線粒體功能的喪失產生了無法耐受的活性氧（ROS）水平，足以促進衰竭狀態，部分原因是通過磷酸酶抑制和隨后活化T細胞核因子的活性。減少T細胞固有的ROS和降低**缺氧限制了T細胞衰竭，與免疫療法協同作用。因此，免疫信號和代謝信號之間存在內在聯系：通過減輕代謝壓力，可以改變T細胞分化，從而促進更多的功能性細胞命運。背景：T細胞分化是一個復雜的過程，它整合了來自環境的大量信號，參與轉錄機制，并進行表觀遺傳改變來支持新的功能程序。對于CD8+ T細胞，這導致獲得不同的命運:短命的細胞毒性效應程序和長壽命的自我更新記憶程序。METTL14上調促進胰腺*生長和轉移。湖北肺纖維化小鼠模型科研 耗盡的**內T...

急性髓系白血病(AML)的靶向***的實施一直具有挑戰性。FTO是一種m6A去甲基酶，作為一種致*基因，促進白血病*基因介導的細胞轉化和白血病發生。因此為大家介紹于2021年3月發表于影響因子為8.579的Theranostics上文章“Saikosaponin D exhibits anti-leukemic activity by targeting FTO/m6A signaling”。在這里，我們研究了Saikosaponin-d (SsD)在AML中***的抗增殖作用中的作用，并通過靶向SsD的FTO來評估m6A去甲基化活性。SsD在體外和體內均能***抑制AML細胞增殖，促進細胞凋...

抑制MIR210HG和miR-337-3p/137過表達抑制**生長測定了MIR210HG和miR-337-3p/137在體內**模型中的功能。裸鼠實驗，每組小鼠3只。結果與對照組相比，轉染sh-MIR210HG并過表達miR-337-3p和miR-137降低了**體積(圖8A)。轉染shMIR210HG并同時過表達miR-337-3p和miR-137的組**體積**小。免疫組化分析，與單獨轉染agomir-337-3p/137和sh-MIR210HG組相比，共轉染組HMGA2和Ki-67的表達較低(圖8B)。抑制MIR210HG和miR-337-3p/137過表達抑制**生長我們測定了M...

固醇調控元件結合蛋白(SREBPs)是***高脂血癥特征性膽固醇、脂肪酸和甘油三酯生物合成的主要轉錄因子。本研究中發現了一種小分子，白樺素，它通過誘導SREBP裂解***蛋白(SCAP) 與Insig相互作用特異性地抑制SREBP的成熟，進而降低膽固醇和脂肪酸的生物合成，改善飲食誘導的肥胖，降低血清和組織中的脂質含量，提高胰島素敏感性，減小***斑塊的大小。樺樹皮中含有豐富的白樺素，有望成為開發***高脂血癥藥物的先導化合物。本研究于2021年1月發表在《Cell Metabolism》IF:21.567期刊上。外泌體miR-934誘導巨噬細胞M2極化促進CRC肝轉移。胞漿科研省自然科學基金 ...

奧沙利鉑耐藥是結直腸*(CRC)患者***中的一個挑戰。調節性T細胞(Treg)以其免疫抑制作用而聞名，靶向Treg是提高化療敏感性的有效途徑。Treg是一種提高化學敏感性的有效方法。外泌體遞送的miRNA被用作預測化療敏感性的潛在生物標志物。然而，Treg和外泌體miRNAs之間的關系仍然很大程度上是未知的。本研究結果表明，**分泌的miR-208b通過靶向PDCD4促進Treg擴增，這可能與CRC中奧沙利鉑化療敏感性的降低有關本。這些發現突出了外泌體miR-208b作為奧沙利鉑***反應的預測生物標志物的潛在作用，并且它們是免疫***的新靶點。本研究于2021年4月發表于《Molecula...

中國科學院動物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組和北京基因組研究所（國家生物信息中心）鮑一明研究組、張維綺研究組合作建立了Aging Atlas數據庫。數據庫相關文章于2020年10月29日以“Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology”為題在線發表于Nucleic Acids Research雜志（IF=11.501）。 Aging Atlas 目前的實現包括五個模塊：轉錄組學、單細胞轉錄組學、表觀基因組學、蛋白質組學和藥物基因組學。此外，Aging Atlas Consortium 還手動管理了一系列與衰老相關的人類和小...

