例。在TBI的病理生理過程中，會發生各種形式的細胞死亡，包括細胞凋亡，壞死，程序性壞死，自噬，焦亡和鐵死亡。目前尚未充分挖掘TBI中鐵死亡的發病機理。***我們講一篇蘇州大學團隊在JOURNAL OF PINEAL RESEARCH（IF=14.526）期刊發表的題名為Deletion of ferritin H in neurons counteracts the protective effect of melatonin against traumatic brain injury-induced ferroptos...

腸道菌群與結直腸* (CRC) 之間的關聯已被***研究。然而，用于多個人群的早期診斷標記仍然難以捉摸。本研究對1056例糞便樣本進行了綜合分析，以確定與CRC相關的微生物作為早期檢測CRC的標志物。 1.meta-analysis 對來自4項研究的16srRNA測序進行分析，評估隨著CRC進展（無疾病-腺瘤-結直腸*）腸道微生物的變化，并鑒定出針對腺瘤的為微生物標志物。 2.構建腺瘤微生物模型 除了使用差異ASV作為關鍵指標，模型構建中還包括α多樣性指數（Shannon指數，Simpson指數和ObservedASV）以及三個患者臨床指標（年齡，性別和體重指數（B...

四、FZD7是YTHDF1中真正的m6A修飾靶標 對于***腹肌Hippo或Wnt通路的13個轉錄本，我們采用了多步驟篩選策略(圖4A)。使用RIP結合qPCR驗證確定YTHDF1相互作用的轉錄本（4B）。Wnt途徑的FZD1、FZD7、CTBP2、MAPK9、MAP3K7等轉錄本，以及Hippo途徑的TP53BP1、PARD3、SMAD2、SMAD3等轉錄本均被YTHDF1抗體特異性免疫沉淀(4C)。YTHDF1基因敲除****降低了FZD7、MAPK9、SMAD2、SMAD3和PARD3的蛋白水平(圖4D)，但它們的mRNA未受影響。m6A免疫沉淀反應(m6A-IP)和YTHDF...

m6A RNA甲基化是mRNA轉錄后**常見的內部甲基化。這是一個由m6A WER系統控制的可逆過程，由書寫器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結果取決于特異性閱讀器的識別并結合。目前研究發現抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關。該研究2021年1月發表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。 1.YTHDC2表達在LUAD中被抑制，且與臨床預后差相關 為了驗證m6A閱讀器在肺*的表達，作者通過GEPIA數據庫分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNP...

五、阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配 研究了磷脂酰肌醇3,4,5磷酸(PIP3)在DNA損傷后的細胞定位。將MCF10A細胞按上述方法同步輻照，免疫熒光法分析PTEN的亞細胞分布。PTEN-WT和PTEN-398A蛋白在細胞核和質膜穩定定位(圖6A, B)。經過IR處理后，PTEN-WT在質膜上積累(圖6A, B)。相比之下，在這些條件下，沒有檢測到PTEN-398A蛋白的重新定位(圖6A, B)。B).我們通過細胞分離和膜相關PTEN的免疫印跡分析進一步證實了這些結果(圖6C, D)。這些結果表明，ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布，...

10）M1-Exos在bEnd.3細胞中通過miR-155/SOCS6/p65軸上調ROS水平，損害線粒體功能 我們進行了一系列功能喪失和功能獲得實驗來研究miR-155/SOCS6/p65軸在調節線粒體功能中的作用。如圖10A-E所示，SOCS6過表達消除了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos誘導的ROS水平(圖10A和B)、線粒體超氧化物含量(圖10C和D)和線粒體電位(圖10E)的升高。此外，SOCS6過表達***緩解了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos處理后的線粒體腫脹，并降低了線粒體碎片細胞的比例(圖10F和G)。進一步的結果表明，...

藥物基因組學（老年保護化合物）模塊 該老年保護化合物模塊專注于老年保護劑，允許用戶查詢與衰老相關的化合物，根據衰老表型、靶點、途徑和與年齡相關的疾病，提供應用于模型生物的相關化合物的匯總數據。該模塊目前包含來自藥物治療分析（體內和體外）的數百種化合物和組學數據集的列表，揭示由特定壽命/延長健康壽命的藥物引起的基因表達變化。在該模塊的首頁，用戶可以瀏覽“熱門小分子”功能，每周更新列出搜索**多的化合物；“臨床試驗”提供了老年保護劑的臨床試驗數據；“專題文章”展示了衰老領域的***研究。重要的是，用戶可以通過藥物名稱、目標基因或來源論文的 DOI 輕松搜索，以獲取有關老年保護化合物的詳細...

