4.Caspase-11缺失抑制MCD誘導的肝臟炎癥 接下來，我們評估了Caspase-11缺乏對MCD誘導炎癥的影響。首先，我們比較了野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟白細胞浸潤情況。在正常情況下，野生型小鼠和caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例相似(圖4A和B)。MCD***導致野生型小鼠肝臟中CD45細胞的比例增加。相比之下，MCD****輕微增加了Caspase11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例。與MCD處理的野生型小鼠相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例明顯下降(圖4A和B)，表明MCD處理后Caspase-11缺陷...

3.IRES序列由于circRNA是共價閉環分子，沒有游離末端，因此circRNA的翻譯必須使用一種非經典的啟動機制，即不依賴5’-帽子的翻譯啟動。這種起始途徑往往通過IRES（內部核糖體進入位點）驅動，IRES是具有特殊二級結構的短RN**段。在病毒中發現并證明了大量的IRES元件，在一些特殊情況下，哺乳動物內源性的IRES元件也可以起始翻譯。作者團隊也曾針對circRNA中IRES元件進行了系統性的篩選驗證。數據庫也使用了所有可用的IRES信息作為支持circRNA翻譯的證據。 4.m6A位點N-6-甲基腺苷（m6A）是**常見的RNA修飾，存在于許多類型的編碼和非編碼RNA中。...

MLL1的募集對于HoxBlinc過表達介導的靶基因表達和HSPC功能異常至關重要 由于HoxBlinc招募SETD1A和MLL1復合物在小鼠ECS衍生的原始紅細胞祖細胞的HoxB位點組織活性染色質域。所以作者先證實了人類HOXBLINC與MLL1和SETD1A的相互作用。然后體內外研究SETD1A和MLL1在HoxBlinc過表達介導的HSPC功能異常和白血病發生中是否重要。然而，在HoxBlincTgLSK細胞中，敲除Mll1而非Setd1a能夠緩解HoxBlinc過表達介導的異常復制潛能（圖6a）。當使用表達慢病毒對照或shMll1的HoxBlincTgLinc-Kit+細胞進...

1）Pex誘導肝纖維化微環境，促進PDAC肝轉移 從小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構，大小約為50-150nm(圖1A，B)。進一步的westernblot分析證實了分離的外泌體的存在(圖1C)。為了確定Pex在PDAC肝轉移中的作用，我們首先進行了“教育”程序，并進一步通過脾內注射建立了PDAC肝轉移模型(圖1D)。在“教育”過程后，STE和原子力顯微鏡(AFM)顯示，與Npex組相比，Pex組小鼠的肝臟剛度***增加(圖1E，F)。此外，肝組織膠原密度增加(圖1G)，肝ECM明顯重構(圖1H，I)。同樣，PDAC原位植入模型也顯示原位**...

人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對PTC*組織和*旁組間，用于高通量測序，其結果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫，并從中去除線粒體tRNA。**終累計獲得1723個tRN**段，其中594個片段只存在于**組織，136個只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數量遠超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）。火山圖可以看出5個在**組織中***上調的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tRF-Val-...

鐵死亡對調節**生長至關重要，是一種很有前途的肺****靶點。泛素特異性蛋白酶35 (USP35)屬于deubiquitinases家族，與細胞增殖和有絲分裂有關。于2021年4月發表于“Clin. Transl. Med”（IF=11.492）的文章“Deubiquitinase USP35 modulates ferroptosis in lung cancer via targeting ferroportin”對此展開了研究。本研究旨在闡明USP35在肺*中的潛在作用和分子基礎。研究表明USP35在人肺*組織和細胞系中大量存在。USP35敲除促進鐵死亡，抑制肺*細胞的細胞生長、集落形成...

進一步檢測S100A4的功能，結果顯示敲除S100A4***降低高轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力，過表達S100A4則***增強低轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力（圖3d）。然后作者收集了S100A4敲除和S100A4過表達的HCC細胞的外泌體，結果得到了類似的結論，S100A4過表達外泌體***增強HCC細胞的遷移和侵襲，以及體內肺部轉移的能力（圖3e-f）。這些結果證實了外泌體S100A4具有增強HCC細胞轉移潛力的功能。 4、外泌體S100A4通過STAT3磷酸化***OPN轉錄 接下來探究了S100A4的作用機制，首先選擇了21個**干性相關基因，然后下載了GEO...

