四、HSCT前通過腸道微生物組成預測急性GvHD 嚴重性 基于機器學習，hsct前腸道微生物群組成預測aGvHD嚴重程度。A.在0級aGvHD患者中，12個**豐富的家族隨著時間的推移在腸道中的相對豐度。B.svmLinear模型識別出的前20個預測腸道ASV的重要性圖，其重要性得分表明，如果將各自的ASV排除在模型之外，預測精度會平均下降。**終的交叉驗證svmLinear模型從腸ASVspreHSCT的豐度中預測了aGvHD(0IvsIIIV)，準確率為86%(95%CI:65-97%)。通過Boruta特征選擇確認的asv用星號表示。 結腸炎也會導致促炎細胞因子或趨化因子的增加...

女性生殖系統的疾病即為婦科疾病，包括外陰疾病、陰道疾病、子宮疾病、輸卵管疾病、卵巢疾病等。婦科疾病是女性常見病、多發病。但由于許多人對婦科疾病缺乏應有的認識，缺乏對身體的保健，加之各種不良生活習慣等，使生理健康每況愈下，導致一些女性疾病纏身，且久治不愈，給正常的生活、工作帶來極大的不便。 英拜生物推出的婦科疾病風險評估檢測通過風險評估模型來評估個體疾病的發病風險，其意義在于趨利避害，用于進行個性化健康管理：個性化保健、個性化用藥、個性化預防、個性化體檢及采取個性化的行為生活方式等，**終達到遠離婦科疾病的目的。 英拜提供春節回家探親車費補貼。湖北細胞周期甲基化科研 總之，SLE...

點擊該結構的圖像可以獲得放大的圖像。為了幫助用戶精細化搜索，PROTAC-DB還包含基于物理化學的過濾工具屬性(例如分子量、log P、log S、拓撲極性表面積)，包含了搜索結果中每個屬性的最小值和最大值。對于PROTAC，除了二維結構、化合物ID和靶蛋白外，數據表中還顯示了生物活性，包括降解能力、結合親和力和細胞活性。該數據表可以根據生物活動的值進行排序。對于彈頭和E3配體，搜索結果中只顯示了初始結構。修改后PROTAC中的結構匯總在其相應的詳細信息頁面中。此外，數據表中還顯示了初始結構的生物活性。同樣，也可以根據這些標準對數據表進行排序。對于Linker，數據表中只顯示了2D結構、化合物...

四、原始和committed亞型的免疫表型 我們采用質譜耦合流式細胞儀(CyTOF)分析，在單細胞水平上探討9例原始AML npm1突變和8例committed npm1突變的患者的免疫表型差異。我們使用細胞術(diffcyt)27管道來計算定義具有相似高維表型的細胞群(免疫表型簇)。每個免疫表型聚類映射到二維t-隨機近鄰嵌入(t-SNE)圖上的離散區域(圖4A;補充圖20、21)，證實它們表達不同的免疫表型。分析顯示，七種不同水平的CD45和造血祖細胞標記物(CD34, CD38)或骨髓單核細胞分化標記物(CD33, CD14, CD11c, CD16, HLA-DR)的惡性免疫表...

磷酸甘油酸激酶1 (PGK1)是糖酵解途徑的重要組成部分，與多種**的發***展有關。然而，PGK1抑制劑在*細胞中的抑制機制和生理意義尚不清楚。因此，***給大家介紹于2021年4月發表于“Molecular Therapy”（IF=8.986）的文章“FOXO3A-induced LINC00926 suppresses breast tumor growth and metastasis through inhibition of PGK1-mediated Warburg effect”。在這里，我們鑒定了一個負調控PGK1表達的lncRNA LINC00926，并預測乳腺*良好的臨床...

6.分析hubgene與臨床免疫指標的相關性根據cBioPortal數據庫、TIMER數據庫對上述6基因進行進一步分析，并且計算了與CD8+T細胞浸潤水平的相關性，發現METTL8，HSPB3和ERLIN2）浸潤水平之間的***相關。 7.鑒定預后標志物通過基于GENT2數據庫的Meta生存分析，分析了METTL8，HSPB3和ERLIN2。結果表明，METTTL8和HSPB3的有較大的預后價值。使用Kaplan–Meier檢測了METTL8，HSPB3和ERLIN2的預后價值，結果表明METTL8和ERLIN2與負面預后***相關。接下來，選擇METTL8作為預后的生物標志物，以進...