3、CDK4/6抑制劑促進記憶形成通過RB介導的G1停滯 為了確定驅動CDK4/6i誘導的記憶，對調節記憶標記的基因CD62L(SELL)，進行了全基因組CRISPR/Cas9篩選，用基因組范圍的sgRNA文庫轉導表達Cas9的JurkatT細胞（CDK4/6抑制后上調CD62L），然后用CDK4/6i處理，并對未能上調CD62L的細胞進行熒光***細胞分選(Fig.3A)。對分選群體進行測序發現，靶向RB轉錄共抑制因子1(RB1)的sgRNA*在處理條件下***富集(Fig.3B)，暗示RB是CDK4/6i誘導CD62L上調所必須的。隨后對急性(2h)暴露于CDK4/6i后的Jur...

10.EVs介導的ELNAT1與BCa淋巴結轉移相關 確定EVs介導的ELNAT1在BCa淋巴結轉移中的臨床意義十分重要。首先，作者發現來自BCa患者的尿中EVs與配對BCa組織的ELNAT1表達呈正相關，這意味著EVs介導的ELNAT1是BCa中ELNAT1調控的重要參與者（Figure10A）。同時，BCa患者的尿中EV介導的ELNAT1過表達與BCa的淋巴結轉移呈正相關（Figure10B）。EV介導的ELNAT1表達較高的BCa患者總生存期（OS）和無病生存期（DFS）率較短（Figure10C-D）。ROC分析顯示尿液中EV介導的ELNAT1可有效區分BCa患者與健康志愿者...

第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳） 附加文件中可以包括平臺、批次等信息。 例如，在平臺列中，“1”表示數據來自 Affymetrix U133 plus2 平臺，“2”表示來自安捷倫微陣列芯片的數據，“3”表示來自 Illumina Hiseq 2000 的數據等。 第四步：填寫電子郵箱（選填，建議填寫） 如果填寫郵箱，結果會以郵件形式發送至該郵箱。 第五步：提交 數據文件全部上傳后，點擊“Submit”進行提交，頁面會自動跳轉至結果頁。也可以根據頁面給出的job ID查詢結果。 總而言之，我們可以使用Rank-In對**的芯片和 RNA-seq中的...

RBM17促進PTC細胞的增殖和遷移，并在PTC**組織中升高 接下來探究RBM17在PTC細胞中的功能，RBM17的mRNA和蛋白表達在K1細胞系中遠低于TPC-1和BC***細胞，其表達趨勢類似于tiRNA-Gly（圖4A-B）。于是構建了RBM17過表達的K1細胞系，發現其增殖和遷移曾麗***增加（圖4C-F）。RBM17敲低則效果相反（圖4G-J）。此外，RBM蛋白表達在PTC**組織中***高于*旁組織（圖4K）。以上結果表明RBM17的作用和tiRNA-Gly相似，在PTC中促進**進展。 RBM17的衰減抑制了tiRNA-Gly對PTC細胞的影響，RBM17在PT...

7）NOX4通過氧化應激誘導的人體星形膠質細胞的脂質過氧化促進鐵死亡 為了探討NOX4調控AD星形膠質細胞氧化應激誘導的細胞死亡的分子機制，我們檢測NOX4的升高是否能通過氧化應激誘導的人星形膠質細胞脂質過氧化促進鐵死亡。我們用免疫熒光染色法測定了4-HNE在人星形膠質細胞中的蛋白水平。免疫熒光染色顯示，與對照組相比，NOX4的升高增加了4-HNE蛋白的水平，增加了質膜中脂質過氧化源性液滴的含量，細胞的形狀出現收縮(圖7A)。NOX4過表達使4-HNE陽性細胞數量***增加(圖7B)。NOX4過表達增加了4-HNE水平和MDA水平(圖7C)。值得注意的是，與對照組相比，NOX4的升高...

二、胎兒造血過程中分化軌跡的推斷 接下來，研究者使用力導向圖繪制算法推斷了人類胚胎發育期間造血細胞的分化軌跡。結果顯示HSCs/MPPs位于軌跡頂端，并且在HSCs/MPPs下游，研究者鑒定了三個高度增殖的寡能祖細胞群，即MEMPs（紅系細胞、MKs和肥大細胞）；GPs（粒細胞）；LMPs（淋巴樣細胞、單核細胞和樹突狀細胞）(圖2A和2B）。并使用Scanpy的paga_path函數顯示了沿三條分化途徑（MEMPs、GPs和LMPs）的譜系特異性基因動態表達(圖2C）。MEMPs將hsc / mpp與MKs、紅細胞和肥大細胞連接起來。與此一致的是，HSC/MPP向MEMPs轉化的差異...