TFAP2B也有類似的模式，它調節遠端腎單位的發育30。TFAP2B轉錄因子活性在粗升肢和遠端曲小管中增加(圖3b,motif活性)，TFAP2B染色質可及性增加(圖3b，基因活性)，TFAP2B轉錄增加(圖3b，基因表達)。我們對遠曲小管(DCT)、連接小管(CNT)和主細胞(PC)進行了偽時間排序，這些細胞在snRNA和snATAC數據集中都形成了一組不同的轉錄相關細胞類型。在HNF4A中，觀察到近曲小管中有一個CCAN，在啟動子、基因體和遠端區域的差異開放區域(圖3c，紅框)之間有多個連接(紅色或藍色弧線)(圖3c)。英拜提供春節回家探親車費補貼。山西科研贈送提供技術路線 METTL3...

此外，IF 分析還表明 FIR 過表達和敲低可以明顯逆轉 circACTN4 上調和下調對 MYC 表達的影響。IF發現與*旁組織相比，在BC 組織中 MYC 高表達。WB分析表明，FIR的上調和下調可以通過過表達和沉默circACTN4來抵消對MYC及其下游蛋白CDK4和CCND2表達的增強和抑制作用。綜上所述，上述結果進一步證明circACTN4可能與FUBP1競爭性結合，阻斷FIR對MYC的轉錄抑制作用，從而促進BC的**發生和進展。 CircACTN4促進體內異種移植**的發生和轉移 為了評估circACTN4在體內的致*作用，通過皮下注射和尾靜脈注射在裸鼠中建立人BC...

2021年5月，***一篇發表在cancer research（IF=12.7000）的文章（YTHDF1 Promotes Gastric Carcinogenesis by Controlling Translation of FZD7）。此研究分析了cBioPortal (cBio cancer Genomics Portal)630例原發性胃腺*數據集，發現YTHDF1（m6A讀取蛋白）的突變主要是基因擴增，導致其過表達。YTHDF1的高表達與更具侵襲性的**進展和較差的總生存期相關。抑制YTHDF1在體內外均可抑制胃*細胞增殖和**發生。在機制上，YTHDF1以m6依賴的方式促進了W...

四、scRNA-seq和scATAC-seq數據整合 目前尚無人類胚胎HSPCs的染色質可及性圖譜，研究者基于基因體可及性繪制細胞圖譜來整合scRNA-seq和scATAC-seq數據。首先使用6種豐富的細胞類型對scRNA-seq實驗中篩選出的CD34+ CD38- 細胞進行分類，結果顯示scATAC-seq數據集中指定細胞類型的頻率與scRNA-seq數據中的頻率高度一致，這表明染色質可及性和轉錄組具有相關性。然而，不同類型的細胞在整個軌跡上有相當大的混合，如HSCs/MPPs-Cycle***分布在七個集群中，這表明在HSCs/MPP群體中存在***的染色質啟動，從而導致了異質...

2）M1-BMDMs來源的外泌體加重了bEnd.3細胞的EndoMT 我們評估了M1-BMDMs對bEnd.3細胞的影響。結果表明，M1-BMDMs條件培養基(M1-CM)***降低了bEnd.3細胞TEER值(圖2A)，并增加通透性(圖2B)。此外，TJs蛋白熒光染色顯示，M1-CM處理***降低了bEnd.3細胞膜ZO-1和Occludin的表達(圖2C和D)。為了進一步研究M1-BMDMs是否通過外泌體破壞血管內皮細胞的TJs，我們使用外泌體分泌抑制劑GW4869預處理M1-BMDMs。我們發現，加入GW4869部分逆轉了M1-CM誘導的TEER值的下降(圖2A)，滲透率增加(...

沉默MIR210HG可以通過miR-337-3p/137-HMGA2軸阻斷TGF-b和Wnt信號通路 之前的GSEA表明MIR210HG與TGFb/Smad3和Wnt/b-catenin信號通路相關。為了進一步研究MIR210HG調控子宮內膜*細胞進展的機制，我們檢測了MIR210HG、HMGA2、miR-337-3p和miR-137對TGF-b、Wnt和EMT通路相關蛋白水平的調控作用。MIR210HG的下調降低了TGF-bII、p-Smad3和Snail的表達以及b-catenin在細胞核中的分布(圖6A和6B)。基于這些結果，我們推測MIR210HG可能通過靶向miR-3373...