對HoxBlincTg (Line #1)小鼠隊列的監測顯示，1歲以內，67%的HoxBlincTg小鼠(15只中有10只)因病死或被殺，而WT小鼠(n = 12只)沒有死亡（圖2e）。與野生型相比，垂死的HoxBlincTg小鼠表現出體重減輕、肝脾腫大、淋巴結腫大以及腳墊和股骨蒼白（圖2f）。形態學上，May-Grünwald-Giemsa染色顯示母細胞明顯增加(圖2g，左)。BM細胞自旋制備也顯示髓系細胞占優勢，未成熟髓系前體增多(圖2g，右側)。骨髓組織切片的形態學評估顯示髓樣增生伴未成熟髓樣前體增多，以髓過氧化物酶(MPO)陽性表明髓樣來源（圖2h）。此外，HoxBlincTg的組織學...

揭示轉錄因子如何隨著時間的推移在DNA、RNA和蛋白質水平上調節其靶標，對于定義基因調控網絡(GRN)和分配正常和疾病狀態的機制至關重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測量基因調控的標準方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數據（在時間或空間上）的管道方法都沒有使用時間序列模型來分配GRN內的因果關系。此外，也需要將有序的RNA-seq數據與蛋白質-DNA結合數據相結合以區分直接與間接相互作用的方法。 TIMEOR是***個基于Web的自適應時間序列多組學管道方法，它可以推斷基因調控事件之間的關系。TIMEOR通過利用時間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質-DNA結合數...

Circ-0004872(本研究稱為““circMAPK1”)來自MAPK1基因的第2-4個外顯子，形成一個490 nt的重疊環狀轉錄本(圖1e)。Sanger測序證實了擴增的circMAPK1的頭尾剪接(圖1f)。接下來，我們研究了circMAPK1在GC細胞系中的表達水平。如圖1g所示，與正常的胃粘膜上皮細胞系相比，培養的GC細胞系中circMAPK1表達***下調。另外，circMAPK1*從cDNA中擴增，而不是從gDNA中擴增(圖1h)，說明circMAPK1的環結構是由back-splicing產生的。然后我們進一步評估了circMAPK1的穩定性和定位。經過放線菌素D處理后，ci...

為了探討UCP1與AKI之間的相關性，我們在體內、體外檢測了UCP1在AKI模型中的表達。結果顯示，UCP1在AKI小鼠中***下調，更重要的是，隨著腎損傷的加重，其表達量逐漸降低(圖2E-F)。在體外，隨著順鉑刺激時間的延長，HK2細胞中UCP1的表達降低(圖2G)。這些結果表明UCP1與AKI的嚴重程度呈負相關。此外，隨著AKI腎細胞損傷程度的增加，脂質的積累，UCP1的表達逐漸降低(圖2H)。這一結果表明，UCP1在AKI中的表達可能影響脂質積累。 3）AKI中的脂質積累與UCP1高度負相關 這些數據表明大黃酸***可以改善DSS誘導的結腸炎。人星形膠質細胞科研整體服務...

外泌體(Exosome)是由細胞分泌而來的微小囊泡,直徑約為30-100nm,具有杯狀形態、雙層膜結構,天然存在于血液、尿液、唾液、母乳和細胞培養基等生物體液中。包括**細胞在內幾乎所有類型的細胞(兔疫細胞、神經細胞、干細胞),都可以產生并釋放exosome。Exosome可通過細胞膜受體直接***受體細胞,也可運輸蛋白質、mRNA、miRNA、IncRNA、circRNA,甚至細胞器進入受體細胞,參與細胞間通訊。Exosome在免疫應答、炎癥反應、血管生成、凋亡、凝血和廢物處理等生理過程發揮關鍵作用,可作為多種疾病的早期診斷標記物,也能作為靶向藥物的載體進行疾病***。miRNA是一類22n...

