顯微圖像補充了流式細胞術數(shù)據(jù)，顯示在來IFN-High的SLE的CD8+T細胞中，線粒體在形態(tài)上與IFN-Neg的SLE患者不同，在IFN-HighCD8+T細胞中，每個細胞的平均線粒體總體積更大(圖2e)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明，在SLE患者中，長期暴露IFNα可能會觸發(fā)CD8+細胞的線粒體變化，但不會觸發(fā)CD4+和T細胞的線粒體變化，這可能導致代謝紊亂的細胞，對其功能具有潛在的影響。 3、來自IFN-High的SLE患者的CD8+T細胞的SRC減少 接下來比較了從SLE患者和HC外周血分選的離體CD4+和CD8+T細胞的線粒體呼吸和有氧糖酵解。使用Seahorse細胞外通量...

如圖5所示，E8中的d-flow改變了白細胞流量和炎癥標志物(Il1β、Il6、Ccl2和Ccl3);ECM調(diào)節(jié)(Adamts4, Lamb1, Timp3，和Timp4);血管調(diào)節(jié)(Nos3, Ptgs2，和Edn1);和脂質(zhì)代謝(Tm6sf2、Lsr和Mgll)，并與E2的s-flow進行比較(圖5A-5D)。這些結果表明，d-flow***了致***的內(nèi)皮反應，同時通過改變轉錄和染色質(zhì)可及性水平上的基因表達來抑制抗***通路。 三、體內(nèi)血流依賴TF結合基序的鑒定 使用Signac和ChromVar軟件包通過我們的scATAC-seq數(shù)據(jù)集來識別流敏感的TF結合基序(圖6)...

色素瘤甲基化PCR芯片用于研究在黑色素瘤中低甲基化和高甲基化的22個基因的啟動子甲基化狀態(tài)。黑色素瘤占皮膚*不到5%,但80%的人死亡,說明疾病的**性和惡性。表觀遺傳研究低甲基化和高甲基化**抑制基因鑒定了黑色素瘤新的***靶標。這個芯片上的基因包括全基因組分析發(fā)現(xiàn)在黑色素瘤中經(jīng)常發(fā)生高甲基化的基因,以及參與黑色素瘤發(fā)生和進程的基因。利用這些芯片分析細胞或新鮮組織基因組DNA樣本有助于關聯(lián)CpG島甲基化狀態(tài)與生物表型。結果還可以洞察**發(fā)生和進程，及其病理背后的分子機制和生物學通路。利用這個芯片,通過簡單的限制性內(nèi)切酶消化和實時定量PCR,就可以研究分析22個參與黑色素瘤起始和進程的不同基因...

2）UCP1在AKI中***下調(diào)，且與腎損傷嚴重程度呈高度負相關 UCPs超家族與能量代謝密切相關，并在多種疾病中介導脂質(zhì)消耗。基于UCPs的功能，我們通過westernblot和免疫組化方法對正常C57小鼠腎組織中UCP1、UCP2和UCP3的表達進行了表征。結果顯示，UCP1和UCP2表達較好，而UCP3幾乎未檢測到(圖2A-B)。在UCPs中，UCP1被認為是脂質(zhì)降解**關鍵的基因，而UCP2與之沒有直接關系。因此，我們選擇UCP1進行進一步分析，證實其在皮質(zhì)小管中高表達，在髓質(zhì)中部分表達，C57小鼠、Sprague-Dawley大鼠、Wistar大鼠腎小球、**幾乎無表達(圖...

一、上傳數(shù)據(jù) 可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時序count表達文件。按照數(shù)據(jù)情況填寫以下6個問題，然后點擊“Run”開始進行質(zhì)控 二、初級分析 數(shù)據(jù)質(zhì)控合格后，進行初級分析，包括：差異表達量計算、基因簇分析。差異計算方法包括ImpulseDE2、NextmaSigPro、DESeq2，可以根據(jù)實際情況自由選擇。 三、次級分析 次級分析用于評估豐富度、因子結合和時間關系。我們可以選擇不同類型的分析來分析初級分析中獲得的基因簇，即Enrichment，用于識別基因簇中高表達的基因；FactorBinding，使用motif和CHIP-seq預測影響基因簇表...

