二、YTHDF1缺乏可抑制胃*進展和轉移 YTHDF1在不同胃*細胞株中的蛋白表達水平，遠高于正常胃腺細胞GES-1。為了進一步探討YTHDF1在胃*中的作用，采用了胃*細胞系、細胞系來源的異種移植(CDX)和PDX模型(圖2A)。首先，通過產生兩種穩定的shRNA表達人胃*細胞株MGC-803和HGC-27，研究了YTHDF1的抑制作用，這兩種細胞株在所有被檢測的胃*細胞株中YTHDF1的表達相對較高(補充圖S2B)。YTHDF1基因敲除確實降低了胃*細胞的增殖(圖2B)。此外，在MGC-803和HGC-27細胞中YTHDF1敲除降低細胞的遷移和侵襲能力(圖2C)。隨后通過皮下注射...

人類肺痙甲基化PCR芯片用于研究文獻已報道在各種各樣的肺臟**中經常發生甲基化的22個**抑制基因的啟動子甲基化狀態。利用這些芯片分析細胞或新鮮組織基因組DNA樣本有助于關聯CpG島甲基化狀態與生物表型。結果還可以洞察肺*發育和進程，及其病理背后的分子機制和生物學通路。利用這個芯片,通過簡單的限制性內切酶消化和實時定量PCR,就可以研究分析22個不同肝*基因的啟動子甲基化狀態。公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包，以及撰寫SCI論文一站式服務。專注于生命科學內的前沿研究。粘性鏈接芯片科研實驗外包 1...

中國科學院動物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組和北京基因組研究所（國家生物信息中心）鮑一明研究組、張維綺研究組合作建立了AgingAtlas數據庫（./aging/index）。數據庫相關文章于2020年10月29日以“AgingAtlas:amulti-omicsdatabaseforagingbiology”為題在線發表于NucleicAcidsResearch雜志（IF=）。 AgingAtlas目前的實現包括五個模塊：轉錄組學、單細胞轉錄組學、表觀基因組學、蛋白質組學和藥物基因組學。此外，AgingAtlasConsortium還手動管理了一系列與衰老相關的人類和小鼠基...

然而，在單細胞方法中，尚未出現一種適用于所有三種模式的統一方法，這種方法可以應用于高度特定的功能免疫細胞類型。我們系統地測試了PBMCs的全細胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測量細胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質的局限性。我們發現完整的透性細胞的scATAC-seq表現非常好，在某些測量中超過了傳統的細胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發現使得一種類似于轉錄組和表位的細胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測量表面蛋白豐度和染色質可及性:染色質景觀和表位的整合細胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優化的可滲透細胞方法可以與基于液滴的多...

在MAD1與未連接的動點結合后，MAD2從開放的構象狀態(O-MAD2)轉化為封閉的構象狀態(C-MAD2)，SAC信號被緊密調控和放大。MAD2的構象變化啟動了它與CDC20的結合。為了直接測試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關聯，進行了競爭性pull-down實驗來測試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/MAD1結合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結合肽1(MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽，它取消了MAD2-rit1的結合。評估了RIT1與O-或c-狀態穩定的MAD2突變體的結合(圖4C)。用過量的RIT1c端尾肽孵...

circACTN4 在 BC 組織和細胞中高度表達并與臨床病理特征相關為探討circACTN4的表達及其臨床意義，qRT-PCR檢測80對BC組織及鄰近非**組織中circACTN4的表達。circACTN4在BC組織中的表達顯著高于配對的*旁組織。qRT-PCR檢測20對BC和*旁組織中線性ACTN4的表達，數據顯示線性ACTN4在BC組織中高表達。Pearson相關分析顯示circACTN4的水平與BC組織中線性ACTN4的表達呈正相關。結果表明 circACTN4 和 ACTN4 的共過表達協同促進了乳腺*的進展。RO曲線分析，circACTN4的AUC（曲線下面積）為0.719，診斷特...

SRC的降低伴隨著細胞內ATP水平的一些降低（附圖9a）。另一方面，從相同患者中同時分離的CD4 + T細胞中未檢測到OCR或SRC的***異常（圖3a）。接下來探索在IFN-High患者的CD8 + T細胞離體觀察到的代謝異常是否會導致T細胞缺陷。與健康對照和IFN-Neg SLE患者相比，IFN-High SLE患者的CD8 + T細胞自發死亡增加（圖3b）。總的來說，數據表明，I型IFN通路的持續***可能會降低CD8 + T細胞的代謝適合性，從而降低其存活能力。 4、TCR和IFN信號共同誘導CD8+T細胞代謝重組 為了研究導致IFN-HighCD8+T細胞線粒體和代謝...

