2）USP35敲除促進肺*細胞的鐵死亡 我們研究了shUSP35介導的**抑制是否可歸因于細胞死亡的誘導。如圖2A，B所示，用Nec-1，Z-VAD和CQ***以抑制壞死、凋亡和自噬并不影響細胞凋亡，表明可能涉及其他形式的細胞死亡。鐵死亡是一種新的調節性細胞死亡，它與包括肺*在內的**生長的發病機制有關。因此，我們使用兩種鐵死亡抑制劑，Fer-1和Lip-1，探索了鐵死亡是否導致USP35沉默后的肺細胞死亡。如圖2A，B所示，鐵死亡抑制阻斷了H460和H1299細胞中shUSP35介導的細胞死亡。在shUSP35***的細胞中，集落形成被抑制，但被Fer-1和Lip1破壞(圖2C)。...

通過半定量分析，胃*組織中MAPK1-109aa水平較正常胃組織中降低。Kaplan-Meier生存分析顯示，MAPK1-109aa表達水平較高的胃*患者總生存期明顯長于MAPK1-109aa表達水平較低的胃*患者(圖4h)。一系列GC細胞系中MAPK1-109aa的含量也明顯低于正常胃粘膜細胞系GES-1。在內源性circMAPK1水平較低且幾乎沒有MAPK1-109aa表達的MKN45細胞中，轉染circMAPK1和MAPK1-109aa質粒均產生預測的MAPK1-109aa帶，而過表達circMAPK1IRES突變質粒則沒有產生預測的MAPK1-109aa帶(圖4i)。相反，在內源性ci...

2021年6月，***一篇發表在Nat Immunol.（IF=25.600）的文章（Mitochondrial stress induced by continuous stimulation under hypoxia rapidly drives T cell exhaustion.）當**內衰竭T細胞經歷嚴重缺氧時，他們假設代謝應激會改變其對其他信號的反應，特別是持續的抗原刺激。在體外，盡管單獨經歷連續刺激或缺氧的CD8 + T細胞分化為功能性效應物，但這種組合迅速驅動了與衰竭一致的T細胞功能障礙。連續刺激促進了Blimp-1介導的PGC-1α依賴性線粒體重編程阻遏作用，使細胞對缺氧的...

紡錘體裝配檢查點(SAC)作為一個傳感器的**的著絲點延遲有絲分裂進入后期，直到適當的染色體分離得到保證。這一安全機制的破壞導致基因組不穩定和非整倍體，這是胚胎死亡、先天性出生缺陷、智力殘疾和**的遺傳原因。然而，盡管了解了控制SAC的基本機制，但信號通路如何直接與有絲分裂檢查點活動相互作用和調節仍是未知的。在對細胞外刺激的反應中，參與細胞生長、生存和分化的多種信號通路網絡被***，這一過程***受到Ras家族小鳥苷三磷酸酶(GTPases)的調控。RIT1是一種ras相關的GTPase，調節細胞存活和應激反應，是通過有絲分裂和適當的染色體分離及時進展的必要條件。上海英拜生物有經驗豐富的科研團...

由于腸道微生物群在多囊卵巢綜合征的起始和發展中起著重要作用，作者還研究DHEA和tempol是否影響腸道的氧化還原狀態。腸道MDA、3-NT和AGEs水平在PCOS大鼠中***高于對照組和氧化生物標記的增加被tempol處理消除(圖3K-M)。此外，tempol***增加PCOS大鼠的腸道SOD1和SOD2表達(圖3N)。因此，這些結果表明tempol能夠降低PCOS大鼠的腸道氧化應激。 4.Tempol減輕PCOS大鼠腸道微生物失調 隨后，通過rarefaction和Shannon曲線(Fig.4A-B)，以及4個α-多樣性指數(ACE)、Shannon、Simpson和Ch...

二、胎兒造血過程中分化軌跡的推斷 接下來，研究者使用力導向圖繪制算法推斷了人類胚胎發育期間造血細胞的分化軌跡。結果顯示HSCs/MPPs位于軌跡頂端，并且在HSCs/MPPs下游，研究者鑒定了三個高度增殖的寡能祖細胞群，即MEMPs（紅系細胞、MKs和肥大細胞）；GPs（粒細胞）；LMPs（淋巴樣細胞、單核細胞和樹突狀細胞）(圖2A和2B）。并使用Scanpy的paga_path函數顯示了沿三條分化途徑（MEMPs、GPs和LMPs）的譜系特異性基因動態表達(圖2C）。MEMPs將hsc / mpp與MKs、紅細胞和肥大細胞連接起來。與此一致的是，HSC/MPP向MEMPs轉化的差異...

