生物發光成像結果顯示，在circACTN4過表達組中檢測到更強和更多的生物發光信號，而circACTN4沉默組中的小鼠與對照組相比顯示出更少的生物發光轉移數量。與對照組相比，circACTN4 過表達組的小鼠總體存活率較低，肝轉移范圍更廣。***，我們通過 IHC 確定了 circACTN4 對其靶蛋白 MYC、下游細胞周期相關蛋白 CDK4 和 CCND2 以及細胞增殖相關蛋白 Ki67 的影響。結果表明，circACTN4的上調可以增加**組織中MYC、CDK4、CCND2和Ki67的表達，而circACTN4的沉默降低了這些蛋白質的表達水平。綜上所述，上述結果進一步證明了circACTN...

轉錄組學 (RNA-Seq) 模塊 RNA-seq 模塊對與衰老相關的全基因組轉錄組變化進行編目。RNA-seq 模塊中收集的數據集來自與衰老研究相關的已發表文章。該模塊收集在特定基因干預（過表達、敲除等）時觀察到的轉錄組變化，該模塊還收集特定組織和***在生理和病理衰老過程中基因表達譜的變化。RNA-seq 模塊目前包含 > 18 000 個可能與衰老有關的差異表達基因 (DEG)。在 RNA-seq 模塊中，可以通過基因名稱輕松搜索 DEG，并且每個 DEG 條目都包含潛在的實驗條件和基因表達的倍數變化及其發布的來源。可以下載每篇文章中的所有搜索結果和相應的DEG數據庫。 嘌呤在...

盡管每組小鼠的身體活動都相似（圖4E），但接受白樺素的小鼠的RQ升高（圖4F），其耗氧量和能量消耗也增加了（圖4G和4H），這可能有助于他們體重增加量的減少。同時，接受30 mg / kg /day白樺素的小鼠暴露于寒冷時顯示出更高的體溫（圖4I）。進一步的Q-PCR分析顯示，在經白樺素處理的小鼠中，棕色脂肪細胞組織（BAT）中的兩個關鍵生熱基因UCP-1和UCP-2升高（圖4J）。該觀察結果與關于UCP-1在n-SREBP-1c轉基因小鼠的BAT中顯著降低的報道是一致的?？傊?，這些數據表明，洛伐他汀可能通過減少脂質吸收/增加排泄來至少部分地預防DIO，而白樺素通過增加能量消耗來改善DIO。C...

一、上傳數據 可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時序count表達文件。按照數據情況填寫以下6個問題，然后點擊“Run”開始進行質控 二、初級分析 數據質控合格后，進行初級分析，包括：差異表達量計算、基因簇分析。差異計算方法包括ImpulseDE2、NextmaSigPro、DESeq2，可以根據實際情況自由選擇。 三、次級分析 次級分析用于評估豐富度、因子結合和時間關系。我們可以選擇不同類型的分析來分析初級分析中獲得的基因簇，即Enrichment，用于識別基因簇中高表達的基因；FactorBinding，使用motif和CHIP-seq預測影響基因簇表...

7.EVs介導的ELNAT1被HLECs內化以誘導淋巴管生成 共聚焦顯微鏡顯示HLECs中PKH67標記EVs孵育后的點狀熒光強度（Figure7A），表明HLECs內化了BCa分泌的EVs。此外,孵化UM-UC-3-EVELNAT1***上調HLECs中ELNAT1表達,而孵化T24-EVsi-ELNAT1，則T24細胞分泌的EVs中ELNAT1表達下調，則削弱了HLECs中EVs誘導ELNAT1過表達的能力（Figure7B,C）。 為了排除淋巴血管生成是由內源性ELNAT1***HLECs中誘導的可能性，構建了ELNAT1-KO HLECS ELNAT1（HLECsELN...

IFNα和抗CD3/CD28磁珠長期刺激后CD8 + T細胞中SRC能力的降低表明生物能量適應性受損。研究發現，IFNα刺激的CD8 + T細胞在初始爆發后，與*用CD3/CD28刺激的CD8 + T細胞相比，其氧化和糖酵解能力下降更快（圖4d）。總之，使用健康對照CD8 + T細胞的體外研究表明，雖然單獨延長IFNα處理能夠觸發可檢測的代謝改變，但只有IFNα暴露和T細胞活化的聯合才能表型復制IFN-High SLE患者CD8 + T細胞中觀察到的線粒體和代謝異常。 5、IFNα暴露誘導慢性***CD8+T細胞死亡 在建立重現SLECD8+T細胞代謝變化的實驗條件后，接下來研...