4）M1-BMDMs來源的外泌體在體內阻礙脊髓損傷后的運動功能恢復和破壞BSCB 為了進一步研究巨噬細胞在SCI微環境中的作用及其對血管內皮細胞的潛在影響，我們提取并鑒定了來自M1-BMDMs(M1-Exos)的外泌體。脊髓損傷后立即注射外泌體，在指定時間進行一系列行為評估(圖4A)。BMS行為分析表明，M1-Exos注射可導致脊髓損傷后后肢運動功能評分降低(圖4B)。足跡分析、電生理測試和游泳測試顯示了類似的結果，M1-Exos處理導致更短的步幅(圖4C)，更低的MEPs振幅(圖4D)，更傾斜的身體角度，更下垂的尾巴(圖4E)。EB外滲實驗顯示，M1-Exos處理組有更多EB染料滲...

紡錘體裝配檢查點(SAC)作為一個傳感器的**的著絲點延遲有絲分裂進入后期，直到適當的染色體分離得到保證。這一安全機制的破壞導致基因組不穩定和非整倍體，這是胚胎死亡、先天性出生缺陷、智力殘疾和**的遺傳原因。然而，盡管了解了控制SAC的基本機制，但信號通路如何直接與有絲分裂檢查點活動相互作用和調節仍是未知的。在對細胞外刺激的反應中，參與細胞生長、生存和分化的多種信號通路網絡被***，這一過程***受到Ras家族小鳥苷三磷酸酶(GTPases)的調控。RIT1是一種ras相關的GTPase，調節細胞存活和應激反應，是通過有絲分裂和適當的染色體分離及時進展的必要條件。英拜提供一年三節的購物卡津貼。...

四、在體內和體外，NUPs的上調導致TDP-43/TBPH定位錯誤和聚集 為了檢測Nup上調對Tbph (Drosophila TDP-43)病理的影響，我們建立了一個位點特異性Nup62過表達(Nup62 OE)蠅線，并對內源性Tbph進行染色。在eGFP對照(以下稱為對照)表達的果蠅幼蟲VNC中，Tbph的分布以細胞核為主，而Nup62 OE幼蟲VNC***改變了Tbph的定位，出現細胞質聚集(圖4A)。定量分析顯示，與對照組相比，Nup62 OE果蠅幼蟲或成年大腦中斑點Tbph***增加(圖4B）。與對照組相比，Nup62 OE vnc的核Tbph強度***降低(圖4C)。此外...

HoxBlinc直接與靶基因結合，介導染色質相互作用，驅動HSPC中的基因調控網絡 CTCF邊界促進了受限拓撲相關域(TADs)內增強子/啟動子的相互作用。作者之前報道了后HOXA位點的CTCF邊界建立和維持活躍的TAD，以驅動后HOXA基因表達。為了研究HoxBlinc過表達是否會影響CTCF定義的HoxB位點前TAD域和增強子/啟動子調控網絡，使用高通量測序捕捉環狀染色體構象(4C-seq)使用HoxB位點CTCF結合位點(cbs)作為HoxBlincTg與WTLin?c-Kit+細胞（圖5a）。有趣的是，HoxBlinc過表達增強了這些由CBS5/5和/或+43CBS介導的Ho...

2021年5月，***一篇發表在cancer research（IF=12.7000）的文章（YTHDF1 Promotes Gastric Carcinogenesis by Controlling Translation of FZD7）。此研究分析了cBioPortal (cBio cancer Genomics Portal)630例原發性胃腺*數據集，發現YTHDF1（m6A讀取蛋白）的突變主要是基因擴增，導致其過表達。YTHDF1的高表達與更具侵襲性的**進展和較差的總生存期相關。抑制YTHDF1在體內外均可抑制胃*細胞增殖和**發生。在機制上，YTHDF1以m6依賴的方式促進了W...