二、阻斷atm依賴的PTEN磷酸化導致基因組 了確定ATM介導的PTEN磷酸化如何調節DDR，構建Pten398A/398A和Pten+/+littermatesMEFs細胞模型。PTEN蛋白水平不受398A突變的影響(補充圖3A,B)。此外，磷酸化AKT(PI3K通路活性的標記物)水平在Pten398A/398A和PTEN+/+MEFs中相似(補充圖3B)。構建人乳腺上皮細胞系(MCF10A)，穩定表達野生型PTEN(PTEN-wt)，或PTEN的突變形式，不能被ATM磷酸化(PTEN-398a)。在這些細胞中，內源性的PTEN基因被CRISPR/Cas9編輯刪除，創建了PTEN空...

METTL3降低APC表達，促進β-catenin介導的下游基因表達、有氧糖酵解、ESCC細胞增殖和**發展APC功能的喪失使β-連環蛋白穩定，從而誘導下游基因（CCND1和MYC）的表達。CCND1促進細胞周期，c-Myc增強有氧糖酵解。正如預期的那樣，METTL3缺失增強了KYSE180細胞中APC的表達，降低了β-連環蛋白、細胞CCND1、c-Myc和PKM2的表達。此外，METTL3缺失降低了葡萄糖攝取、乳酸產生、細胞增殖和細胞集落數。值得注意的是，這種METTL3缺失引起基因表達（圖6a）、糖酵解（圖6b，c）、細胞增殖（補充圖6f）和集落形成的抑制在很大程度上被這些細胞中的APC缺...

鐵死亡對調節**生長至關重要，是一種很有前途的肺****靶點。泛素特異性蛋白酶35 (USP35)屬于deubiquitinases家族，與細胞增殖和有絲分裂有關。于2021年4月發表于“Clin. Transl. Med”（IF=11.492）的文章“Deubiquitinase USP35 modulates ferroptosis in lung cancer via targeting ferroportin”對此展開了研究。本研究旨在闡明USP35在肺*中的潛在作用和分子基礎。研究表明USP35在人肺*組織和細胞系中大量存在。USP35敲除促進鐵死亡，抑制肺*細胞的細胞生長、集落形成...

表達MCF-10A腺泡的Myc-INPP4BWT而不是Myc-INPP4BC842A(PI(3,4)P24-磷酸酶死亡)的腺泡(補充圖2k)顯示增殖細胞的百分比明顯高于病媒控制的腺泡(1.5倍)(圖2i,j)。在第7天，腺泡的大小沒有明顯變化(圖2k)。第14天，Myc-INPP4BWT而不是MycINPP4BC842A表達MCF-10A的細胞形成了更大的腺泡(1.8倍)，每個腺泡的細胞數量比載體對照增加了1.4倍(圖2ln)。過表達INPP4B促進MCF-10A細胞增殖，但不影響細胞的尖基底極性和細胞凋亡。與此一致的是，過表達Myc-INPP4BWT而不是Myc-INPP4BC842A在...

作者進行了PAR-CLIP實驗，以評估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結果表明，在H1299細胞中，通過過表達METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結合(圖6D)。無論METTL3是否過表達，YTH結構域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進行RNA-pull down實驗，發現YTHDC2WT，優先結合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結合m6A共識...

USF2促進circACTN4在BC中的表達為 了研究 circRNA 在 BC發展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達特征。共發現85個***差異表達的circRNAs， 63 個上調和22個下調circRNAs。熱圖顯示了14個上調的circRNA，其中circACTN4是失調**嚴重的一個，差異高達10倍。根據circBase數據庫發現circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗證了反向剪接連接點。為了驗證circACTN4的環形結構，使用聚斂引物和...

1、在響應CDK4/6抑制中瘤內記憶類CD8+T細胞的表現 為了***評價CDK4/6抑制對抗**T細胞免疫的影響，使用多模式單細胞測序(CITE-seq)分析了CDK4/6抑制劑palbociclib或對照處理的MC38-OVA**小鼠的瘤內T細胞群體(Fig.1A)。維度分析顯示MC38-OVA**中有10個不同的T細胞群(Fig.1B)。用CDK4/6i處理的**有較低頻率的CD4+調節性T細胞(Foxp3+Tregs)，而CD8+記憶類T細胞頻率更高，以Tcf7、Sell、Bcl2和Cd7高表達為特征(Fig.1B-D)。CD8+T細胞池的基因動態表達揭示來源于CDK4/6i...

