2021年6月，***一篇發表在Nat Immunol.（IF=25.600）的文章（Mitochondrial stress induced by continuous stimulation under hypoxia rapidly drives T cell exhaustion.）當**內衰竭T細胞經歷嚴重缺氧時，他們假設代謝應激會改變其對其他信號的反應，特別是持續的抗原刺激。在體外，盡管單獨經歷連續刺激或缺氧的CD8 + T細胞分化為功能性效應物，但這種組合迅速驅動了與衰竭一致的T細胞功能障礙。連續刺激促進了Blimp-1介導的PGC-1α依賴性線粒體重編程阻遏作用，使細胞對缺氧的...

m6A RNA甲基化是mRNA轉錄后**常見的內部甲基化。這是一個由m6A WER系統控制的可逆過程，由書寫器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結果取決于特異性閱讀器的識別并結合。目前研究發現抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關。該研究2021年1月發表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。 1.YTHDC2表達在LUAD中被抑制，且與臨床預后差相關 為了驗證m6A閱讀器在肺*的表達，作者通過GEPIA數據庫分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNP...

HOXBLINClncRNA在NPM1c+白血病中特異性上調 HOX基因，特別是HOXA和HOXB聚類基因的上調不僅是AML發病的特點，也是其主要機制。HoxBlinclncRNA已經被證明是在發育過程中***前HoxB基因轉錄所必需的。為了確定HOXBLINC是否與HOXB基因一起在AML中異常表達，檢測了正常BMMNC細胞和CD34+陽性細胞，以及NPM1c+AML病人中HOXBLINClncRNA的表達，發現HOXBLINClncRNA在NPM1c+AML病人中***高表達，在TCGA數據發現一樣的結果（圖1A-B）。表明HOXBLINClncRNA在NPM1c+白血病中特異性...

HA-Rab7T22N是一個不定位于晚期核內體的顯性陰性突變體(補充圖3f)，它的表達也阻止了內源性INPP4B的募集(圖3e)，表明活性的gtp結合的Rab7是INPP4B亞細胞定位到晚期核內體所必需的。 GFP-INPP4B***提高了細胞內PI(3)P水平(1.8倍)(圖3f)，PI(3,4)P2也存在于早期和晚期核內體。表達INPP4B shrna的MCF-7細胞顯示出更明顯的細胞內PI(3,4)P2斑點，表明INPP4B缺失抑制PI(3,4)P2在核內體上的降解，導致其積累(圖3g)。GFP-INPP4B沒有改變PI(3) p陽性早期核內體的比例，但***增加了PI(3) p陽性晚期...

此外，westernblot檢測表明，敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強烈減弱了Pex誘導的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時，在CD44v6-kdPex或CD44v6抗體的作用下，Pex誘導的HSC活化(圖5E，F)、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導的HSC***中的作用，我們進一步研究了過表達CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而，過表達CD44v6并沒有像預期的那樣提高α-SMA的表達(圖5H)。這些結果表明，CD44v6在Pex誘導的HSC***中發揮了重要作用。m6A表達水平較高的**患者...

2）Pex增強肝衛星細胞(HSCs)的活性 為了證實Pex的生物學功能，將原代小鼠肝細胞與Pex孵育，Pex被受體細胞吸收。然后使用免疫熒光染色對原發性肝細胞的類型進行表征，結果顯示，desmin+HSCs和F4/80+Kupffer細胞吸收了Pex(圖2A)。我們接下來研究了Pex對HSCs生物學行為的影響，發現Pex***增強了HSCs的增殖和遷移能力(圖2B和C)。Pex與Npex處理的HSCs的凋亡沒有***差異(圖2D)。westernblot和免疫熒光檢測結果顯示，Pex***上調α-SMA的表達，說明Pex能促進HSC的活化(圖2E和F)。我們觀察到Pex可以通過下調v...

非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結果嚴重的炎癥性疾病。肝細胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學中已被證實。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細介紹了2021年4月發表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Casp...

將人臍靜脈內皮細胞(HUVECs)與鼻咽*細胞分離的EVs共培養后，通過Transwell室系統和matrigel基血管生成實驗評估其遷移、侵襲和血管樣管形成。使用體內Matrigel血管生成模型檢測EVs的促血管生成活性以及候選microRNA 。結果表明，與鼻咽*正常組織相比，鼻咽*組織中miR-144水平上調，且與CD31的表達呈正相關。此外，miR-144在鼻咽*細胞EVs中高度富集，**終增強HUVECs和血管樣管在體內和體外的遷移和侵襲。值得注意的是，miR-144通過抑制靶基因FBXW7和促進轉錄因子HIF1α依賴的血管內皮生長因子(VEGF-A)。綜上所述，本研究強調了miR-...