進一步研究發現，膜損傷后形成了兩個不同的囊泡池。較大的囊泡較早從質膜形成， Rab5、EEA1（早期內吞作用）、肌動蛋白、Rab35 呈陽性， LC3 偶爾呈陽性。相比之下，后來形成的囊泡較小且 LC3 呈陽性，**終出現在靠近 Rab5 陽性囊泡的位置。 內化囊泡通過滲透作用在細胞質中收縮，與溶酶體融合GFP-Rab35、RFP-Rab5轉染MCF7，研究胞吞小體的“行動軌跡”。胞吞小體囊泡移動至細胞質，在細胞質中收縮成小囊泡，***與溶酶體融合。 巨胞飲由質膜完整性觸發實驗表明巨胞飲作用在損傷后被***，需要重組，從而保持質膜的完整性。此外，LC3囊泡形成是響應囊泡內化而觸...

一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合 共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數據集中分析的大部分細胞相互重疊，這表明在大多數細胞簇中，染色質可及性和相應的基因轉錄表達的變化是一致的(圖2A)。整合結果顯示，兩個數據集中所有巨噬細胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細胞簇沒有明確區分。scATAC-seq和scRNA-seq數據的單個UMAP圖顯示了各自的小區集群標識(圖2B和2C)。然后使用每個細胞簇中**個上調的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現出許多與致***途徑相關的已知生物學過程的誘導。 代謝...

接受樣品類型a)組織樣品(需提供2100mg組織。必須保存在RNAlater或類似RNA保護溶液中);b)體外培養細胞(需提供≥10^6個細胞。必須保存在RNAlater或類似RNA保護溶液中);c)全血(需提供22ml全血);d)總RNA(需提供25ugtotalRNA)。所有類型樣品必須用冰袋寄至公司。冰塊應足量,以確保樣品寄至公司時,冰塊未完全融化。服務內容與價格樣品類型服務內容價格(人民幣:元)組織樣品,體外培養細胞,全血RNA制備,基因表達定量詢價totalRNA基因表達定量詢價提交數據服務報告提交下列數據:實時熒光PCR擴增曲線;熔解曲線;基因表達定量結果分析。英拜可解放您的雙手釋...

此外，生存分析顯示，EV中CD44v6和C1QBP高表達的患者的生存結局明顯較差(圖7F)。循環外泌體的隨訪數據也顯示了一致的結果。PDAC患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于健康對照組(圖7G)， PDAC伴有肝轉移的患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的患者(圖7G)。免疫電子顯微鏡顯示，CD44v6和C1QBP在PDAC患者的循環外泌體***表達(圖7H)。高循環外泌體表達CD44v6和C1QBP的患者比其他患者更容易發生肝轉移 (圖7I)。然而，高表達循環外泌體CD44v6和C1QBP的患者生存率明顯較差(圖7J)?？傊?，我們的研究結果證...

5.腸道微生物群和循環代謝產物之間的聯系 采用非靶向代謝組學方法測量三組血清代謝產物，并研究腸道微生物組和宿主循環代謝產物之間的關系。主成分分析(PCA)顯示，三組間主要代謝成分差異***(圖6A)。OP***A的監督正交投影評分圖也顯示出PCOS大鼠與對照組、DHEA+PBS組與DHEA+tempol組之間的明顯區別(圖6B)。圖6C列出了三組52種血清代謝物(包括26種脂類及類脂分子)的相對豐度，說明PCOS大鼠大部分血清代謝物的豐度與對照組大鼠完全不同，說明DHEA***對血清代謝有深遠的影響。PCOS大鼠服用Tempol后，血清代謝產物的豐度也發生了***變化，引起28種血清...

1、人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對PTC*組織和*旁組間，用于高通量測序，其結果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫，并從中去除線粒體tRNA。**終累計獲得1723個tRN**段，其中594個片段只存在于**組織，136個只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數量遠超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）?；鹕綀D可以看出5個在**組織中***上調的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tR...