為了評估這些CAR-T細胞的功能性記憶能力，在CAR-T細胞轉移后30天用LeY + 卵巢*細胞系OVCAR-3(Fig. 5D)處理小鼠，觀察到與未處理的CAR組相比，預處理的CAR-T細胞在小鼠血液中的擴增***增加(Fig. 5G)。意味著先前接受過CAR-T細胞***的小鼠的**控制***增強(Fig. 5H-I)。值得注意的是，第30天的**大小與**侵襲前血液中CD3+ T細胞的數量呈***負相關(Fig. 5J)，表明CDK4/6i處理的CAR-T細胞的持久性增強是驅動**控制的關鍵因素。事實上，**接種后40天，接受預處理的CAR-T細胞的小鼠浸潤CD4+和CD8+ CAR-T...

1）SsD在AML中表現出抗增殖活性 為了闡明SsD在白血病中的藥理作用，我們在10個人白血病細胞系中探討了一系列SsD濃度的影響。我們發現SsD在大多數白血病細胞系中以劑量依賴的方式抑制細胞活力(圖1A)。為了進一步研究SsD對白血病的抑制作用，我們在4種白血病細胞系NB4、kas1、MV4-11和U937(SsD敏感性排名前4位的細胞)進行了集落實驗。與細胞活力結果相似，SsD***抑制了所測細胞系的集落數量和大小(圖1B-E)。有趣的是，SsD對細胞增殖和活力的抑制可能是由于細胞周期阻滯在G1期和NB4細胞凋亡增加(圖1F-G)。 英拜注重客戶的隱私。江蘇腸道失調科研 2）S...

4、hnRNPA2B1在外泌體miR-934向巨噬細胞轉移中發揮作用 據報道，外泌體RNA的分泌需要一種特定的RNA結合蛋白來轉運。通過RNApull-down分析和質譜分析，鑒定了三種可能參與miR-934轉運的RNA結合蛋白，并發現敲除hnRNPA2B1可以降低外泌體miR-934的表達（Fig.4a,b）。hnRNPA2B1是一種RNA結合蛋白，通過與特定基序GGAG/CCCU結合，參與miRNAs的運輸和轉錄后調控。特別是，由于miR-934序列中有兩個GGAG基序，我們推測hnRNPA2B1可能通過與GGAG序列結合，介導miR-934包裝成外泌體的過程。此外，miRNAp...

二、胎兒造血過程中分化軌跡的推斷 接下來，研究者使用力導向圖繪制算法推斷了人類胚胎發育期間造血細胞的分化軌跡。結果顯示HSCs/MPPs位于軌跡頂端，并且在HSCs/MPPs下游，研究者鑒定了三個高度增殖的寡能祖細胞群，即MEMPs（紅系細胞、MKs和肥大細胞）；GPs（粒細胞）；LMPs（淋巴樣細胞、單核細胞和樹突狀細胞）(圖2A和2B）。并使用Scanpy的paga_path函數顯示了沿三條分化途徑（MEMPs、GPs和LMPs）的譜系特異性基因動態表達(圖2C）。MEMPs將hsc / mpp與MKs、紅細胞和肥大細胞連接起來。與此一致的是，HSC/MPP向MEMPs轉化的差異...

巨噬細胞在AP恢復不同階段的不同作用 鑒于AP恢復過程中巨噬細胞的表型變化，接下來試圖通過用脂質體***巨噬細胞來檢查巨噬細胞在不同修復/再生階段的作用。首先，我們在急性炎癥反應后（從第1天到第2天）立即消耗了胰腺巨噬細胞，并在第3天檢查了胰腺。如圖所示，第3天之前巨噬細胞的消耗可以在很大程度上減少導管樣結構，這表明巨噬細胞在ADM的形成。AP損傷后第3天巨噬細胞的消耗顯著延遲了胰腺修復。Ki67+細胞在第3天達到峰值，并隨著胰腺恢復逐漸下降。與組織學結果一致，發現CN處理組的Ki67+細胞從第5天到第7天大幅下降，但在CL處理組中沒有，表明CL處理小鼠的修復過程受損。 發現乳酸菌上...

