人類的視黃酸信號通路PCR芯片用于研究參與視黃酸信號通路的84關鍵基因的表達。視黃酸(RA)具有重要的生物學功能，由維生素A(視黃醇)派生而來，其活性涉及多種生物學過程如脊椎動物發(fā)育和內穩(wěn)態(tài)而中斷這個途徑會導致心臟、神經、生殖、和皮膚組織等發(fā)育異常和功能中斷。RA通過綁定其家族的**受體(視黃酸受體a、β和)然后二聚化和伴侶(視黃素X受體a、B和v)和改變轉錄,發(fā)揮重要功能。此外**近的證據表明，另一個受體(PPAR5)在某些組織和視黃醇中也對RA信號產生應答,RA也可能誘發(fā)非基因組細胞的效應。因此RA的影響程度取決于其同源受體、負責轉換視黃醇為RA的酶、降低RA水平的代謝酶和運輸蛋白等的表達...

6.大腸腺瘤預測模型的特異性驗證 提高標志物的特異性可以減少臨床診斷中的假陽性，因此有必要進一步評估腺瘤標志物的特異性，在此分析中，考慮了5種非CRC疾病，包括克羅恩?。–D），潰瘍性結腸炎（UC），腸易激綜合征（IBS），非酒精性脂肪肝疾?。∟AFLD）和2型糖尿?。═2D）。非CRC疾病模型的AUC值明顯低于**腺瘤模型的AUC值。 7.大腸腺瘤的微生物功能改變分析 在腺瘤和對照之間的比較中，腺瘤中富含碳水化合物的生物合成途徑（例如，ADP-庚糖生物合成），無機營養(yǎng)代謝以及核苷和核苷酸的生物合成，而芳香化合物降解的途徑和次級代謝產物的生物合成則更為豐富。腺瘤樣本減少。...

USF2促進circACTN4在BC中的表達為了研究 circRNA 在 BC發(fā)展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達特征。共發(fā)現85個***差異表達的circRNAs， 63 個上調和22個下調circRNAs。熱圖顯示了14個上調的circRNA，其中circACTN4是失調**嚴重的一個，差異高達10倍。根據circBase數據庫發(fā)現circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗證了反向剪接連接點。為了驗證circACTN4的環(huán)形結構，使用聚斂引物和發(fā)散引物擴增...

小泛素修飾(SUMO)結合稱為SUMO修飾，其作為生物活性分類的誘導劑分子進入細胞外囊泡(EVs)，觸發(fā)淋巴管生成，進一步驅動**淋巴結(LN)轉移，但確切的機制仍不清楚。本研究發(fā)現，SUMOylation促進細胞外囊泡介導的lncRNA ELNAT1的傳遞和膀胱*的淋巴結轉移。該文于2021年4月發(fā)表在《The Journal of Clinical Investigation》IF: 14.808。 1.SUMOylation參與膀胱*的淋巴結轉移 為了探討SUMOylation在膀胱*（BCa）的淋巴結（LN）轉移中的作用，作者基于淋巴*與TCGA數據庫中比較SUMOyl...

檢測TYRO3基因拷貝數與細胞毒性T細胞抗**活性的相關性，CD8+T細胞水平與高表達TYRO3基因的患者的生存期延長無關，但確實介導了低TYRO3基因拷貝數患者的生存期延長，表明TYRO3降低細胞毒性T細胞抗**作用的觀點。為進一步確定TYRO3和抗PD-1***結果之間的相關性，分析接受抗PD-1***的黑色素瘤患者RNA-Seq數據中TYRO3的表達，發(fā)現耐藥**患者的TYRO3表達水平***高于**有反應的患者。Westernblot分析也驗證了TYRO3，p-TYRO3在4T1-R克隆中的表達增強，說明TYRO3對配體刺激有反應。為進一步確定TYRO3和抗PD-1/PD-L1耐藥性在...

細胞間的相互作用在**進展和轉移中發(fā)揮關鍵作用。目前關于這些**細胞是如何與其他細胞相互交流的仍有很多是未知的。**釋放的外泌體被認為是**進行細胞間溝通的有效介質。Dong等探索了肝細胞*（HCC）外泌體在其轉移和預后價值中的功能。本文于2021年6月發(fā)表在《Signal Transduction and Targeted Therapy》期刊上，IF：13.493。 1、外泌體的分離與鑒定以及HCC細胞的釋放和吸 收使用投射電子顯微鏡觀察了外泌體的形態(tài)和形狀；納米粒子**分析發(fā)現外泌體直徑在40-200nm之間，并且在6個HCC細胞系外泌體中都檢測到了外泌體標志物CD63，...