***是一種系統性疾病，與炎癥細胞浸潤和免疫相關途徑的***有關。本文旨在揭示與免疫相關的變化，并探索頸***斑塊形成過程中的新型免疫學特征。首先，我們應用了集成的生物信息學方法，包括CIBERSORT和基因集富集分析（GSEA）。基因表達矩陣GSE28829，GSE41571和GSE43292是從基因表達綜合（GEO）數據集獲得的。經過一系列數據預處理步驟后，使用CIBERSORT，GSEA和ClusterProfiler軟件包對所得的組合表達矩陣進行了分析。在對早期和晚期頸***斑塊進行比較和分析后，我們發現，在晚期斑塊中活化記憶CD4T細胞的百分比較高，而靜息記憶CD4細胞的百分比較低。...

采用LEfSe方法分析經DHEA和tempol處理后***改變的關鍵系統發育類型。Desulfovibrionaceae屬富集于oil+PBS組，而Muribaculaceae和Alloprevotella屬富集于DHEA+PBS和DHEA+tempol組(圖5A-B)，這表明tempol可以重塑微生物PCOS大鼠的腸道微生物群的結構。通過分析細菌分類在門和屬水平上的相似性程度，進一步比較三組腸道菌群的整體組成。在門水平上，厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)是3個類群的優勢門(圖5)。DHEA處理增加了放線菌門(Actinobacteria)、擬桿菌門(B...

七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展 和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H, ...

三、SMARCA4調節AR靶基因的表達，參與細胞外基質組織和細胞粘附 使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調的基因占大多數(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調和上調的基因數量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調控(圖4b, c）。對差異雄***調節基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態發生和參與分化的細胞形態發生...

一、CRPC細胞中AR的染色體 散點圖顯示在VCaP細胞的兩個生物重復中由AR ChIP-SICAP鑒定的染色質相關蛋白。在暴露于R1881(合成AR激動劑）中使用差異的silac標記。在190個ChIP-SICAP定量蛋白中，87個形成了r1881誘導的AR染色體，從而發現了可能與受體功能相互作用的蛋白。r1881誘導的AR chromatome被分為不同的功能蛋白組(圖1b)。DNA和rna結合蛋白，組蛋白，DNA修復和mRNA加工相關蛋白形成了大部分(~50%)的網絡。 二、SMARCA4共占據了大多數ar結合位點，但對其染色質可及性的影響有限 SMARCA4和AR...

意味著先前接受過CAR-T細胞***的小鼠的**控制***增強(Fig.5H-I)。值得注意的是，第30天的**大小與**侵襲前血液中CD3+T細胞的數量呈***負相關(Fig.5J)，表明CDK4/6i處理的CAR-T細胞的持久性增強是驅動**控制的關鍵因素。事實上，**接種后40天，接受預處理的CAR-T細胞的小鼠浸潤CD4+和CD8+CAR-T細胞的數量***增加(Fig.5K)。接下來通過將未處理或預處理的抗LeYCAR-T細胞轉移到OVCAR-3荷瘤小鼠體內，檢測了CDK4/6i預處理對CAR-T細胞急性療效的影響。用CDK4/6i預處理CAR-T細胞可***增強其抗**活性（Fig...

Ran***1對Ran-GTP的水解對于核出口過程中貨物進入細胞質至關重要。Ran***1維持核/細胞質Ran梯度，其丟失會導致細胞死亡。在非tbi對照組大腦中，Ran***1在核膜內分布均勻，少數細胞表現出強烈的核信號。但tbi暴露后，Ran***1染色分布異常，細胞核和細胞質強度高(圖2E）。與對照組相比，腦外傷后Ran***1分布異常的細胞百分比明顯增高(圖2F）。反復的創傷損傷會干擾Ran***1在大腦中的定位。TBI大鼠損傷皮質(同側半球)下海馬區域的腦細胞表現出錯誤定位和/或聚集(箭頭)或強烈的Ran***1核染色(箭頭)，而假手術對照組主要是光滑的核周染色(圖2H)。與假對照相比...

如圖5所示，E8中的d-flow改變了白細胞流量和炎癥標志物(Il1β、Il6、Ccl2和Ccl3);ECM調節(Adamts4, Lamb1, Timp3，和Timp4);血管調節(Nos3, Ptgs2，和Edn1);和脂質代謝(Tm6sf2、Lsr和Mgll)，并與E2的s-flow進行比較(圖5A-5D)。這些結果表明，d-flow***了致***的內皮反應，同時通過改變轉錄和染色質可及性水平上的基因表達來抑制抗***通路。 三、體內血流依賴TF結合基序的鑒定 使用Signac和ChromVar軟件包通過我們的scATAC-seq數據集來識別流敏感的TF結合基序(圖6)...