5）SsD可***抑制AML在體內的進展 為了研究SsD在體內對白血病的***效果，我們建立了C1498和FLT3+白血病小鼠模型(圖5A)。對照組小鼠的白細胞生長較快。0.1mg/kg或0.5mg/kg劑量的SsD***抑制WBC生長(圖5B)。與對WBC的抑制作用一致，SsD也有效地損害了骨髓(BM)克隆原性潛能(圖5C和5D)。此外，與對照組相比，接受SsD***組的小鼠的脾臟更輕，表明SsD處理***逆轉了脾腫大，抑制了脾臟轉移性**細胞(圖5C和5E)。與病理表型一致，SsD處理小鼠的生存時間也明顯延長(圖5F)。機制上，SsD在體內的抗白血病作用是通過其m6ARNA甲基化...

褪黑素可挽救TBI后皮層的鐵蓄積和神經元損傷 為了進一步研究褪黑素在TBI后鐵蓄積和神經元損傷中的假定作用，在TBI后第3天，在受傷的皮層中觀察到了Fe2 +，Fe3+，總鐵含量顯著增加。而褪黑素或Lip-1抑制TBI誘導的血清和同側皮層中鐵含量的上調的。Perls的藍色染色表明，TBI后第7天鐵陽性細胞的數量顯著增加，褪黑素或Lip-1***組的鐵陽性細胞少于對照組。鑒于TBI誘導的鐵超載伴隨著Fth表達的上調，使用免疫熒光染色觀察了TBI后神經元中Fth的表達。發現與假手術組相比，模型組中Fth陽性神經元的***增加，而褪黑素和Lip-1處理顯著降低了Fth陽性神經元。與假手術組...

4）circPDE4B促進了RIC8A和MID1之間的三元配合物的形成，促進了RIC8A的降解 我們試圖鑒定參與RIC8A蛋白酶體降解的E3連接酶。有趣的是，MS結果顯示circPDE4B也結合了兩個E3連接酶，包括RNF2和MID1。然而，由于RNF2定位于細胞核內，我們選擇MID1進行進一步研究。實際上，通過免疫沉淀分析，MID1被發現與RIC8A結合(圖4A)。RIC8A和MID1的免疫熒光染色也證實了它們在HCs***定位(圖4B)。IP結果表明，MID1敲低有效地削弱了RIC8A和MID1過表達的泛素化作用，增加了RIC8A泛素化作用(圖4C)。Co-IP實驗也顯示，與對照...

4）SsD通過直接抑制FTOm6A去甲基化活性來誘導m6A修飾 為了檢測m6A在RNA上的變化，我們在SsD處理的白血病細胞中進行了m6A點印跡實驗。如圖4A所示，SsD***增加了m6A在轉錄組中的豐度。此外，HPLC-MS/MS定量證實了SsD處理的NB4和Kas-1細胞mRNA中細胞m6A的增加(圖4B)。接下來，我們檢測了FTO的兩個直接靶點MYC和RARA在SsD處理的細胞中的表達。SsD在mRNA和蛋白水平***下調了NB4和Kas-1細胞的MYC，而上調了RARA(圖4C-D)。有趣的是，SsD依賴的MYC和RARA的減少是由于FTO過表達細胞中mRNA和蛋白穩定性的降...

基因芯片 (gene chip)是目前生物芯片家族中**完善、應用*****的芯片，將許多特定的寡聚核苷酸或DN**段(稱為探針)固定在芯片的每個預先設置的區域內，將待測樣本標記后同芯片進行雜交，利用堿基互補配對原理進行雜交，通過檢測雜交信號并進行計算機分析，從而檢測對應片段是否存在、存在量的多少，以用于疾病的臨床診斷和檢測等眾多方面。運用縮微技術，基因芯片能夠同時分析成千上萬個生物樣本，將許多不連續的分析過程集成于玻璃介質上，使這些分析過程連續化、微型化、集成化和自動化。METTL14是其***的潛在靶點。常規科研服務兩年 10.EVs介導的ELNAT1與BCa淋巴結轉移相關 確定E...