與CD44v6敲低實驗的結果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(圖6H)。過表達C1QBP并沒有上調α-SMA的表達(圖6I)。同時過表達CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉了Pex誘導的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內注射肝轉移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6-kd或C1QBP-kd的Pex組小鼠的肝轉移減少。這些結果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用。F...

CircACTN4 直接與 FUBP1 相互作用并*** MYC 的轉錄 為了探索circACTN4的分子機制，首先進行了pull down和質譜分析circACTN4結合蛋白，發現FUBP1在circACTN4上顯著富集。RIP 檢測進一步證實 FUBP1 可以通過qRT-PCR與BC細胞中的內源性circACTN4 特異性結合。FISH-IF 分析顯示 circACTN4和FUBP1共定位于細胞核中。但是circACTN4 的上調和敲低并沒有改變 FUBP1的表達水平，表明circACTN4不參與FUBP1的翻譯后調控。ChIP-PCR測定證實FUBP1與BC細胞中MYC啟動子結...

編碼PI3Kαp110α亞基的PIK3CA在多達40%的乳腺*中發生突變，**常見的是雌***受體陽性(ER+)**。突變的PIK3CA在校正ER陽性等有利風險變量時并不是預后的**標記物，但它是改善晚期ER+乳腺*內分泌和PI3K聯合***應答的預測生物標記物。有趣的是，與PTEN等其他PI3K通路改變的**相比，pikca突變ER+乳腺*顯示出極少的AKT***和對AKT信號的依賴。 NPP4B抑制AKT信號，并在三陰性(ER/PR/HER2)和基底樣乳腺*中表現出**抑制活性。此外，INPP4B蛋白在黑色素瘤、卵巢*和前列腺*中表達減少。在小鼠模型中，Inpp4b消融與Tp53...

同時，白樺素并沒有促進HMGCR的降解(圖1B)。同樣，白樺素以Insig依賴的方式完全阻止了轉染SREBP-2的裂解(圖1C)。因此，白樺素特異性地抑制了SREBP的加工，但并不***LXR或加速HMGCR的降解。此外，在共免疫沉淀實驗中，白樺素刺激了SCAP和Insig-1之間的相互作用(圖1D, lanes 4和lanes 5)，這暗示白樺素的作用機制。 為了進一步測試白樺素是否通過與SCAP結合發揮作用，合成了一種白樺素衍生探針，命名為化合物1(圖2A)?；衔?包含一個光敏反應基和一個疊氮乙酰基，可以通過點擊化學與生物素炔烴連接。與白樺素類似，化合物1可以抑制SREBP...

應用ssGSEA計算了2236條典型路徑在基因組中的富集分數。FDR校正后，共有949條通路（42.4%）與m6A信號***相關，表明m6A修飾與***的生物學過程相關，大多數**類型的結果一致。還發現了一些與*****相關的經典途徑，如FOXM1途徑、細胞周期調控、polo樣激酶1（PLK1）相關途徑和AuroraA/B途徑。 與m6A修飾相互作用的潛在靶點 我們在至少10種PFDR**亞型中鑒定出114個與該特征相關的新基因?21.09），明顯高于**評分系統中隨機選擇*基因...

英拜生物是國內承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發表服務。 英拜公司以高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的生物實驗平臺，為您的科研添磚加瓦。英拜專業專注于國內外醫學研究熱點，為廣大科研工作者提供課題設計。服務內容:1.課題設計階段交流:了解客戶的研究方向以及所能提供的樣本類型和樣本量2.相關文獻查閱:根客戶的研究方向,查閱相關文獻3.設計實驗路線:根據客戶的要求和提供的樣本類型、樣本量設計實驗4.實驗操作:按照實驗方案實施實驗5.整理實驗結果:完成實驗,對實驗結果進行整理6.數據統計與分析處理:對實驗結果進行生物學分析7.論文:按照實驗設計路線和實驗結...

有趣的是，我們發現內源性PGK1蛋白水平和LINC00926水平在5種乳腺*細胞系(MCF-7、T47D、ZR75-1、MDA-MB-453、MDA-MB-231)中均呈負表達。在相對轉移性細胞系MDA-MB-231中PGK1表達量比較高，LINC00926表達量比較低；而惡性程度較低的細胞系MCF-7中PGK1表達量較低，LINC00926表達量較高(圖1G)。敲除LINC00926后，MCF-7細胞中PGK1的表達***增加，而過表達LINC00926后，MDA-MB-231細胞中PGK1的表達***降低(圖1H)。這些結果表明，LINC00926下調PGK1的表達，可能與PGK1介導的乳...