6.ELNAT1通過UBC9誘導的hnRNPA1的SUMOylation被封裝到EVs中 UBC9可以催化靶蛋白的SUMOylation來調節它們與生物分子的相互作用和細胞運輸。Figure6A顯示，通過co-IP分析，觀察到一個明顯的15~25kDa條帶被hnRNPA1特異性富集。此外，IP分析顯示UBC9過表達增強了hnRNPA1的SUMO2連接，表明UBC9誘導hnRNPA1的SUMOylation（Figure6B）。將hnRNPA1中SUMOylation修飾的位點賴氨酸3（K3）和賴氨酸113（K113）用精氨酸替代（Figure6C），并通過co-IP分析表明，證明了h...

在整個細胞群中，2D-R和2W-R樣本之間沒有明顯的差異，這表明暴露在s-flow條件下2天或2周的細胞基本沒有變化。S-flow條件下(2D-R和2W-R)很少發現SMC，而急性d-flow條件下(2D-L)SMC數量增加至2.3%，慢性d-flow條件下(2W-L)SMC數量進一步增加至18.2%。四種情況下都有成纖維細胞，其中在急性d-flow情況下**多(2D-L時為17%)(圖1D)對2D-R、2D-L、2W-R、2W-L4個樣本的序列reads使用R軟件包進行分析。UMAP分析將總核群劃分為13個細胞群，它們以流量和時間依賴的方式分布(圖1E和1F)。通過Signac將scATAC...

2）LINC00926通過抑制乳腺*細胞中PGK1的表達來抑制增殖、遷移和侵襲 為了研究LINC00926在乳腺*細胞中的生物學功能，我們用LINC00926***細胞，對其進行細胞生長、遷移和侵襲分析。細胞增殖和集落形成實驗顯示，過表達LINC00926可降低MDA-MB-231和MCF-7細胞的增殖(圖2A和2B)。在LINC00926轉染的細胞系中，PGK1的表達可逆轉上述作用。過表達LINC00926也顯示出遷移和侵襲能力下降(圖2C和2D)。同樣，PGK1在LINC00926轉染的細胞中重新表達逆轉了這些作用。此外，敲除PGK1還可以抑制LINC00926調控乳腺*細胞增殖...

以上數據提示，miR-934異常高表達與結直腸***進展及肝轉移***相關。生存分析顯示，與miR-934表達較低的患者相比，miR-934表達較高的患者總生存期(OS)和無病生存期(DFS)較低（Fig.1f,g）。因此，在CRLM患者中，miR-934高表達與CRLM進展和預后不良呈正相關。 2、miR-934存在于CRC細胞衍生的外泌體中 miR-934在HCT-8和LoVo的CM中的表達***高于其它細胞（Fig.2a）。隨后，研究發現HCT-8和LoVo的CM中miR-934的表達***高于細胞核和細胞質（Fig.2b,c）。并且，miR-934在CM中的表達不隨RN...

此外，GFP-INPP4B的表達在基礎和wnt刺激條件下降低了GSK3β蛋白水平，與GSK3β的增強破壞一致(圖6d)。通過Hrs shRNA消耗抑制晚期核內體形成后，降低的GSK3β蛋白水平得以恢復(圖6f, g)。GFP-INPP4B而不是gfp載體細胞表現出明顯的GSK3β蛋白酶保護，這與GSK3β向晚期核內體轉運的增強相一致(圖6h)。免疫熒光證實了這一點，在GFP-INPP4B中觀察到RFP-GSK3與LysoTracker共定位，這是一種積累在晚期核內體/溶酶體中的染料，而不是gfp載體細胞(圖6i)。 英拜的員工福利待遇很好。糖尿病科研免費設計關聯研究已將血液來源的m...

七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高 對小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實驗中獲得的大量RNA-seq進行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細胞類型的豐度。PT_VCAM1估計比例在iri后24h***增加，并持續至少7天;與正常近端小管細胞比例下降相對應(圖7a)。有趣的是，未手術控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對非**腎樣本進行反卷積，估計PT_VCAM1細胞的比例為2.6%(圖7d)，這與我們的s...

