二、YTHDF1缺乏可抑制胃*進展和轉移 YTHDF1在不同胃*細胞株中的蛋白表達水平，遠高于正常胃腺細胞GES-1。為了進一步探討YTHDF1在胃*中的作用，采用了胃*細胞系、細胞系來源的異種移植(CDX)和PDX模型(圖2A)。首先，通過產生兩種穩定的shRNA表達人胃*細胞株MGC-803和HGC-27，研究了YTHDF1的抑制作用，這兩種細胞株在所有被檢測的胃*細胞株中YTHDF1的表達相對較高(補充圖S2B)。YTHDF1基因敲除確實降低了胃*細胞的增殖(圖2B)。此外，在MGC-803和HGC-27細胞中YTHDF1敲除降低細胞的遷移和侵襲能力(圖2C)。隨后通過皮下注射...

為了評估這些CAR-T細胞的功能性記憶能力，在CAR-T細胞轉移后30天用LeY + 卵巢*細胞系OVCAR-3(Fig. 5D)處理小鼠，觀察到與未處理的CAR組相比，預處理的CAR-T細胞在小鼠血液中的擴增***增加(Fig. 5G)。意味著先前接受過CAR-T細胞***的小鼠的**控制***增強(Fig. 5H-I)。值得注意的是，第30天的**大小與**侵襲前血液中CD3+ T細胞的數量呈***負相關(Fig. 5J)，表明CDK4/6i處理的CAR-T細胞的持久性增強是驅動**控制的關鍵因素。事實上，**接種后40天，接受預處理的CAR-T細胞的小鼠浸潤CD4+和CD8+ CAR-T...

4）DRD2重編程的Mφ誘導**細胞的焦亡 如HE所示，來自小鼠模型的**承載DRD2顯示**細胞死亡增加(圖4A)。在免疫組化染色中，表達DRD2的4T1**樣本中pMLKL表達較高(圖4A)。根據TUNEL實驗，DRD2也促進了體內細胞凋亡(圖4B)。DRD2上調GSDME而不是GSDMD(圖4C)。在crosstalk過程中，Mφ進一步促進了DRD2轉染的BrCa細胞中GSDME的表達(圖4C)。在表達DRD2的BrCa細胞中，Mφ也能上調IL-1β(圖4C)。WB結果表明，DRD2誘導了MLKL的磷酸化，而在共培養過程中，MLKL被Mφ抑制(圖4D)。此外，DRD2表達***...

4）circPDE4B促進了RIC8A和MID1之間的三元配合物的形成，促進了RIC8A的降解 我們試圖鑒定參與RIC8A蛋白酶體降解的E3連接酶。有趣的是，MS結果顯示circPDE4B也結合了兩個E3連接酶，包括RNF2和MID1。然而，由于RNF2定位于細胞核內，我們選擇MID1進行進一步研究。實際上，通過免疫沉淀分析，MID1被發現與RIC8A結合(圖4A)。RIC8A和MID1的免疫熒光染色也證實了它們在HCs***定位(圖4B)。IP結果表明，MID1敲低有效地削弱了RIC8A和MID1過表達的泛素化作用，增加了RIC8A泛素化作用(圖4C)。Co-IP實驗也顯示，與對照...

為了研究ESCRT-III在ferroptosis中的功能作用，作者評估了抑制CHMP4B對NIH-3T3細胞死亡的影響(圖5A, B)。與對照組相比，CHMP4B敲除細胞的死亡發生率更高、更快，特別是在早期時間點(1-3 h)，這表明CHMP4B的缺失導致細胞對ferroptosis的敏感性更高。另外，作者使用蛋白質組譜儀XL細胞因子陣列試劑盒(圖5C)，確定ferroptosis是否可以直接調節不同細胞系和不同處理下的細胞因子分泌。在誘導ferroptosis時，作者檢測到細胞因子亞群水平的變化，這些變化與細胞系和***有關。此外，敲除CHMP4B改變了RSL3處理后獲得的細胞因子譜(...

