ROS及其細胞副產物是酪氨酸磷酸酶的有效抑制劑，、用抗霉素A培養T細胞可導致酪氨酸磷酸化的持續和升高(圖6a)，這被魚藤酮或NAC阻斷(圖6a,b)。免疫印跡分析顯示，在aa誘導的ROS下，酪氨酸磷酸化的***數量增加，但幾種不同的蛋白在NAC處理下有差異的磷酸化(圖6b)。TCR-reporter Nur77-GFP小鼠研究表明在TCR信號缺失的情況下，抗霉素A誘導GFP表達;在低于連續刺激條件下誘導的信號時，抗霉素A處理產生的GFP與酪氨酸磷酸酶抑制劑orthovandate (50 μm)培養的T細胞表型相匹配(圖6c)。磷酸酪氨酸級聯促進NFAT1的核積累，單獨的ROS誘導(通過抗霉素...

***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標志物的數據庫，包括四種主要類型的分子生物標記（化學，蛋白質，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標記類別（診斷，預測，預后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標志物名稱和同義詞，相關條件或病理，詳細的疾病描述，詳細的生物標志物描述，生物標志物特異性，敏感性和ROC曲線，標準參考值（對于蛋白質和化學標志物），變體（對于SNP或遺傳標志物） ），序列...

RIG-I對circNDUFB2誘導的免疫反應至關重要 RIG-I樣受體（RLR）家族可識別病毒RNA 會通過產生IFN和促炎性細胞因子來觸發針對病毒***的先天免疫反應。已經報道外源circRNA有效刺激由RIG-1介導的免疫信號傳導。從qRT-PCR分析獲得的數據表明，RIG-1敲低消除了circNDUFB2過表達誘導的免疫反應，RIG-1被circNDUFB2上調。為了研究circNDUFB2和RIG-I之間的關聯，進行RIP分析和RNA FISH免疫熒光實驗。 結果表明circNDUFB2與RIG-1結合，并且它們共定位在細胞質中。 circNDUFB2過表達后， circN...

1）USP35敲除抑制肺*細胞生長、集落形成和**進展 我們首先檢測了肺*組織和細胞系中USP35豐度的變化。如圖1A所示，USP35在肺ADC和SCC**中都***上調。與正常的BEAS2B和HBE肺上皮細胞系相比，USP35mRNA水平在肺*細胞系(A549、H358、H460、H1299和H1650)中也高度表達(圖1B)。鑒于H460和H1299細胞中USP35mRNA的豐度較高，我們在下一項研究中使用了這兩種細胞系。與mRNA水平一致，在H460和H1299細胞中USP35蛋白也增加了(圖1C)。為了闡明USP35在肺*發病機制中的作用，我們在H460和H1299細胞中沉默...

抑制MIR210HG和miR-337-3p/137過表達抑制**生長測定了MIR210HG和miR-337-3p/137在體內**模型中的功能。裸鼠實驗，每組小鼠3只。結果與對照組相比，轉染sh-MIR210HG并過表達miR-337-3p和miR-137降低了**體積(圖8A)。轉染shMIR210HG并同時過表達miR-337-3p和miR-137的組**體積**小。免疫組化分析，與單獨轉染agomir-337-3p/137和sh-MIR210HG組相比，共轉染組HMGA2和Ki-67的表達較低(圖8B)。抑制MIR210HG和miR-337-3p/137過表達抑制**生長我們測定了M...

6、白樺素降低***的發展 用LDLR敲除小鼠探索了白樺素對***病變形成的作用。LDLR缺陷小鼠用WD飲食并分別添加了成分，對照（鹽），洛伐他汀（30mg/kg/day）或白樺素（30mg/kg/day）處理14周。不同組的小鼠顯示出相似的食物攝入量和體重（圖7A-7B）。在經白樺素處理的小鼠肝臟中，SREBP-1c和SREBP-2降低，脂質合成基因（包括HMGCS，HMGCR和FAS）下調（圖7C）。但是，洛伐他汀可上調HMGCR和FAS基因的表達（圖7C）。白樺素極顯著降低了血液中的TC，TG和LDL-c的含量，并增加了HDL-c。洛伐他汀具有類似的作用，只是它不降低TG（圖7...

