結果顯示，過表達miR-337-3p和miR-137抑制了HMGA2、TGF-bII、p-Smad3和Snail的表達(圖6E和6F)。agomir-3373p/137處理和sh-MIR210HG-或sh- HMGA2處理Ishikawa和HEC-1A細胞中，b-catenin在細胞核中的分布減少，E-cadherin的表達增加。然后，我們研究了MIR210HG是否通過改變miR-337-3p/137-HMGA2軸來影響EMT進展。Western blotting和免疫熒光結果顯示，MIR210HG的下調降低了Ishikawa和HEC1A細胞中HMGA2蛋白的表達，而加入miR-337-3p/...

在MAD1與未連接的動點結合后，MAD2從開放的構象狀態(O-MAD2)轉化為封閉的構象狀態(C-MAD2)， SAC信號被緊密調控和放大。MAD2的構象變化啟動了它與CDC20的結合。為了直接測試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關聯，進行了競爭性pull-down實驗來測試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/ MAD1結合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結合肽1 (MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽，它取消了MAD2- rit1的結合。評估了RIT1與O-或c -狀態穩定的MAD2突變體的結合(圖4C)。用過量的RIT1...

10.EVs介導的ELNAT1與BCa淋巴結轉移相關 確定EVs介導的ELNAT1在BCa淋巴結轉移中的臨床意義十分重要。首先，作者發現來自BCa患者的尿中EVs與配對BCa組織的ELNAT1表達呈正相關，這意味著EVs介導的ELNAT1是BCa中ELNAT1調控的重要參與者（Figure10A）。同時，BCa患者的尿中EV介導的ELNAT1過表達與BCa的淋巴結轉移呈正相關（Figure10B）。EV介導的ELNAT1表達較高的BCa患者總生存期（OS）和無病生存期（DFS）率較短（Figure10C-D）。ROC分析顯示尿液中EV介導的ELNAT1可有效區分BCa患者與健康志愿者...

10.EVs介導的ELNAT1與BCa淋巴結轉移相關 確定EVs介導的ELNAT1在BCa淋巴結轉移中的臨床意義十分重要。首先，作者發現來自BCa患者的尿中EVs與配對BCa組織的ELNAT1表達呈正相關，這意味著EVs介導的ELNAT1是BCa中ELNAT1調控的重要參與者（Figure10A）。同時，BCa患者的尿中EV介導的ELNAT1過表達與BCa的淋巴結轉移呈正相關（Figure10B）。EV介導的ELNAT1表達較高的BCa患者總生存期（OS）和無病生存期（DFS）率較短（Figure10C-D）。ROC分析顯示尿液中EV介導的ELNAT1可有效區分BCa患者與健康志愿者...

3、外泌體S100A4是HCC細胞轉移潛力的關鍵增強子 為了探究通過HMH-exo增強HCC轉移能力的關鍵，作者對LMH-exo和HMH-exo進行了iTRAQ質譜篩選。結果從HMH-exo中鑒定到116個***上調和43***下調的蛋白質；結果發現了4個蛋白家族的聚類：Apo、PSM、EEF/EIF和S100鈣結合蛋白家族（圖3a-b）。經過文獻分析，作者主要關注了S100鈣結合蛋白家族，并以其中*****差異表達的4個蛋白為主：依次是S100A4，S100A6，S100A10，和S100A11。作者檢測了這4個蛋白在5個HCC細胞系外泌體中的表達豐度，結果發現依然是S100A4的...

PTEN缺陷改變了多個細胞周期檢查點，可能留下更少的時間進行DNA損傷修復和/或染色體分離。細胞周期的進展需要幾個分子過程的完美執行，以確保一個熟練的，無錯誤的，細胞分裂。這些事件發生的速度由周期蛋白依賴激酶(CDKs)的活性決定，CDKs磷酸化關鍵底物以促進DNA合成和有絲分裂進程。CDKs的催化活性受細胞周期檢查點的調控，這些檢查點監測細胞周期中主要事件的有序執行。檢查點**了故障安全機制，它確保只有在滿足的比較好情況下才允許細胞分裂。所有生物體都需要通過細胞分裂周期進行適當的基因組維護，以確保正常生殖、發育和預防包括**在內的各種疾病。DNA損傷可由內源性過程引起，如DNA復制過程中偶爾...