與SMARCA4類似，SMARCC1[15](在ChIP-SICAP中發現)顯示與C1和C2位點相結合(圖2g）。 重點分析了ARBs染色質可及性的變化，發現雄***通常增加了ARBs的可及性(圖3a, ATAC, siCTRL)。盡管SBs和ARBs之間有很大的重疊，但SMARCA4刪除*減少了2149個ARBs的染色質可及性。這些sismarca4受影響的位點中有一半是開放的，不管***暴露與否(pre-accessible)，其余的在***暴露后顯示其可及性增加(de novo位點，圖3a和c)。被AR招募的SMARCA4增加染色質可及性，潛在地協助其他因素招募到這些位點(圖3...

總之，如Fig. 9，CRC來源的外泌體miR-934可通過下調PTEN表達和***PI3K/AKT信號通路誘導M2巨噬細胞極化。此外，外泌體miR-934極化的M2巨噬細胞可以通過CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR934正反饋環促進CRLM。因此，研究闡明了促進**細胞和TAMs相互作用的CRLM的新分子機制，這將有助于開發CRLM的有效預防和***策略。更重要的是，血清外泌體中miR-934高表達與CRLM相關，提示其可能是未來液體活檢和預測CRLM風險的一個有前景的生物標志物。此外，靶向外泌體miR-934介導的**細胞與TAMs之間的串擾可能為CRLM的***提供新策略...

以上數據提示，miR-934異常高表達與結直腸***進展及肝轉移***相關。生存分析顯示，與miR-934表達較低的患者相比，miR-934表達較高的患者總生存期(OS)和無病生存期(DFS)較低（Fig.1f,g）。因此，在CRLM患者中，miR-934高表達與CRLM進展和預后不良呈正相關。 2、miR-934存在于CRC細胞衍生的外泌體中 miR-934在HCT-8和LoVo的CM中的表達***高于其它細胞（Fig.2a）。隨后，研究發現HCT-8和LoVo的CM中miR-934的表達***高于細胞核和細胞質（Fig.2b,c）。并且，miR-934在CM中的表達不隨RN...

對snATAC-seq數據集使用97%置信閾值對細胞類型分配進行過濾，以去除異型雙重體。通過標簽轉移獲得的snATAC-seq細胞類型預測(圖1d)與無監督簇的編輯注釋(圖1e, f)的比較表明，所有主要的細胞類型都存在于這兩個數據集中，并且在檢測和分配細胞身份方面，snATAC-seq與snRNA-seq具有可比性(補充圖3)。使用基于基因活性的細胞類型分配進行下游分析，這是通過對snatc -seq數據集的無監督聚類獲得的。有趣的是，snATAC-seq能夠檢測到近端小管簇內的兩個亞群，這可能**近端曲小管(圖1e, PCT)和近端直小管(圖1e, PST)。PCT顯示編碼SGLT2的SL...

3.免疫浸潤細胞分析 對斑塊中浸潤的免疫細胞進行了相關分析，結果表明活化的肥大細胞和TFH細胞顯示出協同的作用。同時，CD8T細胞和M0巨噬細胞顯示出**強的競爭作用。對免疫浸潤細胞進行PCA分析，結果表明，免疫浸潤可以區分晚期斑塊和早期斑塊。 4.GSEA分析 將所有表達數據分為早期和晚期斑塊組，然后進行GSEA分析。結果顯示與免疫細胞和免疫相關功能高度相關 5.差異表達分析 使用R軟件limma包分析早起、晚期斑快差異基因（log2(foldchange)>1，adjustedpvalue<.05），pheatmap包進行結果喲可視化。 6.差異基因...

三、SMARCA4調節AR靶基因的表達，參與細胞外基質組織和細胞粘附 使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調的基因占大多數(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調和上調的基因數量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調控(圖4b, c）。對差異雄***調節基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態發生和參與分化的細胞形態發生...