5）Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用 此前，我們發現IGF-1可以通過誘導補體C1q結合蛋白(C1QBP)從細胞質轉位到膜上，驅動CD44v6/C1QBP復合物的形成，從而***IGF-1下游通路。因此，我們很想知道C1QBP是否通過CD44v6相互作用參與Pex誘導的HSC活化。我們的結果表明C1QBP在Pex中的表達明顯高于Npex(圖6A)。如圖6B所示，C1QBP在Pex孵育的HSCs中表達高于Npex組。同時，與Pex處理的細胞相比，C1QBP-kdPex處理HSCs后C1QBP蛋白水平***降低(圖6B)。與Pex...

4.篩選關鍵模塊（hubmodule）并進行富集分析分析發現，棕色模塊與CD8+T細胞***相關（R2=-0.05，P=9e-05），因此選擇棕色模塊為hubmodule進行富集分析。 5.在hubmodule中篩選出關鍵基因（hubgene）并驗證為了研究與樞紐模塊中CD8+T細胞浸潤相關的潛在樞紐基因，構建了蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡[臨界標準：reliability>0.7andconnectivity>15(node/edge)]將hubmodule中的基因識別為中心節點，并通過Cytoscape對其進行可視化;對hubmodule中所有基因進行基于TCGA數據的預...

3、外泌體S100A4是HCC細胞轉移潛力的關鍵增強子 為了探究通過HMH-exo增強HCC轉移能力的關鍵，作者對LMH-exo和HMH-exo進行了iTRAQ質譜篩選。結果從HMH-exo中鑒定到116個***上調和43***下調的蛋白質；結果發現了4個蛋白家族的聚類：Apo、PSM、EEF/EIF和S100鈣結合蛋白家族（圖3a-b）。經過文獻分析，作者主要關注了S100鈣結合蛋白家族，并以其中*****差異表達的4個蛋白為主：依次是S100A4，S100A6，S100A10，和S100A11。作者檢測了這4個蛋白在5個HCC細胞系外泌體中的表達豐度，結果發現依然是S100A4的...

進一步檢測S100A4的功能，結果顯示敲除S100A4***降低高轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力，過表達S100A4則***增強低轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力（圖3d）。然后作者收集了S100A4敲除和S100A4過表達的HCC細胞的外泌體，結果得到了類似的結論，S100A4過表達外泌體***增強HCC細胞的遷移和侵襲，以及體內肺部轉移的能力（圖3e-f）。這些結果證實了外泌體S100A4具有增強HCC細胞轉移潛力的功能。 4、外泌體S100A4通過STAT3磷酸化***OPN轉錄 接下來探究了S100A4的作用機制，首先選擇了21個**干性相關基因，然后下載了GEO...

磷酸甘油酸激酶1 (PGK1)是糖酵解途徑的重要組成部分，與多種**的發***展有關。然而，PGK1抑制劑在*細胞中的抑制機制和生理意義尚不清楚。因此，***給大家介紹于2021年4月發表于“Molecular Therapy”（IF=8.986）的文章“FOXO3A-induced LINC00926 suppresses breast tumor growth and metastasis through inhibition of PGK1-mediated Warburg effect”。在這里，我們鑒定了一個負調控PGK1表達的lncRNA LINC00926，并預測乳腺*良好的臨床...

英拜生物是國內承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發表服務的公司之一。公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包，以及撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在你的指導下完成，等于是把客戶實驗室搬到我們平臺，客戶可提供學生在平臺學習，公司來幫助客戶代教學生實驗，讓客戶安心沒有后顧之憂。思路是您的操作我們來做。功能機制研究科研中標率高 褪黑素不能挽救Fth 敲低HT-22細胞中機械性損傷引起的鐵死亡 ...

SIM2是否也影響AR與染色質的結合，我們在SIM2沉默后進行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數arb的結合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質占用大約相同數量的地點(圖7 a、b)。當反映這些siSIM2-affected染色質易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點在AR結合方面沒有變化。大多數由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析...

tiRNA-Gly直接與RBM17相互作用，調控RBM17在PTC細胞中的表達 為了探究tiRNA-Gly在促*中分子機制，作者合成了生物素標記的tiRNA-Gly及其反義序列，進行RNApull-down實驗，進而挖掘K1細胞中與tiRNA-Gly相互作用的蛋白。結果發現了一個50KD左右大小的條帶，選擇經質譜測定肽數>3和獨特肽數>3的蛋白，獲得了5個可能的tiRNA-Gly相互作用蛋白，其中RBN17通過了WB驗證（圖2B）。RIP實驗也證實tiRNA-Gly在RBM17抗體組富集（圖3C）。進一步RIP實驗表明，tiRNA-Gly在RBM17全長序列中***富集，但在UHM截...