蛋白降解靶向嵌合體(Proteolysis-TargetingChimeras,PROTACs)是一種新的具有良好前景的藥物類型，其結構類似于啞鈴，通過一個連接子(linker)連接“靶蛋白的配體”以及“E3泛素連接酶的招募配體”，即泛素-蛋白酶體系統選擇性降解靶蛋白。已成為一種新型***技術，具有優于傳統抑制策略的潛在優勢。***講一篇浙江大學侯廷軍教授團隊發表在NucleicAcidsResearch期刊上的關于PROTAC在線數據庫的文章，文章提名為PROTAC-DB:anonlinedatabaseofPROTACs。PROTAC這項技術仍日趨成熟，但PROTAC的設計仍然是一個巨大的...

隨后，作者研究了YTHDC2是否通過SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當YTHDC2在H1299細胞中過表達時，并過表達SLC7A11完全恢復了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉錄的關鍵轉錄因子，ATF4在H1299細胞中上調SLC7A11(圖4H、I)。過表達YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此，YTHDC2損害依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取。結合臨床分析，YTHDC2表達下調，而SLC7A11表達上調(圖4K、L)，并且它們在**中呈負相關(圖4M)。 5.YTHDC2以m6A依賴的方式使SLC7A11mRNA不穩定 作者為研究YTH...

公共比較毒理基因組學數據庫（CTD，/)是一個創新的數字生態系統，它將化學品、基因、表型、疾病和暴露的毒理學信息聯系起來，以促進對人類健康的了解。整合了基于文獻、人工策劃的交互，以創建一個知識庫，協調跨物種異質數據的化學暴露及其生物影響。在這兩年一次的更新中，報告CTD的含量增加了20%，現在提供了4500萬個毒性基因組關系，涉及600個比較物種的16300多種化學品、51300個基因、5500種表型、7200種疾病和163000次暴露事件。此外，通過CTD疾病頁面上的新數據選項卡（幫助填補環境健康方面的知識空白）和新的表型搜索參數（用于批量查詢和維恩分析工具），增加了化學表型內容...

TransCirc數據庫整合了各種與翻譯相關的證據，檢索的結果能直觀的呈現翻譯產物的相關證據信息。數據共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質譜證據（MS）的circRNA有168個，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據4284個circRNA，潛在翻譯產物序列分析（SeqComp）的301100個circRNA。有IRES預測結果的314138個circRNA，有m6A修飾位點信息的39397個circRNA，有翻譯起始位點信息（TIS）的9394個circRNA，有ORF信息的305016個circRNA。 促進胰腺*的生長和轉移。藥物保護科研國家...

PGE2增強IL4Rα信號以增強巨噬細胞的M2*** 巨噬細胞能夠響應可變的局部微環境信號從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經典的信號級聯（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細胞還可以整合由細胞外刺激觸發的代謝線索，以***它們的M2表型。在這里，我們想知道PGE2是否也參與了AP損傷后胰腺巨噬細胞的M2極化。為此，我們首先檢查了AP損傷后PGE2的動態表達。COX1和COX2是產生前列腺素的兩種關鍵酶。在這里我們發現Ptgs2(COX2)的表達在第3天達到峰值，而Ptgs1(COX1)的表達在第1天下降并在第3天回到基礎水平。一致地，免疫熒光分析顯示PGE2在第3天升高，并在第...

4、外泌體miR-138-5p通過抑制KDM6B表達調節巨噬細胞極化 隨后，作者研究了在不同培養條件下TPH-1的表達譜。首先，和**細胞共培養抑制了M1相關基因的表達，IL-6，TNF-α，和IL-1β，但是增加了M2相關基因的表達CD163，Arg-1，IL-10,TGF-β和VEGFA。過表達KDM6B部分抑制了上述表現改變（圖4A-B）。流式檢測顯示乳腺*細胞和TPH-1的共培養增加了CD163陽性細胞數比例，但是過表達KDM6N可以抑制這種效果（圖6C）。類似的，過表達KDM6B抑制了miR-138-5p誘導的M2極化（圖4D-F）。與對照組相比，乳腺*來源的外泌體miR-...