確實，MMTVneu**的caspase-3陽性細胞比相應的Pten+/+少;綜上所述，這些結果表明，PTEN不能被ATM磷酸化的細胞對基因毒性應激誘導的細胞凋亡具有抗性。為了評估表達PTEN-398A且DNA損傷未解決的細胞在輻照(圖2B, C和補充圖4B, C)后的持續存在是否是誘導凋亡反應失敗的結果，我們在IR之前先用泛caspase抑制劑z-VAD-FMK (zVAD)對細胞進行預處理。與DMSO處理相比，zVAD增加了PTEN-WT細胞中未解決的DNA損傷灶的數量，其水平與DMSO處理的PTEN-398A細胞相當(補充圖5F)。然而，需要注意的是，zVAD預處理也略微增加了IR后PT...

在MKN45和BGC823細胞中，IRES突變時MAPK1-109aa不翻譯。因此，MAPK1與MEK1的結合沒有明顯變化。然而，過表達circMAPK1后，MAPK1與MEK1的結合***減少，而MAPK1-109aa與MEK1的結合***增加(圖7g)。因此，以上結果表明MAPK1-109aa與MAPK1競爭結合MEK1。隨后的Western blot結果也證實，在過表達circMAPK1的細胞系中，MAPK1-109aa***升高，磷酸化的MAPK1/2降低，而在circMAPK1敲低的細胞中則相反(圖7h)。此外，MAPK1的下游效應因子，如p-ELK1、p-c-Fos、p-c-JUN...

組織學分析表明，白樺素可以減少白色脂肪細胞組織（WAT）和棕色脂肪細胞組織（BAT）的細胞大小，而洛伐他汀*可以減少棕色脂肪細胞的大小（圖5G）。 油紅色O切片染色表明，與用WD喂養的對照***小鼠的肝臟相比，洛伐他汀或白樺素處理的小鼠的肝臟具有較低的脂質蓄積（圖5G）。這與洛伐他汀和白樺素降低肝脂質含量的先前數據一致（圖5E和5F）。 5、白樺素可以改善小鼠的胰島素抵抗 由于白樺素可降低血清和組織中的脂質水平，因此接下來研究了白樺素是否可改善體內胰島素抵抗。與進食chow糧的小鼠相比，由WD喂養的小鼠表現出葡萄糖受損和胰島素耐受性。WD喂養的小鼠的白樺素或洛伐他汀***可顯著...

編碼PI3Kαp110α亞基的PIK3CA在多達40%的乳腺*中發生突變，**常見的是雌***受體陽性(ER+)**。突變的PIK3CA在校正ER陽性等有利風險變量時并不是預后的**標記物，但它是改善晚期ER+乳腺*內分泌和PI3K聯合***應答的預測生物標記物。有趣的是，與PTEN等其他PI3K通路改變的**相比，pikca突變ER+乳腺*顯示出極少的AKT***和對AKT信號的依賴。 NPP4B抑制AKT信號，并在三陰性(ER/PR/HER2)和基底樣乳腺*中表現出**抑制活性。此外，INPP4B蛋白在黑色素瘤、卵巢*和前列腺*中表達減少。在小鼠模型中，Inpp4b消融與Tp53...

四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細胞異質性 為了確定我們是否能夠檢測出具有可變claudin表達模式的細胞亞群，在snRNA-seq數據集的umap圖上劃分三個亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達模式。一組細胞(SLC12A1+UMOD+)表達粗升肢標記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細胞表達另一組TAL特異性標記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細胞根據之前發表的標記的表達被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SL...

六、急性GvHD的嚴重程度可以在造血干細胞移植前同時從所有三個身體部位的微生物群預測 在一個聯合模型中，來自所有三個身體部位的分類群都可以預測HSCT之前樣本的aGvHD嚴重程度(圖6)。該報道發現了7種預測性asv，其中2種來自腸道，1種來自口腔，1種來自鼻子，2種主要在口腔中發現，但也在鼻子中發現，1種主要在口腔中發現，但也在鼻子和腸道中發現(圖6A)。3個類群(副弧菌屬ASV_131、放線菌屬ASV_568和梭菌屬ASV_166)起源于后來發展為II級和IV級aGvHD的患者。一致地，這些asv的log-transformed相對豐度在檢查前、適應開始和HSCT當天，在aGvH...