Fth -KO小鼠易患TBI引起的鐵死亡 為了進一步研究神經元Fth在TBI誘導的鐵死亡中的作用，首先研究了神經元Fth在TBI誘導的皮質鐵超負荷中的作用。與對照小鼠相比，Fth- KO小鼠在TBI后受損皮層和血清中出現了更嚴重的鐵過載。Fth- KO小鼠的皮質非血紅素鐵水平更高，并且Fth- KO小鼠Tfr1表達沒有明顯變化，而Fpn表達卻明顯降低。然后，在Fth- KO小鼠皮質的SLC7A11 mRNA***增加和PTGS2 mRNA無***變化。WB分析顯示XCT的***增加。th-KO小鼠在第1天之后TBI在降低皮質GSH水平F，相對于對照小鼠。發現TBI后3天，Fth-KO...

在確定了UCP1與AKI中的脂質積累負相關后，我們試圖闡明其潛在的關系。首先，我們使用UCP1特異性過表達慢病毒載體和UCP1激動劑CL316243構建UCP1上調的細胞模型(圖3A)。如圖3B所示，UCP1過表達***降低了順鉑暴露HK2的脂質積累。UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結果。這些結果表明，UCP1參與了AKI中脂質積累的調節。為了進一步驗證這一調控關系，提高證據的可靠性，我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達腺病毒的方法建立AKI過表達UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過表達UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質積累(圖3E)。***，使用UCP1...

6）Pex衍生的CD44v6和C1QBP的高表達預示著PDAC患者的肝轉移和低生存率采用免疫組化和westernblot檢測肝轉移灶周圍肝組織和正常肝組織的纖維化ECM微環境。與體內實驗一致，纖維連接蛋白、I型膠原和α-SMA水平***升高，而玻連蛋白和固生蛋白C水平下調(圖7A，B)。接下來，我們研究了外泌體衍生CD44v6和C1QBP在PDAC患者中的預后價值。外泌體CD44v6和C1QBP在PDAC組織中的表達明顯高于正常胰腺組織(圖7C)。此外，有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者(圖7C)。免疫電鏡顯示，CD44v6和C1QBP在P...

在MAD1與未連接的動點結合后，MAD2從開放的構象狀態(O-MAD2)轉化為封閉的構象狀態(C-MAD2)， SAC信號被緊密調控和放大。MAD2的構象變化啟動了它與CDC20的結合。為了直接測試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關聯，進行了競爭性pull-down實驗來測試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/ MAD1結合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結合肽1 (MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽，它取消了MAD2- rit1的結合。評估了RIT1與O-或c -狀態穩定的MAD2突變體的結合(圖4C)。用過量的RIT1...

二、YTHDF1缺乏可抑制胃*進展和轉移 YTHDF1在不同胃*細胞株中的蛋白表達水平，遠高于正常胃腺細胞GES-1。為了進一步探討YTHDF1在胃*中的作用，采用了胃*細胞系、細胞系來源的異種移植(CDX)和PDX模型(圖2A)。首先，通過產生兩種穩定的shRNA表達人胃*細胞株MGC-803和HGC-27，研究了YTHDF1的抑制作用，這兩種細胞株在所有被檢測的胃*細胞株中YTHDF1的表達相對較高(補充圖S2B)。YTHDF1基因敲除確實降低了胃*細胞的增殖(圖2B)。此外，在MGC-803和HGC-27細胞中YTHDF1敲除降低細胞的遷移和侵襲能力(圖2C)。隨后通過皮下注射...

circACTN4 和 FIR 與 FUBP1 競爭結合 推測circACTN4可以與FUBP1競爭性結合并阻止FIR與FUBP1結合以促進 MYC的轉錄和表達。為了進一步驗證提出的假設，qRT-PCR檢測了BC和匹配組織中FIR的表達，與正常相鄰組織相比，BC組織中FIR的表達顯著下調。Pearson相關分析表明，FIR的表達與BC組織中circACTN4、FUBP1和MYC的水平呈負相關。免疫共沉淀試驗結果表明，在過表達circACTN4的BC細胞的FUBP1-共免疫共沉淀物中未發現明顯的FIR蛋白帶，而在circACTN4被敲低后，通過蛋白質印跡在共免疫共沉淀物中明顯檢測到FI...