D.箱形圖描述了在0 I級aGvHD患者和II IV級aGvHD患者移植前時間點預測ASVs的對數轉化相對豐度。在aGvHD 0級I和II級IV的患者中基于樹的稀疏LDA識別出普雷沃氏科和放線菌科ASVs的E軌跡，包括ASV 226和ASV 568，這些ASV 226和ASV 568可以預測aGvHD(粗體線). 六、急性GvHD的嚴重程度可以在造血干細胞移植前同時從所有三個身體部位的微生物群預測 在一個聯合模型中，來自所有三個身體部位的分類群都可以預測HSCT之前樣本的aGvHD嚴重程度(圖6)。該報道發現了7種預測性asv，其中2種來自腸道，1種來自口腔，1種來自鼻子，2種...

Nup62、Nup214、Nup43在運動神經元中過表達***降低了運動功能和攀爬速度(圖5A和B)。與各自的Nup對照或對照組動物相比，過表達Nup62和Nup214或Nup62和Nup43的動物的壽命明顯縮短——Nup62/ Nup214 OE和Nup62/Nup43 OE的中位存活時間分別為23天和21天(圖5C)。用RNAi成蟲(Nup62或Nup214)多次暴露于創傷后，檢測其運動功能和壽命。Nup62 mRNA (p <0.01)和Nup214 mRNA (p <0.001)與對照組相比，Nup62和Nup214 RNAi處理組的攀爬水平***降低(圖5D和E)。有...

然后使用單細胞RNA-seq來描述移植后30天脾臟中存留的T細胞的轉錄譜（Fig. 4G）。使用pseudobulk RNA-seq分析和預轉移體外培養的基因比較，生成了持續細胞的基因標記，其標志是記憶相關基因(Sell，Foxp1，Tcf7，Cd7，Il7r，Klf2，Ccl5)的高表達和效應相關基因(Gzmd，Ifng，Prf1，Gzma，Gzmb)的低表達(Fig. 4H-I)。對先前的體外單細胞數據（Fig. 2H-J）的進一步分析顯示，CDK4/6i處理后，具有這種持續性特征的細胞頻率從7.5%增加至26.8%（Fig. 4J-K）。這些數據表明，抑制CDK4/6促進T細胞向真實的記...

1）DRD2通過啟動子甲基化在轉錄上下調 為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達明顯下調(圖1A)。免疫組化染色發現，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調，并且在BrCa中DRD2啟動子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據Kmplot，DRD2的高表達促進了BrCa患者的更長的生存期，這也在HER2陽性基因型患者中可見。但這一優勢在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據RT-PCR和MSP結果，幾乎所有...

2)在體內和體外，DRD2的表達抑制BrCa細胞的**發生 構建過表達DRD2的MDA-MB231和BT549細胞，通過RT-PCR(Figure2A)和WB(Figure2B)驗證。CCK8實驗證明，DRD2異位表達抑制**細胞生長(圖2C)。在單層集落形成實驗(圖2D)和軟瓊脂形成實驗(圖2E)中，DRD2也損害了存活能力。并進行細胞凋亡和細胞周期分布分析。DRD2的表達***促進了BrCa細胞凋亡(圖2F)，并阻斷了MDA-MB231和BT549在G2/M期的凋亡(圖2G)。此外，過表達DRD2促進了BrCa細胞對PTX的敏感性(圖2H)。在傷口愈合實驗中，異位表達的DRD2比...

為了探究MIR210HG是否參與了一個新的MIR210HG- miRNA -HMGA2調控網絡，我們使用TargetScan、miRanda、CLIP-Seq和miRDB生物信息學數據庫來預測與HMGA2結合的mirna(圖3F)。選擇3個軟件程序分析交叉處的miRNAs作為候選miRNAs。通過將野生型雙熒光素酶載體介導的HMGA2構建物共轉染HEK293T細胞，共鑒定和篩選了110個miRNAs。轉染后，23個miRNA轉染細胞的熒光素酶活性***降低(圖3G)。在上述23種miRNAs中，轉染miR-3373p、miR-137、let-7c-5p和miR-98-5p時，熒光素酶活性***...

circACTN4 和 FIR 與 FUBP1 競爭結合 推測circACTN4可以與FUBP1競爭性結合并阻止FIR與FUBP1結合以促進 MYC的轉錄和表達。為了進一步驗證提出的假設，qRT-PCR檢測了BC和匹配組織中FIR的表達，與正常相鄰組織相比，BC組織中FIR的表達顯著下調。Pearson相關分析表明，FIR的表達與BC組織中circACTN4、FUBP1和MYC的水平呈負相關。免疫共沉淀試驗結果表明，在過表達circACTN4的BC細胞的FUBP1-共免疫共沉淀物中未發現明顯的FIR蛋白帶，而在circACTN4被敲低后，通過蛋白質印跡在共免疫共沉淀物中明顯檢測到FI...