5）MAPK1-109aa對胃*有抑制作用 為了進一步研究MAPK1-109aa的生物學功能，我們將circMAPK1ATG突變質粒、circMAPK1IRES突變質粒和circMAPK1過表達質粒轉染到MKN45和BGC823細胞中。如預期的那樣，當轉染ATG突變質粒和IRES突變質粒時，沒有出現circMAPK1編碼的MAPK1-109aa13-kDa帶(圖5a)。CCK8實驗(圖5b)、集落形成實驗(圖5c，d)和EdU實驗(圖5e，f)顯示過表達circMAPK1明顯抑制了細胞的增殖能力。流式細胞術顯示，處于S期的GC細胞數量也明顯減少(圖5g)。然而，當circMAPK1的...

2）SsD響應相關基因和通路的鑒定 為了進一步確定可能與白血病細胞中SsD敏感性相關的潛在靶點，我們對SsD處理過的NB4細胞進行了RNA測序。我們共發(fā)現3732個上調基因和3442個下調基因(圖2A)。為了揭示SsD的潛在機制，我們進行了富集分析并研究了差異基因相關的通路。我們篩選了上調和下調基因富集的**個通路(圖2B)。此外，我們使用GSEA研究SsD處理影響的信號通路(圖2C)。我們的數據顯示，SsD處理導致MYC靶點、E2F靶點和G2M檢查點信號級聯受到抑制。有趣的是，這些發(fā)現與FTO抑制劑和內源性FTO的下調抑制的信號通路相一致。因此，SsD的抑制作用可能有助于FTO抑制...

二、RIT1與MAD2和p31conmet的相互作用由CDK1磷酸化調控 在間期，RIT1 s c端尾部介導質膜(PM)結合然而，在分析有絲分裂細胞時，我們觀察到RIT1在細胞進入有絲分裂和進入中期并在后期快速易位到PM時的彌漫性胞質分布(圖2A和2B)。同樣，在有絲分裂細胞裂解物中檢測到內源性RIT1的主要胞質分布(圖2C)。(S209D/E)磷酸化，而非(S209A)缺磷，突變破壞了RIT1-MAD2/p31conmet結合(圖2D)。RIT1磷酸化在有絲分裂過程中**為豐富(圖2E)。抑制CDK1***降低了重組RIT1的磷酸化(圖2F)。免疫印跡檢測和質譜證實CDK1/Cyc...

4.Caspase-11缺失抑制MCD誘導的肝臟炎癥 接下來，我們評估了Caspase-11缺乏對MCD誘導炎癥的影響。首先，我們比較了野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟白細胞浸潤情況。在正常情況下，野生型小鼠和caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例相似(圖4A和B)。MCD***導致野生型小鼠肝臟中CD45細胞的比例增加。相比之下，MCD****輕微增加了Caspase11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例。與MCD處理的野生型小鼠相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例明顯下降(圖4A和B)，表明MCD處理后Caspase-11缺陷...

在Fth- KO小鼠中， TBI后褪黑素對神經的保護作用被**取消 為了進一步探索神經元Fth的喪失是否影響褪黑素對TBI誘導的鐵死亡的影響，測量了鐵死亡的幾種假定的生物標志物。發(fā)現***KO小鼠上皮層非血紅素鐵的水平沒有影響。令人驚訝的是，盡管褪黑素***的和未***的Fth -KO小鼠的Tfr1 mRNA和蛋白表達水平沒有顯著差異，但是在褪黑素***的小鼠中，觀察到Fpn mRNA和蛋白表達水平顯著增加Fth- KO小鼠。值得注意的是，與未***的Fth- KO小鼠相比，用褪黑素***Fth- KO小鼠未能顯著改變mRNA（Slc7a11，Ptgs2）和蛋白質（xCT，Cox2、...

接下來，評估circACTN4的表達與臨床病理特征的關聯。circACTN4的表達與年齡（P ?= 0.036）、T（P ?= 0.001）、N（P ?= 0.001）和TNM分期（P < 0.001）呈正相關，但與分級無關。利用ISH檢測包含240個 BC組織的組織芯片確定circACTN4的表達。Kaplan-Meier生存分析顯示，circACTN4高表達患者的總生存期比circACTN4低表達患者的總生存期短。circACTN4的表達與T分期、N分期和TNM分期呈正相關。Cox 比例風險模型評估 circACTN4 的預后價值。結果顯示circACTN4的過表達是BC患者預后不良的**...