同樣，Transwell實驗(圖5h)也證明了**細胞的遷移能力。綜上所述，circMAPK1在沒有其編碼蛋白MAPK1-109aa的情況下，不能抑制GC細胞的惡性表型。隨后，為了進一步驗證MAPK1-109aa的功能，我們在SGC7901和MGC803細胞中恢復了MAPK1-109aa的表達，無論是否穩定敲除circMAPK1，Western blot驗證了這一點(圖6a)。將MAPK1-109aa質粒轉染到SGC7901和MGC803細胞株后，細胞的增殖能力(圖6b-g)和遷移能力(圖6h)得到了有效的抑制。在轉染了shcirMAPK1的細胞系中，恢復了MAPK1-109aa的表達也逆轉了...

質膜塑造并保護真核細胞免受周圍環境的影響，對細胞生命至關重要。盡管重新密封受損膜的初始修復機制已經很好地建立，但關于細胞如何在重建受損膜后恢復體內平衡知之甚少。今年7月發表于《SCIENCE ADVANCES》的一篇研究表明，細胞通過***與巨胞飲作用相關的蛋白質來響應質膜損傷，特別是在受損的膜上。在膜重新密封之后，細胞形成源自修復部位的、LC3B蛋白陽性的胞吞小體。此過程**于 ULK1、ATG13 和 WIPI2，但依賴于 ATG7、p62 和 Rubicon。內化的胞吞小體在細胞質中收縮，可能是通過滲透排出，并**終與溶酶體融合。這是一種與非經典自噬相結合的巨胞飲作用，研究者將其稱為 L...

通過circRNA芯片分析了三對NSCLC樣品中circRNA的表達譜，總共鑒定出109個circRNA失調，33個上調，76個下調。qRT-PCR驗證52個配對NSCLC樣品中**差異circRNA的表達。circNDUFB2是**顯著下調的circRNA。臨床分析發現circNDUFB2高表達與NSCLC患者的**大小、淋巴結轉移和分期呈負相關。結果表明，circNDUFB2在NSCLC中經常被下調，并且與NSCLC的惡性特征呈負相關。circNDUFB2由NDUFB2基因的外顯子2–3產生，長度為249nt。circNDUFB2可由發散引物擴增，收斂引物不能擴增。核酸酶消化證實circN...

細胞周期蛋白依賴性激酶4和6(CDK4/6)的藥理學抑制劑是***受體陽性乳腺*的獲批***藥物，目前正在其他**類型的數百項臨床試驗中進行評價。這些抑制劑的臨床成功在很大程度上歸因于定義明確的**內在細胞抑制機制，而其作為免疫調節劑的新作用知之甚少。本研究利用整合的表觀基因組、轉錄組學和蛋白質組學分析，證明了CDK4/6抑制劑在促進免疫T細胞記憶的表型和功能獲得中的新作用。本文的機制見解拓寬了CDK4/6抑制劑作為增強抗**T細胞免疫的臨床工具的前瞻性效用。本研究于2021年5月14日發表在《Cancer Discovery》IF:29.497期刊上。大黃酸導致嘌呤代謝正常化和腸道尿酸水平的...

接下來，我們合成了野生型HuR蛋白(WT)和HuR蛋白的截短突變體（即分別為單獨HuR的RNA識別基序(RRM)1的突變體B1、單獨HuRRRM2的突變體B2和單獨HuRRRM3的突變體B3）（圖4C）。同時，我們設計并合成了生物素標記的或未標記的探針，分別特異性靶向lnc-PMIF的中心-莖環和生物素標記的或未標記的探針，特異性靶向之前報道的與HuR蛋白相互作用的β-actinmRNA的序列。RNA電泳遷移率變動分析(EMSA)發現只有當生物素標記的lnc-PMIF探針與WTHuR或截短突變體B3共孵育時，才能檢測到lnc-PMIF-HuR復合物，這表明HuR的RRM3可介導HuR和lnc-...

神經性疼痛和炎癥PCR基因芯片可用于研究與疼痛反應的傳導、維護和調節相關的84個基因的表達。有害環境刺激、組織損傷和疾病都可以引起疼痛。由于疼痛折磨著大約20%的人口,所以疼痛既提供了大量的***目標，同時也提供一個可以了解神經系統的功能及分子機制的途徑。雖然疼痛產生的原因眾多，包括外周神經系統(PNS)損傷,***系統(CNS)神經性疼痛,外周組織的損傷和或炎癥啟動的炎癥性疼痛,然而神經性和炎癥性疼痛的根本原因在于從***的神經元損傷檢測到終止于脊髓背角的薄層的傳導通路。這條通路包括:疼痛感受器收集信息,通過神經傳遞到***系統,并影響動作電位產生的離子通道和嘌呤、**類、**素受體，導致二...