造血干細胞早期命運決定的機制在很大程度上尚不清楚。據(jù)推測，譜系特異性轉錄因子(TFs)在噪聲閾值以上的隨機表達可以鎖定一個細胞進入一個獨特的細胞命運。與此相一致的是，在多能造血細胞中觀察到與拮抗譜系相關的基因的共表達，包括關鍵的TFs，這表明在多能細胞室中存在一些細胞亞群，這些亞群允許細胞在譜系承諾之前的命運相反，這一現(xiàn)象被稱為啟動。**近，人類hspc的單細胞RNA測序(scRNA-seq)引入了一個不同的啟動概念。對成人骨髓和胎兒肝臟造血的研究已經(jīng)確定了造血干細胞和多能祖細胞(MPPs)的亞群，這些亞群具有協(xié)調(diào)表達的標記基因，特異于不同的單胎分化程序，并沿著所有分化分支逐漸增加。有一些跡象...

5.ELNAT1與UBC9啟動子形成DNA-RNA三聯(lián)體，通過招募hnRNPA1增強H3K4me3修飾 為了探索ELNAT1誘導BCa淋巴轉移的分子機制，我們使用NGS檢測過表達ELNAT1的BCa細胞和對照細胞（Figure5A），由于SUMOylation已經(jīng)被證明可以調(diào)節(jié)特異性RNA的識別，并參與RNA分選進入EVs的過程，因此鑒定ELNAT1的SUMOylation相關靶基因。在受ELNAT1調(diào)控的925個基因中，作者發(fā)現(xiàn)UBC9是SUMOylation相關基因變化*****的（Figure5B-D）。接著通過RNA純化（ChIRP）檢驗ELNAT1與UBC9中P1（153~...

為了完全理解HoxBlinc過表達調(diào)控HSPC造血轉錄程序的機制，進行了ChIRP-seq在WT和HoxBlincTg Lin - c-Kit+細胞中繪制基因組HoxBlinc結合位點。HoxBlinc的過表達***增加了其與HoxB前基因啟動子區(qū)域和其他反式靶點的結合，如Stat1、Cdr2、Wnt5a、Runx1和后HoxA基因（圖5d）。Lin-c-Kit+細胞基因組中HoxBlinc結合位點的整體分布表明，HoxBlinc主要與非編碼區(qū)相互作用，包括基因間區(qū)、內(nèi)含子和啟動子。值得強調(diào)的是，HoxBlinc的過表達***增加了其與啟動子和UTR的占用（圖5e）。整合來自WT和HoxBli...

2021年6月，在Oncogene雜志上發(fā)表了文章“Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells..”。此報道通過運用了一種強大的染色質(zhì)導向蛋白質(zhì)組學方法，稱為ChIP-SICAP，揭示去勢抗性前列腺*(CRPC)細胞中內(nèi)源性AR周圍染色質(zhì)蛋白網(wǎng)絡(染色質(zhì)蛋白網(wǎng)絡)的組成。在CRPC細胞雄***信號通路的背景下，進一步研究了與AR相關蛋白作用的染色質(zhì)重塑者SMARCA4和SIM2。通過整合ChIP-seq、RNA-seq、ATAC...

與CD44v6敲低實驗的結果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(圖6H)。過表達C1QBP并沒有上調(diào)α-SMA的表達(圖6I)。同時過表達CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉了Pex誘導的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內(nèi)注射肝轉移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6-kd或C1QBP-kd的Pex組小鼠的肝轉移減少。這些結果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用。文...