2）USP35敲除促進肺*細胞的鐵死亡 我們研究了shUSP35介導的**抑制是否可歸因于細胞死亡的誘導。如圖2A，B所示，用Nec-1，Z-VAD和CQ***以抑制壞死、凋亡和自噬并不影響細胞凋亡，表明可能涉及其他形式的細胞死亡。鐵死亡是一種新的調節性細胞死亡，它與包括肺*在內的**生長的發病機制有關。因此，我們使用兩種鐵死亡抑制劑，Fer-1和Lip-1，探索了鐵死亡是否導致USP35沉默后的肺細胞死亡。如圖2A，B所示，鐵死亡抑制阻斷了H460和H1299細胞中shUSP35介導的細胞死亡。在shUSP35***的細胞中，集落形成被抑制，但被Fer-1和Lip1破壞(圖2C)。...

再次從老年和年輕小鼠中分離BMSCs，Dil染色劑標記后體外增殖，脛骨內注射到另一批年輕小鼠中，三天后收獲脛骨對成骨標志物Runx2進行熒光免疫染色。發現老年BMSCs處理的小鼠中Dil標記細胞降低，表明老化過程中OPCs向骨形成表面的遷移能力降低。大部分遷移到骨形成表面的Dil標記細胞表達Runx2，表明OPCs遷移到骨形成表面發生成骨分化，有助于體內骨形成。與年輕BMSCs相比，老年BMSCs的體外遷移能力明顯受損，Macf1***下調，從Macf1基因位點轉錄而來的長鏈非編碼RNA PMIF（即lnc-PMIF）表達***增高。上述提示，衰老過程中小鼠骨形成的減少伴隨著OPCs向骨形成表...

將人臍靜脈內皮細胞(HUVECs)與鼻咽*細胞分離的EVs共培養后，通過Transwell室系統和matrigel基血管生成實驗評估其遷移、侵襲和血管樣管形成。使用體內Matrigel血管生成模型檢測EVs的促血管生成活性以及候選microRNA 。結果表明，與鼻咽*正常組織相比，鼻咽*組織中miR-144水平上調，且與CD31的表達呈正相關。此外，miR-144在鼻咽*細胞EVs中高度富集，**終增強HUVECs和血管樣管在體內和體外的遷移和侵襲。值得注意的是，miR-144通過抑制靶基因FBXW7和促進轉錄因子HIF1α依賴的血管內皮生長因子(VEGF-A)。綜上所述，本研究強調了miR-...

IGF2BPs是circNDUFB2的下游功能性蛋白 IGF2BPs是致*蛋白，circNDUFB2可降低IGF2BPs的穩定性，推測IGF2BPs介導circNDUFB2對NSCLC進展的影響。IGF2BPs過表達***增加了A549細胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。IGF2BPs敲除***降低H1650細胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。這些結果證實IGF2BPs是NSCLC的促瘤因子。隨后，觀察到IGF2BPs過度表達*部分恢復了circNDUFB2過度表達減少的遷移和侵襲能力以及集落形成能力，表明circNDUFB2部分通過降解IGF2BPs發揮**抑制作用。盡管cir...

4）LINC00926通過增強STUB1介導的泛素-蛋白酶體途徑調節PGK1蛋白的穩定性 亞細胞定位結果顯示，LINC00926主要定位于細胞質，FISH實驗進一步證實了這一點(圖4A和4B)。結合LINC00926沒有改變PGK1mRNA水平的事實，我們推測LINC00926在轉錄后水平下調了PGK1的表達。事實上，蛋白酶體抑制劑MG132的加入阻斷了LINC00926過表達介導的PGK1降解，這表明泛素-蛋白酶體途徑參與了LINC00926對PGK1蛋白穩定性的調節(圖4C)。LINC00926過表達增加PGK1泛素化(圖4D)。下調LINC00926基因后，PGK1蛋白水平升高...

