綜上所述，這些發(fā)現(xiàn)表明TYRO3抑制**細(xì)胞鐵死亡，并通過(guò)降低M1/M2比值支持原瘤TME。此外，**細(xì)胞可能利用鄰近瀕死細(xì)胞的Pros1“吃我”信號(hào)，通過(guò)***TYRO3，抑制鐵死亡，促進(jìn)**細(xì)胞的存活。 4.抑制TYRO3可增強(qiáng)鐵死亡，使耐藥**對(duì)抗mPD-1***敏感 TYRO3抑制劑LDC1267處理4T1-R細(xì)胞，有效降低了TYRO3磷酸化、，增加**細(xì)胞死亡和脂質(zhì)過(guò)氧化，而在Tyro3-/-細(xì)胞中不存在該作用，表明抑制TYRO3可增強(qiáng)**細(xì)胞鐵死亡。荷4T1-R**的小鼠腹腔注射抗mPD-1、LDC1267或其組合，聯(lián)合給藥***降低了**生長(zhǎng)，并延長(zhǎng)小鼠生存期。此...

6）DRD2通過(guò)下調(diào)DDX5和eEF1A2來(lái)抑制NF-κB通路的***和**的發(fā)生DRD2異位表達(dá)***抑制了p65和NF-κB靶基因IL-10的mRNA表達(dá)(圖6A)，表明在沒(méi)有配體***的情況下，DRD2是NF-κB通路的負(fù)調(diào)控因子。除了結(jié)合***β-arrestin2外，DRD2還可能通過(guò)其他方式抑制NF-κB信號(hào)通路。采用Co-IP法分離可能的結(jié)合蛋白，并采用質(zhì)譜法進(jìn)行蛋白鑒定。MDA-MB231和BT549細(xì)胞的所有結(jié)合蛋白中，DDX5、eEF1A2和ICAM-1均被異位表達(dá)的DRD2下調(diào)(圖6B-C)。根據(jù)以往的研究，DDX5和eEF1A2是幾種**中的兩種致*基因。WB也證實(shí)了D...

TransCirc數(shù)據(jù)庫(kù)整合了各種與翻譯相關(guān)的證據(jù)，檢索的結(jié)果能直觀的呈現(xiàn)翻譯產(chǎn)物的相關(guān)證據(jù)信息。數(shù)據(jù)共分析了328080種已知人類(lèi)circRNA的翻譯潛能，有蛋白質(zhì)譜證據(jù)（MS）的circRNA有168個(gè)，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據(jù)4284個(gè)circRNA，潛在翻譯產(chǎn)物序列分析（SeqComp）的301100個(gè)circRNA。有IRES預(yù)測(cè)結(jié)果的314138個(gè)circRNA，有m6A修飾位點(diǎn)信息的39397個(gè)circRNA，有翻譯起始位點(diǎn)信息（TIS）的9394個(gè)circRNA，有ORF信息的305016個(gè)circRNA。 英拜生物擁有一支高精尖的技術(shù)豐富的技術(shù)團(tuán)...

N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過(guò)改變mRNA穩(wěn)定性、剪接、運(yùn)輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質(zhì)相互作用來(lái)調(diào)節(jié)基因表達(dá)，并改變修飾RNA分子的命運(yùn)。新的證據(jù)表明m6A修飾與**增殖、分化、**發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移相關(guān)，并在**發(fā)展中發(fā)揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質(zhì)編碼基因調(diào)控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過(guò)相互作用控制切割、定位、運(yùn)輸、穩(wěn)定性和降解以及影響**細(xì)胞的增殖、浸潤(rùn)和轉(zhuǎn)移等生物過(guò)程。***我們來(lái)講一篇關(guān)于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulat...

三、ICICLE-seq聯(lián)合測(cè)量可及性和表位 A.在標(biāo)準(zhǔn)的scATAC-seq協(xié)議下，細(xì)胞膜的去除切斷了細(xì)胞表面和細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測(cè)試我們?cè)谕ㄍ感约?xì)胞上同時(shí)測(cè)量細(xì)胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細(xì)胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測(cè)量，我們將這種新方法稱(chēng)為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時(shí)捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列. B.UMAP投影和ATAC標(biāo)記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率...