巨噬細胞中PI3K-AKT***促進ADM期后炎癥消退 基于RNA-seq數(shù)據(jù)，PI3K-AKT信號在ADM期間在巨噬細胞中顯著富集。當觀察PI3K-AKT通路中這些升高的基因時，發(fā)現(xiàn)80%的基因與細胞外基質(zhì)(ECM)-受體相互作用、生長因子/細胞因子-受體相互作用有關，表明它們參與了巨噬細胞與相鄰細胞之間的串擾。同時，在第3天在CD11b+F4/80+CD206+胰腺巨噬細胞中觀察到更高的AKT***。在ADM階段抑制巨噬細胞的PI3K-AKT***時，胰腺修復/再生明顯受到阻礙。通過流式細胞術分析，我們發(fā)現(xiàn)胰腺中M2樣巨噬細胞（CD11b+F4/80+CD206+）的數(shù)量變化較小...

APCmRNA上的METTL3依賴性m6A上調(diào)抑制APC表達為了確定METTL3依賴的m6A調(diào)控對APC表達的影響，構建了一個熒光素酶報告基因，熒光素酶分析顯示，METTL3缺失**增加了WTAPC的熒光素酶活性，而突變的APC提高了熒光素酶活性并使該活性抵抗METTL3缺失的調(diào)節(jié)。相反，METTL3過表達抑制了WT-APC的熒光素酶活性，但沒有突變的APC。這些結果表明METTL3介導的m6A水平的APCmRNA上調(diào)抑制了APC的表達。與這一發(fā)現(xiàn)一致，METTL3缺失增加了APCmRNA和蛋白質(zhì)表達（，并且這些增加被KYSE450細胞中rMETTL3的重組表達所消除。此外，METTL3的過表...

染色質(zhì)可及性是驅動腎元發(fā)育的動態(tài)過程，而腎元祖細胞具有不同的染色質(zhì)可及性譜，且隨其分化而變化。染色質(zhì)可及性在促進或抑制腎臟修復和再生中的作用對于設計急性和慢性腎臟疾病的治療方案具有重要意義，并可能有助于改善腎臟類***的定向分化。scRNA-seq和snATAC-seq在成年小鼠腎臟中的聯(lián)合分析為理解染色質(zhì)可及性如何調(diào)節(jié)轉錄提供了一個框架。然而，人類腎臟的單細胞表觀基因組還沒有被描述。 生物信息學工具可以從snATAC-seq數(shù)據(jù)集中提取出scRNA-seq無法獲取的***信息。預測細胞類型特異性順式調(diào)控DNA相互作用和轉錄因子活性是補充scRNA-seq獲得的轉錄信息的兩種方法。長...

4、hnRNPA2B1在外泌體miR-934向巨噬細胞轉移中發(fā)揮作用 據(jù)報道，外泌體RNA的分泌需要一種特定的RNA結合蛋白來轉運。通過RNApull-down分析和質(zhì)譜分析，鑒定了三種可能參與miR-934轉運的RNA結合蛋白，并發(fā)現(xiàn)敲除hnRNPA2B1可以降低外泌體miR-934的表達（Fig.4a,b）。hnRNPA2B1是一種RNA結合蛋白，通過與特定基序GGAG/CCCU結合，參與miRNAs的運輸和轉錄后調(diào)控。特別是，由于miR-934序列中有兩個GGAG基序，我們推測hnRNPA2B1可能通過與GGAG序列結合，介導miR-934包裝成外泌體的過程。此外，miRNAp...

9）M1-Exos通過miR-155/SOCS6/p65軸加重了bEnd.3細胞的EndoMT 為了探討外泌體miR-155/SOCS6/p65軸在M1-Exos誘導的EndoMT中的作用，我們在體外進行了一系列功能喪失和功能獲得實驗。我們發(fā)現(xiàn)，SOCS6過表達部分逆轉了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos誘導的TEER值降低和通透性增加(圖9A和B)。ZO-1和Occludin的熒光強度進一步顯示SOCS6過表達***逆轉了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos在bEnd.3細胞中引起的TJs破壞(圖9C)。此外，EndoMT標記物的蛋白水平與...