與CD44v6敲低實驗的結果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(圖6H)。過表達C1QBP并沒有上調α-SMA的表達(圖6I)。同時過表達CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉了Pex誘導的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內注射肝轉移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6-kd或C1QBP-kd的Pex組小鼠的肝轉移減少。這些結果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用。大...

表達PTENWT的細胞，在雙胸苷激酶阻斷和輻射釋放后被阻滯在S期，表現出低水平的CDK2磷酸化(圖5A)。相反，經過相同處理的PTEN-398A細胞有更高水平的磷酸化CDK2(圖5A)，這與DNA損傷檢查點的缺陷***一致。與PTEN-WT細胞相比，PTEN-398細胞中磷酸化的AKT和磷酸化的p27Kip1水平更高(圖5B)。雖然p27Kip1與CDK2和CyclinE在照射過的PTEN-WT細胞中有效地共免疫沉淀，但在PTEN-398A細胞中這些相互作用減弱(圖5C,D)。與我們在MCF10A細胞中觀察到的結果一致，免疫印跡分析顯示PTEN398A/398A裂解物中磷酸化的AKT和磷酸化的...

circNDUFB2抑制NSCLC進展 體外研究表明circNDUFB2過表達顯著抑制了NSCLC細胞的增殖，遷移和侵襲，而circNDUFB2敲低顯著促進了這些表型。體內實驗表明circNDUFB2過表達可顯著抑制NSCLC細胞的致瘤性和轉移。這些數據表明circNDUFB2可能在NSCLC進展中起抑制作用。 circNDUFB2與NSCLC細胞中的IGF2BP1/2/3相互作用 為了探索circNDUFB2是否通過與蛋白質相互作用發揮功能，RNA pulldown來鑒定與其相關的蛋白質。RNApulldown沉淀物通過SDS-PAGE分離。銀染后，切下約65 kDa的...

在Fth- KO小鼠中， TBI后褪黑素對神經的保護作用被**取消 為了進一步探索神經元Fth的喪失是否影響褪黑素對TBI誘導的鐵死亡的影響，測量了鐵死亡的幾種假定的生物標志物。發現***KO小鼠上皮層非血紅素鐵的水平沒有影響。令人驚訝的是，盡管褪黑素***的和未***的Fth -KO小鼠的Tfr1 mRNA和蛋白表達水平沒有顯著差異，但是在褪黑素***的小鼠中，觀察到Fpn mRNA和蛋白表達水平顯著增加Fth- KO小鼠。值得注意的是，與未***的Fth- KO小鼠相比，用褪黑素***Fth- KO小鼠未能顯著改變mRNA（Slc7a11，Ptgs2）和蛋白質（xCT，Cox2、...

1.核糖體印跡與多聚核糖體分析證據 mRNA的翻譯是由核糖體進行的，它可以在主動翻譯的mRNA中形成多聚核糖體（Polysome）。因此，與核糖體/多核糖體的結合可以作為可翻譯circRNA潛力的強有力的預測證據。數據庫整合了已發表的核糖體印跡（RibosomeProfiling）分析數據和多聚核糖體分析（PolysomeProfiling）數據，挖掘分析circRNA與核糖體的關聯。 2.翻譯啟動站點（TIS） GTI-seq已實現了接近單核苷酸分辨率的翻譯起始密碼子的全景圖，揭示了整個人類轉錄組中數千個TIS密碼子的明確**。數據庫基于GTI-seq的TISdb數據用...

相反，miR-199a-5p抑制劑處理可提高WT小鼠脾CD4+T細胞中Sirt1的表達(圖5E)，并降低衰老標志物p21,p16和乙酰p53水平(圖5F)。***，與MRL/lpr相比，hUC-MSCs可增加miR-199a-5p的產生，表明hUC-MSCs是miR-199a-5p來源的關鍵調控因子(圖5G)。在transwell系統中，hUC-MSCs與MRL/lpr脾CD4+T細胞共培養48h后，細胞內miR-199a-5p升高，Sirt1基因表達降低，CD4+T細胞中衰老標志物的表達水平恢復，而miR-199a-5p抑制劑處理后仍處于抑制狀態(圖5G-I)。總的來說，這些數據表明hUC-...