上皮-間充質轉化(EMT)促進**發生和轉移，增加**對***干預的耐受性。TGF-b和Wnt通路的異常***誘導EMT。lncRNAs***影響EMT調控。2021年6月發表于Molecular Therapy-Nucleic Acids（IF=8.886）的文章“lncRNA MIR210HG promotes the progression of endometrial cancer by spongingmiR-337-3p/137 via the HMGA2-TGF-b/Wnt pathway”對此展開了研究。在此，我們發現MIR210HG在子宮內膜*組織中過表達，與不良預后相關。M...

急性腎損傷(Acute kidney injury, AKI)是一種起病急、進展快、預后差的嚴重臨床急癥。**近的證據表明，AKI伴隨著***的代謝異常，包括脂質代謝的改變。然而，脂質在AKI中的具體變化及其作用和調控機制目前尚不清楚。***小編給大家帶來于2021年3月發表在影響因子8.579的“Theranostics”的文章“Relieving lipid accumulation through UCP1 suppresses the progression of acute kidney injury by promoting the AMPK/ULK1/autophagy path...

第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳） 附加文件中可以包括平臺、批次等信息。 例如，在平臺列中，“1”表示數據來自 Affymetrix U133 plus2 平臺，“2”表示來自安捷倫微陣列芯片的數據，“3”表示來自 Illumina Hiseq 2000 的數據等。 第四步：填寫電子郵箱（選填，建議填寫） 如果填寫郵箱，結果會以郵件形式發送至該郵箱。 第五步：提交 數據文件全部上傳后，點擊“Submit”進行提交，頁面會自動跳轉至結果頁。也可以根據頁面給出的jobID查詢結果。 結果頁面如下： 總而言之，我們可以使用Rank-In對**的芯片和...

蛋白質生物標志物 MarkerDB中142個蛋白質生物標志物覆蓋了160多種疾病。MarkerDB中的所有蛋白質生物標記物數據都是從OncoMX、CBD和UPBD原始文獻中提取的，結構數據從蛋白質數據庫PDB收集。目前，MarkerDB中的所有蛋白質標記都有一個或多個疾病關聯，以及MarkerDB ID、序列、結構、詳細的蛋白質描述、蛋白質名稱/同義詞、蛋白質理化數據、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍，生物流體、一個或多個文獻參考和其他在線數據庫的外部超鏈接。 英拜提供一年三節的購物卡津貼。上海股骨損傷FD科研 **近的研究表明INPP4B可能在與化療耐藥性相關的急性髓系白血病(...

6）FPN蛋白在肺*細胞中的穩定性需要USP35 USP35屬于DUBs家族，在控制各種蛋白質的Ub依賴性降解中起關鍵作用。此外，FPN泛素化和隨后的內吞作用導致鐵超載和鐵死亡。因此，我們研究了USP35是否通過影響其蛋白質穩定性來調節FPN表達。如圖8A所示，USP35敲除增加，而USP35過表達降低泛素化FPN水平。用MG132蛋白酶體抑制劑***后，shUSP35***細胞的全部或膜裂解物中FPN水平的降低被阻止(圖8B)。隨后，我們檢查了USP35是否是FPN的直接結合伙伴。IP分析的數據揭示了內源性USP35和FPN之間的聯系(圖8C)。總之，這些數據表明USP35可以直接...

接下來，我們合成了野生型HuR蛋白(WT)和HuR蛋白的截短突變體（即分別為單獨HuR的RNA識別基序(RRM)1的突變體B1、單獨HuRRRM2的突變體B2和單獨HuRRRM3的突變體B3）（圖4C）。同時，我們設計并合成了生物素標記的或未標記的探針，分別特異性靶向lnc-PMIF的中心-莖環和生物素標記的或未標記的探針，特異性靶向之前報道的與HuR蛋白相互作用的β-actinmRNA的序列。RNA電泳遷移率變動分析(EMSA)發現只有當生物素標記的lnc-PMIF探針與WTHuR或截短突變體B3共孵育時，才能檢測到lnc-PMIF-HuR復合物，這表明HuR的RRM3可介導HuR和lnc-...

5）DRD2通過阻斷TAK1的磷酸化來限制NF-κB信號的*** NF-κB信號的***對于觸發炎癥小體組裝和隨后的焦亡是必不可少的。IF染色顯示DRD2幾乎阻斷了p-p65的核易位(圖5A)，但這種抑制被Mφ所抵消(圖5B)。核和細胞質提取物也顯示DRD2抑制了p-p65的核易位(圖5C)。如WB結果所示，在LPS刺激下，DRD2抑制IKKα/β、IκBα和p65的磷酸化(圖5D)。異位DRD2表達也***抑制了Mφ誘導的p65磷酸化和IKKα/β的上游***(圖5E)。WB結果顯示DRD2下調NF-κB的下游靶點ICAM-1。然而，這種下調被Mφ所抵消(圖5E)。抑制IKKα/β...