值得注意的是，與對照組相比，NOX4的升高增加了鐵的積累，這是鐵死亡的特異性標志(圖7D)。接下來，我們使用3D分析儀分析NOX4上調后人星形膠質細胞細胞毒性的形態學變化(圖7E)。相對于對照，NOX4的升高誘導了細胞毒性的形態學特征，包括細胞質面積縮小和起泡(圖7E)。此外，與對照組相比，NOX4升高后，形態死亡細胞數量***增加(圖7F)。與形態學分析結果一致，相對于對照，NOX4的升高***增加了細胞毒性水平(圖7G)。這些結果表明，NOX4通過氧化應激誘導的人星形膠質細胞脂質過氧化促進了鐵死亡。 結論：NOX4通過線粒體代謝損傷，氧化應激誘導的脂質過氧化作用促進星形膠質細胞的...

5、MAO-A阻斷**免疫***-小鼠**模型研究 MAO-A作為TAM免疫抑制極化的關鍵調控因子的鑒定使得MAO-A成為**免疫***的一個有前途的藥物靶點。由于已知的MAO-A在大腦中的功能，小分子MAOIs已經被開發和臨床用于***各種神經系統疾病，使其成為一種高度可行和有吸引力的方法來重新利用這些已建立的MAOI藥物用于**免疫***。在體外IL-4/IL-13誘導WTBMDM極化培養中（圖5a），添加多種MAOIs可以有效降低BMDM中的ROS水平，抑制它們的免疫抑制極化和基因（圖5b-e）。值得注意的是，圖5a測試的MAOIs包括苯乙肼、克勞吉林、莫氯比胺和吡吲哚，涵蓋了...

1）DRD2通過啟動子甲基化在轉錄上下調 為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達明顯下調(圖1A)。免疫組化染色發現，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調，并且在BrCa中DRD2啟動子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據Kmplot，DRD2的高表達促進了BrCa患者的更長的生存期，這也在HER2陽性基因型患者中可見。但這一優勢在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據RT-PCR和MSP結果，幾乎所有...

以上數據提示，miR-934異常高表達與結直腸***進展及肝轉移***相關。生存分析顯示，與miR-934表達較低的患者相比，miR-934表達較高的患者總生存期(OS)和無病生存期(DFS)較低（Fig.1f,g）。因此，在CRLM患者中，miR-934高表達與CRLM進展和預后不良呈正相關。 2、miR-934存在于CRC細胞衍生的外泌體中 miR-934在HCT-8和LoVo的CM中的表達***高于其它細胞（Fig.2a）。隨后，研究發現HCT-8和LoVo的CM中miR-934的表達***高于細胞核和細胞質（Fig.2b,c）。并且，miR-934在CM中的表達不隨RN...

再生胰腺中胰腺巨噬細胞的動態轉錄組譜 為了進一步了解AP恢復過程中巨噬細胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細胞用于RNA-seq分析。顯著性差異表達基因繪制熱圖。為了評估這些基因簇的功能，使用網絡工具DAVIDGeneOntology(GO)進行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1特征簇）高度表達的基因特別富集炎癥反應和CCR2依賴性趨化性。簇25和27包含在ADM階段（第3天）高表達的基因，具有不同的表達模式和功能，表明該階段的巨噬細胞異質性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號通路相關的基因在簇27中富集，而與細胞周期相關的基因在簇25中富集。 英拜...

2021年6月，***一篇發表在Nat Immunol.（IF=25.600）的文章（Mitochondrial stress induced by continuous stimulation under hypoxia rapidly drives T cell exhaustion.）當**內衰竭T細胞經歷嚴重缺氧時，他們假設代謝應激會改變其對其他信號的反應，特別是持續的抗原刺激。在體外，盡管單獨經歷連續刺激或缺氧的CD8 + T細胞分化為功能性效應物，但這種組合迅速驅動了與衰竭一致的T細胞功能障礙。連續刺激促進了Blimp-1介導的PGC-1α依賴性線粒體重編程阻遏作用，使細胞對缺氧的...