2）circPDE4B調節(jié)軟骨細胞活力和ECM代謝 為了評估circPDE4B在ECM代謝中的作用，我們分別用三種circPDE4BsiRNA轉染HCs(圖2A)。我們使用CCK-8方法評估了circPDE4B對軟骨細胞活力的影響。結果顯示，敲低circPDE4B的表達降低了軟骨細胞的活力(圖2B)。此外，shRNA腺病毒抑制circPDE4B***提高了MMP3、MMP13和ADAMTS4的表達，而SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan在HCs/MCs中的表達下調(圖2C和圖2D)。免疫熒光進一步證實，circPDE4B敲除影響了HCs/MCs的MMP3、MMP...

創(chuàng)傷性腦損傷(TBI)是世界范圍內**常見的死亡和殘疾原因之一。事實上，創(chuàng)傷性腦損傷導致的繼發(fā)性損傷可導致長期的神經和神經精神后遺癥，包括神經退行性疾病，如肌萎縮性脊髓側索硬化癥(ALS)、阿爾茨海默病(AD)和帕金森病。TBI還與慢性創(chuàng)傷性腦病(CTE)的發(fā)展有關，CTE是一種與反復頭部創(chuàng)傷相關的進行性神經退行性綜合征。反復創(chuàng)傷患者(如CTE)的死后腦組織以及創(chuàng)傷性腦損傷動物模型顯示微管相關蛋白(TAU)和TAR DNA/RNA結合蛋白(TDP-43)病理變化。TDP-43病理是神經退行性變的標志，在~ 97%的ALS病例、~ 45%的額顳葉癡呆(FTD)病例和~ 60%的AD病例中均有TD...

LC3陽性囊泡在質膜損傷后在修復部位積聚用激光照射*細胞MCF7，致使細胞膜上形成小孔。使用膜不可滲透的FM1-43染料測量膜完整性，發(fā)現在Ca2+存在下，細胞能夠在20到30s內修復它們的質膜(Fig.1,AandB,left)；在缺乏Ca2+的培養(yǎng)基中受損的細胞無法修復并繼續(xù)吸收細胞不可滲透的染料(Fig.1B,right)。使用穩(wěn)定表達融合蛋白增強型綠色熒光蛋白(eGFP)-LC3的MCF7細胞研究激光照射后自噬是否參與該過程，結果顯示，LC3陽性點在損傷后大約8-10min開始在修復部位形成（Fig.1C）；在未損傷區(qū)域中LC3陽性點未增加（Fig.1D）；LC3依賴于ATG7（Fig...

支持了轉錄組學分析，流式細胞術表明帶有**記憶(Tcm)表型(CD44+CD62L+)的CD8+ TILs的比例***更高，這在不同的**模型中是一致的(Fig. 1H)。為了檢驗抑制CDK4/6對抗**T細胞免疫的長期功能效應，用CDK4/6i在短時間 (抗**T細胞反應**活躍的3-13天)處理MC38-OVA荷瘤小鼠，然后停藥。在停止***時，CDK4/6i處理小鼠和對照小鼠的**體積是相等的(Fig. 1I-J)。引人注目的是，在停止***后，既往使用CDK4/6i***的小鼠中有21只小鼠**完全***，而對照組只有9只(Fig. 1K)。總之，這些數據表明CDK4/6的藥理抑制促進...

2、HMH-exo增強低轉移性HCC細胞系的轉移潛力 為了探究HCC轉移時外泌體在細胞與細胞串擾中的可能作用，作者實驗HMH-exo預處理低轉移性的HCC細胞系。結果發(fā)現，與LMH-exo或者PBS預處理組相比，HMH-exo***增強了低轉移性HCC細胞系的轉移能力；隨后作者使用低轉移性HCC細胞系構建了體內原位異種移植瘤模型，成瘤后使用外泌體***6周，***檢測肝臟**和肺轉移，結果顯示與其它組相比，HMH-exo組的肝臟**更大，肺轉移結節(jié)更多。（圖2）。這些結果表明HMH-exo可以在體內外增強低轉移性HCC細胞的轉移能力。 鑒定的前列腺瘤細胞內源性雄***受體網絡。細胞膜...