7）SsD克服了m6A介導的白血病對酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性 由于FTO抑制使耐藥細胞對酪氨酸激酶抑制劑（TKI）***敏感，我們檢測了SsD對TKI耐藥細胞的療效。我們發現SsD聯合尼洛替尼或PKC412在降低細胞活力方面更有效(圖7A)，這表明SsD***抑制了Kas-1NR和MV4-11PR細胞的增殖。細胞的分子特征也顯示TKIS介導的m6A低甲基化被挽救(圖7B-C)。雖然SsD沒有改變Kas-1NR和MV4-11PR細胞中ALKBH5、METTL3、YTHDF2的蛋白水平(圖7D)，但TKI上調的m6A相關基因MerTK、BCL-2和STAT3的表達受損(圖7E)。與上述結...

這些明確的造血干細胞在妊娠后4周(pcw)首先在胎兒肝臟定植，并在那里大量擴張。在10.5 pcw時，造血部位再次轉移到骨腔(即骨髓[BM])，成人造血在此處長久建立。人們認為，***批在骨髓中播種的造血干細胞在其增殖和分化特性發生戲劇性變化之前，會繼續快速增加數量，以適應高產量分化子代的需要。 歷史上，造血系統的分化過程被描述為一系列中間步驟，由細胞表面標記物(即分化簇[CD])定義。在這個模型中，造血干細胞通常表現為造血樹，造血干細胞產生了越來越多的譜系限制性細胞類型，**終導致成熟的血細胞。這種模式在過去的5年里發生了改變，一些研究報告了數千個單個造血細胞的轉錄組，這些細胞被細...

2021年6月，在Oncogene雜志上發表了文章“Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells..”。此報道通過運用了一種強大的染色質導向蛋白質組學方法，稱為ChIP-SICAP，揭示去勢抗性前列腺*(CRPC)細胞中內源性AR周圍染色質蛋白網絡(染色質蛋白網絡)的組成。在CRPC細胞雄***信號通路的背景下，進一步研究了與AR相關蛋白作用的染色質重塑者SMARCA4和SIM2。通過整合ChIP-seq、RNA-seq、ATAC...

在Fth- KO小鼠中， TBI后褪黑素對神經的保護作用被**取消 為了進一步探索神經元Fth的喪失是否影響褪黑素對TBI誘導的鐵死亡的影響，測量了鐵死亡的幾種假定的生物標志物。發現***KO小鼠上皮層非血紅素鐵的水平沒有影響。令人驚訝的是，盡管褪黑素***的和未***的Fth -KO小鼠的Tfr1 mRNA和蛋白表達水平沒有顯著差異，但是在褪黑素***的小鼠中，觀察到Fpn mRNA和蛋白表達水平顯著增加Fth- KO小鼠。值得注意的是，與未***的Fth- KO小鼠相比，用褪黑素***Fth- KO小鼠未能顯著改變mRNA（Slc7a11，Ptgs2）和蛋白質（xCT，Cox2、...

5）NOX4的升高通過抑制人類星形膠質細胞線粒體呼吸和ATP的產生來促進線粒體代謝的損傷，從而促進氧化應激 我們研究了AD期間NOX4升高誘導受損星形膠質細胞氧化應激的潛在分子機制。與對照組相比，NOX4過表達***抑制了OCR的基礎水平，且***降低了寡霉素和FCCP作用下的OCR水平(圖5A和B)。接下來，我們研究了NOX4上調對人類星形膠質細胞線粒體呼吸途徑調控的分子靶點。我們分析了包括NADH在內的5種線粒體ETC蛋白復合物的水平(圖5C)。與OCR水平一致，與對照組相比，NOX4過表達***抑制了5種線粒體氧化磷酸化酶復合物的蛋白水平并***減少ATP的產生(圖5D)。免疫...

6）Pex衍生的CD44v6和C1QBP的高表達預示著PDAC患者的肝轉移和低生存率采用免疫組化和westernblot檢測肝轉移灶周圍肝組織和正常肝組織的纖維化ECM微環境。與體內實驗一致，纖維連接蛋白、I型膠原和α-SMA水平***升高，而玻連蛋白和固生蛋白C水平下調(圖7A，B)。接下來，我們研究了外泌體衍生CD44v6和C1QBP在PDAC患者中的預后價值。外泌體CD44v6和C1QBP在PDAC組織中的表達明顯高于正常胰腺組織(圖7C)。此外，有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者(圖7C)。免疫電鏡顯示，CD44v6和C1QBP在P...