利用METABRIC數據集，我們評估了1459例ER+乳腺*中17個常見Wnt/β-catenin通路基因的表達，包括幾個Wnt靶基因(圖7a)。為了確定INPP4B是否促進PI3K和Wnt/β-catenin通路之間的對話，我們用增加劑量的PI3K抑制劑BKM120(0.5和1M)處理gfp載體和GFPINPP4BMCF-7細胞，并測量Wnt靶基因AXIN2、LEF1和MYCN的mRNA表達(圖7bd)。在gfp載體細胞中，低劑量的BKM120對Wnt靶基因表達的影響**小，而高劑量的Wnt基因表達降低。在GFP-INPP4B表達細胞中，低濃度的BKM120部分挽救了Wnt基因表達的增加，在...

接下來為了證明，SUMOylation對BCas誘導的淋巴內皮管的形成和遷移作用，通過其特異性抑制劑阻斷SUMOylation （2D-08）明顯抑制了該誘導過程（Figure 1 G-I）。以上數據表明，UBC9異常高表達與膀胱*進展和淋巴結轉移正相關，SUMOylation參與膀胱*的淋巴結轉移。 2.EVs介導的ELNAT1過表達與淋巴結轉移相關 EVs介導的lncRNA轉運是**細胞與TME之間通過信號轉導發生的一個關鍵過程。作者采集各5例的健康志愿者與BCas患者的尿液，通過NGS測序確定了EVs中lncRNA的整體表達譜，結合與SUMOylation途徑的相關性，*...

5）DRD2通過阻斷TAK1的磷酸化來限制NF-κB信號的*** NF-κB信號的***對于觸發炎癥小體組裝和隨后的焦亡是必不可少的。IF染色顯示DRD2幾乎阻斷了p-p65的核易位(圖5A)，但這種抑制被Mφ所抵消(圖5B)。核和細胞質提取物也顯示DRD2抑制了p-p65的核易位(圖5C)。如WB結果所示，在LPS刺激下，DRD2抑制IKKα/β、IκBα和p65的磷酸化(圖5D)。異位DRD2表達也***抑制了Mφ誘導的p65磷酸化和IKKα/β的上游***(圖5E)。WB結果顯示DRD2下調NF-κB的下游靶點ICAM-1。然而，這種下調被Mφ所抵消(圖5E)。抑制IKKα/β...

由于腸道微生物群在多囊卵巢綜合征的起始和發展中起著重要作用，作者還研究DHEA和tempol是否影響腸道的氧化還原狀態。腸道MDA、3-NT和AGEs水平在PCOS大鼠中***高于對照組和氧化生物標記的增加被tempol處理消除(圖3K-M)。此外，tempol***增加PCOS大鼠的腸道SOD1和SOD2表達(圖3N)。因此，這些結果表明tempol能夠降低PCOS大鼠的腸道氧化應激。 4. Tempol減輕PCOS大鼠腸道微生物失調 隨后，通過rarefaction和Shannon曲線(Fig. 4A-B)，以及4個α-多樣性指數(ACE)、Shannon、Simpson和...

確實，MMTVneu**的caspase-3陽性細胞比相應的Pten+/+少;綜上所述，這些結果表明，PTEN不能被ATM磷酸化的細胞對基因毒性應激誘導的細胞凋亡具有抗性。為了評估表達PTEN-398A且DNA損傷未解決的細胞在輻照(圖2B, C和補充圖4B, C)后的持續存在是否是誘導凋亡反應失敗的結果，我們在IR之前先用泛caspase抑制劑z-VAD-FMK (zVAD)對細胞進行預處理。與DMSO處理相比，zVAD增加了PTEN-WT細胞中未解決的DNA損傷灶的數量，其水平與DMSO處理的PTEN-398A細胞相當(補充圖5F)。然而，需要注意的是，zVAD預處理也略微增加了IR后PT...

一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達增加 INPP4B被確定為人類乳腺*er陽性標記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現，促使我們檢測其在ER+乳腺*中的相對表達和功能。INPP4B蛋白表達缺失與三陰性乳腺*相關(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達在14 40%的乳腺*相對于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補充圖1 b, c)。在mRNA表達數據不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測130例...

表觀基因組學(ChIP-Seq)模塊 ChIP-seq模塊目前包含大量染色質免疫沉淀測序(ChIP-seq)數據，反映了特定的衰老相關基因座是如何受組蛋白修飾和轉錄因子調節的。這些數據有助于闡明調控因素如何在全基因組范圍內影響衰老過程中的基因表達。ChIP-seq數據來自已發表的與衰老相關的文章，并使用相同的分析方法處理原始數據以保持一致性。直觀地顯示了衰老過程中特定基因組位點不同轉錄因子的富集或組蛋白修飾的變化。 蛋白質組學（蛋白質-蛋白質相互作用）模塊 衰老過程中蛋白質穩態受損是典型的，蛋白質相互作用隨著年齡的增長而發生顯著變化。蛋白質-蛋白質相互作用模塊（PPI）旨...