病理上，脊髓損傷(SCI)后血脊髓屏障(BSCB)破裂導致大量周圍巨噬細胞浸潤到損傷區(qū)域，并在新生血管周圍聚集。M1極化的巨噬細胞在SCI過程中起著至關重要的作用。***小編給大家介紹于2020年3月發(fā)表在影響因子為9.986的“Redox Biology”上的文章“Exosomal miR-155 from M1-polarized macrophages promotes EndoMT and impairs mitochondrial function via activating NF-κB signaling pathway in vascular endothelial cells...

6、MAO-A阻斷**免疫***-人類TAM和臨床數據相關性研究 為了探索MAO-A阻斷***的翻譯潛力，首先研究了MAO-A對人巨噬細胞極化的調控。分析體外培養(yǎng)的免疫刺激M1樣和免疫抑制M2樣人單核細胞源性巨噬細胞的基因表達特征。有趣的是，在所有檢測的免疫檢查點、免疫刺激和免疫抑制基因中，MAOA是M2樣單核來源巨噬細胞（MDMs）中表達水平比較高的基因（圖6a），提示MAO-A可能在促進人巨噬細胞免疫抑制極化中發(fā)揮作用。MDM培養(yǎng)的時間過程分析證實了巨噬細胞分化過程中MAO-A基因和蛋白表達上調，并在IL-4/IL-13誘導的免疫抑制極化后進一步上調（圖6b-d）。用苯乙肼阻斷M...

6.大腸腺瘤預測模型的特異性驗證 提高標志物的特異性可以減少臨床診斷中的假陽性，因此有必要進一步評估腺瘤標志物的特異性，在此分析中，考慮了5種非CRC疾病，包括克羅恩?。–D），潰瘍性結腸炎（UC），腸易激綜合征（IBS），非酒精性脂肪肝疾?。∟AFLD）和2型糖尿?。═2D）。非CRC疾病模型的AUC值明顯低于**腺瘤模型的AUC值。 7.大腸腺瘤的微生物功能改變分析 在腺瘤和對照之間的比較中，腺瘤中富含碳水化合物的生物合成途徑（例如，ADP-庚糖生物合成），無機營養(yǎng)代謝以及核苷和核苷酸的生物合成，而芳香化合物降解的途徑和次級代謝產物的生物合成則更為豐富。腺瘤樣本減少。...

我們鑒定出了幾個可能與LINC00926相互作用的蛋白，包括兩個E3連接酶，STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進一步證實，只有STUB1與LINC00926相互作用，而E6AP則沒有(圖4G)。此外，RIP分析也表明，PGK1和STUB1免疫沉淀中，LINC00926***富集(圖4H)。此外，LINC00926增強了STUB1介導的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數據表明，STUB1在LINC00926調控PGK1泛素化過程中起著關鍵作用。與LINC00926對STUB1介導的PGK1泛素化的影響一致，LINC0...

五、SIM2對ar介導的基因表達有***影響 利用RNAseq研究SIM2沉默后SIM2對基因表達的影響。沉默SIM2使dht調控的基因數量增加了一倍多，2394個基因受到雄***調控，而只有180個基因受到雄***調控(圖8a, b)。此外，沉默SIM2導致6867個deg，其中2937個deg受到雄***調控(圖8c, d, Supplementary Fig. S19f)。SIM2沉默也減輕了雄***對AR表達的抑制(補充圖S20)。根據RT-qPCR的評估，ARNT沉默實質上再現了SIM2對選定AR靶基因和DEGs的影響(補充圖S21a, b)。對雄***調節(jié)基因集的meta...

2、hUC-MSCs增加MRL/lpr小鼠脾CD4+T細胞的衰老通過Sirt1/p53信號 作者推測hUC-MSCs***MRL/lpr小鼠的潛在機制可能是通過增強CD4+T細胞的衰老來抑制其積累。為了驗證這一點，作者從脾細胞懸液中分離出單核細胞，然后純化CD4+T細胞用于RNA和蛋白質制備。測量了p21和p16水平作為早衰的標記物。結果顯示與WT對照組相比，p21和p16的mRNA和蛋白質水平在MRL/lpr小鼠中***降低，與此同時，與接受PBS處理的MRL/lpr小鼠相比，p21和p16的mRNA和蛋白表達在hUC-MSCs***組中***增加(圖2A-C)。研究還發(fā)現，與WT...