IGF2BPs是circNDUFB2的下游功能性蛋白 IGF2BPs是致*蛋白，circNDUFB2可降低IGF2BPs的穩(wěn)定性，推測(cè)IGF2BPs介導(dǎo)circNDUFB2對(duì)NSCLC進(jìn)展的影響。IGF2BPs過(guò)表達(dá)***增加了A549細(xì)胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。IGF2BPs敲除***降低H1650細(xì)胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。這些結(jié)果證實(shí)IGF2BPs是NSCLC的促瘤因子。隨后，觀察到IGF2BPs過(guò)度表達(dá)*部分恢復(fù)了circNDUFB2過(guò)度表達(dá)減少的遷移和侵襲能力以及集落形成能力，表明circNDUFB2部分通過(guò)降解IGF2BPs發(fā)揮**抑制作用。盡管cir...

近日，美國(guó)圣路易斯華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院Yoshiharu Muto教授等在Nature communications發(fā)布了Single cell transcriptional and chromatin accessibility profiling redefine cellular heterogeneity in the adult human kidney的研究論文。文中，作者采用單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組snRNA-seq和單細(xì)胞核染色質(zhì)可及性snATAC-seq技術(shù)，對(duì)5個(gè)健康成人（50歲到62歲，男性(n = 3)和女性(n = 2)）腎臟樣本進(jìn)行檢測(cè)。此文揭示腎臟內(nèi)獨(dú)特的細(xì)胞狀態(tài)，并重新...

3.分析突變的LIR基序（LAMs）在泛*中的作用 使用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)分析發(fā)現(xiàn)，STDB1在泛*中為抑制**；在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中為促進(jìn)**。 4.co-IP驗(yàn)證LIR基序突變影響自噬 在HEK293T細(xì)胞中進(jìn)行co-IP，結(jié)果表明STBD1LIR基序W203C是影響基因互作的重要結(jié)構(gòu)。 進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，STBD中W203C突變影響其與GABARAPL1的結(jié)合，進(jìn)而影響自噬指標(biāo)的表達(dá)。 5. 在臨床樣本中檢測(cè)STBD1的表達(dá) 在*組織、*旁中檢測(cè)STBD1的表達(dá)水平，結(jié)果表明STBD1在*組織中***下調(diào)，與之前的預(yù)測(cè)結(jié)果一致。 6.細(xì)胞實(shí)驗(yàn)研究ST...

然后，我們?cè)贖460和H1299細(xì)胞中測(cè)量了USP35敲除和TKI之間的協(xié)同效應(yīng)，數(shù)據(jù)表明USP35沉默在體內(nèi)和體外使H460和H1299細(xì)胞對(duì)GFB化療敏感(圖9F-H)。值得注意的是，EGFR突變的肺*細(xì)胞對(duì)TKI更敏感，因此我們?cè)u(píng)估了USP35沉默是否會(huì)使H1650細(xì)胞對(duì)GFB化療敏感。如圖9I，J所示，USP35沉默進(jìn)一步抑制了GFB***后H1650細(xì)胞的生長(zhǎng)、集落形成和**進(jìn)展。總的來(lái)說(shuō)，USP35缺乏的肺*細(xì)胞對(duì)化療藥物更敏感。 結(jié)論：FPN蛋白穩(wěn)定性和肺*細(xì)胞的鐵輸出需要USP35，從而保持細(xì)胞內(nèi)鐵穩(wěn)態(tài)和**生長(zhǎng)。而USP35敲除通過(guò)減少游離鐵輸出增加細(xì)胞內(nèi)LIP水平...