七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展 和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H, ...

5、外泌體miR-934通過下調PTEN表達和***PI3K/AKT信號通路誘導巨噬細胞M2極化 進一步探索**來源的外泌體miR-934誘導M2巨噬細胞極化的機制。miR-934序列與PTEN的3'-UTR序列存在比對，提示miR-934可能靶向PTEN誘導M2巨噬細胞極化（Fig.5a）。如Fig.5b所示，將miR-934mimics或anti-miR-934及其控制載體轉染到PMA處理的THP-1細胞中，發現分別轉染miR-934mimics或anti-miR-934和PTEN野生型結合位點組中PTEN的3’-UTR熒光素酶活性***降低或升高（Fig.5b）。有趣的是，當細...

另外，之前報道過hnRNPA1將miR-196a和miR-320加載到EVs中，本研究ELNAT1表現出的EVs-細胞比率與miR-196a和miR-320相當（Figure6F）。hnRNPA1沉默***抑制了ELNAT1在BCa細胞分泌的EVs中的富集（Figure6G）。此外，缺失的ELNAT1（包含hnRNPA1結合位點的610-680nt）主要保留在BCa細胞中（Figure6H），證實了ELNAT1通過與hnRNPA1的相互作用被加載到EVs中。 驗證SUMOylation是否有助于hnRNPA1介導的EVs包裹ELNAT1。在BCa細胞中，hnRNPA1中K113位點突...

2、CFL1的高表達與HCC的不良預后相關單變量分析顯示，**大小、**數量、TNM分期、靜脈浸潤、HBV***和CFL1水平與HCC患者的總體生存率***相關（表2）。多變量分析顯示，***大小、**數量、靜脈浸潤和CFL1水平是HCC總體生存率的**預后指標（表2）。并且，可以看出CFL1的高表達與HCC的不良預后相關。 3、CFL1促進HCC的增殖，遷移和侵襲如圖2所示，在高表達CFL1的HCCLM3和MHCC97h細胞中，敲除CFL1(圖2A)。隨后實驗發現敲除CFL1后HCCLM3和MHCC97h細胞的增殖，遷移和侵襲能力被抑制，表明CFL1促進HCC的增殖，遷移和侵襲。 ...

相比之下，Pten398A/398A;MMTVneu小鼠**發展加快，中位生存期縮短至199天(圖1A)。對Pten+/+;MMTVneu和Pten398A/398A;MMTVneu小鼠的石蠟包埋**標本進行免疫組化檢測γH2AX。采用半定量方法對γH2AX免疫反應性進行評分(表1)。Pten+/+;MMTVneu**一般很少表達γH2AX(圖1B)。所有Pten398A/398A;MMTVneu樣本均為γH2AX強陽性，表明更高水平的基因組不穩定性(圖1B, C)。我們通過對**樣本的western blot分析證實了這些結果，結果顯示Pten398A/398A;MMTVneu**比Pten...

五、急性GvHD的嚴重程度可以在造血干細胞移植之前通過口腔微生物群的組成來預測 A.相對豐度:隨著時間的推移，在0級aGvHD患者的口腔中12個**豐富的家族。B.svmLinear模型識別出的前20名口腔預測ASV的重要性圖，重要性分數表示剔除該ASV后，預測精度平均下降。**終的交叉驗證svmLinear模型從口服ASVspreHSCT的豐度中預測了aGvHD(0IvsIIIV)，準確率為92%(95%CI:73~99%)。通過Boruta特征選擇確認的asv用星號表示。C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數回歸識別為有意義的分裂節點用于aGvHD預測。沿分枝的數目表明變...