CircACTN4 直接與 FUBP1 相互作用并*** MYC 的轉錄 為了探索circACTN4的分子機制，首先進行了pull down和質譜分析circACTN4結合蛋白，發(fā)現FUBP1在circACTN4上顯著富集。RIP 檢測進一步證實 FUBP1 可以通過qRT-PCR與BC細胞中的內源性circACTN4 特異性結合。FISH-IF 分析顯示 circACTN4和FUBP1共定位于細胞核中。但是circACTN4 的上調和敲低并沒有改變 FUBP1的表達水平，表明circACTN4不參與FUBP1的翻譯后調控。ChIP-PCR測定證實FUBP1與BC細胞中MYC啟動子結...

此外，為進一步驗證ELNAT1與hnRNPA1相互作用區(qū)域，使用ELNAT1不同序列缺失進行RNA-pull down分析，以評估ELNAT1和hnRNPA1結合所需的區(qū)域。結果發(fā)現，ELNAT1序列中600-750 nt位置是其與hnRNPA1交互作用區(qū)域（Figure 4 G, H）。并通過POSTAR2預測ELNAT1在610-680 nt區(qū)域的莖環(huán)結構可能被hnRNPA1識別（Figure 4 I），而當這一區(qū)域缺失時，hnRNPA1減弱對ELNAT1的富集（Figure 4 J）。因此，這表明這些特定的序列（610-680 nt）對ELNAT1 hnRNPA1的相互作用至關重要。英拜...

盡管轉錄組學技術在過去幾十年中發(fā)展迅速，但由于芯片和RNA-seq之間固有的可變性差異，對混合數據的綜合分析仍然具有挑戰(zhàn)性。本文提出了Rank-In（/rank-in/）來糾正兩種技術之間的非生物效應，從而能夠自由混合數據以進行整合分析。網站首頁如下，支持上傳用戶自己的芯片、轉錄組數據。該網頁**終會給出調整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結果圖第一步：上傳表達文件表達文件格式如下，需上傳***行為樣本名、***列為基因名的表達矩陣轉錄組數據表達量可以使用FPKM、TPM或TMM；芯片數據使用基因表達強度；如果下載GEO數據，需要對探針注釋為基因，然后上傳注釋后的表達文件。第二步：上...

1、在響應CDK4/6抑制中瘤內記憶類CD8+T細胞的表現 為了***評價CDK4/6抑制對抗**T細胞免疫的影響，使用多模式單細胞測序(CITE-seq)分析了CDK4/6抑制劑palbociclib或對照處理的MC38-OVA**小鼠的瘤內T細胞群體(Fig.1A)。維度分析顯示MC38-OVA**中有10個不同的T細胞群(Fig.1B)。用CDK4/6i處理的**有較低頻率的CD4+調節(jié)性T細胞(Foxp3+Tregs)，而CD8+記憶類T細胞頻率更高，以Tcf7、Sell、Bcl2和Cd7高表達為特征(Fig.1B-D)。CD8+T細胞池的基因動態(tài)表達揭示來源于CDK4/6i...

氧化應激增強版PCR芯片可以用于檢測84個與氧化應激相關的基因,以及確定實驗樣品中的氧化應激信號通路活性是否增加或者發(fā)生變化。該芯片涵蓋的基因有:過氧化物酶，比如谷胱甘肽過氧化物酶(GPx)和peroxiredoxins(TPX);與氧自由基(ROS)代謝相關的基因，比如氧化應激反應基因;與超氧化物代謝相關的基因，比如超氧化物歧化酶(SOD);此外,這款芯片還包含了16個經過實驗驗證的分子標記物基因,通過這16個基因的表達數據以及特定的分類算法,可以計算樣品中該信號通路的活性分值。每張芯片中還包含了一系列內參,以便于客戶通過00CT法對數據進行相對定量分析,評估逆轉錄和PCR的效率,判斷是否存...

自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會增強*細胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進而影響疾病進程。 1.構建LIR預測模型pLAM 收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應蛋白,確定了LIR的序列信息。 驗證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預測，并對預測到的LIR基序對應的基因進行GO、Pathway富集分...

2021年6月，***一篇發(fā)表在Nat Immunol.（IF=25.600）的文章（Mitochondrial stress induced by continuous stimulation under hypoxia rapidly drives T cell exhaustion.）當**內衰竭T細胞經歷嚴重缺氧時，他們假設代謝應激會改變其對其他信號的反應，特別是持續(xù)的抗原刺激。在體外，盡管單獨經歷連續(xù)刺激或缺氧的CD8 + T細胞分化為功能性效應物，但這種組合迅速驅動了與衰竭一致的T細胞功能障礙。連續(xù)刺激促進了Blimp-1介導的PGC-1α依賴性線粒體重編程阻遏作用，使細胞對缺氧的...