6）Pex衍生的CD44v6和C1QBP的高表達預示著PDAC患者的肝轉移和低生存率采用免疫組化和westernblot檢測肝轉移灶周圍肝組織和正常肝組織的纖維化ECM微環境。與體內實驗一致，纖維連接蛋白、I型膠原和α-SMA水平***升高，而玻連蛋白和固生蛋白C水平下調(圖7A，B)。接下來，我們研究了外泌體衍生CD44v6和C1QBP在PDAC患者中的預后價值。外泌體CD44v6和C1QBP在PDAC組織中的表達明顯高于正常胰腺組織(圖7C)。此外，有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者(圖7C)。免疫電鏡顯示，CD44v6和C1QBP在P...

六、急性GvHD的嚴重程度可以在造血干細胞移植前同時從所有三個身體部位的微生物群預測 在一個聯合模型中，來自所有三個身體部位的分類群都可以預測HSCT之前樣本的aGvHD嚴重程度(圖6)。該報道發現了7種預測性asv，其中2種來自腸道，1種來自口腔，1種來自鼻子，2種主要在口腔中發現，但也在鼻子中發現，1種主要在口腔中發現，但也在鼻子和腸道中發現(圖6A)。3個類群(副弧菌屬ASV_131、放線菌屬ASV_568和梭菌屬ASV_166)起源于后來發展為II級和IV級aGvHD的患者。一致地，這些asv的log-transformed相對豐度在檢查前、適應開始和HSCT當天，在aGvH...

2021年6月，***一篇發表在Curr Biol（IF=9.601）的文章（The RAS GTPase RIT1 compromises mitotic fidelity through spindle assembly checkpoint suppression.）從共生功能體視點的角度對29名接受同種異體造血干細胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了RIT1直接與SAC**組件MAD2和p31conmet相互作用；CDK1在有絲分裂過程中磷酸化RIT1并抑制其與SAC的相互作用；RIT1是細胞有絲分裂及時進展所必需的；RIT1致病水平促進染色體...

3）FTO是SsD的直接靶點 基于基因芯片數據，SsD介導的白血病發生抑制主要是由于m6A通路，我們假設SsD可能調節白血病m6ARNA甲基化。我們確定了FTO在白血病發生中起作用。為了驗證SsD與FTO的直接結合，我們首先基于已發表的FTO晶體結構進行分子對接分析。SsD的比較好結合位點表現出與底物結合位點互補的特殊形狀，占據了整個結合口袋(圖3A-B)。4個氨基酸殘基(R96,K216,E234,R332)參與了與SsD的相互作用(圖3C)，在抑制FTO活性方面發揮了關鍵作用。在NB4和Kas-1AML細胞中，SsD與FTO蛋白的結合導致了明顯的熱轉移，表明對熱降解有保護作用(圖...

隸屬于隸屬于梭狀芽孢桿菌目丁酸生成菌在移植后早期的腸道中枯竭,而變形菌門和乳酸菌門(如腸球菌)豐度增加,可能由于缺乏丁酸時腸腔內的氧氣水平增加和***素耐藥性所致。然而，到目前為止，HSCT患者的微生物群動態主要在HSCT后的***個月進行詳細監測，而不是長期監測。因此，目前尚不清楚微生物群是否以及何時恢復到造血干細胞移植前類似微生物群落結構。條件誘導的腸上皮通透性可促進細菌易位和菌血癥，被認為是急性移植物抗宿主病(aGvHD)發病機制的第一步。急性GvHD是同種異體造血干細胞移植的常見副作用，同種異體供體T細胞對宿主體內健康組織(包括腸道上皮)表現出細胞毒性活性。根據受影響***的程度，急性...