并同年在同期刊中發(fā)表，遷移體在斑馬魚(yú)原腸胚形成中影響***形態(tài)發(fā)生，Tspan4a和Tspan7（遷移體生成相關(guān)基因）突變體斑馬魚(yú)的***形態(tài)發(fā)生受損，并闡明遷移體誘導(dǎo)胚胎細(xì)胞至正確的位置，從而影響***形態(tài)發(fā)生[5]。2019年俞立團(tuán)隊(duì)還發(fā)表了關(guān)于遷移體標(biāo)志物的文章[6]，該文章闡明了人血清中存在遷移體；與外泌體相比，遷移體中存在四種特異性蛋白：NDST1、EOGT、PIGK和CPQ。 2021年5月，俞立團(tuán)隊(duì)在Cell期刊（IF=38.637）上發(fā)表文章，文章主要講述在外界刺激下，細(xì)胞中受損的線(xiàn)粒體外排至遷移體中[7]。同年6月，俞立團(tuán)隊(duì)利用斷層成像技術(shù)研究不同物種的大規(guī)模細(xì)胞遷...

1）SsD在AML中表現(xiàn)出抗增殖活性 為了闡明SsD在白血病中的藥理作用，我們?cè)?0個(gè)人白血病細(xì)胞系中探討了一系列SsD濃度的影響。我們發(fā)現(xiàn)SsD在大多數(shù)白血病細(xì)胞系中以劑量依賴(lài)的方式抑制細(xì)胞活力(圖1A)。為了進(jìn)一步研究SsD對(duì)白血病的抑制作用，我們?cè)?種白血病細(xì)胞系NB4、kas1、MV4-11和U937(SsD敏感性排名前4位的細(xì)胞)進(jìn)行了集落實(shí)驗(yàn)。與細(xì)胞活力結(jié)果相似，SsD***抑制了所測(cè)細(xì)胞系的集落數(shù)量和大小(圖1B-E)。有趣的是，SsD對(duì)細(xì)胞增殖和活力的抑制可能是由于細(xì)胞周期阻滯在G1期和NB4細(xì)胞凋亡增加(圖1F-G)。 上海英拜生物設(shè)有專(zhuān)業(yè)的武漢技術(shù)中心。上海神經(jīng)炎...

總之，如Fig. 9，CRC來(lái)源的外泌體miR-934可通過(guò)下調(diào)PTEN表達(dá)和***PI3K/AKT信號(hào)通路誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化。此外，外泌體miR-934極化的M2巨噬細(xì)胞可以通過(guò)CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR934正反饋環(huán)促進(jìn)CRLM。因此，研究闡明了促進(jìn)**細(xì)胞和TAMs相互作用的CRLM的新分子機(jī)制，這將有助于開(kāi)發(fā)CRLM的有效預(yù)防和***策略。更重要的是，血清外泌體中miR-934高表達(dá)與CRLM相關(guān)，提示其可能是未來(lái)液體活檢和預(yù)測(cè)CRLM風(fēng)險(xiǎn)的一個(gè)有前景的生物標(biāo)志物。此外，靶向外泌體miR-934介導(dǎo)的**細(xì)胞與TAMs之間的串?dāng)_可能為CRLM的***提供新策略...

5）NOX4的升高通過(guò)抑制人類(lèi)星形膠質(zhì)細(xì)胞線(xiàn)粒體呼吸和ATP的產(chǎn)生來(lái)促進(jìn)線(xiàn)粒體代謝的損傷，從而促進(jìn)氧化應(yīng)激 我們研究了AD期間NOX4升高誘導(dǎo)受損星形膠質(zhì)細(xì)胞氧化應(yīng)激的潛在分子機(jī)制。與對(duì)照組相比，NOX4過(guò)表達(dá)***抑制了OCR的基礎(chǔ)水平，且***降低了寡霉素和FCCP作用下的OCR水平(圖5A和B)。接下來(lái)，我們研究了NOX4上調(diào)對(duì)人類(lèi)星形膠質(zhì)細(xì)胞線(xiàn)粒體呼吸途徑調(diào)控的分子靶點(diǎn)。我們分析了包括NADH在內(nèi)的5種線(xiàn)粒體ETC蛋白復(fù)合物的水平(圖5C)。與OCR水平一致，與對(duì)照組相比，NOX4過(guò)表達(dá)***抑制了5種線(xiàn)粒體氧化磷酸化酶復(fù)合物的蛋白水平并***減少ATP的產(chǎn)生(圖5D)。免疫...