五、npm1突變的AML亞型可預測總生存率 評估了原始亞型和committed亞型是否與患者總生存期相關(圖5A;補充圖22)。與committed亞型相比，原始亞型與明顯更差的生存率相關(Log-rank檢驗p=0.002)。為了確定我們的聚類是否超出了已建立的預測因素，我們還擬合了一個多變量Cox比例風險模型，調整了臨床病理參數，如性別、白細胞計數、年齡、核型和突變，包括FLT3-itd、FLT3-TKD、DNMT3A、NRAS和KRAS。多變量分析顯示，原始亞型和committed亞型具有***的互補預后價值(p-值=0.01，圖5B)。 大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。生物學...

4、CLF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉移隨后，作者在體內進一步驗證CLF1的功能。結果如圖3所以，敲除CFL1后***降低了HCC細胞的**體積和**，并減少了肺轉移結節數量。IHC表明CLF1的敲除也導致EMT相關蛋白的抑制。總之，CLF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉移。 5、CFL1是HIF-1α在HCC細胞中的下游靶基因為了闡明低氧對HCC中CFL1表達的影響，將HCCLM3和Hep3B細胞在低氧培養箱中培養48h。結果發現低氧誘導導致CFL1的表達升高，但是當HIF-1α敲除后，低氧誘導并不能提高CFL1的表達，并且使用HIF-1α的抑制劑處理HCCLM3和Hep3...

上皮-間充質轉化(EMT)促進**發生和轉移，增加**對***干預的耐受性。TGF-b和Wnt通路的異常***誘導EMT。lncRNAs***影響EMT調控。2021年6月發表于Molecular Therapy-Nucleic Acids（IF=8.886）的文章“lncRNA MIR210HG promotes the progression of endometrial cancer by spongingmiR-337-3p/137 via the HMGA2-TGF-b/Wnt pathway”對此展開了研究。在此，我們發現MIR210HG在子宮內膜*組織中過表達，與不良預后相關。M...

急性髓系白血病(AML)的靶向***的實施一直具有挑戰性。FTO是一種m6A去甲基酶，作為一種致*基因，促進白血病*基因介導的細胞轉化和白血病發生。因此為大家介紹于2021年3月發表于影響因子為8.579的Theranostics上文章“Saikosaponin D exhibits anti-leukemic activity by targeting FTO/m6A signaling”。在這里，我們研究了Saikosaponin-d (SsD)在AML中***的抗增殖作用中的作用，并通過靶向SsD的FTO來評估m6A去甲基化活性。SsD在體外和體內均能***抑制AML細胞增殖，促進細胞凋...

乳腺*(BrCa)是世界范圍內**常見的**，診斷為IV期患者的5年相對生存率有所下降。晚期BrCa被認為是不可***的，目前仍缺乏有效的***策略。識別和表征新的**抑制基因對于建立有效的晚期BrCa預后生物標志物或***靶點非常重要。2021年3月發表于Theranostics（IF=11.556）的文獻“TumorsuppressorDRD2facilitatesM1macrophagesandrestrictsNF-κBsignalingtotriggerpyroptosisinbreastcancer”對此展開了研究。在本文中，在BrCa中，DRD2被發現由于啟動子甲基化而下調。DR...

PTEN功能的喪失通常與基因組的不穩定性有關。此外，小鼠胚胎成纖維細胞(mef)中PTEN基因的缺失導致了未修復的DNA雙鏈斷裂的積累。PTEN缺失被認為通過至少兩種分子機制促進了基因組的完整性。在細胞核中，PTEN與著絲粒結合蛋白CENP-C結合，促進著絲粒組裝和中期到后期的轉變。此外，作為轉錄因子E2F1的輔助因子，核PTEN似乎調節Rad51的表達，Rad51是DNA修復機制的關鍵組成部分。然而，后續的研究得出了不一致的結果，表明PTEN在轉錄水平上對RAD51的調控可能***于特定的細胞環境。m6A表達水平較高的**患者淋巴轉移***增加。佝僂病大鼠模型科研中標率高 抑制MIR210...