外泌體成分包含蛋白質、miRNA、tRFRNA、LncRNA、circRNA，可調節多種生理或病理反應，包括血管生長、兔疫應答等。同時,miRNA也可以作為**診斷以及預后標志物。其中的tRFRNA也是目前的研究熱點,其在體內參與多種生理及病理過程,包括病毒***、氧化應激、神經退行性疾病、遺傳性代謝疾病等.客戶案例:與上海、重慶、沈陽等醫學領域的老師合作就外泌體以及tRFRNA在神經性疾病以及一-些兔疫代謝疾病方面取得了較大進展,并且在影響因子較高的期刊雜志上發表了文章。大黃酸處理改變腸道菌群組成。造血微環境損傷模型科研省自然科學基金 由于circMAPK1在GC細胞系中穩定表達，我們推測...

SIM2是否也影響AR與染色質的結合，我們在SIM2沉默后進行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數arb的結合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質占用大約相同數量的地點(圖7 a、b)。當反映這些siSIM2-affected染色質易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點在AR結合方面沒有變化。大多數由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析...

二、偽時間軌跡，染色質可及性和基因表達分析揭示Flow-Dependent內皮細胞重新編程 我們的分析明確了3種主要的分化細胞類型:(1)ec，(2)免疫細胞(巨噬細胞，樹突狀細胞和T細胞)，以及(3)SMCs和纖維細胞(圖3A)。此外，在每一細胞類型走向的軌跡路徑上，還有許多其他細胞出現，表明它們響應d-flow的過渡性去分化狀態。為了更好地理解軌跡結果，我們將分析分為四種實驗條件(圖3B)。在s-flow條件下(2D-R和2W-R)，大部分細胞分化良好，少數細胞處于過渡狀態。相反，d-flow條件誘導許多ec進入過渡狀態，潛在地向smc和纖維轉化分化，表明EndMT。令人驚訝的是...

了解流量調節內皮基因的表達在轉錄和體內外遺傳性染色質易訪問性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標部分頸動脈結扎(PCL)模型或豬動脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內，d-flow快速誘導，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發展。PCL模型包括結扎左側頸總動脈(LCA)的4個遠端分支中的3個以誘導d-血流，同時使用繼續暴露于s-血流的對側右側頸總動脈(RCA)作為內部控制。我們進一步開發了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測序(RNA-...

MT2受體可能參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用 為了闡明褪黑素的保護TBI作用是否依賴于褪黑素受體，首先確定了TBI后褪黑素受體（MT1和MT2）的表達模式。從12小時到14天觀察到皮質MT1和MT2表達顯著降低。此外，褪黑素可在24小時顯著改善褪黑素***的TBI小鼠大腦中MT1和MT2的損失。為了確定褪黑素的受體是否參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用，當用Luzindole（褪黑素受體拮抗劑）或4P-PDOT（一種選擇性MT2受體拮抗劑）預處理小鼠時，我們發現用Luzindole和4P-PDOT進行的預處理均消除了TBI后24小時褪黑素對MT1和Cox2表達的影響。...

3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調IL-6和IL-10 據報道，DRD2可調節M1的極化。結果顯示，在DRD2表達水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤增加，M2Mφ的浸潤減少(圖3A)。為進一步研究DRD2對TAMs的調控作用，構建了BrCa與Mφ共培養體系。當Mφ與表達DRD2的BrCa細胞共培養時，qRT-PCR顯示M1表型標記增加，M2Mφ標記下調(圖3B-C)。qRT-PCR也證實了載體轉染的BrCa細胞將Mφ調節為M2型(圖3C)[12]。WB結果顯示，表達DRD2的BrCa細胞上調M1標記iNOS，下調M2標記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達DRD2的*...

二、改進標簽轉移和差異分析 研究了方法差異對下游生物學分析的影響 A.B.去除中性粒細胞**提高了在細胞核和細胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細胞類型的能力. C使用這些工具，中性粒細胞的去除提高了標記轉移評分，與核基方法相比，滲透性細胞產生了更多具有高標記轉移評分的細胞. D所有方法產生的CD16+單核細胞均少于流式細胞術觀察到的CD16+單核細胞，這表明無論是使用核或通透細胞的scATAC-seq過程中，CD16+單核細胞可能丟失，或者標簽轉移方法不利于識別這種細胞類型. 英拜的高通量測序服務質量。分子生物學科研國家自然科學基金 TRIM25是...