比較SLE-1和SLE-2組的轉錄表達譜，結果顯示，除ISGs外，mtDNA編碼的OXPHOS基因的表達差異比較大（Fig. 1c, d）?？傊琒LE患者純化T細胞的轉錄組學分析根據ISG表達水平將其分為兩組，表達高I型IFN標記的患者顯示線粒體編碼基因和線粒體相關代謝途徑的表達減少，在CD8 + T細胞中更明顯。這表明SLE中與I型IFN相關的線粒體功能失調。 2、ISGs高表達患者CD8+T細胞線粒體異常 在研究I型IFN信號與線粒體異常之間的潛在聯系之前，應用計算機模擬和體外相結合的方法，根據I型IFN信號的強弱程度對SLE患者進行分層：高水平的ISGs(IFN-hig...

先兆子病PCR基因芯片可以同時檢測影響胎盤發育失調的84個關鍵基因的表達。先兆子癇，是一種危及生命的疾病,主要表現為懷孕期間的***,胎盤的分娩是現有的唯--的***方法。這種疾病發生在孕期小于32周被稱為早期,超過32周則被稱為遲發性。先兆子癇的原因現在不完全清楚。許多患者會出現胎盤植入的失敗,這一現象提示我們雖然病征出現很晚，但可能在更早期先兆子病就有了影響。-個潛在的分子機制涉及到滋養細胞早期胎盤發育的血管重塑缺陷。隨著病情的發展，胎盤缺氧,引起炎癥和氧化應激。這些過程導致的免疫細胞(如Th1細胞,中性粒細胞和自然殺傷細胞)的浸潤。類似的過程會導致胎兒言內發育遲緩,或胎兒的生長發育不足。...

6、MAO-A阻斷**免疫***-人類TAM和臨床數據相關性研究 為了探索MAO-A阻斷***的翻譯潛力，首先研究了MAO-A對人巨噬細胞極化的調控。分析體外培養的免疫刺激M1樣和免疫抑制M2樣人單核細胞源性巨噬細胞的基因表達特征。有趣的是，在所有檢測的免疫檢查點、免疫刺激和免疫抑制基因中，MAOA是M2樣單核來源巨噬細胞（MDMs）中表達水平比較高的基因（圖6a），提示MAO-A可能在促進人巨噬細胞免疫抑制極化中發揮作用。MDM培養的時間過程分析證實了巨噬細胞分化過程中MAO-A基因和蛋白表達上調，并在IL-4/IL-13誘導的免疫抑制極化后進一步上調（圖6b-d）。用苯乙肼阻斷M...

此外，核輸出基因Emb (Exportin)的mRNA水平在tbi后***增加(圖1M)，而與對照組相比，微管相關蛋白Futsch的mRNA水平沒有變化(圖1圖Supplement 1H)，這與蛋白質組學分析一致。Western blotting進一步證實了tbi依賴性的果蠅幼蟲腦內Nup214蛋白水平的升高(圖1N和O)。Western blot分析了損傷后幼蟲(0、2、4和6小時)和成蟲(0、2、4、24和72小時)的時間過程，以評估Nup214蛋白的水平。在檢測的時間點上，不管是幼蟲還是成人的大腦中，Nup214蛋白的水平都是上調的(圖1P,Q,R,S)，這表明創傷可能會破壞Nup214...

磷酸甘油酸激酶1 (PGK1)是糖酵解途徑的重要組成部分，與多種**的發***展有關。然而，PGK1抑制劑在*細胞中的抑制機制和生理意義尚不清楚。因此，***給大家介紹于2021年4月發表于“Molecular Therapy”（IF=8.986）的文章“FOXO3A-induced LINC00926 suppresses breast tumor growth and metastasis through inhibition of PGK1-mediated Warburg effect”。在這里，我們鑒定了一個負調控PGK1表達的lncRNA LINC00926，并預測乳腺*良好的臨床...

四、scRNA-seq和scATAC-seq數據整合 目前尚無人類胚胎HSPCs的染色質可及性圖譜，研究者基于基因體可及性繪制細胞圖譜來整合scRNA-seq和scATAC-seq數據。首先使用6種豐富的細胞類型對scRNA-seq實驗中篩選出的CD34+ CD38- 細胞進行分類，結果顯示scATAC-seq數據集中指定細胞類型的頻率與scRNA-seq數據中的頻率高度一致，這表明染色質可及性和轉錄組具有相關性。然而，不同類型的細胞在整個軌跡上有相當大的混合，如HSCs/MPPs-Cycle***分布在七個集群中，這表明在HSCs/MPP群體中存在***的染色質啟動，從而導致了異質...