5、CDK4/6預處理增強CAR-T細胞的持久性和有效性 接下來測試CDK4/6i處理是否會誘導嵌合抗原受體(CAR)-T細胞的記憶表型，并克服CAR-T細胞***成功的兩大障礙：T細胞耗竭和缺乏持久性。通過臨床試驗，以LewisY(LeY)抗原為靶點，制造了人類CAR-T細胞(Fig.5A)并發現暴露于CDK4/6i產生CD4+和CD8+干細胞記憶（Tscm）CAR-T細胞(Fig.5B)。CAR-T細胞的3’RNA-seq揭示CDK4/6抑制后記憶表達***改變，GSEA分析證實了記憶相對效應信號的富集，并如預期E2F靶基因下調(Fig.5C)。為了檢測在體內的持久性，使用兩個*...

5、hUC-MSCs調節MRL/lpr小鼠脾CD4+T細胞Sirt1/p53信號通過miR-199a-5p 文獻報道在**和自身免疫疾病中，hUC-MSCs能夠將miRNAs轉移到周圍的細胞。因此，作者考慮miRNAs是否可能參與hUC-MSCs介導的對脾CD4+T細胞中Sirt1的表達調控。使用在線軟件Targetscan識別了10個miRNA，這些miRNA被預測靶向Sirt1。qPCR分析顯示，在這10個miRNAs中，只有miR-199a-5p的表達在MRL/lpr脾CD4+T細胞中***降低(圖5A)。此外，miR-199a-5p是hUC-MSCs處理后***表達增加的mi...

RIG-I對circNDUFB2誘導的免疫反應至關重要 RIG-I樣受體（RLR）家族可識別病毒RNA 會通過產生IFN和促炎性細胞因子來觸發針對病毒***的先天免疫反應。已經報道外源circRNA有效刺激由RIG-1介導的免疫信號傳導。從qRT-PCR分析獲得的數據表明，RIG-1敲低消除了circNDUFB2過表達誘導的免疫反應，RIG-1被circNDUFB2上調。為了研究circNDUFB2和RIG-I之間的關聯，進行RIP分析和RNA FISH免疫熒光實驗。 結果表明circNDUFB2與RIG-1結合，并且它們共定位在細胞質中。 circNDUFB2過表達后， circN...

4）DRD2重編程的Mφ誘導**細胞的焦亡 如HE所示，來自小鼠模型的**承載DRD2顯示**細胞死亡增加(圖4A)。在免疫組化染色中，表達DRD2的4T1**樣本中pMLKL表達較高(圖4A)。根據TUNEL實驗，DRD2也促進了體內細胞凋亡(圖4B)。DRD2上調GSDME而不是GSDMD(圖4C)。在crosstalk過程中，Mφ進一步促進了DRD2轉染的BrCa細胞中GSDME的表達(圖4C)。在表達DRD2的BrCa細胞中，Mφ也能上調IL-1β(圖4C)。WB結果表明，DRD2誘導了MLKL的磷酸化，而在共培養過程中，MLKL被Mφ抑制(圖4D)。此外，DRD2表達***...

3.TYRO3通過抑制鐵死亡和**TME，誘導抗PD-1/PD-L1耐藥性。 為探究TYRO3在TME中的功能，首先評估了TYRO3-OE4T1和4T1-P**之間免疫學特征的整體變化。免疫細胞譜分析發現在CD45-**細胞中，Tyro3過表達與PD-L1或caspase-3無關，Tyro3-OE**中M1樣巨噬細胞水平降低，M1/M2比值下降，提示**表達的Tyro3促進M1～M2巨噬細胞極化。用TYRO3-OEBT549細胞或TYRO3-OE和TYRO3–/–4T1**細胞的條件培養基孵育THP1單核細胞或骨髓源性巨噬細胞，進一步驗證TYRO3的體外***功能。RNA-Seq發現...

3.分析突變的LIR基序（LAMs）在泛*中的作用 使用TCGA數據庫分析發現，STDB1在泛*中為抑制**；在膠質母細胞瘤中為促進**。 4.co-IP驗證LIR基序突變影響自噬 在HEK293T細胞中進行co-IP，結果表明STBD1LIR基序W203C是影響基因互作的重要結構。 進一步研究發現，STBD中W203C突變影響其與GABARAPL1的結合，進而影響自噬指標的表達。 5. 在臨床樣本中檢測STBD1的表達 在*組織、*旁中檢測STBD1的表達水平，結果表明STBD1在*組織中***下調，與之前的預測結果一致。 6.細胞實驗研究ST...