YTHDF1水平的降低導致MGC-803移植**的**進展延遲(補充圖S2D和S2E)；與對照組相比，YTHDF1缺陷**的重量和體積***減少(圖2D)。因此，在YTHDF1缺陷**中，增殖標記物Ki-67下調，凋亡標記物cleavedcaspase-3上調(圖2E)。通過兩種轉移模型探討YTHDF1是否參與了胃*的體內轉移。尾靜脈注射MGC-803-sicontrol細胞導致肺轉移，而注射MGC-803-siYTHDF1l細胞幾乎完全消除轉移淋巴結的形成。***建立了PDX模型，發現敲除YTHDF1抑制了**的生長和重量。上述結果表明YTHDF1在胃*發生中起重要作用。英拜潤色的標書的中標...

采用半定量方法對γH2AX免疫反應性進行評分(表1)。Pten+/+;MMTVneu**一般很少表達γH2AX(圖1B)。所有Pten398A/398A;MMTVneu樣本均為γH2AX強陽性，表明更高水平的基因組不穩定性(圖1B, C)。我們通過對**樣本的western blot分析證實了這些結果，結果顯示Pten398A/398A;MMTVneu**比Pten+/+;MMTVneu**表達更高水平的γH2AX(圖1D, E)。通過對Ki-67進行免疫組化來評估**的增殖指數，Ki-67是常規病理中***使用的標志物。兩種基因型Pten+/+**的Ki67免疫反應性無***差異;MMTVn...

以上數據提示，miR-934異常高表達與結直腸***進展及肝轉移***相關。生存分析顯示，與miR-934表達較低的患者相比，miR-934表達較高的患者總生存期(OS)和無病生存期(DFS)較低（Fig.1f,g）。因此，在CRLM患者中，miR-934高表達與CRLM進展和預后不良呈正相關。 2、miR-934存在于CRC細胞衍生的外泌體中 miR-934在HCT-8和LoVo的CM中的表達***高于其它細胞（Fig.2a）。隨后，研究發現HCT-8和LoVo的CM中miR-934的表達***高于細胞核和細胞質（Fig.2b,c）。并且，miR-934在CM中的表達不隨RN...

ChIP分析結果表明，高濃度si-circ#2轉染后FIR和FUSE的結合水平高于低濃度si-circ#2轉染后FIR和FUSE的結合水平。此外，沉默 FIR 顯著增強了 MYC 的表達，而過表達 FIR 通過 qRT-PCR 和 BC 細胞中的蛋白質印跡降低了 MYC 的水平。OE-FIR 或 sh-FIR 與 circACTN4 或 si-circ#2 共轉染后，我們發現過表達 FIR 可以逆轉 circACTN4 對 MYC 表達的增強作用，而 FIR 敲低可以抵消下調的抑制作用qRT-PCR 在 MYC 水平上檢測到 circACTN4。總之，這些結果表明circACTN4可以抑制FI...

為了檢測補充NAD + 是否可以糾正IFNα刺激的下游效應，用1 mM β-煙酰胺單核苷酸(NMN)培養CD8 + T細胞以恢復NAD +/NADH比值（圖6e）。然后，評估了用抗CD3/CD28再刺激后的氧化反應和細胞活力。補充NMN的NAD + 增加了OCR（圖6f），但未增加ECAR，表明線粒體能力增加。重要的是，通過NMN處理恢復NAD + 的可用性改善了IFNα延長和TCR刺激后的細胞活力（圖6 g），表明NAD途徑調節這些活化的人CD8 + T細胞中的線粒體適應性和細胞存活率。總之，這些數據表明，在人TCR刺激的CD8 + T細胞中，延長IFNα暴露增加了NAD + 的消耗，并降低...

與CD44v6敲低實驗的結果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(圖6H)。過表達C1QBP并沒有上調α-SMA的表達(圖6I)。同時過表達CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉了Pex誘導的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內注射肝轉移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6- kd或C1QBP- kd的Pex組小鼠的肝轉移減少。這些結果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用...

以上數據提示，miR-934異常高表達與結直腸***進展及肝轉移***相關。生存分析顯示，與miR-934表達較低的患者相比，miR-934表達較高的患者總生存期(OS)和無病生存期(DFS)較低（Fig.1f,g）。因此，在CRLM患者中，miR-934高表達與CRLM進展和預后不良呈正相關。 2、miR-934存在于CRC細胞衍生的外泌體中 miR-934在HCT-8和LoVo的CM中的表達***高于其它細胞（Fig.2a）。隨后，研究發現HCT-8和LoVo的CM中miR-934的表達***高于細胞核和細胞質（Fig.2b,c）。并且，miR-934在CM中的表達不隨RN...