8.EVs介導(dǎo)的ELNAT1上調(diào)HLECs中SOX18的表達(dá) qRT-PCR分析UM-UC-3-EV1載體或UM-UC-3-EVELNAT1處理的HLECs中淋巴管生成相關(guān)基因的表達(dá)，結(jié)果顯示SRY-box轉(zhuǎn)錄因子18（SOX18）是**明顯的與EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)正相關(guān)的基因（Figure8A,B）。此外，ChIRP分析表明EVs介導(dǎo)的ELNAT1與HLECs中SOX18啟動(dòng)子的771~786bp（p4）直接相互作用（Figure8C,D）。SOX18-p4區(qū)域的突變降低了EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)的熒光素酶活性（Figure8E,F），表明SOX18-p4對(duì)于EVs介導(dǎo)...

外周血單個(gè)核細(xì)胞(PBMCs)梯度離心純化是研究人體免疫健康和疾病的臨床相關(guān)細(xì)胞的主要來(lái)源。像大多數(shù)其他人體組織一樣，PBMC是一種復(fù)雜的、異構(gòu)的細(xì)胞類(lèi)型混合物，來(lái)源于共同的干細(xì)胞祖細(xì)胞。盡管不同的PBMC細(xì)胞類(lèi)型之間的基因組大部分是不變的，但每種免疫細(xì)胞類(lèi)型執(zhí)行重要的和不同的功能。理解控制細(xì)胞系規(guī)范、細(xì)胞成熟、***狀態(tài)和響應(yīng)細(xì)胞內(nèi)外信號(hào)的功能多樣性的基因組調(diào)控景觀，是理解健康和疾病中的免疫系統(tǒng)的關(guān)鍵。 **近單細(xì)胞基因組方法的改進(jìn)使復(fù)雜細(xì)胞類(lèi)型混合物的調(diào)控染色質(zhì)景觀的輪廓成為可能。特別是，基于液滴的單核或單細(xì)胞轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)分析(snATAC-seq, scATAC-seq, ...

MAPK級(jí)聯(lián)是人類(lèi)****重要的致*驅(qū)動(dòng)因子之一，通過(guò)靶向抑制劑阻斷這一信號(hào)通路是一種重要的抗**策略。因此，我們用MAPK通路抑制劑PD0325901處理SGC7901和MGC803細(xì)胞。Western blot顯示，PD0325901的加入***降低了MAPK1通路下游因子的***。而添加PD0325901后，MAPK1-109aa的表達(dá)水平?jīng)]有明顯變化(圖8a)。集落形成(圖8b，c)、EdU(圖8d，e)和Transwell實(shí)驗(yàn)(圖8f)結(jié)果表明PD0325901處理后細(xì)胞的增殖和遷移能力明顯受到抑制。此外，在抑制劑存在的情況下，將shcircRNA轉(zhuǎn)染到SGC7901和MGC80...

巨噬細(xì)胞中PI3K-AKT***促進(jìn)ADM期后炎癥消退 基于RNA-seq數(shù)據(jù)，PI3K-AKT信號(hào)在ADM期間在巨噬細(xì)胞中顯著富集。當(dāng)觀察PI3K-AKT通路中這些升高的基因時(shí)，發(fā)現(xiàn)80%的基因與細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)-受體相互作用、生長(zhǎng)因子/細(xì)胞因子-受體相互作用有關(guān)，表明它們參與了巨噬細(xì)胞與相鄰細(xì)胞之間的串?dāng)_。同時(shí)，在第3天在CD11b+F4/80+CD206+胰腺巨噬細(xì)胞中觀察到更高的AKT***。在ADM階段抑制巨噬細(xì)胞的PI3K-AKT***時(shí)，胰腺修復(fù)/再生明顯受到阻礙。通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)分析，我們發(fā)現(xiàn)胰腺中M2樣巨噬細(xì)胞（CD11b+F4/80+CD206+）的數(shù)量變化較小...