五、SIM2對ar介導的基因表達有***影響 利用RNAseq研究SIM2沉默后SIM2對基因表達的影響。沉默SIM2使dht調控的基因數量增加了一倍多，2394個基因受到雄***調控，而只有180個基因受到雄***調控(圖8a, b)。此外，沉默SIM2導致6867個deg，其中2937個deg受到雄***調控(圖8c, d, Supplementary Fig. S19f)。SIM2沉默也減輕了雄***對AR表達的抑制(補充圖S20)。根據RT-qPCR的評估，ARNT沉默實質上再現了SIM2對選定AR靶基因和DEGs的影響(補充圖S21a, b)。對雄***調節基因集的meta...

7）NOX4通過氧化應激誘導的人體星形膠質細胞的脂質過氧化促進鐵死亡 為了探討NOX4調控AD星形膠質細胞氧化應激誘導的細胞死亡的分子機制，我們檢測NOX4的升高是否能通過氧化應激誘導的人星形膠質細胞脂質過氧化促進鐵死亡。我們用免疫熒光染色法測定了4-HNE在人星形膠質細胞中的蛋白水平。免疫熒光染色顯示，與對照組相比，NOX4的升高增加了4-HNE蛋白的水平，增加了質膜中脂質過氧化源性液滴的含量，細胞的形狀出現收縮(圖7A)。NOX4過表達使4-HNE陽性細胞數量***增加(圖7B)。NOX4過表達增加了4-HNE水平和MDA水平(圖7C)。值得注意的是，與對照組相比，NOX4的升高...

***，分析了MAOA基因表達水平與幾種**病人臨床預后的關系，結果顯示瘤內MAOA基因與卵巢*，淋巴*和乳腺*患者的臨床總生存率呈現負相關關系（圖6o-q）。此外，黑色素瘤患者**內高水平的MAOA表達很大程度上抵消了PD-1***提供的生存好處，提示MAO-A阻斷***與PD-1/PD-L1阻斷***聯合可能通過調節TAM極化，從而改變免疫抑制TME，提高抗**免疫能力，提供協同***好處（圖6r）。綜上所述，人類TAM和臨床相關性研究證實了MAO-A作為人類TAM中一個有前途的藥物靶點，并支持了MAO-A通過靶向TAM重編程阻斷**免疫***的翻譯潛力。METTL14是其***的潛在靶點...

2.Lnc-PMIF抑制OPCs遷移到骨形成表面 在成骨細胞分化過程中，lnc-PMIF在早期增加，在礦化啟動后減少，表明lnc-PMIF可能在成骨分化的早期階段發揮作用。過表達/敲低lnc-PMIF不影響OPCs的增殖和成骨分化。敲低lnc-PMIF的細胞遷移減弱，敲低組細胞處理的小鼠脛骨中Dil標記細胞數量升高，小鼠中lnc-PMIF表達更高。這些表明lnc-PMIF可抑制OPCs向骨形成表面的遷移，而不干擾其增殖和成骨潛能。 3.Lnc-PMIF與HuR相互作用抑制β-actin的表達以抑制OPC遷移 為探索Lnc-PMIF介導的OPC遷移的調節機制。RNApull...

由于p65轉位到細胞核并促進其靶向基因的轉錄，假設NFκB/p65信號通路的***可通過p65的轉錄活性上調miR-934表達。在p65和miR-934啟動子之間發現了5個潛在的轉錄結合區域和2個特異性結合位點（Fig. 8d）。隨后，用miR-934啟動子中含有p65結合區域的載體轉染SW480和RKO細胞；ChIP實驗證明p65對miR-934的轉錄在-2002和-1500 bp（區域1）之間的區域內***增高，在其他四個結合區域中未觀察到明顯變化（Fig. 8e）。這些數據表明，區域1可能在調節CRC細胞中p65介導的miR-934轉錄誘導中起關鍵作用。熒光素酶報告基因檢測證實p65對S...