進一步檢測S100A4的功能，結果顯示敲除S100A4***降低高轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力，過表達S100A4則***增強低轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力（圖3d）。然后作者收集了S100A4敲除和S100A4過表達的HCC細胞的外泌體，結果得到了類似的結論，S100A4過表達外泌體***增強HCC細胞的遷移和侵襲，以及體內肺部轉移的能力（圖3e-f）。這些結果證實了外泌體S100A4具有增強HCC細胞轉移潛力的功能。 4、外泌體S100A4通過STAT3磷酸化***OPN轉錄 接下來探究了S100A4的作用機制，首先選擇了21個**干性相關基因，然后下載了GEO...

circACTN4的表達與年齡（P ?= 0.036）、T（P ?= 0.001）、N（P ?= 0.001）和TNM分期（P < 0.001）呈正相關，但與分級無關。利用ISH檢測包含240個 BC組織的組織芯片確定circACTN4的表達。Kaplan-Meier生存分析顯示，circACTN4高表達患者的總生存期比circACTN4低表達患者的總生存期短。circACTN4的表達與T分期、N分期和TNM分期呈正相關。Cox 比例風險模型評估 circACTN4 的預后價值。結果顯示circACTN4的過表達是BC患者預后不良的**預測因子（HR = 4.566，P <0.001）。cir...

在缺氧條件下的持續***誘導不同的細胞內程序 已知的缺氧信號靶點BNIP3在缺氧下升高，mTORC1在持續刺激下被***(圖3a)。從這四種條件中獲得的RNA序列被用來比較培養物和之前公布的數據之間的轉錄組。主成分分析顯示，所有四個群體的轉錄組都不同(圖3b)。缺氧條件下的持續刺激并沒有誘導持續刺激和缺氧誘導基因的組合，而是驅動了一個不同的轉錄譜(圖3c）。基因本體論表明，連續刺激條件之間共享的基因簇與負調控和代謝變化相關(簇3和簇5)(圖3b)。與缺氧條件下持續刺激相關的基因(聚類1和7)主要由抗病毒和抗增殖基因驅動。 METTL14上調促進胰腺*生長和轉移。代謝綜合癥MS鼠模型科...

三、放線菌和鏈球菌的不同譜系臨時區分口腔微生物群 tree-based sparse LDA在口腔中識別出了10個分支，共71個asv，沿***軸的時間點分離樣本比較好(圖3B)。asv的兩個比較大的區分組隸屬于放線菌科和鏈球菌科(圖3B)。放線菌ASV 18(放線菌ASV 18)和鏈球菌ASV 28 (Streptococcus ASV 28)的ASV數量**多，且其16S rRNA部分基因序列分別與粘放線菌(放線菌)和鏈球菌(Streptococcus mitis)類群具有較高的序列相似性。另一種鑒別asv分別隸屬于普雷沃菌科(Prevotellaceae)和桿菌科(Bacill...

為了在體內檢測這些效應，我們將Kas-1尼洛替尼耐藥細胞移植給裸鼠。細胞接種后，為了保持耐藥表型，我們繼續每周兩次腹腔注射尼洛替尼，直到**體積接近100mm3。然后，隨機分組給予次優劑量的SsD(圖7H)。SsD本身略微減緩了耐藥**的生長(圖7I和7J)。在機制上，我們觀察到mRNAm6A甲基化的總體增加(圖7K)。 結論：我們的研究揭示了FTO/m6A修飾信號之間之前未被認識到的聯系，并闡明了SsD在AML中的功能。該研究可能為靶向FTO/m6A的表轉錄組提供一個有前途的策略，并突出柴胡皂甙***白血病的臨床潛力。 英拜的高通量測序服務質量。成都hippo信號通路芯片科研 為...

HOXBLINC的缺失擾亂了NPM1c+介導的轉錄程序和白血病發生 隨后鑒定了NPM1c+AML和NPM1cWTAML病人中的差異表達基因，與WT相比，有871個下調基因和980個上調基因，包括HoxBlinc和NPM1c+的特征基因HoxB2-5，HoxA7,9-11，Meis1，Runx1（圖1c）。然后，通過RNA-seq分析比較了對照組和HOXBLINCi細胞的全基因組轉錄組變化。一致地，NPM1c+細胞表現出HOXBLINClncRNA和常見的NPM1c+AML標記基因的高表達(圖1d)。有趣的是，在OCI-AML3細胞中抑制HOXBLINC***抑制了許多NPM1c+標志...