這可能部分解釋了第3天巨噬細胞的增加。此外，流式細胞術數據顯示M2樣巨噬細胞(CD206+IL4RA+)的百分比在第1天（急性炎癥期）下降并從第3天開始增加（ADM階段），而這些M2樣巨噬細胞的數量在第3天達到峰值，然后迅速減少。此外，流式細胞術數據與免疫熒光分析一致，其中F4/80+CD206+細胞在第3天**豐富。 接下來，我們想知道這些CCR2+單核細胞/巨噬細胞是否可以在胰腺損傷后重新編程為M2樣巨噬細胞。在植入和誘導AP8周后，我們發現第3天的增殖巨噬細胞(Ki67+)主要來自CCR2WT小鼠。與來自CCR2KO小鼠的巨噬細胞相比，來自CCR2WT小鼠的巨噬細胞表現出更高的...

此外，MYC在BC組織中高表達，并與 FUBP1的表達呈正相關。為了確認ACTN4在BC中的生物學功能，構建了ACTN4過表達和干擾質粒，為了探究 circACTN4 的作用與 ACTN4 無關，進行了共轉染實驗，結果表明 ACTN4 敲低不影響促進作用circACTN4 對 MYC 轉錄的過度表達，ACTN4 的上調并沒有逆轉 qRT-PCR 和蛋白質印跡對 circACTN4 敲低對 MYC 表達的抑制作用。WB結果表明circACTN4可以促進MYC及其下游蛋白CDK4和CCND2的表達。這些數據表明 circACTN4 可以與 FUBP1 結合并促進 MYC 的表達。Th1/Th2細胞...

5.Caspase-11缺乏抑制小鼠肝細胞焦亡 我們評估了Caspase-11缺乏對MCD處理后小鼠焦亡活化的影響。我們檢測了Gsdmd和IL-1β的***，這是焦亡的兩個關鍵因素。我們在未處理的野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟中檢測到類似的Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)和pro-IL-1β(圖5A和D)蛋白水平。此外，我們在野生型和Caspase-11缺陷小鼠的肝臟中均未檢測到成熟的IL-1β蛋白(圖5A和E)。MCD處理誘導了野生型小鼠肝臟中pro-Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)、pro-IL-1β(圖5A和D)和成熟IL-...

RIT1在有絲分裂期間從質膜(PM)分離，并直接與SAC蛋白MAD2和p31conmet相互作用，該過程受周期蛋白依賴性激酶1(CDK1)活性的調節。此外，致病水平的RIT1沉默了SAC，并通過將MAD2從有絲分裂檢查點復合體(MCC)中分離出來，加速了通過有絲分裂的轉運。此外，致病性RIT1抑制SAC促進染色體分離錯誤和非整倍體。我們的研究結果突出了RIT1與其他RasGTPases相比的獨特功能，并闡明了信號通路與SAC之間通過一種新的調節機制的直接聯系。 為了表征RIT1相互作用組，我們進行了親和純化-質譜篩選(圖1A)，確定MAD2 (MAD2L1)和p31conmet(也稱...

USF2促進circACTN4在BC中的表達為了研究 circRNA 在 BC發展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達特征。共發現85個***差異表達的circRNAs， 63 個上調和22個下調circRNAs。熱圖顯示了14個上調的circRNA，其中circACTN4是失調**嚴重的一個，差異高達10倍。根據circBase數據庫發現circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗證了反向剪接連接點。為了驗證circACTN4的環形結構，使用聚斂引物和發散引物擴增...

越來越多的證據表明細胞外囊泡（EVs）通過促進實體**中**-內皮細胞之間的通訊來刺激血管生成。先前的研究表明miR-144是鼻咽*（NPC）細胞來源的EVs中的內含物之一，但EVs miR-144對**內皮細胞和血管生成的影響尚不清楚。2021年3月發表于“Molecular Therapy”（IF=11.454）的文章“miR-144 delivered by nasopharyngeal carcinoma-derived EVs stimulates angiogenesis through the FBXW7/HIF-1a/VEGF-A axis”對此展開了研究。本研究旨在探討**源...