我們進一步發現，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠顯示更低的血清谷丙轉氨酶(ALT)水平(圖2D)、血清天冬氨酸轉氨酶(AST)水平(圖2E)和肝臟甘油三酯水平(圖2F)。總之，我們的結果表明Caspase-11缺陷減輕了MCD誘導的小鼠肝臟脂肪變性。 3.Caspase-11缺乏減弱NASH小鼠的肝纖維化 通過測量纖維化相關因子的表達我們評估Caspase-11缺失對MCD誘導的肝纖維化的影響。在正常條件下，野生型和Caspase-11缺陷小鼠的TGF-β(圖3A)、α-Sma(圖3B)和Col1a1(圖3C)表達相似。MCD處理的野生型小鼠中TGF-β、α-Sma和C...

IL-3/IL-4能誘導M2巨噬細胞極化，預先用50ng /mL IL-3/IL-4處理THP-1細胞3天，驗證anti-miR-934對M2巨噬細胞極化的影響。結果顯示PTEN過表達部分減弱了miR-934和HCT-8細胞來源外泌體對M2標記物(CD206, arginase-1和IL10)表達的增強作用，而PTEN的沉默則相應地逆轉了anti-miR-934對M2標記物表達的衰減效應（Fig. 5g, i）。流式細胞術檢測M2巨噬細胞標志物CD163在PMA處理的THP-1細胞中的表達，結果與上述結果一致（Fig. 5j）。總之，研究結果表明，miR-934增強了CRC細胞來源的外泌體對M...

5、MAO-A阻斷**免疫***-小鼠**模型研究 MAO-A作為TAM免疫抑制極化的關鍵調控因子的鑒定使得MAO-A成為**免疫***的一個有前途的藥物靶點。由于已知的MAO-A在大腦中的功能，小分子MAOIs已經被開發和臨床用于***各種神經系統疾病，使其成為一種高度可行和有吸引力的方法來重新利用這些已建立的MAOI藥物用于**免疫***。在體外IL-4/IL-13誘導WTBMDM極化培養中（圖5a），添加多種MAOIs可以有效降低BMDM中的ROS水平，抑制它們的免疫抑制極化和基因（圖5b-e）。值得注意的是，圖5a測試的MAOIs包括苯乙肼、克勞吉林、莫氯比胺和吡吲哚，涵蓋了...

脂質氧化先于胞質Ca2+的增加和質膜的破壞 體積細胞實驗中Ferroptosis特征之間的詳細時間關系被***后群體細胞發生Ferroptosis的異質性所掩蓋。為了解決這個問題，作者使用活細胞共聚焦顯微鏡在單細胞水平上量化了Fluo-4AM信號、細胞圓度和PI攝入量的增加。從單個細胞獲得的動力學曲線(圖2C,F,K)中，計算出每個ferroptotic表型(t50)實現50%變化所需的時間，這使得可以設置Ferroptosis各過程之間的滯后時間(圖2D,G,L)。結果發現，與所使用的Ferroptosis觸發器無關，胞漿Ca2+的增加先于細胞圓縮和質膜完全坍塌(圖2A,B)。從流...

六、改進分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs 研究者基于細胞表面標記設計了一種針對HSCs / MPP的新的熒光***細胞分選策略（簡稱CD-REF），使用CD-REF分選板對股骨BM細胞進行分選，結果顯示標記為HSCs / MPP和HSCs / MPPs-Cycle簇的CD-REF細胞約占88％。為了評估CD-REF細胞譜系輸出的分化潛力和穩健性，研究人員在小鼠MS5飼養層或更具生理相關性的人類胎兒間充質干細胞（fMSCs）上對三個胎兒的單個細胞進行了分選，結果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來，又對單個CD-REF和免疫表型HSCs...

YTHDC2調節SLC7A11 mRNA的穩定性(圖5A-D)，而控制RNA衰減是m6A甲基化的重要功能之一。作者先驗證METTL3刺激m6A的能力(圖5E、F)。在H1975細胞中敲降METTL3延長了SLC7A11 mRNA的半衰期，而在H1299細胞中過表達METTL3則加速了SLC7A11 mRNA的降解(圖5G)。此外，H1299細胞中降低METTL3表達阻斷了YTHDC2，從而減緩SLC7A11 mRNA的衰減，刺激胱氨酸攝取并減弱脂質活性氧(ROS)的生成(圖5H-J)，這表明YTHDC2在LUAD細胞中的作用是依賴m6A。 6.YTHDC2傾向于相互作用并使m6A甲基...