8、CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR-934正反饋環路在CRLM期間介導M2巨噬細胞和CRC細胞之間的相互作用 如Fig.8a所示，WB顯示，與對照組相比，SW480和RKO細胞中，CXCL13促進p65磷酸化，NFκB、MMP2和MMP9的表達上調而IκBα的表達下調。CXCR5表達下調可部分減弱CXCL13的增強作用。此外，PMA處理的THP-1細胞用miR-934mimics預處理，然后與SW480細胞或RKO細胞與anti-CXCL13抗體共培養，或與shCXCR5共培養。我們發現CRC細胞中的anti-CXCL13抗體或CXCR5敲低可以抑制miR-934...

3）RIC8A與circPDE4B相互作用，參與OA 為了鑒別與circPDE4B相互作用的蛋白，我們采用RPD-MS(圖3A)，共鑒定出112個與circPDE4B相互作用的蛋白(圖3B)，確定RIC8A。HCs中的RNA-蛋白共定位證實了RIC8A和circPDE4B之間的相互作用(圖3C)。RPD實驗表明，體外線性轉錄的circPDE4B能拉下重組RIC8A(圖3D)。然后，我們使用catRAPID工具預測circPDE4B和RIC8A的相互作用區域(圖3E)。為了識別預測的結合位點，我們將FLcircPDE4B截短為3個片段。據預測，RIP結果顯示有FL和S3被RIC8A拉下...

YTHDF1水平的降低導致MGC-803移植**的**進展延遲(補充圖S2D和S2E)；與對照組相比，YTHDF1缺陷**的重量和體積***減少(圖2D)。因此，在YTHDF1缺陷**中，增殖標記物Ki-67下調，凋亡標記物cleavedcaspase-3上調(圖2E)。通過兩種轉移模型探討YTHDF1是否參與了胃*的體內轉移。尾靜脈注射MGC-803-sicontrol細胞導致肺轉移，而注射MGC-803-siYTHDF1l細胞幾乎完全消除轉移淋巴結的形成。***建立了PDX模型，發現敲除YTHDF1抑制了**的生長和重量。上述結果表明YTHDF1在胃*發生中起重要作用。血清或尿液中尿酸濃度...

奧沙利鉑耐藥是結直腸*(CRC)患者***中的一個挑戰。調節性T細胞(Treg)以其免疫抑制作用而聞名，靶向Treg是提高化療敏感性的有效途徑。Treg是一種提高化學敏感性的有效方法。外泌體遞送的miRNA被用作預測化療敏感性的潛在生物標志物。然而，Treg和外泌體miRNAs之間的關系仍然很大程度上是未知的。本研究結果表明，**分泌的miR-208b通過靶向PDCD4促進Treg擴增，這可能與CRC中奧沙利鉑化療敏感性的降低有關本。這些發現突出了外泌體miR-208b作為奧沙利鉑***反應的預測生物標志物的潛在作用，并且它們是免疫***的新靶點。本研究于2021年4月發表于《Molecula...

2）整合單核RNA和ATAC數據集，用于預測和驗證ATAC細胞類型分配 snATAC-seq捕獲單個細胞的染色質可及性特征。相對而言，我們對細胞類型特異性染色質可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數據集使用標簽轉移來預測使用Seurat的snATAC-seq細胞類型。標簽轉移是通過從snATAC-seq數據創建一個基因活性矩陣來進行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動子內染色質可及性的方法。在參考snRNA-seq數據集和查詢基因活性矩陣之間識別轉移錨點，然后分配預測的細胞類型。snATAC-seq預測分數的分布表明，絕大多數細胞具有較高的預測分數，并被自...