固醇調控元件結合蛋白(SREBPs)是***高脂血癥特征性膽固醇、脂肪酸和甘油三酯生物合成的主要轉錄因子。本研究中發現了一種小分子，白樺素，它通過誘導SREBP裂解***蛋白(SCAP) 與Insig相互作用特異性地抑制SREBP的成熟，進而*****和脂肪酸的生物合成，改善飲食誘導的肥胖，降低血清和組織中的脂質含量，提高胰島素敏感性，減小***斑塊的大小。樺樹皮中含有豐富的白樺素，有望成為開發***高脂血癥藥物的先導化合物。本研究于2021年1月發表在《Cell Metabolism》IF:21.567期刊上。上海英拜生物設有專業的武漢技術中心。上海滲透性應激科研分化通常與T細胞接收的免疫信...

2）Pex增強肝衛星細胞(HSCs)的活性 為了證實Pex的生物學功能，將原代小鼠肝細胞與Pex孵育，Pex被受體細胞吸收。然后使用免疫熒光染色對原發性肝細胞的類型進行表征，結果顯示，desmin+HSCs和F4/80+Kupffer細胞吸收了Pex(圖2A)。我們接下來研究了Pex對HSCs生物學行為的影響，發現Pex***增強了HSCs的增殖和遷移能力(圖2B和C)。Pex與Npex處理的HSCs的凋亡沒有***差異(圖2D)。westernblot和免疫熒光檢測結果顯示，Pex***上調α-SMA的表達，說明Pex能促進HSC的活化(圖2E和F)。我們觀察到Pex可以通過下調v...

CircACTN4促進體內異種移植**的發生和轉移 為了評估circACTN4在體內的致*作用，通過皮下注射和尾靜脈注射在裸鼠中建立人BC細胞**模型。用過表達 circACTN4 慢病毒或 circACTN4 shRNA 慢病毒及其對照***的 MCF-7 細胞接種雌性裸鼠。結果表明，circACTN4過表達組異種移植**的體積和重量明顯大于對照組，而circACTN4敲低顯著抑制了**生長。與對照組相比，circACTN4的上調明顯增加了轉移性肺結節的數量，而circACTN4沉默顯著抑制了自發性肺轉移，侵襲性**細胞較少。此外，circACTN4 的過表達可以顯著促進**血管生...

3.免疫浸潤細胞分析 對斑塊中浸潤的免疫細胞進行了相關分析，結果表明活化的肥大細胞和TFH細胞顯示出協同的作用。同時，CD8T細胞和M0巨噬細胞顯示出**強的競爭作用。對免疫浸潤細胞進行PCA分析，結果表明，免疫浸潤可以區分晚期斑塊和早期斑塊。 4.GSEA分析 將所有表達數據分為早期和晚期斑塊組，然后進行GSEA分析。結果顯示與免疫細胞和免疫相關功能高度相關 5.差異表達分析 使用R軟件limma包分析早起、晚期斑快差異基因（log2(foldchange)>1，adjustedpvalue<.05），pheatmap包進行結果喲可視化。 6.差異基因...

CD8+T細胞是**重要的**適應性免疫調節細胞，通過直接殺死*細胞來介導抗**免疫。PD-1抑制***CD8+T細胞以增加T細胞***，從而導致**消退。因此，CD8+T細胞的***可能是通過免疫療法***LSCC的關鍵。這篇文章以生信分析開篇，篩選出關鍵基因后在動物模型與臨床樣本中進行了簡單的驗證。實驗思路如下： 1.下載GEO數據并進行數據篩選下載數據集GSE17710，選擇變異系數＞0.1的5000個基因進行后續WGCNA分析2.CIBERSORT分析免疫浸潤分析獲得每個樣本中22種免疫細胞的豐度，選擇T細胞作為WGCNA分析的性狀**（其中，T細胞包括7中亞型）3.WGCN...

此外，為進一步驗證ELNAT1與hnRNPA1相互作用區域，使用ELNAT1不同序列缺失進行RNA-pull down分析，以評估ELNAT1和hnRNPA1結合所需的區域。結果發現，ELNAT1序列中600-750 nt位置是其與hnRNPA1交互作用區域（Figure 4 G, H）。并通過POSTAR2預測ELNAT1在610-680 nt區域的莖環結構可能被hnRNPA1識別（Figure 4 I），而當這一區域缺失時，hnRNPA1減弱對ELNAT1的富集（Figure 4 J）。因此，這表明這些特定的序列（610-680 nt）對ELNAT1 hnRNPA1的相互作用至關重要。神經...