TDP-43包含一個類似朊病毒的低復雜度域，并具有一個本質上的無序區域(IDR)，使TDP-43易于聚集。RNA結合蛋白(rbp)中的IDRs被認為在核糖體蛋白顆粒(如p -小體、應激顆粒和神經元顆粒)的組裝中起關鍵作用，提示rbp的突變或異常聚集可能會破壞這些顆粒的動力學。此外，rbp中的IDRs如TDP-43經歷了液-液相分離，TDP-43的病理突變改變了液-液相分離，這可能有助于疾病進程。因此，rbp如TDP-43的改變可能是神經退行性變的重要指標。然而，盡管這些機制可能解釋了TDP-43病理突變在神經退行性疾病中的作用，但TDP-43如何在無突變的情況下聚集形成并導致神經退行性疾病，如...

此外，沉默 FIR 顯著增強了 MYC 的表達，而過表達 FIR 通過 qRT-PCR 和 BC 細胞中的蛋白質印跡降低了 MYC 的水平。OE-FIR 或 sh-FIR 與 circACTN4 或 si-circ#2 共轉染后，我們發現過表達 FIR 可以逆轉 circACTN4 對 MYC 表達的增強作用，而 FIR 敲低可以抵消下調的抑制作用qRT-PCR 在 MYC 水平上檢測到 circACTN4。總之，這些結果表明circACTN4可以抑制FIR和FUBP1的結合以減輕FIR的抑制作用，從而促進MYC轉錄。 FIR 逆轉 circACTN4 在 BC 細胞中的**促進作用...

Blimp-1在持續刺激下抑制PGC1α 持久抗原對于改變向衰竭分化至關重要，但其代謝后果尚不清楚。由于連續的刺激不產生明顯的代謝抑制，持續的刺激可能***一個轉錄抑制因子，阻止代謝重編程。Blimp-1(由Prdm1編碼)就是這樣一種抑制因子，在B16黑色素瘤中**終耗盡的CD8+ T細胞中高度上調(圖4a)，并在缺氧條件下持續***(圖4b)。體外缺氧條件下持續***的T細胞也抑制PGC1α的表達(圖4c)。 進一步確定Blimp-1是否可以抑制PGC1α，發現強制表達Blimp-1可以抑制293T細胞中Ppargc1a啟動子構建的活性，而不影響其活力(圖4d)。Prdm1f/f...

系統性紅斑狼瘡(SLE)患者大多數存在I型IFN刺激基因(ISGs)的高表達。線粒體異常也有報道，但I型IFN暴露對這些變化的貢獻尚不清楚。此外，I型IFN通過上調脂肪酸氧化(FAO)和氧化磷酸化(OXPHOS)促進漿細胞樣樹突狀細胞（pDCs）的線粒體功能。本文數據表明，I型IFN暴露通過代謝重編程促進CD8 + T細胞死亡，有助于SLE發病。本文于2021年3月發表在《Nature Communications》IF:12.121。 1、ISGs高表達患者OXPHOS基因下調 為了確定是否T細胞的轉錄組特征可以幫助鑒定SLE患者的疾病活動，作者對來源于***和未***女性的...

中國科學院動物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組和北京基因組研究所（國家生物信息中心）鮑一明研究組、張維綺研究組合作建立了AgingAtlas數據庫（./aging/index）。數據庫相關文章于2020年10月29日以“AgingAtlas:amulti-omicsdatabaseforagingbiology”為題在線發表于NucleicAcidsResearch雜志（IF=）。 AgingAtlas目前的實現包括五個模塊：轉錄組學、單細胞轉錄組學、表觀基因組學、蛋白質組學和藥物基因組學。此外，AgingAtlasConsortium還手動管理了一系列與衰老相關的人類和小鼠基...

接下來為了證明，SUMOylation對BCas誘導的淋巴內皮管的形成和遷移作用，通過其特異性抑制劑阻斷SUMOylation （2D-08）明顯抑制了該誘導過程（Figure 1 G-I）。以上數據表明，UBC9異常高表達與膀胱*進展和淋巴結轉移正相關，SUMOylation參與膀胱*的淋巴結轉移。 2.EVs介導的ELNAT1過表達與淋巴結轉移相關 EVs介導的lncRNA轉運是**細胞與TME之間通過信號轉導發生的一個關鍵過程。作者采集各5例的健康志愿者與BCas患者的尿液，通過NGS測序確定了EVs中lncRNA的整體表達譜，結合與SUMOylation途徑的相關性，*...