生物發光成像結果顯示，在circACTN4過表達組中檢測到更強和更多的生物發光信號，而circACTN4沉默組中的小鼠與對照組相比顯示出更少的生物發光轉移數量。與對照組相比，circACTN4 過表達組的小鼠總體存活率較低，肝轉移范圍更廣。***，我們通過 IHC 確定了 circACTN4 對其靶蛋白 MYC、下游細胞周期相關蛋白 CDK4 和 CCND2 以及細胞增殖相關蛋白 Ki67 的影響。結果表明，circACTN4的上調可以增加**組織中MYC、CDK4、CCND2和Ki67的表達，而circACTN4的沉默降低了這些蛋白質的表達水平。綜上所述，上述結果進一步證明了circACTN...

并同年在同期刊中發表，遷移體在斑馬魚原腸胚形成中影響***形態發生，Tspan4a和Tspan7（遷移體生成相關基因）突變體斑馬魚的***形態發生受損，并闡明遷移體誘導胚胎細胞至正確的位置，從而影響***形態發生[5]。2019年俞立團隊還發表了關于遷移體標志物的文章[6]，該文章闡明了人血清中存在遷移體；與外泌體相比，遷移體中存在四種特異性蛋白：NDST1、EOGT、PIGK和CPQ。 2021年5月，俞立團隊在Cell期刊（IF=38.637）上發表文章，文章主要講述在外界刺激下，細胞中受損的線粒體外排至遷移體中[7]。同年6月，俞立團隊利用斷層成像技術研究不同物種的大規模細胞遷...

質膜塑造并保護真核細胞免受周圍環境的影響，對細胞生命至關重要。盡管重新密封受損膜的初始修復機制已經很好地建立，但關于細胞如何在重建受損膜后恢復體內平衡知之甚少。今年7月發表于《SCIENCE ADVANCES》的一篇研究表明，細胞通過***與巨胞飲作用相關的蛋白質來響應質膜損傷，特別是在受損的膜上。在膜重新密封之后，細胞形成源自修復部位的、LC3B蛋白陽性的胞吞小體。此過程**于 ULK1、ATG13 和 WIPI2，但依賴于 ATG7、p62 和 Rubicon。內化的胞吞小體在細胞質中收縮，可能是通過滲透排出，并**終與溶酶體融合。這是一種與非經典自噬相結合的巨胞飲作用，研究者將其稱為 L...

外周血單個核細胞(PBMCs)梯度離心純化是研究人體免疫健康和疾病的臨床相關細胞的主要來源。像大多數其他人體組織一樣，PBMC是一種復雜的、異構的細胞類型混合物，來源于共同的干細胞祖細胞。盡管不同的PBMC細胞類型之間的基因組大部分是不變的，但每種免疫細胞類型執行重要的和不同的功能。理解控制細胞系規范、細胞成熟、***狀態和響應細胞內外信號的功能多樣性的基因組調控景觀，是理解健康和疾病中的免疫系統的關鍵。 **近單細胞基因組方法的改進使復雜細胞類型混合物的調控染色質景觀的輪廓成為可能。特別是，基于液滴的單核或單細胞轉座酶可及染色質分析(snATAC-seq, scATAC-seq, ...

C.為了評估這種差異對每種方法獲得的數據的影響，在TSS和CTCF轉錄因子結合位點附近覆蓋了Tn5足跡。在透性細胞中，TSS的信號被保留，但是與孤立的核相比，TSS的側翼位置(被鄰近的核小體占據)的信號減少了 D.用白細胞分離純化的pbmc比用Ficoll梯度離心純化的pbmc始終具有更高的FRIP評分和更少的非細胞條形碼。 E.F.FACS獲得的完整通透細胞具有比較高的frp和FRITSS評分，**少的非細胞條形碼和比較大的細胞捕獲效率，線粒體閱讀量*略有增加. 文章檢測了小鼠腸系膜淋巴結(MLN)中的Th17細胞（與結腸炎癥密切相關）。上海Notch信號靶標科研PI3K-A...