英拜生物是國內(nèi)承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發(fā)表服務。 英拜公司以高通量二代測序為基礎，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的生物實驗平臺，為您的科研添磚加瓦。英拜專業(yè)專注于國內(nèi)外醫(yī)學研究熱點，為廣大科研工作者提供課題設計。服務內(nèi)容:1.課題設計階段交流:了解客戶的研究方向以及所能提供的樣本類型和樣本量2.相關文獻查閱:根客戶的研究方向,查閱相關文獻3.設計實驗路線:根據(jù)客戶的要求和提供的樣本類型、樣本量設計實驗4.實驗操作:按照實驗方案實施實驗5.整理實驗結果:完成實驗,對實驗結果進行整理6.數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析處理:對實驗結果進行生物學分析7.論文:按照實驗設計路線和實驗結...

一、Pten398A加速MMTVneu驅動的乳腺**發(fā)生 為了研究ATM磷酸化PTEN的體內(nèi)功能，我們在小鼠中設計了一個敲入等位基因，其中398位絲氨酸取代了丙氨酸(Pten398A)。Pten398A/+和Pten398A/398A小鼠存活，發(fā)育明顯正常。為了研究atm依賴的PTEN磷酸化在乳腺*中的可能作用，我們在小鼠乳腺**病毒(MMTV)啟動子/增強子轉錄控制下表達滅活neu (Erbb2)融合基因的小鼠背景下培養(yǎng)了Pten398A等位基因。在這個成熟的模型中，MMTVneu基因在正常乳腺上皮中低水平表達，導致乳腺**的發(fā)展，據(jù)報道中位發(fā)生率為205天。Pten+/+;MMT...

并同年在同期刊中發(fā)表，遷移體在斑馬魚原腸胚形成中影響***形態(tài)發(fā)生，Tspan4a和Tspan7（遷移體生成相關基因）突變體斑馬魚的***形態(tài)發(fā)生受損，并闡明遷移體誘導胚胎細胞至正確的位置，從而影響***形態(tài)發(fā)生[5]。2019年俞立團隊還發(fā)表了關于遷移體標志物的文章[6]，該文章闡明了人血清中存在遷移體；與外泌體相比，遷移體中存在四種特異性蛋白：NDST1、EOGT、PIGK和CPQ。 2021年5月，俞立團隊在Cell期刊（IF=38.637）上發(fā)表文章，文章主要講述在外界刺激下，細胞中受損的線粒體外排至遷移體中[7]。同年6月，俞立團隊利用斷層成像技術研究不同物種的大規(guī)模細胞遷...

食道*是世界上第六大**常見的**，據(jù)報道患者5年生存率只有12-20%。N6-甲基腺苷(m6A)修飾是真核生物mRNA中**豐富的RNA修飾，主要由m6A調(diào)節(jié)劑介導。m6A修飾調(diào)節(jié)RNA穩(wěn)定性和翻譯效率、染色質(zhì)狀態(tài)、替代聚腺苷酸化和前體mRNA剪接。***我們來講一篇刊登在NatureCommunications（IF=14.91）上的一篇文章，題名為METTL3promotestumourdevelopmentbydecreasingAPCexpressionmediatedbyAPCmRNAN6-methyladenosine-dependentYTHDFbinding。 上調(diào)...

5、確認PDCD4在調(diào)節(jié)Treg擴增中的作用 隨后探究了PDCD4在調(diào)節(jié)Treg擴增中的作用。如圖A-C所示，成功構建了PDCD4的過表達和干擾表達細胞系。與對照組相比，PDCD4過表達***降低了Treg細胞的擴增率，而干擾其表達則***提高了Treg細胞的擴增率。表明PDCD4是負調(diào)節(jié)Treg細胞擴增的關鍵基因。 6、**來源外泌體miR-208b影響體內(nèi)化療效果和**生長 隨后作者探究了**來源外泌體miR-208b體內(nèi)對化療效果和**生長的影響。用慢病毒轉染CT26細胞產(chǎn)生miR-208b過表達和miR-208b敲低細胞系。動物實驗設計示意圖如圖7A所示，實驗采用...