二、YTHDF1缺乏可抑制胃*進展和轉移 YTHDF1在不同胃*細胞株中的蛋白表達水平，遠高于正常胃腺細胞GES-1。為了進一步探討YTHDF1在胃*中的作用，采用了胃*細胞系、細胞系來源的異種移植(CDX)和PDX模型(圖2A)。首先，通過產生兩種穩定的shRNA表達人胃*細胞株MGC-803和HGC-27，研究了YTHDF1的抑制作用，這兩種細胞株在所有被檢測的胃*細胞株中YTHDF1的表達相對較高(補充圖S2B)。YTHDF1基因敲除確實降低了胃*細胞的增殖(圖2B)。此外，在MGC-803和HGC-27細胞中YTHDF1敲除降低細胞的遷移和侵襲能力(圖2C)。隨后通過皮下注射...

利用METABRIC數據集，我們評估了1459例ER+乳腺*中17個常見Wnt/β-catenin通路基因的表達，包括幾個Wnt靶基因(圖7a)。為了確定INPP4B是否促進PI3K和Wnt/β-catenin通路之間的對話，我們用增加劑量的PI3K抑制劑BKM120(0.5和1 M)處理gfp載體和GFPINPP4B MCF-7細胞，并測量Wnt靶基因AXIN2、LEF1和MYCN的mRNA表達(圖7b d)。在gfp載體細胞中，低劑量的BKM120對Wnt靶基因表達的影響**小，而高劑量的Wnt基因表達降低。在GFP-INPP4B表達細胞中，低濃度的BKM120部分挽救了Wnt基因表達的增...

為了進一步確定過表達的Caspase-11是否足以加重MCD誘導的NASH，我們給小鼠使用了Caspase-1抑制劑belnacasan。belnacasan******降低MCD***對照組小鼠的脂肪變性評分(圖8H)。相比之下，belnacasan***不影響MCD處理的Caspase-11過表達小鼠的脂肪變性評分。同樣，belnacasan處理***降低了MCD處理對照組小鼠的腫脹評分(圖8I)、血清ALT(圖8J)、AST(圖8K)和肝臟甘油三酯(圖8L)，而MCD處理過表達Caspase-11小鼠的這些指標沒有明顯影響。綜上所述，過表達Caspase-11足以促進MCD誘導的小鼠...

2021年，美國華盛頓大學生物醫學信息學與醫學教育系和華盛頓大學兒科等團隊合作在Elife（IF=7.08） 雜志上發表了文章“Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq.”。此報道開發了一種新的scATAC-seq工作流程，增加了信噪比，并允許對細胞表面標記物和染色質可及性進行配對測量:染色質環境和表位的整合細胞索引，稱為ICICLE-seq。用基于液滴的多組學平臺擴展了這種方法，開發了一種三峰分析方法，可以同...

公共比較毒理基因組學數據庫（CTD，/)是一個創新的數字生態系統，它將化學品、基因、表型、疾病和暴露的毒理學信息聯系起來，以促進對人類健康的了解。整合了基于文獻、人工策劃的交互，以創建一個知識庫，協調跨物種異質數據的化學暴露及其生物影響。在這兩年一次的更新中，報告CTD的含量增加了20%，現在提供了4500萬個毒性基因組關系，涉及600個比較物種的16300多種化學品、51300個基因、5500種表型、7200種疾病和163000次暴露事件。此外，通過CTD疾病頁面上的新數據選項卡（幫助填補環境健康方面的知識空白）和新的表型搜索參數（用于批量查詢和維恩分析工具），增加了化學表型內容...

此外，westernblot檢測表明，敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強烈減弱了Pex誘導的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時，在CD44v6-kdPex或CD44v6抗體的作用下，Pex誘導的HSC活化(圖5E，F)、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導的HSC***中的作用，我們進一步研究了過表達CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而，過表達CD44v6并沒有像預期的那樣提高α-SMA的表達(圖5H)。這些結果表明，CD44v6在Pex誘導的HSC***中發揮了重要作用。文章檢測了小鼠腸系膜淋巴結(...

2021年5月，在Elife 雜志上發表了文章“Traumatic injury compromises nucleocytoplasmic transport and leads to TDP-43 pathology.”。此報道在體內，反復的創傷會上調核孔蛋白，改變核孔蛋白的穩定性，改變NCT蛋白，改變Ran***1和核孔蛋白的分布，改變NCT。此外，核輸出的藥理抑制可以防止tbi介導的致命性和NCT缺陷。有趣的是，在體內和體外，核孔蛋白的上調導致TDP-43定位錯誤、聚集、磷酸化和溶解性改變，并降低運動功能和壽命。對NUP62病理和CTE患者腦組織中NUP62濃度升高的研究結果表明NCT...