三、原始表型和染色質可及性 雖然基因表達反映了細胞身份的活躍狀態，但順式調節元件(cre)，包括啟動子和增強子，是決定細胞命運的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會根據其順式調控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉座酶可達染色質測序(ATAC-seq)可達染色質區域，以CREAM方法鑒定的**為重點，根據表達譜對AML樣本進行聚類，但有一個例外(圖3A)。我們的研究結果表明，啟動子區形成了**(啟動子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結合位點基模只富集在原始...

2、HMH-exo增強低轉移性HCC細胞系的轉移潛力 為了探究HCC轉移時外泌體在細胞與細胞串擾中的可能作用，作者實驗HMH-exo預處理低轉移性的HCC細胞系。結果發現，與LMH-exo或者PBS預處理組相比，HMH-exo***增強了低轉移性HCC細胞系的轉移能力；隨后作者使用低轉移性HCC細胞系構建了體內原位異種移植瘤模型，成瘤后使用外泌體***6周，***檢測肝臟**和肺轉移，結果顯示與其它組相比，HMH-exo組的肝臟**更大，肺轉移結節更多。（圖2）。這些結果表明HMH-exo可以在體內外增強低轉移性HCC細胞的轉移能力。 結腸炎也會導致促炎細胞因子或趨化因子的增加。湖北...

10）M1-Exos在bEnd.3細胞中通過miR-155/SOCS6/p65軸上調ROS水平，損害線粒體功能 我們進行了一系列功能喪失和功能獲得實驗來研究miR-155/SOCS6/p65軸在調節線粒體功能中的作用。如圖10A-E所示，SOCS6過表達消除了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos誘導的ROS水平(圖10A和B)、線粒體超氧化物含量(圖10C和D)和線粒體電位(圖10E)的升高。此外，SOCS6過表達***緩解了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos處理后的線粒體腫脹，并降低了線粒體碎片細胞的比例(圖10F和G)。進一步的結果表明，...

顯微圖像補充了流式細胞術數據，顯示在來IFN-High的SLE的CD8+T細胞中，線粒體在形態上與IFN-Neg的SLE患者不同，在IFN-HighCD8+T細胞中，每個細胞的平均線粒體總體積更大(圖2e)。綜上所述，這些數據表明，在SLE患者中，長期暴露IFNα可能會觸發CD8+細胞的線粒體變化，但不會觸發CD4+和T細胞的線粒體變化，這可能導致代謝紊亂的細胞，對其功能具有潛在的影響。 3、來自IFN-High的SLE患者的CD8+T細胞的SRC減少 接下來比較了從SLE患者和HC外周血分選的離體CD4+和CD8+T細胞的線粒體呼吸和有氧糖酵解。使用Seahorse細胞外通量...

3）APP/PS1小鼠大腦皮質區受損星形膠質細胞中NOX4水平升高 我們研究了NOX4在APP/PS1雙轉基因AD小鼠星形膠質細胞損傷中的作用。我們使用免疫熒光染色檢測APP/PS1小鼠和野生型小鼠皮質GFAP陽性星形膠質細胞中NOX4的蛋白水平。免疫熒光染色顯示，APP/PS1小鼠皮質區GFAP陽性星形膠質細胞中NOX4陽性染色強度高于WT小鼠(圖3A和B)。與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠中NOX4與GFAP亞細胞共定位陽性的受損星形膠質細胞數量***增加(圖3C)。這些結果提示APP/PS1小鼠星形膠質細胞受損時NOX4蛋白水平升高。 英拜跟客戶形成產學研合作模式。細胞發育與...

利用METABRIC數據集，我們評估了1459例ER+乳腺*中17個常見Wnt/β-catenin通路基因的表達，包括幾個Wnt靶基因(圖7a)。為了確定INPP4B是否促進PI3K和Wnt/β-catenin通路之間的對話，我們用增加劑量的PI3K抑制劑BKM120(0.5和1 M)處理gfp載體和GFPINPP4B MCF-7細胞，并測量Wnt靶基因AXIN2、LEF1和MYCN的mRNA表達(圖7b d)。在gfp載體細胞中，低劑量的BKM120對Wnt靶基因表達的影響**小，而高劑量的Wnt基因表達降低。在GFP-INPP4B表達細胞中，低濃度的BKM120部分挽救了Wnt基因表達的增...