三、放線菌和鏈球菌的不同譜系臨時區(qū)分口腔微生物群 tree-based sparse LDA在口腔中識別出了10個分支，共71個asv，沿***軸的時間點分離樣本比較好(圖3B)。asv的兩個比較大的區(qū)分組隸屬于放線菌科和鏈球菌科(圖3B)。放線菌ASV 18(放線菌ASV 18)和鏈球菌ASV 28 (Streptococcus ASV 28)的ASV數(shù)量**多，且其16S rRNA部分基因序列分別與粘放線菌(放線菌)和鏈球菌(Streptococcus mitis)類群具有較高的序列相似性。另一種鑒別asv分別隸屬于普雷沃菌科(Prevotellaceae)和桿菌科(Bacill...

耗盡的**內(nèi)T細胞會經(jīng)歷嚴重的缺氧 雖然缺氧在**中很常見，但尚不清楚**內(nèi)T細胞亞群是否比其他T細胞更容易缺氧。我們首先在8-10 mm(第14天)B16黑色素瘤中沿著衰竭譜對CD8+**浸潤淋巴細胞(TILs)進行表型分析(擴展數(shù)據(jù)圖1a)。**終衰竭的T細胞被定義為高水平和持續(xù)表達PD-1和共表達Tim-3(圖1a)，具有高的LAG3和Tox表達，低的TCF1表達，通過將gp100特異的Pmel-1 T細胞轉移到攜帶b16的小鼠中，一旦它們達到**終衰竭，就會重新刺激它們，從而測定抗原特異性反應(擴展數(shù)據(jù)圖1b)。與LN-resident Pmel-1 T細胞相比，gp100-...

總之，如Fig. 9，CRC來源的外泌體miR-934可通過下調(diào)PTEN表達和***PI3K/AKT信號通路誘導M2巨噬細胞極化。此外，外泌體miR-934極化的M2巨噬細胞可以通過CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR934正反饋環(huán)促進CRLM。因此，研究闡明了促進**細胞和TAMs相互作用的CRLM的新分子機制，這將有助于開發(fā)CRLM的有效預防和***策略。更重要的是，血清外泌體中miR-934高表達與CRLM相關，提示其可能是未來液體活檢和預測CRLM風險的一個有前景的生物標志物。此外，靶向外泌體miR-934介導的**細胞與TAMs之間的串擾可能為CRLM的***提供新策略...

4）CircMAPK1編碼109個氨基酸的新蛋白MAPK1-109aa 根據(jù)在線數(shù)據(jù)庫circRNADb的預測結果，circMAPK1序列中包含一個開放閱讀框，起始密碼子為ATG，IRES位于274-327nt。這一觀察結果表明circMAPK1具有編碼109aa蛋白的潛能，本研究將其命名為MAPK1-109aa(圖4a)。為了驗證預測的IRES在circMAPK1中的活性，我們進行了雙熒光素酶檢測，結果顯示野生型IRES報告基因的熒光素酶活性明顯高于突變型IRES報告基因的熒光素酶活性(圖4b)。為了進一步證實MAPK1-109aa的存在，我們將circMAPK1IRES突變質(zhì)粒和...

細胞周期蛋白依賴性激酶4和6(CDK4/6)的藥理學抑制劑是***受體陽性乳腺*的獲批***藥物，目前正在其他**類型的數(shù)百項臨床試驗中進行評價。這些抑制劑的臨床成功在很大程度上歸因于定義明確的**內(nèi)在細胞抑制機制，而其作為免疫調(diào)節(jié)劑的新作用知之甚少。本研究利用整合的表觀基因組、轉錄組學和蛋白質(zhì)組學分析，證明了CDK4/6抑制劑在促進免疫T細胞記憶的表型和功能獲得中的新作用。本文的機制見解拓寬了CDK4/6抑制劑作為增強抗**T細胞免疫的臨床工具的前瞻性效用。本研究于2 021年5月14日發(fā)表在《Cancer Discovery》IF:29.497期刊上。血清或尿液中尿酸濃度的升高與痛風腎臟...