同源異形盒(HOX)基因甲基化PCR芯片研究文獻中已經報道的態參與多細胞生物的發展的22個基因的啟動子甲基化狀態。HOX基因編碼一組包含同源結構域的轉錄因子，**初被描述為發育過程控制節段性模式。HOX基因的異常表達一直在各種類型的**中觀察到。雖然這些HOX基因已經被根據它們在多細胞生物發育中扮演的角色進行分類,它們在細胞系統中的真實功能仍待被發掘。利用這些芯片分析細胞或新鮮組織基因組DNA樣本有助于關聯CpG島甲基化狀態與生物表型。結果還可以提供洞察分化和發育或**形成背后的分子機制和生物學通路。利用這個芯片,通過簡單的限制性內切酶消化和實時定量PCR，就可以研究分析22個不同同源異型盒基...

肺*是**常被診斷的**之一，也是導致**死亡的主要原因，非小細胞肺*（NSCLC）約占肺*病例的85％。環狀RNA（circRNA）是一類共價閉合的單鏈RNA，與**的發展有關。***我們來看一篇發表在Nature Communications期刊的一篇文章，題名為：circNDUFB2 inhibits non-small cell lung cancer progression via destabilizing IGF2BPs and activating anti-tumor immunity。 circNDUFB2在NSCLC中被下調 通過circRNA芯片分析了三...

胰管腺*(PDAC)有明顯的肝轉移傾向。促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉移前微環境形成和轉移的關鍵。2021年4月發表于Gut（IF=19.819）的文章“Exosome-delivered CD44v6/C1QBP complex drives pancreatic cancer liver metastasis by promoting fibrotic liver microenvironment”對此進行了探究。本研究旨在探討PDAC來源的外泌體(Pex)調控肝臟微環境、促進轉移的潛在機制。Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物對于肝纖維化微環境和PDAC肝轉移的形成是必不可少的...

褪黑素不能挽救Fth 敲低HT-22細胞中機械性損傷引起的鐵死亡 為了進一步證實褪黑素對Tth小鼠在Fth- KO小鼠中的上述作用，將HT-22細胞系用siRNA轉染，然后在體外進行機械刮擦損傷。siRNA敲低Fth可以降低Fth的蛋白質水平。鑒于脂質過氧化是鐵死亡的標志，使用DCF和BODIRY 581/591 C11作為評估了溶質ROS。與對照組+刮擦損傷組相比，siFth +刮擦損傷組細胞的熒光強度顯著增加，表明siFth增強了HT-22細胞中機械刮擦損傷引起的ROS產生的上調。重要的是，與未經***的siFth組相比，用褪黑素處理siFth轉染的HT-22細胞未能顯著減少刮擦...

6）M1-Exos通過傳遞miR-155上調ROS水平，損害bEnd.3細胞線粒體功能 我們研究了外泌體miR-155與bEnd.3細胞中線粒體功能的關系。我們發現，與miR-NCOE-Exos相比，miR-155OE-Exos處理上調了ROS水平(圖6A和B)，線粒體超氧化物水平(圖6C和D)和線粒體電位(圖6E)；然而，miR-155KD-Exos處理則顯示了相反的結果(圖6A-E)。此外，miR-155OE-Exos可使線粒體腫脹更大，形態更短，線粒體碎片細胞比例更高，而miR-155KD-Exos可減輕線粒體腫脹(圖6F和G)。miR-155OE-Exos處理后的OCR、基礎...

Fth -KO小鼠易患TBI引起的鐵死亡 為了進一步研究神經元Fth在TBI誘導的鐵死亡中的作用，首先研究了神經元Fth在TBI誘導的皮質鐵超負荷中的作用。與對照小鼠相比，Fth- KO小鼠在TBI后受損皮層和血清中出現了更嚴重的鐵過載。Fth- KO小鼠的皮質非血紅素鐵水平更高，并且Fth- KO小鼠Tfr1表達沒有明顯變化，而Fpn表達卻明顯降低。然后，在Fth- KO小鼠皮質的SLC7A11 mRNA***增加和PTGS2 mRNA無***變化。WB分析顯示XCT的***增加。th-KO小鼠在第1天之后TBI在降低皮質GSH水平F，相對于對照小鼠。發現TBI后3天，Fth-KO...

四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細胞異質性 為了確定我們是否能夠檢測出具有可變claudin表達模式的細胞亞群，在snRNA-seq數據集的umap圖上劃分三個亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達模式。一組細胞(SLC12A1+UMOD+)表達粗升肢標記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細胞表達另一組TAL特異性標記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細胞根據之前發表的標記的表達被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SL...