2021年，來(lái)自加拿大多倫多大學(xué)和加拿大溫哥華英屬哥倫比亞大學(xué)等團(tuán)隊(duì)合作在Nature communication雜志上發(fā)表了文章“Biological and therapeutic implications of a unique subtype of NPM1 mutated AML.”。此報(bào)道描述了npm1突變AML患者的分子異質(zhì)性。基于rna-seq的基因表達(dá)譜分析，確定了兩種新亞型，稱(chēng)為原始型和committed型。基于基因表達(dá)、表觀基因組(ATAC-seq)和免疫表型(CyToF)的差異，在**的AML隊(duì)列中將亞型與特定的分子特征、疾病分化狀態(tài)和患者生存聯(lián)系起來(lái)。此外，表明了在缺...

UCP1激動(dòng)劑CL316243也得到了類(lèi)似的結(jié)果。這些結(jié)果表明，UCP1參與了AKI中脂質(zhì)積累的調(diào)節(jié)。為了進(jìn)一步驗(yàn)證這一調(diào)控關(guān)系，提高證據(jù)的可靠性，我們采用腎多點(diǎn)注射UCP1特異性過(guò)表達(dá)腺病毒的方法建立AKI過(guò)表達(dá)UCP1的動(dòng)物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過(guò)表達(dá)UCP1可***緩解AKI動(dòng)物模型中的脂質(zhì)積累(圖3E)。***，使用UCP1激動(dòng)劑CL316243在AKI動(dòng)物模型中誘導(dǎo)UCP1過(guò)表達(dá)，也觀察到了相同的結(jié)果(圖3F-H)。因此，所有證據(jù)表明，隨著UCP1表達(dá)的增加，AKI模型中的脂質(zhì)含量降低。2108年俞立團(tuán)隊(duì)明確闡述了收集和檢測(cè)遷移體的實(shí)驗(yàn)方法。成骨芯片科研國(guó)家自然科學(xué)基金...

三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動(dòng)態(tài) 由于技術(shù)限制，scRNA-seq難以檢測(cè)低豐度轉(zhuǎn)錄本（如轉(zhuǎn)錄因子TFs），而通過(guò)染色質(zhì)的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測(cè)了人類(lèi)胚胎Lin- CD34+ CD38-細(xì)胞的單細(xì)胞染色質(zhì)可及性，分別對(duì)18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了測(cè)序，基于SNN算法，共得到7個(gè)不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數(shù)據(jù)中檢測(cè)了所選標(biāo)記基因的可及性，與干細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)記基因(如MLLT3、PROM1、FLI...

背景：超過(guò)100個(gè)不同的RNA修改特征已經(jīng)在過(guò)去的幾十年里,其中,該N6-methyladenosine(m6A)修改是**豐富的形式在真核mRNA。不同的m6A讀者蛋白優(yōu)先區(qū)分轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)的RNAm6A景觀。在細(xì)胞質(zhì)中，大多數(shù)YTH(YTHDF1-3和YTHDC2)和IGF2BP(IGF2BP1-3)家族蛋白與m6a修飾的mrna結(jié)合并調(diào)節(jié)其穩(wěn)定性和翻譯。此外，其他蛋白質(zhì)可以結(jié)合m6a修飾的前體rna在細(xì)胞核內(nèi)，并影響其加工。 m6a相關(guān)基因缺陷影響多種生物過(guò)程。例如，metttl3的缺失導(dǎo)致受損的胚胎干細(xì)胞退出自我更新走向分化;抑制METTL14導(dǎo)致明顯的胚胎生長(zhǎng)遲緩;斑馬魚(yú)胚胎...

一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合 共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)集中分析的大部分細(xì)胞相互重疊，這表明在大多數(shù)細(xì)胞簇中，染色質(zhì)可及性和相應(yīng)的基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的變化是一致的(圖2A)。整合結(jié)果顯示，兩個(gè)數(shù)據(jù)集中所有巨噬細(xì)胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細(xì)胞簇沒(méi)有明確區(qū)分。scATAC-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的單個(gè)UMAP圖顯示了各自的小區(qū)集群標(biāo)識(shí)(圖2B和2C)。然后使用每個(gè)細(xì)胞簇中**個(gè)上調(diào)的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現(xiàn)出許多與致***途徑相關(guān)的已知生物學(xué)過(guò)程的誘導(dǎo)。 這些...