為了研究 PGE2 是否有助于 M2 活化，來自野生型 (WT) 和Il4ra -/-小鼠的BM 衍生巨噬細胞 (BMDM)在體外與 PGE2 一起經(jīng)受 IL4/IL13。PGE2 單獨不影響 M2 ***，但**增強了 IL4/IL13 觸發(fā)的 M2 ***。更有趣的是，IL4/IL13 促進了巨噬細胞中ptgs2 的表達，在 PGE2 的存在下可以進一步升高。PGE2 通過與稱為 E-前列腺素 (EP) 1-4 受體的 4 種不同 G 偶聯(lián)受體結合而發(fā)揮作用。不同受體的亞型決定了不同細胞類型的特定生理反應。通過使用特定的 EP 抑制劑，我們確定 PGE2 促進 M2 極化主要由 EP2 受...

自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會增強*細胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進而影響疾病進程。 1.構建LIR預測模型pLAM 收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應蛋白,確定了LIR的序列信息。 驗證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預測，并對預測到的LIR基序對應的基因進行GO、Pathway富集分...

YTHDF1水平的降低導致MGC-803移植**的**進展延遲(補充圖S2D和S2E)；與對照組相比，YTHDF1缺陷**的重量和體積***減少(圖2D)。因此，在YTHDF1缺陷**中，增殖標記物Ki-67下調(diào)，凋亡標記物cleavedcaspase-3上調(diào)(圖2E)。通過兩種轉移模型探討YTHDF1是否參與了胃*的體內(nèi)轉移。尾靜脈注射MGC-803-sicontrol細胞導致肺轉移，而注射MGC-803-siYTHDF1l細胞幾乎完全消除轉移淋巴結的形成。***建立了PDX模型，發(fā)現(xiàn)敲除YTHDF1抑制了**的生長和重量。上述結果表明YTHDF1在胃*發(fā)生中起重要作用。大黃酸處理改變腸道菌...

雄***和雄***受體(AR)是******轉錄因子(TF)，是驅動前列腺*(PCa)發(fā)***展的關鍵因素。因此AR是晚期PCa******的主要分子靶點。雄***剝奪療法，特別是第二代抗雄***和雄***合成抑制劑**初是有效的。然而，由于患者仍然可以從晚期PCa進展到致命性去勢抗性前列腺*(CRPC)，需要新的***靶點和生物標志物。靶蛋白的一個來源可能是ar相關的染色質(zhì)蛋白。 大多數(shù)目前已知的核受體(NR)相互作用蛋白，包括那些AR，已經(jīng)通過遺傳篩選，如雙雜交系統(tǒng)，免疫共沉淀和基于肽段的體外方法。盡管親和純化-質(zhì)譜耦合(MS)已經(jīng)啟發(fā)了NRs的輔助調(diào)節(jié)器，但它很少在**NRs自...

英拜生物是國內(nèi)承接各類高通量測序科研項目以及后續(xù)功能實驗服務的公司之一,從課題設計、實驗、論文寫作到投稿發(fā)表,您都可以選擇與我們進行合作。我們的編輯有著豐富的各類基金申請和標書撰弓經(jīng)驗,已成功為廣大科研工作者提供國家科技部設立基金、國家基金委設立基金、教育部設立基金、衛(wèi)生部設立基金、國家**科學基金、省科技廳設立基金、省衛(wèi)生廳設立基金、省中醫(yī)藥管理局科研基金、省教育廳設立基金、市科技局、衛(wèi)生局設立的基金CMB基金、(美國中華醫(yī)學基金會基金)、橫向聯(lián)合項目(與企業(yè)、公司開展的應用性科研項目)等科研基金申請研究設計方案多達17000多次,通過我們的努力,使得廣大科研工作者從繁忙日常工作中解脫出來，...