3.Tempol可改善PCOS大鼠全身和腸道的氧化應激 DHEA+PBS組大鼠血清MDA水平明顯高于油+PBS組，血清T-AOC水平明顯低于oil+PBS組。給藥Tempol可***降低PCOS大鼠血清MDA水平，提高血清T-AOC水平(圖3A-B)。研究發現，DHEA聯合或不聯合tempol對血清3’-NT和AGEs水平均無影響(圖3C-D)。作者測定卵巢中氧化應激生物標志物的水平，PCOS大鼠卵巢MDA、3-NT、AGEs水平高于對照組，但差異無統計學意義(圖3E-G)，PCOS大鼠卵巢T-AOC水平未見明顯下降(圖3H)；然而，這些大鼠的SOD活性降低(圖3I)。WB分析顯示，...

4）DRD2重編程的Mφ誘導**細胞的焦亡 如HE所示，來自小鼠模型的**承載DRD2顯示**細胞死亡增加(圖4A)。在免疫組化染色中，表達DRD2的4T1**樣本中pMLKL表達較高(圖4A)。根據TUNEL實驗，DRD2也促進了體內細胞凋亡(圖4B)。DRD2上調GSDME而不是GSDMD(圖4C)。在crosstalk過程中，Mφ進一步促進了DRD2轉染的BrCa細胞中GSDME的表達(圖4C)。在表達DRD2的BrCa細胞中，Mφ也能上調IL-1β(圖4C)。WB結果表明，DRD2誘導了MLKL的磷酸化，而在共培養過程中，MLKL被Mφ抑制(圖4D)。此外，DRD2表達***...

FIR 逆轉 circACTN4 在 BC 細胞中的**促進作用 為了進一步研究 circACTN4 是否通過 circACTN4/FUBP1/MYC 軸發揮其生物學作用，在 OE-FIR 或 sh-FIR 與circACTN4或si-circ#2 共轉染后，在 BC 細胞中進行了一系列拯救實驗。結果表明，FIR 過表達可以顯著逆轉 circACTN4 上調在 BC 細胞增殖、遷移和侵襲中的促進作用，而 FIR 敲低通過傷口愈合、EdU 和 transwell 測定減弱了 BC 細胞中 circACTN4 下調介導的抑制作用。此外，IF 分析還表明 FIR 過表達和敲低可以明顯逆轉 ...

人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對PTC*組織和*旁組間，用于高通量測序，其結果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫，并從中去除線粒體tRNA。**終累計獲得1723個tRN**段，其中594個片段只存在于**組織，136個只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數量遠超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）。火山圖可以看出5個在**組織中***上調的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tRF-Val-...

如圖5所示，E8中的d-flow改變了白細胞流量和炎癥標志物(Il1β、Il6、Ccl2和Ccl3);ECM調節(Adamts4, Lamb1, Timp3，和Timp4);血管調節(Nos3, Ptgs2，和Edn1);和脂質代謝(Tm6sf2、Lsr和Mgll)，并與E2的s-flow進行比較(圖5A-5D)。這些結果表明，d-flow***了致***的內皮反應，同時通過改變轉錄和染色質可及性水平上的基因表達來抑制抗***通路。 三、體內血流依賴TF結合基序的鑒定 使用Signac和ChromVar軟件包通過我們的scATAC-seq數據集來識別流敏感的TF結合基序(圖6)...

生物發光成像結果顯示，在circACTN4過表達組中檢測到更強和更多的生物發光信號，而circACTN4沉默組中的小鼠與對照組相比顯示出更少的生物發光轉移數量。與對照組相比，circACTN4 過表達組的小鼠總體存活率較低，肝轉移范圍更廣。***，我們通過 IHC 確定了 circACTN4 對其靶蛋白 MYC、下游細胞周期相關蛋白 CDK4 和 CCND2 以及細胞增殖相關蛋白 Ki67 的影響。結果表明，circACTN4的上調可以增加**組織中MYC、CDK4、CCND2和Ki67的表達，而circACTN4的沉默降低了這些蛋白質的表達水平。綜上所述，上述結果進一步證明了circACTN...