隨后，作者研究了YTHDC2是否通過(guò)SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當(dāng)YTHDC2在H1299細(xì)胞中過(guò)表達(dá)時(shí)，并過(guò)表達(dá)SLC7A11完全恢復(fù)了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉(zhuǎn)錄的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，ATF4在H1299細(xì)胞中上調(diào)SLC7A11(圖4H、I)。過(guò)表達(dá)YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此，YTHDC2損害依賴(lài)于SLC7A11的胱氨酸攝取。結(jié)合臨床分析，YTHDC2表達(dá)下調(diào)，而SLC7A11表達(dá)上調(diào)(圖4K、L)，并且它們?cè)?*中呈負(fù)相關(guān)(圖4M)。 5.YTHDC2以m6A依賴(lài)的方式使SLC7A11mRNA不穩(wěn)定 作者為研究YTH...

circACTN4 在 BC 組織和細(xì)胞中高度表達(dá)并與臨床病理特征相關(guān) 為探討circACTN4的表達(dá)及其臨床意義，qRT-PCR檢測(cè)80對(duì)BC組織及鄰近非**組織中circACTN4的表達(dá)。circACTN4在BC組織中的表達(dá)顯著高于配對(duì)的*旁組織。qRT-PCR檢測(cè)20對(duì)BC和*旁組織中線(xiàn)性ACTN4的表達(dá)，數(shù)據(jù)顯示線(xiàn)性ACTN4在BC組織中高表達(dá)。Pearson相關(guān)分析顯示circACTN4的水平與BC組織中線(xiàn)性ACTN4的表達(dá)呈正相關(guān)。結(jié)果表明 circACTN4 和 ACTN4 的共過(guò)表達(dá)協(xié)同促進(jìn)了乳腺*的進(jìn)展。RO曲線(xiàn)分析，circACTN4的AUC（曲線(xiàn)下面積）為0.7...

同樣，Transwell實(shí)驗(yàn)(圖5h)也證明了**細(xì)胞的遷移能力。綜上所述，circMAPK1在沒(méi)有其編碼蛋白MAPK1-109aa的情況下，不能抑制GC細(xì)胞的惡性表型。隨后，為了進(jìn)一步驗(yàn)證MAPK1-109aa的功能，我們?cè)赟GC7901和MGC803細(xì)胞中恢復(fù)了MAPK1-109aa的表達(dá)，無(wú)論是否穩(wěn)定敲除circMAPK1，Western blot驗(yàn)證了這一點(diǎn)(圖6a)。將MAPK1-109aa質(zhì)粒轉(zhuǎn)染到SGC7901和MGC803細(xì)胞株后，細(xì)胞的增殖能力(圖6b-g)和遷移能力(圖6h)得到了有效的抑制。在轉(zhuǎn)染了shcirMAPK1的細(xì)胞系中，恢復(fù)了MAPK1-109aa的表達(dá)也逆轉(zhuǎn)了...

5、外泌體miR-934通過(guò)下調(diào)PTEN表達(dá)和***PI3K/AKT信號(hào)通路誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞M2極化 進(jìn)一步探索**來(lái)源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化的機(jī)制。miR-934序列與PTEN的3'-UTR序列存在比對(duì)，提示miR-934可能靶向PTEN誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化（Fig.5a）。如Fig.5b所示，將miR-934mimics或anti-miR-934及其控制載體轉(zhuǎn)染到PMA處理的THP-1細(xì)胞中，發(fā)現(xiàn)分別轉(zhuǎn)染miR-934mimics或anti-miR-934和PTEN野生型結(jié)合位點(diǎn)組中PTEN的3’-UTR熒光素酶活性***降低或升高（Fig.5b）。有趣的是，當(dāng)細(xì)...