我們鑒定出了幾個可能與LINC00926相互作用的蛋白，包括兩個E3連接酶，STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進一步證實，只有STUB1與LINC00926相互作用，而E6AP則沒有(圖4G)。此外，RIP分析也表明，PGK1和STUB1免疫沉淀中，LINC00926***富集(圖4H)。此外，LINC00926增強了STUB1介導的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數據表明，STUB1在LINC00926調控PGK1泛素化過程中起著關鍵作用。與LINC00926對STUB1介導的PGK1泛素化的影響一致，LINC0...

本文在一組臨床定義明確的SLE伴活檢證實的腎炎患者中進行的T細胞轉錄組學和代謝研究表明，高IFN信號可驅動CD8 + T細胞線粒體代謝途徑的變化，使其生物能量不適應且更容易死亡。本文證明在SLE患者的CD8 + T細胞中觀察到的代謝重編程是延長IFNα暴露和TCR刺激的結果。在這兩種刺激的持續組合下，這可能是SLE患者特有的一種情況，CD8 + T細胞表現出與NAD + 消耗增強、線粒體氧化能力降低和存活率下降相關的PARP基因表達增加（圖7)。總的來說，本文的發現證明高ISG特征與SLE CD8 + T細胞的代謝適合性之間的聯系，以及它們在壓力下或對抗原再激發的反應中存活的能力。增加乳酸桿菌...

Blimp-1在持續刺激下抑制PGC1α 持久抗原對于改變向衰竭分化至關重要，但其代謝后果尚不清楚。由于連續的刺激不產生明顯的代謝抑制，持續的刺激可能***一個轉錄抑制因子，阻止代謝重編程。Blimp-1(由Prdm1編碼)就是這樣一種抑制因子，在B16黑色素瘤中**終耗盡的CD8+ T細胞中高度上調(圖4a)，并在缺氧條件下持續***(圖4b)。體外缺氧條件下持續***的T細胞也抑制PGC1α的表達(圖4c)。 進一步確定Blimp-1是否可以抑制PGC1α，發現強制表達Blimp-1可以抑制293T細胞中Ppargc1a啟動子構建的活性，而不影響其活力(圖4d)。Prdm1f/f...

為了直接評價MAOIs是否能在體內重編程人TAM的極化，建立了人**/TAM異種移植NSG小鼠模型。A375人黑色素瘤細胞與健康供者外周血單個核細胞(PBMCs)分離的單核細胞混合，注射到NSG小鼠中形成實體瘤，接種后給予或不給予苯乙肼***（圖6h）。苯乙肼能有效抑制人TAMs的免疫抑制極化（圖6i-j）。接下來，研究了MAOI誘導的人TAM重編程是否會影響人T細胞的抗**活性，使用3D人**/TAM/T細胞類***培養。NY-ESO-1是一種公認的**抗原，通常在多種人類**中表達，被選為模型**抗原。A375人黑素瘤細胞系設計為共表達NY-ESO-1及其匹配的MHC分子HLA-A2作為人...

三、原始表型和染色質可及性 雖然基因表達反映了細胞身份的活躍狀態，但順式調節元件(cre)，包括啟動子和增強子，是決定細胞命運的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會根據其順式調控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉座酶可達染色質測序(ATAC-seq)可達染色質區域，以CREAM方法鑒定的**為重點，根據表達譜對AML樣本進行聚類，但有一個例外(圖3A)。我們的研究結果表明，啟動子區形成了**(啟動子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結合位點基模只富集在原始...

在確定了UCP1與AKI中的脂質積累負相關后，我們試圖闡明其潛在的關系。首先，我們使用UCP1特異性過表達慢病毒載體和UCP1激動劑CL316243構建UCP1上調的細胞模型(圖3A)。如圖3B所示，UCP1過表達***降低了順鉑暴露HK2的脂質積累。UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結果。這些結果表明，UCP1參與了AKI中脂質積累的調節。為了進一步驗證這一調控關系，提高證據的可靠性，我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達腺病毒的方法建立AKI過表達UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過表達UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質積累(圖3E)。***，使用UCP1...