8.過表達Caspase-11加重MCD誘導的小鼠肝脂肪變性 由于缺乏Caspase-11減弱MCD誘導的肝脂肪變性，我們檢測肝臟中Caspase-11過表達對MCD誘導的肝脂肪變性的影響。我們在Alb-Cre小鼠肝細胞中過表達Caspase-11(圖8A)。正常情況下，對照組和過表達Caspase11的小鼠肝臟組織學形態正常。MCD處理導致對照和過表達Caspase11的小鼠肝臟出現明顯的脂質積聚(空泡)。此外，過表達caspase-11的小鼠肝臟中的空泡比對照小鼠肝臟中的大且多(圖8B)。相應的，與MCD處理的對照組相比，過表達Caspase-11的小鼠脂肪變性評分(圖8C)和膨...

2、MAO-A直接調節TAM極化并影響TAM相關的T細胞抗**活性 為了確定MAO-A是否直接調節免疫細胞，進行一個骨髓（BM）轉移實驗，從MaoaWT或KO小鼠中獲得的BM細胞被連續轉移到BoyJ(CD45.1)WT受體小鼠中，然后該小鼠接受B16-OVA黑色素瘤細胞接種（圖2a）。在本實驗中，MAO-A缺乏的比較***于免疫細胞。結果顯示免疫細胞中MAO-A缺陷導致**生長抑制（圖2b-c），改變TAM極化（圖2d-f），增強**浸潤CD8+T細胞***，表明MAO-A直接調節免疫細胞抗**活性，特別是TAM極化和T細胞抗**反應。 上海英拜生物設有專業的武漢技術中心。北京科研創...

為了表征RIT1相互作用組，我們進行了親和純化-質譜篩選(圖1A)，確定MAD2(MAD2L1)和p31conmet(也稱為MAD2L1結合蛋白)作為新的和選擇性的RIT1結合伙伴，不與其他RasGTPases相互作用(圖S1A和S1B)。MAD2參與了在未附著的動點處催化MCC形成的SAC信號放大，MCC由MAD2、CDC20、BubR1和Bub3.1組成。16MAD2和p31conmet二聚促使我們評估RIT1是否與MAD2和p31conmet直接相互作用。Pulldown分析顯示，這兩種相互作用都直接且**于MAD2和p31conmet二聚(圖1B)。此外，RIT1-MAD2相互作用在斑...

細胞周期蛋白依賴性激酶4和6(CDK4/6)的藥理學抑制劑是***受體陽性乳腺*的獲批***藥物，目前正在其他**類型的數百項臨床試驗中進行評價。這些抑制劑的臨床成功在很大程度上歸因于定義明確的**內在細胞抑制機制，而其作為免疫調節劑的新作用知之甚少。本研究利用整合的表觀基因組、轉錄組學和蛋白質組學分析，證明了CDK4/6抑制劑在促進免疫T細胞記憶的表型和功能獲得中的新作用。本文的機制見解拓寬了CDK4/6抑制劑作為增強抗**T細胞免疫的臨床工具的前瞻性效用。本研究于2 021年5月14日發表在《Cancer Discovery》IF:29.497期刊上。這些數據表明大黃酸***可以消除尿酸...

先兆子病PCR基因芯片可以同時檢測影響胎盤發育失調的84個關鍵基因的表達。先兆子癇，是一種危及生命的疾病,主要表現為懷孕期間的***,胎盤的分娩是現有的唯--的***方法。這種疾病發生在孕期小于32周被稱為早期,超過32周則被稱為遲發性。先兆子癇的原因現在不完全清楚。許多患者會出現胎盤植入的失敗,這一現象提示我們雖然病征出現很晚，但可能在更早期先兆子病就有了影響。-個潛在的分子機制涉及到滋養細胞早期胎盤發育的血管重塑缺陷。隨著病情的發展，胎盤缺氧,引起炎癥和氧化應激。這些過程導致的免疫細胞(如Th1細胞,中性粒細胞和自然殺傷細胞)的浸潤。類似的過程會導致胎兒言內發育遲緩,或胎兒的生長發育不足。...