特色lncRNA基因 LncExpDB 表征了在特定細(xì)胞系/組織中特異性表達(dá)、在**或病毒***背景下差異表達(dá)、在特定細(xì)胞器中富集、在細(xì)胞分化或胚胎/***發(fā)育過(guò)程中動(dòng)態(tài)表達(dá)或隨晝夜節(jié)律周期性表達(dá)的特征 lncRNA 基因韻律?；诖罅縍NA-seq數(shù)據(jù)，共鑒定出25191個(gè)特征lncRNA，其中***發(fā)育7922個(gè)，正常組織/細(xì)胞系7498個(gè)，亞細(xì)胞定位5292個(gè)，植入前胚胎4343個(gè)，*細(xì)胞系2907個(gè)，1740個(gè)晝夜節(jié)律，外泌體中為 1538，細(xì)胞分化中為 1232，病毒***中為 985。 LncRNA-mRNA相互作用 為了促進(jìn)對(duì)特征 lncRNA 分子機(jī)制的深...

作為一種典型的G蛋白偶聯(lián)受體， DRD2的內(nèi)化誘導(dǎo)其受體β-arrestin2在質(zhì)膜上的募集，并增加其與β-arrestin2的親和力。LPS和CM刺激了DRD2和β-arrestin2的蛋白-蛋白結(jié)合(圖5F-G)。同時(shí)，通過(guò)IF染色觀察到，經(jīng)過(guò)LPS處理后，DRD2似乎在細(xì)胞質(zhì)中與p-p65結(jié)合(圖5A)， Co-IP和IB進(jìn)一步證實(shí)了這種結(jié)合(圖5F)。據(jù)報(bào)道，β-arrestin2信號(hào)的***會(huì)破壞星形膠質(zhì)細(xì)胞中TAK1-Tab1的結(jié)合，而這種結(jié)合對(duì)于TAK1的***至關(guān)重要。本研究還證實(shí)，內(nèi)化的DRD2可以促進(jìn)TAB1與β-arrestin2的結(jié)合，削弱TAB1與TAK1的結(jié)合(圖5...

與對(duì)照組相比，乳腺*來(lái)源的外泌體miR-138-5p降低了M1相關(guān)表型，相反，M2標(biāo)志物增加并伴隨著CD163陽(yáng)性細(xì)胞數(shù)的增加（圖6G-I）。用從乳腺*細(xì)胞中分離出來(lái)的外泌體處理THP-1細(xì)胞導(dǎo)致了M2極化，抑制miR-138-5p的表達(dá)可挽救這種極化（圖4J-L）?？傊@些結(jié)果表明外泌體miR-138-5p通過(guò)抑制KDM6B表達(dá)調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞極化。 5、KDM6B去甲基化酶活性增加了M1相關(guān)基因的表達(dá) 抑制KDM6B的組蛋白去甲基化酶活性可抑制其靶基因的轉(zhuǎn)錄。因此，使用雙熒光素酶實(shí)驗(yàn)來(lái)分析M1靶基因的啟動(dòng)子活性。KDM6B的過(guò)表達(dá)特異性地刺激了促炎因子IL-6、IL-1β和T...

然后利用SCENIC通過(guò)分化軌跡識(shí)別出HSPCs和成熟血細(xì)胞中162個(gè)調(diào)節(jié)子，其中HLF和HOXA9是HSCs/MPPs中的主要調(diào)節(jié)子，且HSC/MPPs簇在轉(zhuǎn)錄上為高度未成熟的細(xì)胞群(圖2D)。鑒定了一個(gè)增殖的MEMPs- cycle群體，92%的MEMPs處于G2M/S期，而65%的MEMPs處于G2M/S期(圖2E)。此外，研究者對(duì)HSCs/MPPs- cycle和HSCs/MPPs進(jìn)行DE分析，結(jié)果顯示HSCs/MPPs- cycle增加了糖酵解相關(guān)基因的表達(dá)，除了HSCs/MPPS-Cycle簇中存在轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)外，HSCs/MPPs和HSCs/MPPs-Cycle之間沒(méi)有其它轉(zhuǎn)錄差異。...